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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
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Data corrente: |
28/09/2015 |
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Data da última atualização: |
19/09/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BHERING, L. L.; JUNQUEIRA, V. S.; CRUZ, C. D.; LAVIOLA, B. G. |
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Afiliação: |
L.L. Bhering, Universidade Federal de Viçosa; V.S. Junqueira, Universidade Federal de Viçosa; C.D. Cruz, Universidade Federal de Viçosa; BRUNO GALVEAS LAVIOLA, CNPAE. |
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Título: |
Comparison of methods used to identify superior individuals in genomic selection in plant breeding. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research v. 14, n. 3, p. 10888-10896, 2015 |
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DOI: |
10.4238/2015 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of this study was to evaluate different methods used in genomic selection, and to verify those that select a higher proportion of individuals with superior genotypes. Thus, F2 populations of different sizes were simulated (100, 200, 500, and 1000 individuals) with 10 replications each. These consisted of 10 linkage groups (LG) of 100 cM each, containing 100 equally spaced markers per linkage group, of which 200 controlled the characteristics, defined as the 20 initials of each LG. Genetic and phenotypic values were simulated assuming binomial distribution of effects for each LG, and the absence of dominance. For phenotypic values, heritabilities of 20, 50, and 80% were considered. To compare methodologies, the analysis processing time, coefficient of coincidence (selection of 5, 10, and 20% of superior individuals), and Spearman correlation between true genetic values, and the genomic values predicted by each methodology were determined. Considering the processing time, the three methodologies were statistically different, rrBLUP was the fastest, and Bayesian LASSO was the slowest. Spearman correlation revealed that the rrBLUP and GBLUP methodologies were equivalent, and Bayesian LASSO provided the lowest correlation values. Similar results were obtained in coincidence variables among the individuals selected, in which Bayesian LASSO differed statistically and presented a lower value than the other methodologies. Therefore, for the scenarios evaluated, rrBLUP is the best methodology for the selection of genetically superior individuals. MenosThe aim of this study was to evaluate different methods used in genomic selection, and to verify those that select a higher proportion of individuals with superior genotypes. Thus, F2 populations of different sizes were simulated (100, 200, 500, and 1000 individuals) with 10 replications each. These consisted of 10 linkage groups (LG) of 100 cM each, containing 100 equally spaced markers per linkage group, of which 200 controlled the characteristics, defined as the 20 initials of each LG. Genetic and phenotypic values were simulated assuming binomial distribution of effects for each LG, and the absence of dominance. For phenotypic values, heritabilities of 20, 50, and 80% were considered. To compare methodologies, the analysis processing time, coefficient of coincidence (selection of 5, 10, and 20% of superior individuals), and Spearman correlation between true genetic values, and the genomic values predicted by each methodology were determined. Considering the processing time, the three methodologies were statistically different, rrBLUP was the fastest, and Bayesian LASSO was the slowest. Spearman correlation revealed that the rrBLUP and GBLUP methodologies were equivalent, and Bayesian LASSO provided the lowest correlation values. Similar results were obtained in coincidence variables among the individuals selected, in which Bayesian LASSO differed statistically and presented a lower value than the other methodologies. Therefore, for the scenarios evaluated, rrBLUP is the ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Biomátrico; Biometric; Selection; SNPs. |
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Thesagro: |
Estatística; Seleção. |
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Thesaurus Nal: |
statistics. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aThe aim of this study was to evaluate different methods used in genomic selection, and to verify those that select a higher proportion of individuals with superior genotypes. Thus, F2 populations of different sizes were simulated (100, 200, 500, and 1000 individuals) with 10 replications each. These consisted of 10 linkage groups (LG) of 100 cM each, containing 100 equally spaced markers per linkage group, of which 200 controlled the characteristics, defined as the 20 initials of each LG. Genetic and phenotypic values were simulated assuming binomial distribution of effects for each LG, and the absence of dominance. For phenotypic values, heritabilities of 20, 50, and 80% were considered. To compare methodologies, the analysis processing time, coefficient of coincidence (selection of 5, 10, and 20% of superior individuals), and Spearman correlation between true genetic values, and the genomic values predicted by each methodology were determined. Considering the processing time, the three methodologies were statistically different, rrBLUP was the fastest, and Bayesian LASSO was the slowest. Spearman correlation revealed that the rrBLUP and GBLUP methodologies were equivalent, and Bayesian LASSO provided the lowest correlation values. Similar results were obtained in coincidence variables among the individuals selected, in which Bayesian LASSO differed statistically and presented a lower value than the other methodologies. Therefore, for the scenarios evaluated, rrBLUP is the best methodology for the selection of genetically superior individuals.
