| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Florestas. Para informações adicionais entre em contato com cnpf.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
|
Data corrente: |
16/12/2019 |
|
Data da última atualização: |
16/12/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
SILVEIRA, L. S.; MARTINS FILHO, S.; AZEVEDO, C. F.; BARBOSA, E. C.; RESENDE, M. D. V. de; TAKAHASHI, E. K. |
|
Afiliação: |
L. S. Silveira, UFV; S. Martins Filho, UFV; C. F. Azevedo, UFV; E. C. Barbosa, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; E. K. Takahashi, CENIBRA. |
|
Título: |
Bayesian models applied to genomic selection for categorical traits. |
|
Ano de publicação: |
2019 |
|
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 4: gmr18490, 2019. 10 p. |
|
DOI: |
10.4238/gmr18490 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
We compared two statistical methodologies applied to genetic and genomic analyses of categorical traits. The first one consists of a Bayesian approach to the Bayesian Linear Mixed Model (BLMM), which addresses the statistical problems of genomic prediction. The second methodology, called Bayesian Generalized Linear Mixed Model (BGLMM) is similar, but it is used when the distribution of the response variable is not Gaussian, as in the case of disease resistance phenotype categories. These models were compared according to predictive ability, bias, computational time and cross validation error rate (CVER). Additionally, an alternative classification method for the BLMM was proposed, which allowed us to obtain the CVER for this model. Estimates of the genetic parameters were obtained using BLASSO (Bayesian Least Absolute Shrinkage and Selection Operator) and Bayesian G-BLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) estimation methods applied to BLMM and BGLMM. The models were applied in two scenarios, with two and four classes for the phenotype of resistance to rust disease caused by the pathogen Puccinia psidii and classified as reaction types (two classes) and infection levels (four classes) recorded for 559 trees of Eucalyptus urophylla with 24,806 SNP markers. Modeling this trait through SNPs allow the next generation of plants to be selected early, reducing time and costs. We found the same predictive ability for both models and a bias value closer to the ideal for BLMM (GBLUP). The BGLMM had the best CVER (0.29 against 0.32 and 0.47 against 0.51 for 2 and 4 categories, respectively), BLMM had a three times shorter computational time, and though BLMM is not the most appropriate model for handling categorical data, this model presented similar responses to BGLMM. Thus, we consider it as an appropriate alternative for categorical data modeling. MenosWe compared two statistical methodologies applied to genetic and genomic analyses of categorical traits. The first one consists of a Bayesian approach to the Bayesian Linear Mixed Model (BLMM), which addresses the statistical problems of genomic prediction. The second methodology, called Bayesian Generalized Linear Mixed Model (BGLMM) is similar, but it is used when the distribution of the response variable is not Gaussian, as in the case of disease resistance phenotype categories. These models were compared according to predictive ability, bias, computational time and cross validation error rate (CVER). Additionally, an alternative classification method for the BLMM was proposed, which allowed us to obtain the CVER for this model. Estimates of the genetic parameters were obtained using BLASSO (Bayesian Least Absolute Shrinkage and Selection Operator) and Bayesian G-BLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) estimation methods applied to BLMM and BGLMM. The models were applied in two scenarios, with two and four classes for the phenotype of resistance to rust disease caused by the pathogen Puccinia psidii and classified as reaction types (two classes) and infection levels (four classes) recorded for 559 trees of Eucalyptus urophylla with 24,806 SNP markers. Modeling this trait through SNPs allow the next generation of plants to be selected early, reducing time and costs. We found the same predictive ability for both models and a bias value closer to the ideal for BLMM (G... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bayesian inference; Statistical methods. |
|
Thesagro: |
Melhoramento Genético Vegetal. |
|
Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Plant breeding. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
Marc: |
LEADER 02649naa a2200253 a 4500
001 2116962
005 2019-12-16
008 2019 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.4238/gmr18490$2DOI
100 1 $aSILVEIRA, L. S.
245 $aBayesian models applied to genomic selection for categorical traits.$h[electronic resource]
260 $c2019
520 $aWe compared two statistical methodologies applied to genetic and genomic analyses of categorical traits. The first one consists of a Bayesian approach to the Bayesian Linear Mixed Model (BLMM), which addresses the statistical problems of genomic prediction. The second methodology, called Bayesian Generalized Linear Mixed Model (BGLMM) is similar, but it is used when the distribution of the response variable is not Gaussian, as in the case of disease resistance phenotype categories. These models were compared according to predictive ability, bias, computational time and cross validation error rate (CVER). Additionally, an alternative classification method for the BLMM was proposed, which allowed us to obtain the CVER for this model. Estimates of the genetic parameters were obtained using BLASSO (Bayesian Least Absolute Shrinkage and Selection Operator) and Bayesian G-BLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) estimation methods applied to BLMM and BGLMM. The models were applied in two scenarios, with two and four classes for the phenotype of resistance to rust disease caused by the pathogen Puccinia psidii and classified as reaction types (two classes) and infection levels (four classes) recorded for 559 trees of Eucalyptus urophylla with 24,806 SNP markers. Modeling this trait through SNPs allow the next generation of plants to be selected early, reducing time and costs. We found the same predictive ability for both models and a bias value closer to the ideal for BLMM (GBLUP). The BGLMM had the best CVER (0.29 against 0.32 and 0.47 against 0.51 for 2 and 4 categories, respectively), BLMM had a three times shorter computational time, and though BLMM is not the most appropriate model for handling categorical data, this model presented similar responses to BGLMM. Thus, we consider it as an appropriate alternative for categorical data modeling.
