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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
23/01/2006 |
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Data da última atualização: |
29/05/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MOTA, F. F. da; GOMES, E. A.; PAIVA, E.; SELDIN, L. |
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Afiliação: |
ELIANE APARECIDA GOMES, CNPMS; EMBRAPA-CNPMS. |
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Título: |
Assessment of the diversity of Paenibacillus species in environmental samples by a novel rpoB-based PCR-DGGE method. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
FEMS Microbiology Ecology, Amsterdam, v. 53, n. 2, p. 317-328, 2005. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
A specific PCR system based on the gene encoding the RNA polymerase beta subunit, rpoB, was developed for amplification and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) fingerprinting of Paenibacillus communities in environmental samples. This gene has been previously proven to be a powerful identification tool for the discrimination of species within the genus Paenibacillus and could avoid the limitations of 16S rRNA-based phylogenetic analysis. Initially, the PCR system based on universal rpoB primers were used to amplify DNAs of different Paenibacillus species. A new reverse primer (rpoBPAEN) was further designed based on an insertion of six nucleotides in the Paenibacillus sequences analyzed. This semi-nested PCR system was evaluated for specificity using DNAs isolated from 27 Paenibacillus species belonging to different 16S rRNA-based phylogenetic groups and seven non-Paenibacillus species. The non-Paenibacillus species were not amplified using this PCR approach and one group of Paenibacillus species consisting of strains without the six-base insert also were not amplified; these latter strains were found to be distinct based on 16S rRNA gene phylogeny. In addition, a clone library was generated from the rpoB fragments amplified from two Brazilian soil types (Cerrado and Forest) and all 62 clones sequenced were closely related to one of the 22 sequences from Paenibacillus previously obtained in this study. To assess the diversity of Paenibacillus species in Cerrado and Forest soils and in the rhizosphere of different cultivars of maize, a PCR-DGGE system was used. The Paenibacillus DGGE fingerprints showed a clear distinction between communities of Paenibacillus in Forest and Cerrado soils and rhizosphere samples clustered along Cerrado soil. Profiles of cultivars CMS22 and CMS36 clustered together, with only 53% of similarity to CMS11 and CMS04. The results presented here demonstrate the potential use of the rpoB-based Paenibacillus-specific PCR-DGGE method for studying the diversity of Paenibacillus populations in natural environments. MenosA specific PCR system based on the gene encoding the RNA polymerase beta subunit, rpoB, was developed for amplification and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) fingerprinting of Paenibacillus communities in environmental samples. This gene has been previously proven to be a powerful identification tool for the discrimination of species within the genus Paenibacillus and could avoid the limitations of 16S rRNA-based phylogenetic analysis. Initially, the PCR system based on universal rpoB primers were used to amplify DNAs of different Paenibacillus species. A new reverse primer (rpoBPAEN) was further designed based on an insertion of six nucleotides in the Paenibacillus sequences analyzed. This semi-nested PCR system was evaluated for specificity using DNAs isolated from 27 Paenibacillus species belonging to different 16S rRNA-based phylogenetic groups and seven non-Paenibacillus species. The non-Paenibacillus species were not amplified using this PCR approach and one group of Paenibacillus species consisting of strains without the six-base insert also were not amplified; these latter strains were found to be distinct based on 16S rRNA gene phylogeny. In addition, a clone library was generated from the rpoB fragments amplified from two Brazilian soil types (Cerrado and Forest) and all 62 clones sequenced were closely related to one of the 22 sequences from Paenibacillus previously obtained in this study. To assess the diversity of Paenibacillus species in Cerrado an... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cerrado soil; Diversity; Forest soil; Maize rhizosphere; PCR-DGGE; RpoB. |
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Thesaurus Nal: |
Paenibacillus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 19 | |
| 2. |  | BORÉM, A.; GUIMARÃES, E. P.; FEDERIZZI, L. C.; TOLEDO, J. F. F. de. From Mendel to genomics, plant breeding milestones: a review. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Londrina, v. 2, n. 4, p. 649-658, dec. 2002.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 3. | | MORALES, A. M. A. P.; BORÉM, A.; GRAHAM, M.; ABDELNOOR, R. V. Advances on molecular studies of the interaction soybean - Asian rust. Crop Breeding Applied Biotechnology, Viçosa, MG, v. 12, n. 1, p. 1-7, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | MORALES, A.; O'ROURKE, J. A.; BORÉM, A.; ABDELNOOR, R. V.; PEDLEY, K. F.; WHITHAM, S. A.; GRAHAM, M. A. Combining transcriptome analyses and virus induced gene silencing to identify genes in the Rpp4-mediated asian soybean rust resistance Pathway. In: MOLECULAR & CELLULAR BIOLOGY OF TE SOYBEAN, 14., Des Moines, 2012. [Proceedings...]. Des Moines: Iowa State University, 2012. p. 137.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 6. | | MORALES, A. M. A. P.; BOREM, A.; LOUREIRO, M.; MOREIRA, R. S.; ABDELNOOR, R. V.; GRAHAM, M. A. Expression analyses of candidate resistance genes in the Rpp4 Asian Soybean Rust resistance locus. In: ANNUAL NATIONAL OUTREACH SCHOLARSHIP CONFERENCE, 11., 2010, Raleigh. Poster... Eugene: University of Oregon, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | MORALES, A. M. A.; PEREIRA, A. A.; BRITO JUNIOR, S. L.; ROMERO, C. C.; BORÉM, A.