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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
Data corrente: |
02/12/2016 |
Data da última atualização: |
08/02/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
COSTA, E. A.; ANONI, C. O.; MANCINI, M. C.; SANTOS, F. R. C.; MARCONI, T. G.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; PERECIN, D.; MOLINARI, M.; XAVIER, M. A.; PINTO, L. R.; SOUZA, A. P.; GARCIA, A. A. F. |
Afiliação: |
UNICAMP; ESALQ; UNICAMP; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; ESALQ; Universidade Federal de São Carlos; MARIA MARTA PASTINA, CNPMS; UNESP; ESALQ; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; UNICAMP; ESALQ. |
Título: |
QTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Euphytica, Dordrecht, v. 211, n. 1, p. 1-16, 2016. |
DOI: |
10.1007/s10681-016-1746-7 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Quantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation ratio of each mapped QTL (1:2:1, 3:1 or 1:1). Our results provide information about the genetic organization of the sugarcane genome and constitute the first step toward a better dissection of complex traits. MenosQuantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Melhroramento. |
Thesagro: |
Cana de açúcar; Marcador genético. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02608naa a2200313 a 4500 001 2057827 005 2017-02-08 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1007/s10681-016-1746-7$2DOI 100 1 $aCOSTA, E. A. 245 $aQTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aQuantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation ratio of each mapped QTL (1:2:1, 3:1 or 1:1). Our results provide information about the genetic organization of the sugarcane genome and constitute the first step toward a better dissection of complex traits. 650 $aCana de açúcar 650 $aMarcador genético 653 $aMelhroramento 700 1 $aANONI, C. O. 700 1 $aMANCINI, M. C. 700 1 $aSANTOS, F. R. C. 700 1 $aMARCONI, T. G. 700 1 $aGAZAFFI, R. 700 1 $aPASTINA, M. M. 700 1 $aPERECIN, D. 700 1 $aMOLINARI, M. 700 1 $aXAVIER, M. A. 700 1 $aPINTO, L. R. 700 1 $aSOUZA, A. P. 700 1 $aGARCIA, A. A. F. 773 $tEuphytica, Dordrecht$gv. 211, n. 1, p. 1-16, 2016.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Registros recuperados : 21 | |
1. |  | BATISTA, N. F. F.; RAGAGNIN, V. A.; HACK, E.; GORGEN, A. L.; MARTINS, E. de S. Atributos químicos de um latossolo vermelho amarelo sob cultivo de soja e sorgo submetido ao uso de basalto moído. In.: CONGRESSO BRASILEIRO DE ROCHAGEM, 3., 2016, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado; Brasília, DF: Embrapa Cerrados; Assis, SP: Triunfal, 2017. p. 241-247.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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2. |  | BATISTA, N. T. F.; RAGAGNIN, V. A.; HACK, E.; GORGEN, A. L.; MARTINS, E. de S. Protocolo para avaliação da eficiência agronômica de remineralizadores de solo - uma proposta da Embrapa. In.: CONGRESSO BRASILEIRO DE ROCHAGEM, 3., 2016, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado; Brasília, DF: Embrapa Cerrados; Assis, SP: Triunfal, 2017. p. 219-237.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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3. |  | CIVARDI, E. A.; GÖRGEN, C. A.; SILVEIRA NETO, A. N.; RAGAGNIN, V. A.; LOBO JUNIOR, M. Relações entre incidência do mofo branco, densidade de inóculo de Sclerotinia sclerotiorum, compactação do solo, aplicação de Trichoderma harzianum '1306' e produtividade da soja. Tropical Plant Pathology, v. 33, p. S 188, ago. 2008. Suplemento. ref. EPI-062. Edição dos Resumos do XLI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Belo Horizonte, MG, ago. 2008.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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5. |  | CIVARDI, E. A.; GÖRGEN, C. A.; CUNHA, M. G. da; RAGAGNIN, V. A.; LOBO JUNIOR, M. Influência da densidade de cultivo de Brachiaria ruziziensis sobre a germinação de apotécios de Sclerotinia sclerotiorum. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 6., 2012, Santo Antônio de Goiás. Resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2012. p. 83. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 275).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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6. |  | FALEIRO, F. G.; RAGAGNIN, V. A.; CRUZ, C. D.; SOUZA, T. L. P. O.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. Diversidade genética de 154 linhagens endogâmicas recombinantes de feijoeiro-comum com base na resistência a doenças e características moleculares, morfológicas e quantitativas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 36., 2003, Uberlândia. Manejo integrado de doenças de plantas. Uberlândia: Universidade Federal de Uberlândia, 2003. 1 CD-ROM.Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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8. |  | FALEIRO, F. G.; RAGAGNIN, V. A.; CRUZ, C. D.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. Seleção de linhagens de feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L.) com base na produção, tipo de grão, hábito de crescimento e resistência à ferrugem, antracnose e mancha-angular. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 36., 2003, Uberlândia. Manejo integrado de doenças de plantas. Uberlândia: Universidade Federal de Uberlândia, 2003. 1 CD-ROM.Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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9. |  | CIVARDI, E. A.; GÖRGEN, C. A.; RAGAGNIN, V. A.; SILVEIRA NETO, A. N. da; CARNEIRO, L. C.; LOBO JUNIOR, M. Management of Congo grass cover crop affects timing of Sclerotinia sclerotiorum carpogenic germination and decay of soybean stem rot. Tropical Plant Pathology, v. 44, n. 1, p. 94-103, Feb. 