| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
|
Data corrente: |
17/12/2014 |
|
Data da última atualização: |
05/02/2024 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A. |
|
Afiliação: |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
|
Título: |
Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. |
|
Ano de publicação: |
2014 |
|
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London v. 15, S6, p. 1-9, 2014. |
|
DOI: |
10.1186/1471-2164-15-S7-S6 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
Suppl 7. |
|
Conteúdo: |
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim beef cattle. MenosAbstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim bee... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
|
Thesagro: |
Gado de corte. |
|
Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/119863/1/MOKRY.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114007/1/PROCI-2104.00140.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/114252/1/1471-2164-15-S7-S6.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02809naa a2200433 a 4500
001 2006604
005 2024-02-05
008 2014 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1186/1471-2164-15-S7-S6$2DOI
100 1 $aMOKRY, F. B.
245 $aLinkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed.$h[electronic resource]
260 $c2014
500 $aSuppl 7.
520 $aAbstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances ranging from 400 to 500 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. The persistence of LD phase showed higher values at shorter genomic distances, decreasing with the increase in physical distance, varying from 0.96 at a distance of < 2.5 kb to 0.66 at a distance from 400 to 500 kb. A total of 78% of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 1,57 Mb of the total autosomal genome size. Conclusions: This study presented the first high density linkage disequilibrium map and haplotype block structure for a composite beef cattle population, and indicates that the high density SNP panel over 700 k can be used for genomic selection implementation and GWA studies for Canchim beef cattle.
650 $aBeef cattle
650 $aLinkage disequilibrium
650 $aSingle nucleotide polymorphism
650 $aGado de corte
653 $aComposite
653 $aDesequilíbrio de ligação
653 $aGenome wide association studies
653 $aHalplotype block
653 $aLinjage disequilibirium
653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único
700 1 $aBUZANSKAS, M. E.
700 1 $aMUDADU, M. de A.
700 1 $aGROSSI, D. do A.
700 1 $aHIGA, R. H.
700 1 $aVENTURA, R. V.
700 1 $aLIMA, A. O. de
700 1 $aSARGOLZAEI, M.
700 1 $aMEIRELLES, S. L. C.
700 1 $aSCHENKEL, F. S.
700 1 $aSILVA, M. V. G. B.
700 1 $aNICIURA, S. C. M.
700 1 $aALENCAR, M. M. de
700 1 $aMINARI, D. P.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tBMC Genomics, London$gv. 15, S6, p. 1-9, 2014.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 857 | |
| 841. |  | TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L.; VENERONI, G. B.; SOUZA, M. M. DE.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; MEDEIROS, S. R. de; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; FEIJO, G. L. D.; REGITANO, L. C. de A. Novel associations between a SNP in the bovine DDEF1 gene and production traits in Nellore breed. In: ADSA-PSA-AMPA-ASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2011, New Orleans, Louisiana. [Abstracts]. Publicado em: Journal Animal Science, v. 89, (E-Suppl. 1); Journal of Dairy Science, v. 89 (E-Suppl. 1), p.276-277, 2011. Breeding and Genetics: Molecular Genetics. T.33.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
|    |
| 842. | | NASCIMENTO, M. L.; SOUZA, A. R. D. L.; CHAVES, A. S.; CESAR, A. S. M.; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; MOURÃO, G. B.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; ALENCAR, M. M. de; LANNA, D. P. D. Feed efficiency indexes and their relationships with carcass, non-carcass and meat quality traits in Nellore steers. Meat Science, v. 116, p. 78-85, June, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
|  |
| 843. | | SOUZA, M. M.; BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGÓ-JR, W.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; MEDEIROS, S. R. de; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Searching for snp in capn1 gene and its association with shear force in nellore cattle. Archivos Latinoamericano de Producion Animal, v. 19, (supl. 1), p. 233, 2011| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 844. | | SOUZA, M. M.; DONATONI, F. A. B.; TIZIOTO, P. C.; MALOGÓ JUNIOR, W.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; MEDEIROS, S. R. de; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. Searching for snp in capn1 gene and its association with shear force in nellore cattle. Archivos Latinoamericano de Producion Animal, v. 19, p. 233, 2011. (supl. 1). Memorias de la XXII Reunión ALPA, Montevideo, Uruguay. 24?26 octubre de 2011. 1 p. ALPA.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 845. | | REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M.; GASPARIN, G.; MIYATA, M.; AZEVEDO, A. L. S.; COUTINHO, L. L.; TEODORO, R. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; NAKATA, L. C.; ZAROS, L. G.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, A. M.