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; GRAHAM, M. A.; ABDELNOOR, R. V. Caracterização molecular e microscópica da resistência à Ferrugem asiática da soja mediada pelo gene Rpp4. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 12, res. 2.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 8. | | MORALES, A. M. A. P.; PEREIRA, A. A.; BRITO JUNIOR, S. L.; ROMERO, C. C.; BORÉM, A.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; GRAHAM, M. A.; ABDELNOOR, R. V. Caracterização molecular e microscópica da resistência à Ferrugem asiática da soja mediada pelo gene RPP4. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2012. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | BRITO JÚNIOR, S. L.; MARCELINO, F. C.; POLIZEL, A. L.; STOLF, R.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; BORÉM, A.; ABDELNOOR, R. V. Análise da expressão de genes relacionados a estresses em soja em resposta ao fungo Phakopsora pachyrhizi. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, p. S 202, ago. 2008. Suplemento. Edição dos Resumos apresentado no XLI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Belo Horizonte, ago., 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 10. | | MORALES, A.; PEREIRA, A. A.; CATELLI, L.; BORÉM, A.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; OLIVEIRA, M. C. N. de; MICHELLE A. GRAHAM; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; ABDELNOOR, R. V. Phenolic compounds accumulation in soybean plants in response to Phakopsora pachyrhizi. In: MOLECULAR & CELLULAR BIOLOGY OF TE SOYBEAN, 14., Des Moines, 2012. [Proceedings...]. Des Moines: Iowa State University, 2012. p. 136.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 11. | | MORALES, A. M. A. P.; PEREIRA, A. A.; LINCOLN, L.; FREEMAN, B. C.; BOREM, A.; ABDELNOOR, R. V.; GRAHAM, M. A. Transcriptome Analysis of Rpp4 Silenced Plants via virus-induced gene silencing (VIGS). In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 3., 2011, Ilhéus. [Abstracts...]. [Ribeirão Preto]: SBG, 2011. 1 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 12. | | NAKAYAMA, T. J.; RODRIGUES, F. A.; NEUMAIER, N.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; FARIAS, J. R. B.; OLIVEIRA, M. C. N. de; BORÉM, A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; EMYGDIO, B. M.; NEPOMUCENO, A. L. Reference genes for quantitative real-time polymerase chain reaction studies in soybean plants under hypoxic conditions. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 13, n. 1, p. 860-871, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Soja. |
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| 14. | | FERREIRA, A. J.; FRAGOSO, R. R.; LOURENÇO, I. T.; MEZZALIRA, I.; DIAS, W. P.; CARNEIRO, R. M. D. G.; NEPOMUCENO, A. L.; BORÉM, A.; GROSSI-DE-SA, M. F. Validação da estratégia de silenciamento gênico visando indução de resistência a Meloidogyne incognita e Heterodera glycines em soja GM. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2012. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Soja. |
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| 15. | | FERREIRA, A. J.; FRAGOSO, R. R.; LOURENÇO, I. T.; MEZZALIRA, I.; DIAS, W. P.; CARNEIRO, R. M. D. G.; NEPOMUCENO, A. L.; BORÉM, A.; GROSSI-DE-SA, M. F. Validação da estratégia de silenciamento gênico visando indução de resistência a Meloidogyne incognita e Heterodera glycines em soja GM. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 6., 2012, Cuiabá. Soja: integração nacional e desenvolvimento sustentável: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 13, res. 3.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 16. | | MORALES, A. M. A. P.; PEREIRA, A. A.; MURAKAMI, A. Y.; ROCHA, L. K. V.; STOLF, R.; BARBOSA, J. F.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; BOREM, A.; LOUREIRO, M. E. Construção de biblioteca full length de soja inoculada com o fungo Phakopsora pachyrhizi. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 12., 2009, Fortaleza. Desafios para a produção de alimentos e bioenergia: [anais...]. Fortaleza: UFC: Embrapa Agroindústria Tropical, 2009. Seção trabalhos, 15.pdf. 1 CD-ROM. CBFV 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 17. | | SILVA, A. C.; SILVA, D. C. G. da; FERREIRA, E. G. C.; BORÉM, A.; FERREIRA, M. E.; ARIAS, C. A. A.; OLIVEIRA, M. F. de; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Development of the 1K SNP panel for genetics and breeding applications for the Brazilian soybean germplasm. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 11., 2023, Vienna. Soybean Research for Sustainable Development. abstracts. Vienna: University of Natural Resources and Life Sciences, 2023. 11 p.224. WSRC 2023| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 18. | | NAKAYAMA, T. J.; RODRIGUES, F. A.; NEUMAIER, N.; GOMES, J. M.; MOLINARI, H. B. C.; SANTIAGO, T. R.; FORMIGHIERI, E. F.; BASSO, M. F.; FARIAS, J. R. B.; EMYGDIO, B. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAMPOS, A. D.; BORÉM, A.; HARMON, F. G.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Insights into soybean transcriptome reconfiguration under hypoxic stress: Functional, regulatory, structural, and compositional characterization. PLoS ONE, v. 12, n. 11, e0187920, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 19. | | MORALES, A. M. A. P.; O'ROURKE, J. A.; MORTEL, M. van de; SCHEIDER, K. T.; BANCROFT, T. J.; BORÉM, A.; NELSON, R. T.; NETTLETON, D.; BAUM, T. J.; SHOEMAKER, R. C.; FREDERICK, R. D.; ABDELNOOR, R. V.; PEDLEY, K. F.; WHITHAM, S. A.; GRAHAM, M. A. Transcriptome analyses and virus induced gene silencing identify genes in the Rpp4-mediated Asian soybean rust resistance pathway. Functional Plant Biology, v. 40, n. 10, p. 1029-1047, sept. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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