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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
15/10/2020 |
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Data da última atualização: |
15/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUSA, I. C. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, G. N.; NASCIMENTO, A. C. C.; CRUZ, C. D.; SILVA, F. F. e; ALMEIDA, D. P. de; PESTANA, K. N.; AZEVEDO, C. F.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. |
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Afiliação: |
Ithalo Coelho de Sousa, Universidade Federal de Viçosa; Moysés Nascimento, Universidade Federal de Viçosa; Gabi Nunes Silva, Universidade Federal de Rondônia; Ana Carolina Campana Nascimento, Universidade Federal de Viçosa; Cosme Damião Cruz, Universidade Federal de Viçosa; Fabyano Fonseca e Silva, Universidade Federal de Viçosa; Dênia Pires de Almeida, Universidade Federal de Viçosa; Kátia Nogueira Pestana, Embrapa Mandioca e Fruticultura; Camila Ferreira Azevedo, Universidade Federal de Viçosa; Laércio Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa. |
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Título: |
Genomic prediction of leaf rust resistance to Arabica coffee using machine learning algorithms. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 78, n. 4, e20200021, 2021. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1590/1678-992X-2020-0021 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection (GS) emphasizes the simultaneous prediction of the genetic effects of thousands of scattered markers over the genome. Several statistical methodologies have been used in GS for the prediction of genetic merit. In general, such methodologies require certain assumptions about the data, such as the normality of the distribution of phenotypic values. To circumvent the non-normality of phenotypic values, the literature suggests the use of Bayesian Generalized Linear Regression (GBLASSO). Another alternative is the models based on machine learning, represented by methodologies such as Artificial Neural Networks (ANN), Decision Trees (DT) and related possible refinements such as Bagging, Random Forest and Boosting. This study aimed to use DT and its refinements for predicting resistance to orange rust in Arabica coffee. Additionally, DT and its refinements were used to identify the importance of markers related to the characteristic of interest. The results were compared with those from GBLASSO and ANN. Data on coffee rust resistance of 245 Arabica coffee plants genotyped for 137 markers were used. The DT refinements presented equal or inferior values of Apparent Error Rate compared to those obtained by DT, GBLASSO, and ANN. Moreover, DT refinements were able to identify important markers for the characteristic of interest. Out of 14 of the most important markers analyzed in each methodology, 9.3 markers on average were in regions of quantitative trait loci (QTLs) related to resistance to disease listed in the literature. MenosGenomic selection (GS) emphasizes the simultaneous prediction of the genetic effects of thousands of scattered markers over the genome. Several statistical methodologies have been used in GS for the prediction of genetic merit. In general, such methodologies require certain assumptions about the data, such as the normality of the distribution of phenotypic values. To circumvent the non-normality of phenotypic values, the literature suggests the use of Bayesian Generalized Linear Regression (GBLASSO). Another alternative is the models based on machine learning, represented by methodologies such as Artificial Neural Networks (ANN), Decision Trees (DT) and related possible refinements such as Bagging, Random Forest and Boosting. This study aimed to use DT and its refinements for predicting resistance to orange rust in Arabica coffee. Additionally, DT and its refinements were used to identify the importance of markers related to the characteristic of interest. The results were compared with those from GBLASSO and ANN. Data on coffee rust resistance of 245 Arabica coffee plants genotyped for 137 markers were used. The DT refinements presented equal or inferior values of Apparent Error Rate compared to those obtained by DT, GBLASSO, and ANN. Moreover, DT refinements were able to identify important markers for the characteristic of interest. Out of 14 of the most important markers analyzed in each methodology, 9.3 markers on average were in regions of quantitative trait loci (QTLs)... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Statistical learning. |
