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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
09/01/2023 |
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Data da última atualização: |
09/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; BARREIRO, P. R. R. M.; LEICHTWEIS, B. G.; SILVA, A. C. A.; SILVA, R. A. da; SOUSA, T. V.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T. |
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Afiliação: |
LETÍCIA DE FARIA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; EMILLY RUAS ALKIMIM, UNIVERSIDADE FEDERAL TRIÂNGULO MINEIRO; PEDRO RICARDO ROSSI MARQUES BARREIRO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; BRUNO GRESPAN LEICHTWEIS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA ANDRADE SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; RUANE ALICE DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; TIAGO VIEIRA SOUSA, INSTITUTO FEDERAL DO TRIÂNGULO MINEIRO; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa. |
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Título: |
Genome-wide association study of plant architecture and diseases resistance in Coffea canephora. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Euphytica, v. 218, jun. 2022. |
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Páginas: |
13 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome wide association studies (GWAS) have been traditionally used for the identification and comprehension of loci associate with phenotypic variation and identification of markers useful in genetic breeding programs. The GWAS was used in this work to identify chromosomal regions with significant associations with the main agronomic trait of Coffea canephora. The studied population comprised 165 clones of the two varietal groups Conilon and Robusta and intervarietal hybrids from crosses between these groups. Coffee trees were genotyped using 17 885 single nucleotide polymorphisms (SNP) markers distributed throughout the genome and phenotyped with eight morpho agronomic traits. Significant SNPs were found associated with plant height, diameter of the canopy projection, vegetative vigor, rust incidence, and cercosporiosis incidence. SNP marker distribution was quite uniform, with few gaps in the centromeric regions, with 27.72% and 9.09% present in intergenic and coding regions, respectively; the latter led to 70% amino acid exchanges and 30% silent mutations. Candidate genes, in which SNP markers were inserted, were identified and their function was related to traits of plant architecture and coffee diseases resistance. SNPs with significant associations were found in all chromosomes of the species, especially in chromosomes 0, 2, 6, 9, and 11. This methodology was efficient in C. canephora populations and helped identify several SNPs in candidate genes involved in important biological processes of coffee. Therefore, these SNPs can be used as strategies to accelerate the coffee breeding program through molecular marker assisted selection. MenosGenome wide association studies (GWAS) have been traditionally used for the identification and comprehension of loci associate with phenotypic variation and identification of markers useful in genetic breeding programs. The GWAS was used in this work to identify chromosomal regions with significant associations with the main agronomic trait of Coffea canephora. The studied population comprised 165 clones of the two varietal groups Conilon and Robusta and intervarietal hybrids from crosses between these groups. Coffee trees were genotyped using 17 885 single nucleotide polymorphisms (SNP) markers distributed throughout the genome and phenotyped with eight morpho agronomic traits. Significant SNPs were found associated with plant height, diameter of the canopy projection, vegetative vigor, rust incidence, and cercosporiosis incidence. SNP marker distribution was quite uniform, with few gaps in the centromeric regions, with 27.72% and 9.09% present in intergenic and coding regions, respectively; the latter led to 70% amino acid exchanges and 30% silent mutations. Candidate genes, in which SNP markers were inserted, were identified and their function was related to traits of plant architecture and coffee diseases resistance. SNPs with significant associations were found in all chromosomes of the species, especially in chromosomes 0, 2, 6, 9, and 11. This methodology was efficient in C. canephora populations and helped identify several SNPs in candidate genes involved in importan... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Coffea Canephora. |
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Thesaurus Nal: |