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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10. |  | GÖRGEN, C. A.; LOBO JUNIOR, M.; CARNEIRO, L. C.; SILVEIRA NETO, A. N.; RAGAGNIN, V. A.; FREITAS, D. S. Palhada de Brachiaria ruziziensis e Trichoderma harzianum no controle do mofo branco na cultura da soja. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, p. S157, ago. 2009. Suplemento, ref. 551. Edição dos Resumos do XLII do Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, RJ, ago. 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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11. |  | GÖRGEN, C. A.; CIVARDI, E. A.; RAGAGNIN, V. A.; SILVEIRA NETO, A. N. da; CARNEIRO, L. C.; LOBO JUNIOR, M. Redução do inóculo inicial de Sclerotinia sclerotiorum em soja cultivada após uso do sistema Santa Fé. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 10, p. 1102-1108, out. 2010.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Unidades Centrais. |
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12. |  | GORGEN, C. A.; BIZÃO, A. A.; RAGAGNIN, V. A.; MARTINS, E. de S.; BATISTA, N. T. F.; SILVA, F. S.; HACK, E. Arranjo produtivo local de base mineral no Sudoeste Goiano: uso de rochas regionais na agricultura. IN: FERNANDES, F. R. C.; ENRÍQUEZ, M. A. R. da S.; ALAMINO, R. de C. J. (Ed.). Recursos minerais e sustentabilidade territorial. Rio de Janeiro: CETEM/MCTI, 2011. 2. v. p. 45-68Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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13. |  | FALEIRO, F. G.; SCHUSTER, I.; RAGAGNIN, V. A.; CRUZ, C. D.; CORRÊA, R. X.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Caracterização de linhagens endogâmicas recombinantes e mapeamento de locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 38, n. 12, p. 1387-1397, dez. 2003 Título em inglês: Characterization of recombinant inbred lines and QTL mapping associated to the cycle and yield of common bean.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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14. |  | CORRÊA, C. A.; SILVEIRA, I. F. G.; CIVARDI, E. A.; SILVEIRA NETO, A. N.; RAGAGNIN, V.; ROCHA, M. R. da; LOBO JUNIOR, M. Populações de Pratylenchus brachyurus em raízes de soja cultivada após adensamento de Brachiaria ruziziensis. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 4., 2010, Santo Antônio de Goiás. Resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2010. p. 22. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 257).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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15. |  | SOUZA, T. L. P. O.; RAGAGNIN, V. A.; DESSAUNE, S. N.; SANGLARD, D. A.; CARNEIRO, J. E. S.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. DNA marker-assisted selection to pyramid rust resistance genes in "carioca" seeded common bean lines. Euphytica, Wageningen, v. 199, n. 3, p. 303-316, Oct. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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16. |  | SOUZA, T. L. P. O.; RAGAGNIN, V. A.; DESSAUNE, S. N.; SANGLARD, D. A.; CARNEIRO, J. E. S.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. DNA marker-assisted selection to pyramid rust resistance genes in "carioca" seeded common bean lines. Euphytica, Wageningen, v. 199, n. 3, p. 303-316, Oct. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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17. |  | CIVARDI, E. A.; GÖRGEN, C. A.; LOBO JUNIOR, M.; BROD, E.; GODOY, E. R.; SILVEIRA NETO, A. N. da; CARNEIRO, L. C.; RAGAGNIN, V. A. Efeito da densidade de Brachiaria ruziziensis na germinação carpogênica de escleródios em área naturalmente infestada por Sclerotinia sclerotiorum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5., Goiânia. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2009. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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18. |  | CIVARDI, E. A.; GÖRGEN, C. A.; LOBO JUNIOR, M.; BROD, E.; GODOY, E. R.; SILVEIRA NETO, A. N. da; CARNEIRO, L. C.; RAGAGNIN, V. A. Efeito da densidade de Brachiaria ruziziensis na germinação carpogênica de escleródios em área naturalmente infestada por Sclerotinia sclerotiorum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5., Goiânia. Soja: fator de desenvolvimento do Cone Sul: resumos. Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 191. Resumo 344.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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19. |  | BIZÃO, A. A.; HACK, E.; BATISTA, N. T. F.; GORGEN, C. A.; RAGAGNIN, V. A.; MARTINS, E. de S.; MORAIS, L. F. de; MARQUES, A. L. G.; CARVALHO, R. dos S.; ASSIS, L. B. de. Avaliação econômica do uso da rochagem em lavoura comercial no Sudoeste Goiano In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ROCHAGEM, 2., 2013, Poços de Caldas. Anais... Visconde do Rio Branco: Suprema, 2013. p. 212-219Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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20. |  | MELO, C. L. P. de; RAGAGNIN, V. A.; ARRUDA, K. M. A.; BARROS, E. G. de; CARNEIRO, P. C. S.; PAULA JÚNIOR, T. J. de; MOREIRA, M. A.; CARNEIRO, J. E. de S. Caracterização fenótípica e molecular de genitores de feijão em tipo carioca quanto à resistência a patógenos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 4, p. 495-504, abr. 2008.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Unidades Centrais. |
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