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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
08/02/2024 |
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Data da última atualização: |
08/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ZHANG, S.; YANG, C.; QIU, Y.; LIAO, R.; XUAN, Z.; REN, F.; DONG, Y.; WU, D.; GONZÁLEZ, P. L. R. G.; ASTUA, J. de F.; YANG, H.; ZHOU, C.; CAO, M. |
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Afiliação: |
SONG ZHANG, SOUTHWEST UNIVERSITY; CAIXIA YANG, SHENYANG UNIVERSITY; YUANJIAN QIU, SOUTHWEST UNIVERSITY; RUILING LIAO, SOUTHWEST UNIVERSITY; ZHIYOU XUAN, SOUTHWEST UNIVERSITY; FANG REN, RESEARCH INSTITUTE OF POMOLOGY; YAFENG DONG, RESEARCH INSTITUTE OF POMOLOGY; DI WU, SOUTHWEST UNIVERSITY; PEDRO LUIS RAMOS-GONZÁLEZ, INSTITUTO BIOLÓGICO; JULIANA DE FREITAS ASTUA, CNPMF; HUADONG YANG, HUNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY; CHANGYONG ZHOU, SOUTHWEST UNIVERSITY; MENGJI CAO, SOUTHWEST UNIVERSITY. |
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Título: |
Conserved untranslated regions of multipartite viruses: Natural markers of novel viral genomic components and tags of viral evolution. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Virus Evolution, v. 10, n. 1, p. 1-19, 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1093/ve/veae004 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Viruses with split genomes are classified as being either segmented or multipartite based on whether their genomic segments occur within a single virion or across different virions. Despite variations in number and sequence during evolution, the genomic segments of many viruses are conserved within the untranslated regions (UTRs). In this study, we present a methodology that combines RNA sequencing with iterative BLASTn of UTRs (https://github.com/qq371260/Iterative-blast-v.1.0) to identify new viral genomic segments. Some novel multipartite-like viruses related to the phylum Kitrinoviricota were annotated using sequencing data from field plant samples and public databases. We identified potentially plant-infecting jingmen-related viruses (order Amarillovirales) and jivi-related viruses (order Martellivirales) with at least six genomic components. The number of RNA molecules associated with a genome of the novel viruses in the families Closteroviridae, Kitaviridae, and Virgaviridae within the order Martellivirales reached five. Several of these viruses seem to represent new taxa at the subgenus, genus, and family levels. The diversity of novel genomic components and the multiple duplication of proteins or protein domains within single or multiple genomic components emphasize the evolutionary roles of genetic recombination (horizontal gene transfer), reassortment, and deletion. The relatively conserved UTRs at the genome level might explain the relationships between monopartite and multipartite viruses, as well as how subviral agents such as defective RNAs and satellite viruses can coexist with their helper viruses. MenosAbstract: Viruses with split genomes are classified as being either segmented or multipartite based on whether their genomic segments occur within a single virion or across different virions. Despite variations in number and sequence during evolution, the genomic segments of many viruses are conserved within the untranslated regions (UTRs). In this study, we present a methodology that combines RNA sequencing with iterative BLASTn of UTRs (https://github.com/qq371260/Iterative-blast-v.1.0) to identify new viral genomic segments. Some novel multipartite-like viruses related to the phylum Kitrinoviricota were annotated using sequencing data from field plant samples and public databases. We identified potentially plant-infecting jingmen-related viruses (order Amarillovirales) and jivi-related viruses (order Martellivirales) with at least six genomic components. The number of RNA molecules associated with a genome of the novel viruses in the families Closteroviridae, Kitaviridae, and Virgaviridae within the order Martellivirales reached five. Several of these viruses seem to represent new taxa at the subgenus, genus, and family levels. The diversity of novel genomic components and the multiple duplication of proteins or protein domains within single or multiple genomic components emphasize the evolutionary roles of genetic recombination (horizontal gene transfer), reassortment, and deletion. The relatively conserved UTRs at the genome level might explain the relationships between... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Multipartite viruses; Phylogenetics; Untranslated regions; Virus evolution. |