Disease resistance; Phenotypic variation; Plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 3. |  | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHÃES JUNIOR, A. M.; FRANCO, D. F.; MORAES, O. P.; RANGEL, P. H.; MOURA, F.; SEVERO, A.; VIEGAS, A. D. Avaliação preliminar de linhagens da Embrapa, no Rio Grande do Sul. 2006/07. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 5.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 27., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. v. 1, p. 40-42| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 4. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; FRANCO, D.; ANDRES, A.; RANGEL, P. H.; MORAES, O. P. de; MOURA NETO, F. de; SEVERO, A. C. M. 'BRS Sinuelo CL': cultivar de arroz irrigado para o sistema Clearfield. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. 8 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 233).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 5. | | MARTINS, J. F. da S.; FAGUNDES, P. R. R.; MORAES, O. P. de; LIMA, C. B. de; BÜTTOW, G. T.; MEUS, N. C. Metodologia para desenvolver linhagens de arroz resistentes a Oryzophagus oryzae por meio de seleção recorrente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 7., 2011, Balneário Camboriú. Racionalizando recursos e ampliando oportunidades: anais. Itajaí: Epagri, 2011. v. 1. p. 175-178.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 6. | | MAGALHÃES JUNIOR, A. M.; FAGUNDES, P. R. R.; FRANCO, D. F.; MORAES, O. P.; RANGEL, P. H.; MOURA, F.; SEVERO, A.; VIEGAS, A. D. Ensaio estadual de valor de cultivo e uso de linhagens de arroz irrigado de ciclo médio da Embrapa, no Rio Grande do Sul, safra 2007. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 5.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 27., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. v. 1, p. 112-113| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 7. | | MAGALHÃES JUNIOR, A. M.; FAGUNDES, P. R. R.; FRANCO, D. F.; MORAES, O. P.; RANGEL, P. H.; MOURA, F.; SEVERO, A.; VIEGAS, A. D. Ensaio estadual de valor de cultivo e uso de linhagens de arroz irrigado de ciclo precoce da Embrapa, no Rio Grande do Sul, safra 2007. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 5.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 27., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. v. 1, p. 114-116| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 8. | | FONSECA, G. de M. da; FONSECA, M. de M. da; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; MORAES, O. P. de; SEVERO, A. C. M.; MOURA NETO, F. de; AZAMBUJA, V. V. Avaliação de linhagens de arroz irrigado de ciclo médio em ensaios de VCU do programa de melhoramento genético da Embrapa. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 9. | | MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; MORAES, O. P. de; FAGUNDES, P.; MOURA NETO, F.; FRANCO, D. F.; NUNES, C. D.; NEVES, P.; RANGEL, P. H.; MARTINS, J. F.; SEVERO, A.; CARDOSO, E. T. BRS Pampa: nova cultivar de arroz irrigado para o Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 7., 2011, Balneário Camboriú. Racionalizando recursos e ampliando oportunidades: anais. Itajaí: Epagri, 2011. v. 1. p. 156-159.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 10. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; FRANCO, D. F.; ANDRES, A.; NUNES, C. D. M.; PETRINI, J. A.; PEREIRA, J. F. M.; MORAES, O. P. de; MOURA NETO, F. dE. BRS AG: Cultivar de Arroz Irrigado Desenvolvida como Matéria-Prima para Produção de Álcool de Cereais e/ou Alimentação Animal. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2015. 4 p. (Embrapa Clima Temperado, Comunicado Técnico, 372).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 11. | | FONSECA, G. de M. da; FONSECA, M. de M. da; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; MORAES, O. P. de; SEVERO, A. C. M.; MOURA NETO, F. de; AZAMBUJA, V. V. Desempenho de linhagens de arroz irrigado do programa de melhoramento genético da Embrapa em ensaio regional de rendimento. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 12. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P.; FRANCO, D. F.; ANDRES, A.; NUNES, C. D.; PETRINI, J. A.; MARTINS, J. F.; SEVERO, A.; MORAES, O. P. de; MOURA, F.; STRECK, E. A.; AGUIAR, G.; FACCHINELLO, P. H. K.; HUBER, M. P.; KRÜGER, T. K. BRS AG: cultivar de arroz irrigado desenvolvida para produção de álcool de cereais e/ou alimentação animal. CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 9., 2015, Pelotas. Ciência e tecnologia para otimização da orizicultura: anais. Brasília, DF: Embrapa; Pelotas: Sosbai, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 13. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P.; FRANCO, D. F.; NUNES, C. D.; SEVERO, A.; MORAES, O. P. de; NEVES, P.; RANGEL, P. H. N.; MOURA, F.; STRECK, E. A.; AGUIAR, G.; HUBER, M. P.; KRÜGER, T. K.; FACCHINELLO, P. H. K. Valor de cultivo e uso de genótipos de arroz irrigado da Embrapa, no RS - safra 2014/15. CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 9., 2015, Pelotas. Ciência e tecnologia para otimização da orizicultura: anais. Brasília, DF: Embrapa; Pelotas: Sosbai, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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