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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
09/07/2019 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERREIRA FILHO, D.; BUENO FILHO, J. S. de S.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; ALVES, R. R.; BAENA, M. M.; MEIRELLES, S. L. C. |
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Afiliação: |
Diógenes Ferreira Filho, UFRRJ; Júio Sílvio de Sousa Bueno Filho, UFLA; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MAURICIO MELLO DE ALENCAR, CPPSE; ROSIANA RODRIGUES ALVES, CNPASA; Marielle Moura Baena, UFLA; Sarah Laguna Conceição Meirelles, UFLA. |
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Título: |
Tournaments between markers as a strategy to enhance genomic predictions. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 14, n. 7, e0219448, p. 1-17, 2019. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0219448 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Analysis of a large number of markers is crucial in both genome-wide association studies (GWAS) and genome-wide selection (GWS). However there are two methodological issues that restrict statistical analysis: high dimensionality (p>>n) and multicollinearity. Although there are methodologies that can be used to fit models for data with high dimensionality (eg,the Bayesian Lasso), a big problem that can occurs in this cases is that the predictive ability of the model should perform well for the individuals used to fit the model, but should not perform well for other individuals, restricting the applicability of the model. This problem can be circumvent by applying some selection methodology to reduce the number of markers (but keeping the markers associated with the phenotypic trait) before adjusting a model to predict GBVs. We revisit a tournament-based strategy between marker samples, where each sample has good statistical properties for estimation: n>p and low collinearity. Such tournaments are elaborated using multiple linear regression to eliminate markers. This method is adapted from previous works found in the literature. We used simulated data as well as real data derived from a study with SNPs in beef cattle. Tournament strategies not only circumvent the p>>n issue, but also minimize spurious associations. For real data, when we selected a few more than 20 markers, we obtained correlations greater than 0.70 between predicted Genomic Breeding Values (GBVs) and phenotypes in validation groups of a cross-validation scheme; and when we selected a larger number of markers (more than 100), the correlations exceeded 0.90, showing the efficiency in identifying relevant SNPs (or segregations) for both GWAS and GWS. In the simulation study, we obtained similar results. MenosAnalysis of a large number of markers is crucial in both genome-wide association studies (GWAS) and genome-wide selection (GWS). However there are two methodological issues that restrict statistical analysis: high dimensionality (p>>n) and multicollinearity. Although there are methodologies that can be used to fit models for data with high dimensionality (eg,the Bayesian Lasso), a big problem that can occurs in this cases is that the predictive ability of the model should perform well for the individuals used to fit the model, but should not perform well for other individuals, restricting the applicability of the model. This problem can be circumvent by applying some selection methodology to reduce the number of markers (but keeping the markers associated with the phenotypic trait) before adjusting a model to predict GBVs. We revisit a tournament-based strategy between marker samples, where each sample has good statistical properties for estimation: n>p and low collinearity. Such tournaments are elaborated using multiple linear regression to eliminate markers. This method is adapted from previous works found in the literature. We used simulated data as well as real data derived from a study with SNPs in beef cattle. Tournament strategies not only circumvent the p>>n issue, but also minimize spurious associations. For real data, when we selected a few more than 20 markers, we obtained correlations greater than 0.70 between predicted Genomic Breeding Values (GBVs) and phenotyp... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genome-wide; Genomic Breeding Values; GWAS; GWS; SNPs. |
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Thesagro: |