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, M. C. de S. On the search for markers of tick resistance in bovines. Developments in Biologicals, v. 132, p. 225-230, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 846. | | TIZIOTO, P. C.; MEIRELLES, S. L.; VENERONE, G. B.; TULLIO, R. R.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; MEDEIROS, S. R. de; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; REGITANO, L. C. de A. A SNP in ASAP1 gene is associated with meat quality and production traits in Nelore breed. Meat Science, v. 92, n. 4, p. 855-857, dec. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 847. | | BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; BERNARDES, P. A.; SANTOS, D. J. de A.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; MUDADU, M. de A.; ZANELLA, R.; SILVA, M. V. G. B.; LI, C.; SCHENKE, F. S.; MUNARI, D. P. Study on the introgression of beef breeds in canchim cattle using single nucleotide polymorphism markers. Plos one, v. 12, p. 1-16, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 848. | | TIZIOTO, P. C.; DECKER, J. E.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. de A.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A. Genome scan for meat quality traits in Nelore beef cattle. Physiological genomics, v. 45, n. 21, p. 1012-1020, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 849. | | TIZIOTO, P. C.; DECKER, J. E.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. de A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; TORRES, R. A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A. Genome scan for meat quality traits in Nelore beef cattle. Physiological Genomics, v. 45, n. 21, p. 1012-1020, September 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 850. | | TIZIOTO, P. C.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. de A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO. L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Genome scan revealed new pathways related to meat tenderness in Nelore beef cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.08.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 851. | | TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; DECKER, J. E.; GROMBONI, C. F.; MUDADU, M. de A.; SCHNABEL, R. D.; COUTINHO, L. L.; MOURAO, G. B.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M.; REECY, J. M.; NASSU, R. T.; DONATONI, F. A. B.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Detection of quantitative trait loci for mineral content of Nelore longissimus dorsi muscle. Genetics Selection Evolution, v. 47, n. 15, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 852. | | CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; ESTEVES, S. N.; FREITAS, A. R. de; BARROS, A. T. M. de; BRITO, L. G.; VIEIRA, L. C.; HASSUM, I. C.; BRANDAO, H. de M.; CHAVES, F. C. M.; BIZZO, H. R.; MOLENTO, M. B.; KATIKI, L. M.; SILVA, M. F. F. da; CORRÊA, A. G.; FURLAN, M.; FOGLIO, M. A.; RODRIGUES, R. A. F.; CARVALHO, J. E.; REHDER, V. L. G. Pesquisa de compostos bioativos vegetais para o controle de parasitas de ruminantes. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX DE SANIDADE ANIMAL, 1., 2009, Campo Grande. Anais... Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 853. | | CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; ESTEVES, S. N.; FREITAS, A. R. de; BARROS, A. T. M. de; BRITO, L. G.; VIEIRA, L. C.; HASSUM, I. C.; BRANDAO, H. de M.; CHAVES, F. C. M.; BIZZO, H. R.; MOLENTO, M. B.; KATIKI, L. M.; SILVA, M. F. F. da; CORRÊA, A. G.; FURLAN, M.; FOGLIO, M. A.; RODRIGUES, R. A. F.; CARVALHO, J. E.; REHDER, V. L. G. Pesquisa de compostos bioativos vegetais para o controle de parasitas de ruminantes. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX DE SANIDADE ANIMAL, 1., 2009, Campo Grande. Anais... Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 854. | | CHAGAS, A. C. de S.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; ESTEVES, S. N.; FREITAS, A. R. de; BARROS, A. T. M. de; BRITO, L. G.; VIEIRA, L. da S.; HASSUM, I. C.; BRANDÃO, H. de M.; CHAVES, F. C. M.; BIZZO, H. R.; MOLENTO, M. B.; KATIKI, L. M.; SILVA, M. F. F. da; CORRÊA, A. G.; FURLAN, M.; FOGLIO, M. A.; RODRIGUES, R. A. F.; CARVALHO, J. E.; REHDER, V. L. G. Pesquisa de compostos bioativos vegetais para o controle de parasitas de ruminantes. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX DE SANIDADE ANIMAL, 1., 2009, Campo Grande. Anais... Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
| |
| 855. | | MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A. Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle. BMC Genomics, v. 17, n. 235, p. 1-16, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 856. | | MUDADU, M. de A.; PORTO-NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P.; NASCIMENTO, M. L.; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A. Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of Brazilian Nelore beef cattle. BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-16, Mar. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
| |
| 857. | | MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A. Erratum to: 'Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle'. BMC Genomics, v. 17, n. 492, p. 1-2, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| Registros recuperados : 857 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