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Thesagro: |
Vírus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
08/10/2015 |
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Data da última atualização: |
31/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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Autoria: |
FASIABEN, M. do C. R.; MAIA, A. G.; ANDRADE, D. C.; ALMEIDA, M. M. T. B.; ÂNGELO, J. A. |
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Afiliação: |
MARIA DO CARMO RAMOS FASIABEN, CNPTIA; ALEXANDRE GORI MAIA, IE/Unicamp; DANIEL CAIXETA ANDRADE, UFU; MAXWELL MERÇON TEZOLIN BARROS ALMEIDA, IBGE; JOSÉ ALBERTO ÂNGELO, IEA/APTA. |
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Título: |
Custos da preservação ambiental em diferentes tipos de unidades de produção agrícola: o caso da região do Corredor Cantareira-Mantiqueira. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PARRON, L. M.; GARCIA, J. R.; OLIVEIRA, E. B. de; BROWN, G. G.; PRADO, R. B. (Ed.). Serviços ambientais em sistemas agrícolas e florestais do Bioma Mata Atlântica. Brasília, DF : Embrapa, 2015. |
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Volume: |
cap. 25, |
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Páginas: |
p. 289-299. |
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ISBN: |
978-85-7035-485-3 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Neste capítulo, foram identificados diferentes custos de oportunidade incorridos pelos produtores rurais da parte paulista do corredor Cantareira-Mantiqueira. Baseado em uma tipologia de unidades de produção agropecuária (UPA), pretende-se contribuir para a implementação de uma política de pagamento por serviços ambientais na região. Foram identificados sete grupos principais de produção agropecuária a partir de informações do Levantamento de Unidades de Produção Agropecuária do estado de São Paulo de 2007/08. Com base em estimativas das receitas e despesas da produção desses grupos, foi identificada uma elevada assimetria na distribuição dos retornos médios da atividade agropecuária na região. As UPAs dedicadas à exploração florestal apresentaram o maior retorno por hectare e total na região, mas a bovinocultura mista prevaleceu entre as unidades de produção. Os resultados levantam importantes questões sobre a melhor forma de remuneração dos proprietários em uma política de pagamento por serviços ambientais. |
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Palavras-Chave: |
Custos de oportunidade; Pagamento por serviços ambientais; Payment for ecosystem services; Tipologia de produtores. |
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Thesaurus NAL: |
Farm typology; Opportunity costs. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/130903/1/custos-Fasiaben.pdf
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Marc: |
LEADER 02125naa a2200277 a 4500
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490 $vcap. 25,
520 $aNeste capítulo, foram identificados diferentes custos de oportunidade incorridos pelos produtores rurais da parte paulista do corredor Cantareira-Mantiqueira. Baseado em uma tipologia de unidades de produção agropecuária (UPA), pretende-se contribuir para a implementação de uma política de pagamento por serviços ambientais na região. Foram identificados sete grupos principais de produção agropecuária a partir de informações do Levantamento de Unidades de Produção Agropecuária do estado de São Paulo de 2007/08. Com base em estimativas das receitas e despesas da produção desses grupos, foi identificada uma elevada assimetria na distribuição dos retornos médios da atividade agropecuária na região. As UPAs dedicadas à exploração florestal apresentaram o maior retorno por hectare e total na região, mas a bovinocultura mista prevaleceu entre as unidades de produção. Os resultados levantam importantes questões sobre a melhor forma de remuneração dos proprietários em uma política de pagamento por serviços ambientais.
650 $aFarm typology
650 $aOpportunity costs
653 $aCustos de oportunidade
653 $aPagamento por serviços ambientais
653 $aPayment for ecosystem services
653 $aTipologia de produtores
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700 1 $aANDRADE, D. C.
700 1 $aALMEIDA, M. M. T. B.
700 1 $aÂNGELO, J. A.
773 $tIn: PARRON, L. M.; GARCIA, J. R.; OLIVEIRA, E. B. de; BROWN, G. G.; PRADO, R. B. (Ed.). Serviços ambientais em sistemas agrícolas e florestais do Bioma Mata Atlântica. Brasília, DF : Embrapa, 2015.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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