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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| Registros recuperados : 17 | |
| 2. |  | SILVA. M. A. V.; FERREIRA, W. P. M.; ANDRADE, V. M. S. de; COSTA, J. M. N. da. Aplicação da agroclimatologia visando manejo da semeadura do feijoeiro na região de Barreiras, BA, cerrado Baiano. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 3. | | NEVES, L. de O.; COSTA, J. M. N. da; ANDRADE, V. M.; LÔLA, A. C.; FERREIRA, W. P. M. Balanço de energia em uma cultura de feijão caupi (Vigna unguiculata L.) no estado do Pará. Revista Brasileira de Agrometeorologia, Santa Maria, v. 16, n. 1, p. 21-30, abr. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 4. | | ANDRADE, V. M. S.; COSTA, J. M. N.; SILVA, M. A. V.; FERREIRA, W. P. M.; SANS, L. M. A. Partição da energia na fase reprodutiva da cultura de milho. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, produção de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo: trabalhos e palestras. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 5. | | SILVA, M. A. V.; FERREIRA, W. P. M.; ANDRADE, V. M. S. de; ARAUJO, S. G. de A. Época de semeadura do milho para a região de Sete Lagoas, MG, baseada na probabilidade de ocorrência de períodos secos e chuvosos. Revista Ceres, Viçosa, v. 57, n. 4, p. 454-458, jul./ago. 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 6. | | FERREIRA, W. P. M.; SILVA, M. A. V.; ANDRADE, V. M. S. de; COSTA, J. M. N. da. Estudo agroclimático da demanda hídrica para o milho irrigado na região de Sete Lagoas, MG. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, produção de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo: trabalhos e palestras. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 7. | | NEVES, L. de O.; COSTA, J. M. N. da; ANDRADE, V.; OLIVEIRA, E. C.; FERREIRA, W. P. M. Variação diurna da eficiência do uso da água acima da cultura de caupi (Vigna unguiculata L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 16., 2009, Belo Horizonte. Mudanças climáticas, recursos hídricos e energia para uma agricultura sustentável: anais. Serra Talhada: Sociedade Brasileira de Agrometeorologia, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | SILVA, M. A. V.; ANDRADE, V. M. S. de; COSTA, J. M. N. da; FERREIRA, W. P. M.; BEZERRA, A. R. G.; MOSCONS, E. S. Influência da soma térmica no crescimento e desenvolvimento do milho BR 106 cultivado sob plantio direto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOMETEOROLOGIA, 5., 2011, Piracicaba. Mudanças climáticas: impactos e conseguêcias nos seres vivos: anais. Piracicaba: ESALQ, 2011. 6 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 9. | | SILVA, M. A. V. da; ANDRADE, V. M. S. de; FERREIRA, W. P. M.; OLIVEIRA, E. C. de; COSTA, J. M. N. da; GONÇALVES, P. H. L. Influência da temperatura do ar e da radiação fotossinteticamente ativa no crescimento e desenvolvimento do milho BR 106 cultivado sob plantio direto. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 16., 2010, Belém. A Amazônia e o clima global: anais. Belém: SBMET, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | NEVES, L. de O.; COSTA, J. M. N. da; COSTA, A. C. L. da; FERREIRA, W. P. M.; ANDRADE, V. M.; OLIVEIRA, F. A.; OLIVEIRA, E. C. de. Partição dos componentes do balanço de energia na cultura do feijão caupi (Vigna unguiculata (L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 15., 2007, Aracaju. Efeito das mudanças climáticas na agricultura: anais... Aracaju: Sociedade Brasileira de Agrometeorologia: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 11. | | COSTA, P. M.; ALVARENGA, R. C.; BARBOSA, F. A.; ANDRADE, V. J.; GUIMARAES, S. T.; MACIEL, I. C. de F.; LAMPEAO, A. A. Performance of crossbred cattle in a Crop-Livestock Integration System. In: WORLD CONGRESS ON INTEGRATED CROP-LIVESTOCK-FOREST SYSTEMS; INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON INTEGRATED CROP-LIVESTOCK SYSTEMS, 3., 2015, Brasília, DF. Towards sustainable intensification: proceedings. Brasília, DF: Embrapa, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 12. | | SILVA, M. A. V.; COSTA, J. M. N. da; ANDRADE, V. M. S. de; FERREIRA, W. P. M.; SANS, L. M. A.; OLIVEIRA, E. C. de. Desempenho do método de Penman-Monteith para estimativa do fluxo de vapor, em base horária, para a fase reprodutiva em uma cultura de milho. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 15., 2008, São Paulo. A meteorologia e a cidade: [anais]. São Paulo: SBMET. 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | SILVA, M. A. V.; FERREIRA, W. P. M.; ANDRADE, V. M. S. de; COSTA, J. M. N. da; SANS, L. M. A.; OLIVEIRA, E. C. de. Desempenho do método de Penman-Monteith para estimativa do fluxo de vapor, em base horária, para a fase reprodutiva em uma cultura de milho. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, produção de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo: trabalhos e palestras. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | SILVA, M. A. V.; COSTA, J. M. N. da; ANDRADE, V. M. S. de; FERREIRA, W. P. M.; SANS, L. M. A.; OLIVEIRA, E. C. de. Eficiência de conversão da radiação fotossinteticamente ativa para a produção de fitomassa no milho BR 106. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 15., 2008, São Paulo. A meteorologia e a cidade: [anais]. São Paulo: SBMET, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 15. | | SILVA, M. A. V.; COSTA, J. M. N. da; ANDRADE, V. M. S. de; FERREIRA, W. P. M.; OLIVEIRA, E. C. de. Semeadura do milho para a região de Barreiras, BA, baseada na probabilidade de ocorrência de períodos secos e chuvosos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE METEOROLOGIA, 15., 2008, São Paulo. A meteorologia e a cidade: [anais]. São Paulo: SBMET, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 16. | | ANDRADE, V. S.; COSTA, J. N.; COSTA, A. L.; FERREIRA, W. M.; SILVA, M. A.; GONÇALVES, P. H.; ATAYDES JUNIOR, J.; MALHI, Y. Variação do dióxido de carbono no interior de um manguezal na Amazônia legal. In: CONFERÊNCIA CIENTÍFICA INTERNACIONAL AMAZÔNIA EM PERSPECTIVA, 2008, Manaus. ciência integrada para um futuro sustentável: conference abstracts. Manaus: LBA/GEOMA/PPBIo, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 17. | | CAMPOS, J. da S.; VITAL JÚNIOR, A. C.; BONIEK, D.; SILVA, D. L. da; LANA, U. G. de P.; FERNANDES, J. V.; STOIANOFF, M. A. de R.; ANDRADE, V. S. Identification and evaluation of thermotolerance of yeasts from milk in natura exposed to high temperature and slow and fast pasteurization. Brazilian Journal of Microbiology, v. 54, p. 1075-1082, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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