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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
01/09/2020 |
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Data da última atualização: |
02/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, P. I. T.; SILVA JUNIOR, O. B. da; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; AGUIAR, A. V. de; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
PEDRO ITALO T. SILVA, UNB; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; LUCILEIDE V. RESENDE; VALDERES APARECIDA DE SOUSA, CNPF; ANANDA VIRGINIA DE AGUIAR, CNPF; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen. |
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Título: |
A 3K Axiom SNP array from a transcriptomewide SNP resource sheds new light on the genetic diversity and structure of the iconic subtropical conifer tree Araucaria angustifolia (Bert.) Kuntze. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 15, n. 8, e0230404, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal. pone.0230404 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
High-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and
wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model
species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation,
SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an
Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of
the species. RNA-seq was a far superior source of SNPs when compared to RAD-seq in terms
of conversion rate to polymorphic markers on the array, likely due to the more efficient complexity reduction of the huge conifer genome. By matching microsatellite and SNP data on the
same set of A. angustifolia individuals, we show that SNPs reflect more precisely the actual
genome-wide patterns of genetic diversity and structure, challenging previous microsatellitebased assessments. Moreover, SNPs corroborated the known major north-south genetic
cline, but allowed a more accurate attribution to regional versus among-population differentiation, indicating the potential to select ancestry-informative markers. The availability of a public,
user-friendly 3K SNP array for A. angustifolia and a catalog of 44,318 SNPs predicted to provide ~29,000 informative SNPs across ~20,000 loci across the genome, will allow tackling still
unsettled questions on its evolutionary history, toward a more comprehensive picture of the origin, past dynamics and future trend of the species? genetic resources. Additionally, but not less
importantly, the SNP array described, unlocks the potential to adopt genomic prediction methods to accelerate the still very timid efforts of systematic tree breeding of A. angustifolia. MenosHigh-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and
wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model
species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation,
SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an
Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of
the species. RNA-seq was a far superior source of SNPs when compared to RAD-seq in terms
of conversion rate to polymorphic markers on the array, likely due to the more efficient complexity reduction of the huge conifer genome. By matching microsatellite and SNP data on the
same set of A. angustifolia individuals, we show that SNPs reflect more precisely the actual
genome-wide patterns of genetic diversity and structure, challenging previous microsatellitebased assessments. Moreover, SNPs corroborated the known major north-south genetic
cline, but allowed a more accurate attribution to regional versus among-population differentiation, indicating the potential to select ancestry-informative markers. The availability of a public,
user-friendly 3K SNP array for A. angustif... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Araucária Angustifólia. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215688/1/journal.pone.0230404.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 270 | |
| 141. |  | RODRIGUES, G.; AGUIAR, A. V. de; WREGE, M. S.; SOARES, M. T. S.; SOUSA, V. A. de; FRITZSONS, E.; MARTINS, K. Application of artificial neural networks for ecological niches modelling in Araucaria angustifolia and Ilex paraguariensis. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 39, (nesp), e201902043, 2019. p. 519. Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 142. | | SANTOS, A. M.; REIS, C. A. F.; AGUIAR, A. V. de; KALIL FILHO, A. N.; CIRIELLO, E.; SILVA, J. A. da; BORGES, C. T. Aspectos silviculturais. In: REIS, C. F.; OLIVEIRA, E. B. de; SANTOS, A. M. (Ed.). Mogno-africano (Khaya spp.): atualidades e perspectivas do cultivo no Brasil. Brasília, DF: Embrapa, 2019. Cap. 6, p. 117-160.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 143. | | FREITAS, M. L. M.; ZANATTO, A. C. S.; SOUSA, V. A. de; AGUIAR, A. V. de; SEBBENN, A. M.; ZIMBACK, L. Banco de germoplasma de pinos: Instituto Florestal de São Paulo, Brasil. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 144. | | BOGNOLA, H. B.; BOGNOLA, I. A.; SOARES, M. T. S.; MATOS, M. de F. da S.; WREGE, M. S.; AGUIAR, A. V. de. Caracterização e classificação de solos sob populações naturais de erva-mate (Ilex paraguariensis St. Hill.) no Centro-Sul brasileiro. In: SIMPÓSIO MINEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 4., 2017, Viçosa, MG. Solos no espaço e tempo: trajetórias e tendências: anais. Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Solos, 2017. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 145. | | PORTELA, R. M.; WREGE, M. S.; SOUSA, V. A. de; FRITZSONS, E.; SOARES, M. T. S.; SANTOS, W. dos; AGUIAR, A. V. de. Condições ambientais e geográficas associadas à conservação genética do louro-pardo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Pantanal. |
