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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
09/10/2020 |
Data da última atualização: |
09/10/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ/USP; JULIANA AFONSO, UFSCar; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, UFSCar; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; FABIANA BARICHELLO MOKRY, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, NGS Soluções Genômicas, Piracicaba; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. |
DOI: |
https://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. |
Conteúdo: |
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. |
Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão gênica; Regulação da expressão gênica. |
Thesagro: |
Bos Indicus. |
Thesaurus Nal: |
Gene expression regulation. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216548/1/AP-Allele-specific-2020.pdf
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Marc: |
LEADER 02698naa a2200397 a 4500 001 2125395 005 2020-10-09 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0$2DOI 100 1 $aSOUZA, M. M. de 245 $aAllele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.$h[electronic resource] 260 $c2020 500 $aNa publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. 520 $aDifferences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. 650 $aGene expression regulation 650 $aBos Indicus 653 $aAllele-specific expression 653 $aAllelic expression 653 $aExpressão gênica 653 $aRegulação da expressão gênica 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aROCHA, M. I. P. 700 1 $aBRUSCADIN, J. J. 700 1 $aDINIZ, W. J. da S. 700 1 $aCARDOSO, T. F. 700 1 $aCESAR, A. S. M. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aANDRADE, B. G. N. 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aMOKRY, F. B. 700 1 $aTIZIOTO, P. C. 700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. de 700 1 $aNICIURA, S. C. M. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tScientific Reports$gv. 10, n. 1, p. 1-11, 2020.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registros recuperados : 51 | |
41. | | SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; PAN, Z.; ZHOU, H.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; KOLTES, J. E.; REGITANO, L. C. de A. DNA methylation may affect beef tenderness through signal transduction in Bos indicus. Epigenetics & Chromatin, v. 15, n. 1, p. 1-16, 2022. Article number: 15.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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42. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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43. | | AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O.; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; SILVA, J. V. da; BUSS, C. E.; GROMBONI, C. F.; MOURÃO, G. B.; NOGUEIRA, A. R. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differentially expressed genes in genetically divergent Nellore steers for calcium content in the Longissimus dorsi muscle. Journal of Animal Science, v. 94, e-suppl. 5; Journal of Dairy Science, v. 99, e-suppl. 1, p. 427, jul. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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44. | | SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; NEUBERN, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differentially expressed genes in Longissimus dorsi muscle of Nelore steers divergent for average daily gain. In: INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE (IMAS), 2016, Jaboticabal. [Proceedings...]. Jaboticabal: Galoá, 2016. 1Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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45. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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46. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D. da S.; MALHEIROS, J.; ANDRADE, B. G.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G.; COUTINHO, L. L. L; REGITANO, L. C. de A. Differential allelic expression and co-expression revealed oxidative stress-dependent proteolysis as a key regulator of nelore beef tenderness. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 207. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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47. | | AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C, E.; ANDRADE, B. G. N. A.; PIAYA. O.; SILVA, J. V.; LINS, L. A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; FORTES, M. R. S.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Muscle transcriptome analysis reveals genes and metabolic pathways related to mineral concentration in Bos indicus. Scientific Reports, v. 9, n. 12715, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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48. | | LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. Frontiers in Genetics, v. 11, p. 1-14, Mar. 2020. Article 189. Na publicação: Luciana C. A. Regitano.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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49. | | LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; GEISTLINGER, L.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Potential regulatory elements on PCDH7 gene affecting residual feed intake in Nelore cattle. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 23. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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50. | | FANALLI, S. L.; SILVA, B. P. M. DA; GOMES, J. D.; CICONELLO, F. N.; ALMEIDA, V. V. DE; FREITAS, F. A. O.; MOREIRA, G. C. M.; VIGNATO, B. S.; AFONSO, J.; REECY, J.; KOLTES, J.; KOLTES, D.; REGITANO, L. C. de A.; BAILEIRO, J. C. DE C.; FREITAS, L.; COUTINHO, L. L.; FUKUMASU, H.; ALENCAR, S. M. DE; LUCHIARI FILHO, A.; CESAR, A. S. M. Effect of dietary soybean oil inclusion on liver-related transcription factors in a pig model for metabolic diseases. Scientific Reports, v. 12, 10318, jun. 2022. 10 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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51. | | FINALLI, S. L.; SILVA, B. P. M. DA; GOMES, J. D.; ALMEIDA, V. V. DE; FREITAS, F. A. O.; MOREIRA, G. C. M.; VIGNATO, B. S.; AFONSO, J.; REECY, J.; KOLTES, J.; KOLTES, D.; REGITANO, L. C. de A.; GARRICK, D. J.; BALIEIRO, J. C. DE C.; MEIRA, A. N.; FREITAS, L.; COUTINHO, L. L.; FUKUMASU, H.; MOURÃO, G. B.; ALENCAR, S. M. DE; LUCHIARI FILHO, A.; CESAR, A. S. M. Differential gene expression associated with soybean oil level in the diet of pigs. Animals, v. 12, n. 13 1632, jun. 2022. 21 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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