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Thesagro: |
Hemileia Vastatrix. |
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Thesaurus Nal: |
Artificial intelligence; Plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216675/1/Sousa-et-al-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
25/06/2003 |
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Data da última atualização: |
06/06/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SANTOS, T. M. dos; FIGUEIRA, L. K.; BOICA JUNIOR, A. L.; LARA, F. M.; CRUZ, I. |
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Afiliação: |
IVAN CRUZ, CNPMS. |
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Título: |
Efeito da alimentação da Schizaphis graminum com genótipos de sorgo no desenvolvimento do predador Cycloneda sanguinea. |
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Ano de publicação: |
2003 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 38, n. 5, p. 555-560, maio 2003. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O pulgão Schizaphis graminum (Rondani) (Hemiptera: Aphididae) é uma das principais pragas do sorgo. O objetivo deste trabalho foi determinar o efeito da alimentação deste inseto com genótipos de sorgo resistentes e suscetíveis no desenvolvimento do predador Cycloneda sanguinea (Linnaeus) (Coleoptera: Coccinellidae). O pulgão foi criado em folhas dos genótipos de sorgo GR 11111 e TX 430 x GR 111, resistentes, GB 3B, de resistência moderada e BR 007B, suscetível ao hemíptero. As larvas de C. sanguinea foram alimentadas diariamente, ad libitum, com ninfas e adultos de S. graminum. A duração das fases de desenvolvimento e a sobrevivência de C. sanguinea não foram influenciadas pelo genótipo. Apenas a duração do quarto ínstar, da fase larval e do período de larva a adulto foram afetadas. O peso de larvas de segundo ínstar de C. sanguinea não foi afetado pelo genótipo. Nos demais ínstares e fase adulta, esse parâmetro foi diferenciado conforme o genótipo de sorgo utilizado como hospedeiro ao pulgão. Os genótipos resistentes GR 11111 e TX 430 x GR 111 não afetam adversamente o desenvolvimento e a fecundidade de C. sanguinea, durante uma geração. Estes genótipos demonstram compatibilidade com o predador e viabilizam o manejo de S. graminum na cultura do sorgo. |
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Palavras-Chave: |
etapa de desenvolvimento; resistência às pragas. |
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Thesagro: |
Controle Biológico; Larva; Planta Hospedeira. |
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Thesaurus NAL: |
biological control; developmental stages; host plants; larvae; pest resistance. |
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Categoria do assunto: |
--
O Insetos e Entomologia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/160714/1/Efeito-alimentacao.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/AI-SEDE/24579/1/v38n5_555.pdf
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Marc: |
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245 $aEfeito da alimentação da Schizaphis graminum com genótipos de sorgo no desenvolvimento do predador Cycloneda sanguinea.
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520 $aO pulgão Schizaphis graminum (Rondani) (Hemiptera: Aphididae) é uma das principais pragas do sorgo. O objetivo deste trabalho foi determinar o efeito da alimentação deste inseto com genótipos de sorgo resistentes e suscetíveis no desenvolvimento do predador Cycloneda sanguinea (Linnaeus) (Coleoptera: Coccinellidae). O pulgão foi criado em folhas dos genótipos de sorgo GR 11111 e TX 430 x GR 111, resistentes, GB 3B, de resistência moderada e BR 007B, suscetível ao hemíptero. As larvas de C. sanguinea foram alimentadas diariamente, ad libitum, com ninfas e adultos de S. graminum. A duração das fases de desenvolvimento e a sobrevivência de C. sanguinea não foram influenciadas pelo genótipo. Apenas a duração do quarto ínstar, da fase larval e do período de larva a adulto foram afetadas. O peso de larvas de segundo ínstar de C. sanguinea não foi afetado pelo genótipo. Nos demais ínstares e fase adulta, esse parâmetro foi diferenciado conforme o genótipo de sorgo utilizado como hospedeiro ao pulgão. Os genótipos resistentes GR 11111 e TX 430 x GR 111 não afetam adversamente o desenvolvimento e a fecundidade de C. sanguinea, durante uma geração. Estes genótipos demonstram compatibilidade com o predador e viabilizam o manejo de S. graminum na cultura do sorgo.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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