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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
04/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, F. C. de; BORGES, C. C. H.; ALMEIDA, F. N.; SILVA, F. F. e; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A. |
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Afiliação: |
FABRÍZZIO CONDÉ DE OLIVEIRA, UFJF; CARLOS CRISTIANO HASENCLEVER BORGES, UFJF; FERNANDA NASCIMENTO ALMEIDA, FAPEMIG; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL. |
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Título: |
SNPs selection using support vector regression and genetic algorithms in GWAS |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 15, article S4, 2014. |
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Páginas: |
15 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Suppl. 7. |
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Conteúdo: |
Introduction - This paper proposes a new methodology to simultaneously select the most relevant SNPs markers for the characterization of any measurable phenotype described by a continuous variable using Support Vector Regression with Pearson Universal kernel as fitness function of a binary genetic algorithm. The proposed methodology is multi-attribute towards considering several markers simultaneously to explain the phenotype and is based jointly on statistical tools, machine learning and computational intelligence. Results- The suggested method has shown potential in the simulated database 1, with additive effects only, and real database. In this simulated database, with a total of 1,000 markers, and 7 with major effect on the phenotype and the other 993 SNPs representing the noise, the method identified 21 markers. Of this total, 5 are relevant SNPs between the 7 but 16 are false positives. In real database, initially with 50,752 SNPs, we have reduced to 3,073 markers, increasing the accuracy of the model. In the simulated database 2, with additive effects and interactions (epistasis), the proposed method matched to the methodology most commonly used in GWAS. Conclusions- The method suggested in this paper demonstrates the effectiveness in explaining the real phenotype (PTA for milk), because with the application of the wrapper based on genetic algorithm and Support Vector Regression with Pearson Universal, many redundant markers were eliminated, increasing the prediction and accuracy of the model on the real database without quality control filters. The PUK demonstrated that it can replicate the performance of linear and RBF kernels. MenosIntroduction - This paper proposes a new methodology to simultaneously select the most relevant SNPs markers for the characterization of any measurable phenotype described by a continuous variable using Support Vector Regression with Pearson Universal kernel as fitness function of a binary genetic algorithm. The proposed methodology is multi-attribute towards considering several markers simultaneously to explain the phenotype and is based jointly on statistical tools, machine learning and computational intelligence. Results- The suggested method has shown potential in the simulated database 1, with additive effects only, and real database. In this simulated database, with a total of 1,000 markers, and 7 with major effect on the phenotype and the other 993 SNPs representing the noise, the method identified 21 markers. Of this total, 5 are relevant SNPs between the 7 but 16 are false positives. In real database, initially with 50,752 SNPs, we have reduced to 3,073 markers, increasing the accuracy of the model. In the simulated database 2, with additive effects and interactions (epistasis), the proposed method matched to the methodology most commonly used in GWAS. Conclusions- The method suggested in this paper demonstrates the effectiveness in explaining the real phenotype (PTA for milk), because with the application of the wrapper based on genetic algorithm and Support Vector Regression with Pearson Universal, many redundant markers were eliminated, increasing the prediction ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs); SNPs markers; Support Vector Regression with Pearson Universal. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02422naa a2200253 a 4500
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500 $aSuppl. 7.