Genoma; Genótipo; Marcador Genético; Seleção Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic markers; Genomics; Genotyping. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/199471/1/Tournaments-between-markers-as-a-strategy-correcao.pdf
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Marc: |
LEADER 02769naa a2200349 a 4500
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 857 | |
| 741. |  | SOUZA, J. C. de; RAMOS, A. de A.; SILVA, L. O. C. da; EUCLIDES FILHO, K.; ALENCAR, M. M. de; FERRAZ FILHO, P. B. Tendência genética do peso ao desmame de bezerros da raça Nelore. In: REUNIÃO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 35., 1998, Botucatu-SP. Anais... Botucatu: SBZ, 1998: SBZ, p.231-233. Resumo expandido| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 742. | | FERRAZ FILHO, P. B.; SOUZA, J. C. de; SILVA, L. O. C. da; ALENCAR, M. M. de; EUCLIDES FILHO, K.; FERNANDES, L. Tendência genética dos pesos aos 205 dias de idade de bovinos da raça Nelore no Mato Grosso do Sul. In: ENCONTRO DE BIOLOGIA, 10., 1999, Sao Carlos, SP. Anais... Sao Carlos: UFSCar, 1999. p.60.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 743. | | FERRAZ FILHO, P. B.; SOUZA, J. C. de; SILVA, L. O. C. da; ALENCAR, M. M. de; EUCLIDES FILHO, K.; FERNANDES, L. Tendencias genetica dos pesos aos 205 dias de idade de bovinos da raca Nelore no Mato Grosso do Sul. In: ENCONTRO DE BIOLOGOS DO CRB-1 (SP,MT,MS), 10., 1999, Sao Carlos. Programa e resumos. [S.l.]: CRB-1/UFS Car., [1999?]. p. 60. CNPGC. Resumo 01.10.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 744. | | SCHIAVONE, D. C.; GIGLIOTI, R.; GIGLIOTI, C.; FREITAS, A. R. de; ALENCAR, M. M. de; CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S. Suscetibilidade de bovinos de diferentes grupos genéticos aos helmintos gastrintestinais: resultados preliminares. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUDESTE, 2006, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste, 2006.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 745. | | SCHIAVONE, D. C.; GIGLIOTI, R.; GIGLIOTI, C.; FERREZINI, J.; ALENCAR, M. M. de; CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S. Suscetibilidade à infecção por nematódeos gastrintestinais em bovinos de corte de três grupos genéticos. In: SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA PECUÁRIA SUDESTE, 2., 2007, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste, 2007. (Documentos / Embrapa Pecuária Sudeste; 76).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 746. | | MACHADO, R.; BERGAMASCHI, M. A. C. M.; BARBOSA, R. T.; ALENCAR, M. M. de; MADUREIRA, E. H.; BARBOSA, P. F.; BISINOTTO, R. S.; BINELLI, M. Taxas de prenhez de vacas Nelore após a inseminação artificial em tempo fixo e suplementação com agentes luteotróficos ou antíluteolíticos. Acta Scientiae Veterinarie, v. 33, (supl. 1), p.278, 2005.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 747. | | RIBEIRO, A. R. B.; ALENCAR, M. M. de; FREITAS, A. R. de; REGITANO, L. C. de A.; OLIVEIRA, M. C. de S.; IBELLI, A. M. G.; CHIMENEZ, V. Termorregulação de novilhas Nelore, Senepol X Nelore, e Angus x Nelore submetidas a teste de tolerância ao calor na região Sudeste do Brasil. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Anais...Maringa: SBZ:UEM, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 748. | | VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; MELLO, S. S.; IBELLI, A. M. G.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Teste de associação do hormônio liberador de corticotrofina (CRH) com espessura de gordura em bovinos da raça Canchim In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 55., 2009, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2009. 1 CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 749. | | VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; MELLO, S. S.; IBELLI, A. M. G.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Teste de associação de um SNP do gene IGFBP3 com espessura de gordura subcutânea, área de olho de lombo e peso aos 18 meses em bovinos da raça Canchim. In: WORKSHOP DA REDE GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Fortaleza. Anais... Fortaleza: Rede Genômica Animal, 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 750. | | FERREIRA FILHO, D.; BUENO FILHO, J. S. de S.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; ALVES, R. R.; BAENA, M. M.; MEIRELLES, S. L. C. Tournaments between markers as a strategy to enhance genomic predictions. Plos One, v. 14, n. 7, e0219448, p. 1-17, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 751. | | VERERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; IBELLI, A. M. M.