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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
28/09/2022 |
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Data da última atualização: |
28/09/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ABREU, V. A. C. de; ALVES, R. M.; SILVA, S. R.; FERRO, J. A.; DOMINGUES, D. S.; MIRANDA, V. F. O.; VARANI, A. M. |
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Afiliação: |
VINICIUS A. C. DE ABREU, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ; RAFAEL MOYSES ALVES, CPATU; SAURA R. SILVA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; JESUS A. FERRO, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; DOUGLAS S. DOMINGUES, ESCOLA SUPERIOR DE AGRICULTURA LUIZ DE QUEIROZ; VITOR F.O. MIRANDA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; ALESSANDRO M. VARANI, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA. |
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Título: |
Comparative analyses of Theobroma cacao and T. grandiflorum mitogenomes reveal conserved gene content embedded within complex and plastic structures. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Gene, v. 849, 146904, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.gene.2022.146904 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Unlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were detected. Phylogenomics analyses indicate Theobroma spp. are nested in Malvaceae family. The main mtDNA differences are related to distinct structural rearrangements and exclusive regions associated with relics of Transposable Elements, supporting the hypothesis of dynamic mitochondrial genome maintenance and divergent evolutionary paths and pressures after species differentiation. MenosUnlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Genoma; Horticultura; Malvaceae; Theobroma Cacao; Theobroma Grandiflorum. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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520 $aUnlike the chloroplast genomes (ptDNA), the plant mitochondrial genomes (mtDNA) are much more plastic in structure and size but maintain a conserved and essential gene set related to oxidative phosphorylation. Moreover, the plant mitochondrial genes and mtDNA are good markers for phylogenetic, evolutive, and comparative analyses. The two most known species in Theobroma L. (Malvaceae s.l.) genus are T. cacao, and T. grandiflorum. Besides the economic value, both species also show considerable biotechnology potential due to their other derived products, thus, aggregating additional economic value for the agroindustry. Here, we assembled and compared the mtDNA of Theobroma cacao and T. grandiflorum to generate a new genomics resource and unravel evolutionary trends. Graph-based analyses revealed that both mtDNA exhibit multiple alternative arrangements, confirming the dynamism commonly observed in plant mtDNA. The disentangled assembly graph revealed potential predominant circular molecules. The master circle molecules span 543,794 bp for T. cacao and 501,598 bp for T. grandiflorum, showing 98.9% of average sequence identity. Both mtDNA contains the same set of 39 plant mitochondrial genes, commonly found in other rosid mitogenomes. The main features are a duplicated copy of atp4, the absence of rpl6, rps2, rps8, and rps11, and the presence of two chimeric open-reading frames. Moreover, we detected few ptDNA integrations mainly represented by tRNAs, and no viral sequences were detected. Phylogenomics analyses indicate Theobroma spp. are nested in Malvaceae family. The main mtDNA differences are related to distinct structural rearrangements and exclusive regions associated with relics of Transposable Elements, supporting the hypothesis of dynamic mitochondrial genome maintenance and divergent evolutionary paths and pressures after species differentiation.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 40 | |
| 1. |  | SOUSA, H. N.; BAIOCCHI, M. V.; COHEN, K. O.; AMORIM, E. P.; PAES, N. S.; SILVA, S. O. Atividade antioxidante em genótipos de bananeira visando subsidiar programas de melhoramento com foco em funcionalidade. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 122. p.172.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 2. | | BAIOCCHI, M. V.; SOUSA, H. N.; COHEN, K. O.; AMORIM, E. P.; PAES, N. S.; SILVA, S. O. Avaliação de compostos fenólicos em genótipos de bananeira visando subsidiar programas de melhoramento com foco em funcionalidade. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 123. p.173.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 3. | | COHEN, K. de O.; AMORIM, E. P.; PAES, N. S.; SILVA, S. de O. e; SOUSA, H. N. e. Quantificação de teor de polifenóis totais em genótipos de banana. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória. Frutas para todos: estratégias, tecnologias e visão sustentável: anais. Vitória: INCAPER: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 4. | | COHEN, K. de O.; AMORIM, E. P.; PAES, N. S.; SILVA, S. de O. e; SOUSA, H. N. e. Quantificação de teor de polifenóis totais em genótipos de banana. IN: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória, ES. Anais... Caçador, SC: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008. 1 DVD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | SOUSA, H. N.; BAIOCCHI, M. V.; CHISTÉ, R. C.; COHEN, K. O.; PAES, N. S.; OLIVEIRA, M. S. P. Compostos nutricionais e funcionais da cultivar de açaizeiro BRS-Pará. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 124.. p.174.