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653 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs)
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653 $aSupport Vector Regression with Pearson Universal
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700 1 $aALMEIDA, F. N.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 19 | |
| 1. |  | CARVALHO, C. dos S. B.; SANTOS, K. C. L. dos; ALMEIDA, F. N.; ARBEX, W. A. Desenvolvimento e implementação de um sistema de backup para ambiente de computação científica com infraestrutura de baixo custo. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 16., 2015, Juiz de Fora, MG Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015 1 CD-ROM. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 185.). 2 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | OLIVEIRA, F. C. DE; ALMEIDA, F. N.; CAPRILES, P. V. S. Z.; ARBEX, W. A.; BORGES, C. C. H. Support vector machine e support vector regression para seleção de SNPs em GWAS. In: SIMPÓSIO DE MECÂNICA COMPUTACIONAL, 11.; ENCONTRO MINEIRO DE MODELAGEM COMPUTACIONAL, 2., 2014, Juiz de Fora. Resumos... Juiz de Fora: [s.n.], 2014. | Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | AMARAL, J. C. G. P.; RAMALHO, E. V. B. M.; SILVA, R. A. da; ALMEIDA, F. N. de; SOUZA, F. V. D.; FERREIRA, C. F. Caracterização molecular de abacaxizeiro visando o desenvolvimento de produtos tecnológicos biodegradáveis. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil: [anais]. Búzios: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2011. 1 CD ROM. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 9. | | SILVA, R. A. da; ALMEIDA, F. N.; RAMALHO, E. V. B. M.; AMARAL, J. C. G. P.; FERREIRA, C. F.; SOUZA, F. V. D. Caracterização molecular e estabelecimento de fingerprint em híbridos de abacaxi e bananeira ornamentais. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECITEC RECÔNCAVO. 1., 2011, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2011. 1 CD-ROM. 2 p. Em paralelo aconteceram também os seguintes eventos: V Seminário de Pesquisa do Recôncavo da Bahia; V Seminário Estudantil de Pesquisa da UFRB; V Seminário da Pós-Graduação da UFRB; II Seminário Regional de Pesquisa da EBDA; 5ª Jornada...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 10. | | ALMEIDA, F. N. de; REIS, R.; RAMALHO, E. V. B. M.; ROQUE, R. de L.; SEREJO, J. A. dos S.; FERREIRA, C. F. Caracterização molecular para o estabelecimento de fingerprint de híbridos de bananeiras ornamentais utilizando marcadores ISSR e SSR. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 6., 2012, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 11. | | ALMEIDA, F. N.; SANTOS, D. J. DE A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Caracterização de blocos haplotípicos em bovinos de quatro raças zebuinas e uma poulação F2. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Viçosa: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | ARBEX, W. A.; SANTOS, K. C. L. DOS; ALMEIDA, F. N.; GUEDES, E.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. Mais um pouco de matemática e computação como recursos de pesquisa e desenvolvimento da pecuária. O Girolando, v. 15, n. 89, p. 24-27, 2013.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | OLIVEIRA, F. C. de; BORGES, C. C. H.; ALMEIDA, F. N.; SILVA, F. F. e; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A. SNPs selection using support vector regression and genetic algorithms in GWAS BMC Genomics, v. 15, article S4, 2014. 15 p. Suppl. 7.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | OLIVEIRA, F. C. de; ALMEIDA, F. N.; SILVA, F. F. e; SILVA, M. V. G. B.; BORGES, C. C. H.; ARBEX, W. A. Metodologia para seleção de marcadores com máquina de vetores de suporte com regressão. In: ARBEX, A.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics - TACG vol.1: Modelos e métodos computacionais em Bioinformática. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 101-126| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | AMARAL, J. C. G. P.; SILVA, R. A. da; RAMALHO, E. V. B. M.; ALMEIDA, F. N.; FERREIRA, C. F.; SOUZA, F. V. D. Uso de marcadores ISSR na caracterização molecular de abacaxizeiro, para uso na produção de polímeros biodegradáveis. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECITEC RECÔNCAVO. 1., 2011, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2011. 1 CD-ROM. 2 p. Em paralelo aconteceram também os seguintes eventos: V Seminário de Pesquisa do Recôncavo da Bahia; V Seminário Estudantil de Pesquisa da UFRB; V Seminário da Pós-Graduação da UFRB; II Seminário Regional de Pesquisa da EBDA; 5ª Jornada...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 17. | | SEREJO, J. A. dos S.; ALMEIDA, F. N. de; SILVA, R. A. da; AMARAL, J. C. G. P.; RAMALHO, E. V. B. M.; SOUZA, F. V. D.; FERREIRA, C. F. Caracterização molecular e estabelecimento Fingerprint em híbridos de bananeiras ornamentais. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 18.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 5. 2011. Joinville - SC. [Anais...]. Joinville-SC: EPAGRI, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 18. | | OLIVEIRA, N. H. C. de; NEPOMUCENO, C. F.; CONCEIÇÃO, L. V. da; FRANÇA, A. S.; ALMEIDA, F. N. de; ORNELLAS, J. L.; SEREJO, J. A. dos S.; ALENCAR, S. de O. Indução de embriogênese somática e suspensões celulares das cultivares de bananeira Terra Maranhão, Grande Naine e Maçã. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 10., 2016: Cruz das Almas, BA. Traduzindo ciência para o mundo : resumos. Brasília, DF : Embrapa, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 19. | | NASCIMENTO, E. de O.; SANTOS, K. C. L. dos; SANTOS, G. B. dos; OLIVEIRA, D. R. de; SILVA, R. L. de S. da; ALMEIDA, F. N.; CARVALHO, B. C. de; ARBEX, W. A. Visão computacional aplicada à pecuária de precisão para determinação da condição corporal em bovinos. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 16., 2015, Juiz de Fora, MG Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015 1 CD-ROM. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 185.). 2 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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