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Um SNP do gene PSMC1 não afeta a variação da espessura de gordura subcutânea, área de olho de lombo e peso aos 18 meses em bovinos da raça Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA SÃO CARLOS, 2009, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação Agropecuária, 2009. p. 25. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 90).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 752. | | VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; SANTIANGO, A. C.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. SNP do gene da tireoglobulina não afeta a espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 7., 2008, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SBMA, 2008. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 753. | | OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; GIGLIOTI, R.; OLIVEIRA, H. N.; CHAGAS, A. C. de S.; BERALDO, M. C. D. Study of the gastrointestinal nematodes resistance in Nelore and crossebreed cattle in the state of São Paulo. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX EUA DE SANIDADE ANIMAL, 2., 2012, Brasília, DF. Anais... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012. p.117-118| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 754. | | TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; PACKER, I. U.; TAMBASCO-STUDART, M.; REGITANO, L. C. de A. A survey of Nellore breed based on nine molecular markers. In: GLOBAL CONFERENCE ON CONSERVATION OF DOMESTIC ANIMAL GENETIC RESOURCES, 15., 2000, Brasilia, DF. Conservation and biotecnology: A balaced appoach for the new millennium - proceedings. Brasilia: Embrapa Genetic Resourches Genetic and Biotecnology, 2000. p. Resumo| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 755. | | BUENO, A. R.; ALENCAR, M. M. de; COSTA, M. J. R. P. da; EGG, M. G.; ANTONIO, G. T.; NEGRÃO, J. A. The stand up and first suckling latency of pure and crossbred nellore calves. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF THE INTERNATIONAL SOCIETY FOR APPLIED ETHOLOGY, 34., 2000 Florianópolis, SC. Florianópolis: UFSC, 2000. p.119.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 756. | | SAMPAIO, A. A. M.; BRITO, R. M. de; CRUZ, G. M. D.; ALENCAR, M. M. de; BARBOSA, P. F.; BARBOSA, R. T. Utilização de NaCl no suplemento como alternativa para viabilizar o sistema de alimentação de bezerros em Creep-feeding. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, MG, v.31, n.1, p.164-172, 2002.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
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| 757. | | GROSSI, D. do; GRUPIONI, N. V.; BUZANSKAS, M. E.; PAZ, C. C. P. de; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; SCHENKEL, F. S.; MUNARI, D. P. Allele substitution effects of IGF1, GH and PIT1 markers on estimated breeding values for weight and reproduction traits in Canchim beef cattle. Livestock Science, v. 180, p. 78-83, oct. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 758. | | MOURA, W. C.; SIQUEIRA, F.; TORRES JUNIOR, R. A. A.; REGITANO, L. C. A.; ALENCAR, M. M. de; SILVA, L. O. C.; FEIJÓ, G. L. D.; CARVALHO, T. D.; MACHADO, C. O. F. Análise das freqüências alélicas e genotípicas do polimorfismo LEP/Kpn2I em bovinos de corte. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008 p. 229| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 759. | | MOURA, W. C.; SIQUEIRA, F.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; SILVA, L. O. C. da; FEIJÓ, G. L. D.; CARVALHO, T. D.; MACHADO, C. O. F. Análise das freqüências alélicas e genotípicas do polimorfismo LEP/Kpn2I em bovinos de corte. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008 p. 229| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 760. | | TAMBASCO, D. D.; PAZ, C. C. P.; TAMBASCO, M. D.; POZZI, A.; ALENCAR, M. M. de; FREITAS, A. R. de; COUTINHO, L. L.; PACKER, I. U.; REGITANO, L. C. de A. Associação de polimorfismos de genes candidatos com características de crescimento em cruzamentos Bos taurus X Bos indicus. In: CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 47., 2001. Águas de Lindóia, SP. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2001.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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