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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
24/03/2021 |
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Data da última atualização: |
03/05/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ALEKCEVETCH, J. C.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; FERREIRA, E. G. C.; SANTOS, A. B. dos; SILVA, D. C. G. da; DIAS, W. P.; BELZILE, F.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. |
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Afiliação: |
JEAN CARLOS ALEKCEVETCH, Universidade Estadual de Londrina, UEL, Londrina, PR.; ANDRÉ LUIZ DE LIMA PASSIANOTTO, University of Guelph, Guelph, Canada.; EVERTON GERALDO CAPOTE FERREIRA, Universidade Estadual de Londrina, UEL, Londrina, PR.; ADRIANA BROMBINI DOS SANTOS, CNPSO; DANIELLE CRISTINA GREGORIO DA SILVA, CNPSO; WALDIR PEREIRA DIAS, CNPSO; FRANÇOIS BELZILE, Université Laval, Quebec City, Quebec , Canada.; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; FRANCISMAR CORREA MARCELINO GUIMARA, CNPSO. |
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Título: |
Genome-wide association study for resistance to the Meloidogyne javanica causing root-knot nematode in soybean. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Theoretical and Applied Genetics, v. 134, p. 777-792, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s00122-020-03723-9 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Artigo de acesso aberto. |
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Conteúdo: |
Key message A locus on chromosome 13, containing multiple TIR-NB-LRR genes and SNPs associated with M. javanica resistance, was identified using a combination of GWAS, resequencing, genetic mapping and expression profiling. Abstract Meloidogyne javanica, a root-knot nematode, is an important problem in soybean-growing areas, leading to severe yield losses. Some accessions have been identified carrying resistance loci to this nematode. In this study, a set of 317 soybean accessions was characterized for resistance to M. javanica. A genome-wide association study was performed using SNPs from genotyping-by-sequencing, and a region of 29.2 kb on chromosome 13 was identified. An analysis of haplotypes showed that SNPs were able to discriminate between susceptible and resistant accessions, with 25 accessions sharing the haplotype associated with resistance. Furthermore, five accessions that exhibited resistance without carrying this haplotype may carry different loci conferring resistance to M. javanica. We also conducted the screening of the SNPs in the USDA soybean germplasm, revealing that several soybean accessions previously reported as resistant to other nematodes also shared the resistance haplotype on chromosome 13. Two SNP-based TaqMan® assays were developed and validated in two panels of soybean cultivars and in biparental populations. In silico analysis of the region associated with resistance identified the occurrence of genes with structural similarity with classical major resistance genes (NBS-LRR genes). Specifically, several nonsynonymous SNPs were observed in Glyma.13g194800 and Glyma.13g194900. The expression profile of these candidate genes demonstrated that the two gene models were up-regulated in the resistance source PI 505,099 after nematode infection. Overall, the SNPs associated with resistance and the genes identified constitute an important tool for introgression of resistance to the root-knot nematode by marker-assisted selection in soybean breeding programs. MenosKey message A locus on chromosome 13, containing multiple TIR-NB-LRR genes and SNPs associated with M. javanica resistance, was identified using a combination of GWAS, resequencing, genetic mapping and expression profiling. Abstract Meloidogyne javanica, a root-knot nematode, is an important problem in soybean-growing areas, leading to severe yield losses. Some accessions have been identified carrying resistance loci to this nematode. In this study, a set of 317 soybean accessions was characterized for resistance to M. javanica. A genome-wide association study was performed using SNPs from genotyping-by-sequencing, and a region of 29.2 kb on chromosome 13 was identified. An analysis of haplotypes showed that SNPs were able to discriminate between susceptible and resistant accessions, with 25 accessions sharing the haplotype associated with resistance. Furthermore, five accessions that exhibited resistance without carrying this haplotype may carry different loci conferring resistance to M. javanica. We also conducted the screening of the SNPs in the USDA soybean germplasm, revealing that several soybean accessions previously reported as resistant to other nematodes also shared the resistance haplotype on chromosome 13. Two SNP-based TaqMan® assays were developed and validated in two panels of soybean cultivars and in biparental populations. In silico analysis of the region associated with resistance identified the occurrence of genes with structural similarity with classical ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Galha; Genoma; Meloidogyne Javanica; Nematóide; Resistência; Soja. |