650 $aGenetic improvement
650 $aPlant breeding
650 $aMelhoramento Genético Vegetal
653 $aBayesian inference
653 $aStatistical methods
700 1 $aMARTINS FILHO, S.
700 1 $aAZEVEDO, C. F.
700 1 $aBARBOSA, E. C.
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aTAKAHASHI, E. K.
773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 18, n. 4: gmr18490, 2019. 10 p.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 35 | |
| 1. |  | MARCONDES, C. R.; VOZZI, P. A.; MARQUES, L. C.; FATURI, C.; MARQUES, J. R. F. Mating optimization within a carabao herd (Bubalus bubalis kerebao) based on pedigree analysis. Revista Veterinaria, v. 21, supl. 1, p. 401-403, 2010. Proceeding of World Buffalo Congress, 9., 2010, Buenos Aires.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|    |
| 2. | | SOUZA JÚNIOR, L. de; LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos; ARAÚJO, C. V. de; FATURI, C.; NAHUM, B. de S. Análise da digestibilidade aparente da proteína bruta e fibra em detergente neutro do subproduto torta de coco (Cocos nucifera L.) na dieta de ovinos. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 3. | | RÊGO, A. C.; SOUZA, P. H.; FATURI, C.; RODRIGUES FILHO, J. A.; RODRIGUES, L. F. S.; SILVA FILHO, E.; MACEDO, V. H. M.; MELO, D. M. Apparent digestibility of four elephant grass genotypes. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51., 2014, Barra dos Coqueiros. A produção animal frente às mudanças climáticas e tecnológicas: anais. Barra dos Coqueiros, SE: SBZ, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 4. | | SANTOS, A. X.; GARCIA, A. R.; FATURI, C.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; PALHETA, D. da C.; FAIAL, K. do C. F. Avaliação de consumo de macroelementos em dietas experimentais para búfalos suplementados com rações à base de coco ou torta de amêndoas de dendê. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|  |
| 5. | | PEIXOTO, M. R. S.; LOURENÇO JUNIOR, J. B.; FATURI, C.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; LOURENÇO, L. F. H.; MELLER, L. H.; OLIVEIRA, K. C. C. Carcass quality of buffalo (Bubalus bubalis) finished in silvopastoral system in the Eastern Amazon, Brazil. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 64, n. 4, p. 1045-1052, ago. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 6. | | JOELE, M. R. S. P.; LOURENÇO JUNIOR, J. B.; FATURI, C.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; OLIVEIRA, K. C. C.; NERES, L. S. Composição e características física e sensorial da carne de búfalos termonados em sistema silvipastoril e tradicional na Amazônia Oriental. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE CARNES, 6., 2011, São Pedro, SP. Anais... São Pedro, SP: ITAL/CTC, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 7. | | JOELE, M. R. S. P.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; FATURI, C.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; SILVA, L. H. M. da. Composição centesimal e perfil de ácidos graxos da carne de búfalos (Bubalus bubalis) suplementados com subprodutos da agroindústria, na Amazônia Oriental. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 8. | | SANTOS, A. X.; KAHWAGE, P. R.; FATURI, C.; QUINZEIRO NETO, T.; LOURENÇO JÚNIOR, J. B.; JOELE, M. R. S. P.; GARCIA, A. R. Feed supplementation with palm kernel cake-based concentrate increases the quality of water buffalo semen. Animal Reproduction, v. 11, n. 2, p. 85-95, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 9. | | SANTOS, A. X; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; FATURI, C.; LOURENÇO JÚNIOR, J. B.; KAHWAGE, P. R.; OLIVEIRA, K. C. C. de. Effects of macro and micronutrients on buffalo semen quality. Animal Reproduction, v. 9, n. 4, p. 1031, 2012. 1p. Trabalho apresentado em: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL BIOLOGY OF REPRODUCTION, 2012, Campinas. Abstracts... Campinas, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 10. | | SANTOS, A. X.; GARCIA, A. R.; FATURI, C.; NAHUM, B. de S.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; CASTRO, S. R. S. de; SILVA, G. R.; GONÇALVES, A. A. Efeitos do selênio e cromo na qualidade seminal de búfalos suplementados com subprodutos da agroindústria amazônica. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE TECNOLOGIA DE EMBRIÕES, 25., 2011, Cumbuco. Anais... Cumbuco: SBTE, 2011. p. 345.