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| 146. | | AGUIAR, A. V. de; SHIMIZU, J. Y.; OLIVEIRA, E. B. de; SOUSA, V. A. de; MENDES, C.; GERONASSO, G.; MURARA JUNIOR, M. Cooperative research effort for the production of pine solid wood and resin in Brazil. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 39, (nesp), e201902043, 2019. p. 174. Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 147. | | CORREA, A. J. M.; OLIVEIRA, F. R. de A.; ARAÚJO, M. E. B. de; PEREIRA, A. E. Z. de O.; FREITAS, M. L. M.; AGUIAR, A. V. de. Caracterização da variabilidade genética em progênies de segunda geração de Pinus maximinoi H.E. Moore. Revista RG News, v. 4, n. 3, p. 513, 2018. Edição especial dos Anais do 5º Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, Fortaleza, nov. 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 149. | | ARAÚJO, E. G.; SANTOS, W. dos; FREITAS, M. L. M.; AGUIAR, A. V. de; PANOSSO, A. R.; CAMBUIM, J.; ZARUMA, D. U. G.; MORAES, M. L. T. de. Tamanho efetivo populacional e diversidade genética em progênies de Cordia thricotoma. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. CD-ROM. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 150. | | SILVA, J. R. da; SANTOS, W. dos; MORAES, M. L. T. de; SHIMIZU, J. Y.; SOUSA, V. A. de; AGUIAR, A. V. de. Seleção de procedências e progênies de Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze para produção de madeira e pinhão. Scientia Forestalis, Piracicaba, v. 46, n. 120, dez. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 151. | | AGUIAR, A. V. de; LOPES, M. T. G.; GAIOTTO, F. A.; BITTENCOURT, F.; DERVINIS, C.; MULLER, B. S. F.; SANTOS, R. F. dos; QUISEN, R. C.; KIRST, M. Transcriptome analysis of Euterpe edulis and identification of microsatellite markers. In: IUFRO GENOMICS & FOREST TREE GENETICS, 2016, Arcachon. Book of abstracts. [S.l.]: IUFRO, 2016. p. 90-91.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 152. | | AGUIAR, A. V. de; LOPES, M. T. G.; GAIOTTO, F. A.; BITTENCOURT, F.; DERVINIS, C.; MULLER, B. S. F.; SANTOS, R. F. dos; QUISEN, R. C.; KIRST, M. Transcriptome analysis of Euterpe edulis and identification of microsatellite markers. In: IUFRO GENOMICS & FOREST TREE GENETICS, 2016, Arcachon. Book of abstracts. [S.l.]: IUFRO, 2016. p. 90-91.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 153. | | LAZZAROTTO, M.; RUIZ, H. Z.; LAZZAROTTO, S. R. da S.; SCHNITZLER, E.; MORAES, M. L. T. de; CAMBUIM, J.; SANTOS, W. dos; AGUIAR, A. V. de. Use of thermogravimetry analysis to quantify total volatile fraction in pine resin. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ANÁLISE TÉRMICA E CALORIMETRIA, 9., 2014, Serra Negra. Trabalhos. [S.l.]: ABRATEC, 2014. 4 p. Disponibilizado online. CBRATEC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 155. | | CORREA, A. P. A.; AGUIAR, A. V. de; AOKI, H.; MARTINS, E. G.; SOUSA, V. A. de; CARLETTO, R.; FRITZSONS, E. Variabilidade genética em progênies de segunda geração de Grevillea robusta Cunn. em Avaré-SP. In: EVENTO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA FLORESTAS, 8., 2009, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2009. 1 CD-ROM. (Embrapa Florestas. Documentos, 186). EVINCI. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 156. | | MENDES, L. F. G.; SAUL, F. A. C.; SAUL, R. A. de; AGUIAR, A. V. de; FREITAS, M. L. M.; MORAES, M. L. T. de. Variabilidade genética em um teste de progênies de Dipteryx alata na região leste do Mato Grosso do Sul. In: CONFERÊNCIA IUFRO 2023 AMÉRICA LATINA, 2023, Curitiba. Anais... Colombo: Embrapa Florestas, 2023. p. 66. (Embrapa Florestas. Eventos técnicos & científicos, 2).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 157. | | AGUIAR, A. V. de; DENIZ, L. D.; SARAIVA, A. de A.; SOUSA, V. A. de; FREITAS, M. L. M.; SEBBENN, A. M. Variação genética em banco de germoplasma in vivo de Araucaria angustifolia em Itapeva, SP. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 158. | | SOUZA, T. da S.; SANTOS, W. dos; DENIZ, L. D.; ALVES, A. P. de O.; SHIMIZU, J. Y.; SOUSA, V. A. de; AGUIAR, A. V. de. Variação genética em caracteres quantitativos em Pinus caribaea var. hondurensis. Scientia Forestalis, Piracicaba, v. 45, n. 113, p. 177-185, Mar. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 159. | | SANTOS, P. E. T. dos; AGUIAR, A. V. de; SOUSA, V. A. de; SPALADORE, J.; GRABIAS, J.; SILVA, H. D. da; LAVORANTI, O. J. Variação genética de Pinus taeda em idade juvenil provenientes de povoamentos comerciais. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riquesa, garantir o futuro. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. p. 537-538. CD-ROM. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 160. | | MACHADO, J. A. R.; AGUIAR, A. V. de; SOUZA, B. M.; MARTINS, K.; SOUSA, V. A. de; FREITAS, M. L. M. Viabilidade econômica da conservação genética de Araucaria angutifolia (Bert.) O. Kuntze em teste de procedências e progênies. Revista RG News, v. 4, n. 3, p. 487, 2018. Edição especial dos Anais do 5º Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, Fortaleza, nov. 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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