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Thesaurus Nal: |
Genome-wide association study; Resistance mechanisms; Root-knot nematodes; Soybeans. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/222104/1/Alekcevetch2021-Article-Genome-wideAssociationStudyFor.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/222143/1/Alekcevetch2021-Article-Genome-wideAssociationStudyFor.pdf
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Marc: |
LEADER 03125naa a2200361 a 4500
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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| Registros recuperados : 366 | |
| 161. |  | YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G. da; GILLI, J. R.; FUENTES, F. H.; YANG, Z.; POLIZEL, A.; SATO, H.; WATANABE, S.; BAN, T.; HOMMA, Y.; HARADA, K.; BROGIN, R. L.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Application of DNA markers for identifying genes for resistance to soybean diseases in South America and for evaluating genetic relationships among soybean gene pools. In: SUENAGA, K.; KUDO, H.; OSHIO, S. (Ed.). Comprehensive studies on the development of sustainable soybean production technology in South America. Tsukuba: JIRCAS, 2007. p. 47-53. (JIRCAS Working Report, 51).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 162. | | SILVA, D. C. G.; CAMOLESE, A. C.; BOTELHO, L.; YAMANAKA, N.; PINHEIRO, M.; FRAGA, T. R.; MAIA, M. S.; RINCÃO, M. P.; NOVAES, R. M. L.; ARIAS, C. A. A.; ABDELNOOR, R. V. Avaliação de populações segregantes de soja quanto à resistência à ferrugem asiática. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 179, res. 312.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 163. | | SILVA, D. C. G.; CAMOLESE, A. C.; BOTELHO, L.; YAMANAKA, N.; PINHEIRO, M.; FRAGA, T. R.; MAIA, M. S.; RINCÃO, M. P.; NOVAES, R. M. L.; ARIAS, C. A. A.; ABDELNOOR, R. V. Avaliação de populações segregantes de soja quanto à resistência à ferrugem asiática. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2012. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 164. | | PAIVA, A. A. R.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; YAMANAKA, N.; NAKASHIMA, K.; FARIAS, J. R. B.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; LUGLE, S. M.; BENEVENTI, M. A.; ABDELNOOR, R. V.; POLIZEL, A. M.; NEPOMUCENO, A. L. Análise da indução do promotor rd29A de Arabidopsis thaliana em soja após déficit hídrico através de ensaio histoquímico e fluorimétrico em plantas transformadas com a construção rd29A:GUS. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 46-47. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 165. | | ROLLA, A. A. de P.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; YAMANAKA, N.; NAKASHIMA, K.; FARIAS, J. R. B.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; LUGLE, S. M.; BENEVENTI, M. A.; ABDELNOOR, R. V.; POLIZEL, A. M.; NEPOMUCENO, A. L. Análise da indução do promotor rd29A de Arabidopsis thaliana em soja após déficit hídrico, através de ensaios histoquímico e fluorimétrico em plantas transformadas com a construção rd29A:GUS. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 2., 2006, Londrina. Resumos expandidos. Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 171-174. (Embrapa Soja. Documentos, 276).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 166. | | MORALES, A. M. R.; LEMOS, E. G. M.; WENDLAND, A.; FUGANTI, R.; ALVES, L. C.; MARIN, S. R. R.; BENEVENTI, M. A.; SILVA, J. F. V.; ARIAS, C. A. A.; DIAS, W. P.; ABDELNOOR, R. V.; NEPOMUCENO, A. L. Análise em soja da expressão de genes envolvidos na resistência à Meloidogyne javanica, através da técnica de PCR em tempo real. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 47-48. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 167. | | FUGANTI, R.; MACHADO, M. F. P. S.; SILVA, J. F. V.; ARIAS, C. A. A.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Análise da região promotora do gene Gmhsp 17.6-L em cultivares de soja resistentes e suscetíveis ao nematóide de galhas, Meloidogyne javanica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 317.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 168. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. Bioinformatics analysis applied to genosoja project. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book ... Rio de Janeiro: AB3C, 2009. p. 22. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 169. | | ARIAS, C. A. A.; ABDELNOOR, R. V.; BONATO, A. L. V.; MARIN, S. R. R.; GERALDI, I. O.; CALVO, E. S.; ALMEIDA, L. A. de; KIIHL, R. A. de S. Caracterização do germoplasma ativo de soja com marcadores moleculares tipo AFLP e microssatélites (04.2000.322.03). In: HOFFMANN-CAMPO, C.B.; SARAIVA, O.F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2000: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2001. p. 36-38. (Embrapa Soja. Documentos, 164).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 170. | | NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A brazilian soybean database. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts book... Ouro Preto: AB3C, 2010. p. 120. X-Meeting 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 172. | | BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VASCONCELOS, E. V. V.; FONSÊCA, A.; PEDROSA-HARAND, A.; OLIVEIRA, A. R. S.; BELARMINO, L. C.; AMORIM, L. L. B.; ABDELNOOR, R. V.; PANDOLFI, V.; MELO, N. F. Citogenética comparativa em leguminosas cultivadas. In: CONGRESO ARGENTINO DE GENÉTICA, 40., SIMPÓSIO LATINOAMERICANO DE CITOGENÉTICA Y EVOLUCIÓN, 3., JORNADAS SAG-NEA, 1., 2011, Buenos Aires. Journal of Basic & Apllied Genetics, v. 51, Supp., p. S19-20, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 174. | | SANTOS, J. V. M.; JOSHI, T.; KHAN, S. M.; LIU, Y.; WANG, J.; VUONG, T. D.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; OLIVEIRA, M. F. de; VALLIYODAN, B.; XU, D.; NGUYEN, H. T.; ABDELNOOR, R. V. Copy-number variations reveal divergence among brazilian soybean cultivars. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 7.; MERCOSOJA, 2015, Florianópolis. Tecnologia e mercado global: perspectivas para soja: anais. Londrina: Embrapa Soja, 2015. 3 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 175. | | ARIAS, C. A. A.; TOLEDO, J. F. F. de; ALMEIDA, L. A. de; PIPOLO, A. E.; CARNEIRO, G. E. de S.; ABDELNOOR, R. V.; RACHID, B. F.; RIBEIRO, A. S.; NEPOMUCENO, A. L. Melhoramento e biotecnologia: ferrugem da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 97-101. Organizado por Antonio Ricardo Panizzi, Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 176. | | MORALES, A. M. A. P.; PEREIRA, A. A.; MURAKAMI, A. Y.; ROCHA, L. K. V.; STOLF, R.; BARBOSA, J. F.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; BOREM, A.; LOUREIRO, M. E. Construção de biblioteca full length de soja inoculada com o fungo Phakopsora pachyrhizi. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para a produção de alimentos e bioenergia: [anais...]. Fortaleza: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. Seção trabalhos, 15.pdf. 1 CD-ROM. CBFV 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 177. | | ROLLA, A. A. P.; KANAMORI, N.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARIN, S. R. R.; ENGLES, C.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Molecular characterization of genetically modified soybean lines developed aiming to obtain drought tolerance. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 3., 2011, Ilhéus. [Abstracts...]. [Ribeirão Preto]: SBG, 2011. 1 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 178. | | SILVA, D. C. G.; YAMANAKA, N.; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; DI MAURO, A. O.; PEREIRA, S. S.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. L.; ABDELNOOR, R. V. Molecular mapping of two loci that confer resistance to asian rust in soybean. Theoretical and Applied Genetics, v. 117, n. 1, p. 57-63, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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| 179. | | SILVA, D. C. G. da; YAMANAKA, N.; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; DI MAURO, A. O.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; PEREIRA, S. dos S.; ABDELNOOR, R. V. Mapeamento do gene Rpp2 que confere resistência à ferrugem asiática da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 45. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 180. | | SILVA, D. C. G. da; YAMANAKA, N.; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; DI MAURO, A. O.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; PEREIRA, S. dos S.; ABDELNOOR, R. V. Mapeamento do gene Rpp4 que confere resistência à ferrugem asiática da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 45. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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