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 11. | | OLIVEIRA, K. C. C.; LOURENÇO JUNIOR, J. B.; FATURI, C.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; JOELE, M. R. S. P.; NERES, L. S. Produção e qualidade da carcaça de búfalos criados em sistema silvipastoril suplementados com subprodutos da agroindústria, belém, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE CARNES, 6., 2011, São Pedro, SP. Anais... São Pedro, SP: ITAL/CTC, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 12. | | JOELE, M. R. S. P.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; FATURI, C.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; OLIVEIRA, K. C. C. de. Produção e composição da carcaça de búfalos criados em sistemas silvipastoril com suplementação alimentar na Amazônia Oriental. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 13. | | JOELE, M. R. S. P.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; FATURI, C.; NAHUM, B. de S.; GARCIA, A. R.; RODRIGUES, A. M. da C.; NERES, L. de S. Produção e avaliação da qualidade da carne de búfalos criados em sistemas silvipastoril e tradicional na Amazônia Oriental. Revista Higiene Alimentar, v. 25, n. 194/195, p. 281-283, mar./abr. 2011. Encarte. V Congresso Latinoamericano e XI Congresso Brasleiro de Higienistas de Alimentos. O alimento nas próximas décadas: produzir sem agredir: anais. Salvador, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 14. | | MONTEIRO, E. M. M.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos; ARAUJO, C. V. de; FATURI, C.; GARCIA, A. R. Pueraria phaseoloides (Roxb.) Benth: alternativa na suplementação de ruminantes em períodos de escassez de forragem na Amazônia. Amazônia: ciência & desenvolvimento, Belém, PA, v. 4, n. 8, p. 217-228, jan./jun. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 15. | | MONTEIRO, E. M. M.; LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; SANTOS, N. de F. A. dos; ARAÚJO, C. V.; FATURI, C.; GARCIA, A. R. Influência da digestibilidade aparente da matéria seca, matéria orgânica e proteína bruta nos consumos voluntários da leguminosa Pueraria Phaseoloides (Roxb.) Benth na dieta de ovinos. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1. 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008. p. 1-3.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 16. | | SOUZA, P. H. de; FATURI, C.; RODRIGUES, L. F. de S.; SILVA FILHO, E. da; RÊGO, A. C. do; RODRIGUES FILHO, J. A. Nutritional value of elephant grass genotypes. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 10, p. 951-955, out. 2017. Notas Científicas. Título em português: Valor nutritivo de genótipos de capim-elefante.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 17. | | JOELE, M. R. S. P.; LOURENÇO JUNIOR, J. B.; FATURI, C.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; LOURENÇO, L. F. H.; OLIVEIRA, K. C. C. Sistemas silvipastoril e tradicional na Amazônia Oriental - produção e qualidade da carcaça e carne de búfalos. Semina: Ciência Agrárias, Londrina, v. 34, n. 5, p. 2457-2264, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 18. | | SILVA, L. K. X.; GARCIA, A. R.; MARTORANO, L. G.; FRANCO, I. M.; SILVA, A. O.; SOUSA, J. S.; BARROS, D. V.; FATURI, C. Scrotum surface infrared thermography associated with semen quality of buffaloes (Bubalus bubalis). In: INTERNATIONAL ECOSUMMIT, 5., 2016, Montpellier. Ecological sustainability: Engineering Change. [S.l.]: Elsevier, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 19. | | SANTOS, A. X.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; FATURI, C.; CASTRO, S. R. S.; GONÇALVES, A. A.; KAHWAGE, P. R. Seminal features of buffalos supplemented with rations based on coconut meal or palm kernel cake. INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL BIOLOGY OF REPRODUCTION, 2012, CAMPINAS. Abstracts...Campinas: Animal Reproction, 2012.; Animal Reproduction, v. 9, n. 4, p. 1029, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
| 20. | | OLIVEIRA, K. C. C.; FATURI, C.; GARCIA, A. R.; NAHUM, B. de S.; LOURENÇO JUNIOR, J. B.; SOUZA, N. S. S. Subprodutos da agroindústria na suplementação de bubalinos na Amazônia Oriental. In: CONGRESSO LATINO AMERICANO DE NUTRIÇÃO ANIMAL, 4., 2010, São Pedro, SP. Anais... [Campinas]: CBNA, 2010. p. 241-242.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| Registros recuperados : 35 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