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | AMORIM, E. P.; COHEN, K. de O.; AMORIM, V. B. de O.; PAES, N. S.; SOUSA, H. N. e; SEREJO, J. A. dos S. Caracterização de acessos de bananeira com base na concentração de compostos funcionais. Ciência Rural, Santa Maria, v. 41, n. 4, p. 592-598, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | COHEN, K. de O.; AMORIM, E. P.; GUIMARAES, T. G.; PAES, N. S.; KISHI, S. M.; BAIOCCHI, M. DO V.; SOUSA, H. N. E. Avaliação física e físico-química de hídridos de bananeira em dois ciclos de produção. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GASTRONOMIA, 3.; SIMPÓSIO REGIONAL DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA, 1., 2010, Brasília, DF. Alimentos: da alquimia à ciência: anais. Brasília, DF: UNB: CET; SBCTA, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 8. | | COHEN, K. de O.; TUPINAMBA, D. D.; COSTA, A. M.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G.; SOUSA, H. N. e; BAIOCCHI, M. do V. Compostos fenólicos e vitamina C na polpa extraída dos frutos do híbrido de maracujazeiro azedo BRS Ouro Vermelho. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 5 p. (Embrapa Cerrados. Comunicado Técnico, 156).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 9. | | COHEN, K. de O.; COSTA, A. M.; TUPINAMBA, D. D.; SOUSA, H. N.; PAES, N. S.; BRANDÃO, L. S.; VICENTINI, G. C. Compostos funcionais e atividade antioxidante da passiflora tenuifila. In: SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE CIÊNCIA DE ALIMENTOS, 8., 2009, Campinas. Anais: ciência de alimentos no mundo globalizado: novos desafios, novas perspectivas. Campinas: Unicamp, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 10. | | COHEN, K. de O.; COSTA, A. M.; TUPINAMBÁ, D. D.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G.; BAIOCCHI, M. do V.; SOUSA, H. N. e. Compostos funcionais na polpa dos frutos do híbrido de maracujazeiro-azedo BRS Sol do Cerrado. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. (Embrapa Cerrados. Comunicado Técnico, 157).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 11. | | COHEN, K. de O.; COSTA, A. M.; GUIMARÃES, T. G.; AMORIM, E. P.; SILVA, S. de O. e; BAIOCCHI, M. do V.; SOUSA, H. N. e. Cultivares de banana no bioma cerrado: características físicas e físico-químicas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM. pdf 2612| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 12. | | COHEN, K. de O.; COSTA, A. M.; GUIMARAES, T. G.; AMORIM, E. P.; SILVA, S. de O. e; BAIOCCHI, M. do V.; SOUSA, H. N. e. Cultivares de banana no bioma cerrado: características físicas e físico-químicas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari, ES. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: SBMP: Incaper, 2009. (Incaper. Documentos, 11). 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 13. | | COHEN, K. de O.; AMORIM, E. P.; PAES, N. S.; SILVA, S. de O. e.; BAIOCCHI, M. do V.; SOUSA, H. N. e. Vitamina C, carotenóides, compostos fenólicos e atividade antioxidante em genótipos de banana. Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, 2009. 4 p. (Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical. Comunicado técnico, 129).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | COHEN, K. de O.; AMORIM, E. P.; PAES, N. S.; SILVA, S. de O. e; BAIOCCHI, M. do V.; SOUSA, H. N. e. Vitamina C, carotenóides, compostos fenólicos e atividade antioxidante em genótipos de banana. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari, ES. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: SBMP: Incaper, 2009. (Incaper. Documentos, 11). 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 15. | | BALOCCHI, M. V.; SOUSA, H. N.; COHEN, K. O.; COSTA, A. M.; TUPINAMBÁ, D. D.; BRANDÃO, L. S.; FARIA, D. A.; SANTOS, A. L. B.; JUNQUEIRA, N. T. V. Estudo do potencial funcional do híbrido BRS Ouro Vermelho (Passiflora edulis) em diferentes sistemas de cultivo. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 16. | | BAIOCCHI, M. V.; SOUSA, H. N.; COHEN, K. O.; COSTA, A. M.; TUPINAMBÁ, D. D.; BRANDÃO, L. S.; FARIA, D. A.; SANTOS, A. L. B.; JUNQUEIRA, N. T. V. Estudo do potencial funcional do hidrido BRS Ouro Vermelho (Passiflora edulis) em diferentes sistemas de cultivo. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 136. p. 186.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | COSTA, A. M.; CAMPOS, A. V. S.; COHEN, K. de O.; TUPINAMBÁ, D. D.; PAES, N. S.; SOUSA, H. N. e; SANTOS, A. L. de B.; SILVA, K. N. da; FARIA, D. A.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G. Características físico-química-funcional da polpa de Passiflora setacea recém processada e congelada. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 folder.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 18. | | COSTA, A. M.; CAMPOS, A. V. S.; COHEN, K. de O.; TUPINAMBA, D. D.; PAES, N. S.; SOUSA, H. N. e; SANTOS, A. L. de B.; SILVA, K. N. da; FARIA, D. A.; JUNQUEIRA, N. T. V.; FALEIRO, F. G. Características físico-química-funcional da polpa de passiflora setacea recém processada e congelada. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 7 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 19. | | COHEN, K. de O.; PAES, N. S.; COSTA, A. M.; TUPINAMBÁ, D. D.; SOUSA, H. N. e; CAMPOS, A. V. S.; SANTOS, A. L. B.; SILVA, K. N. da; FALEIRO, F. G.; FARIA, D. A. Características físico-químicas e compostos funcionais da polpa da Passiflora alata. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 20. | | COHEN, K. de O.; PAES, N. S.; COSTA, A. M.; TUPINAMBÁ, D. D.; SOUSA, H. N. e; CAMPOS, A. V. S.; SANTOS, A. L. B.; SILVA, K. N. da; FALEIRO, F. G.; FARIA, D. A. Características físico-químicas e compostos funcionais da polpa da Passiflora alata. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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