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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
17/10/2018 |
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Data da última atualização: |
18/10/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MARCHESI, J. A. P.; BUZANSKAS, M. E.; CANTAO, M. E.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; JOAQUIM, L. B.; MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; SBARDELLA, A. P.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P.; LEDUR, M. C. |
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Afiliação: |
JORGE AUGUSTO PETROLI MARCHESI, UNESP/Jaboticabal; MARCOS ELI BUZANSKAS, UFPB; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; LETÍCIA BORGES JOAQUIM, UNESP/Jaboticabal; GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, ESALQ; THAIS FERNANDA GODOY, ESALQ; ANA PAULA SBARDELLA, UNESP/Jaboticabal; ELSIO ANTONIO PEREIRA DE FIGUEIREDO, CNPSA; LUIZ LEHMMAN COUTINHO, ESALQ; DANÍSIO PRADO MUNARI, UNESP/Jaboticabal; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA. |
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Título: |
Relationship of runs of homozygosity with adaptive and production traits in a paternal broiler line. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Animal, v. 12, n. 6, p. 1126-1134, 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Genomic regions under high selective pressure present specific runs of homozygosity (ROH), which provide valuable information on the genetic mechanisms underlying the adaptation to environment imposed challenges. In broiler chickens, the adaptation to conventional production systems in tropical environments lead the animals with favorable genotypes to be naturally selected, increasing the frequency of these alleles in the next generations. In this study, ~1400 chickens from a paternal broiler line were genotyped with the 600 K Affymetrix® Axiom® high-density (HD) genotyping array for estimation of linkage disequilibrium (LD), effective population size (Ne), inbreeding and ROH. The average LD between adjacent single nucleotide polymorphisms (SNPs) in all autosomes was 0.37, and the LD decay was higher in microchromosomes followed by intermediate and macrochromosomes. The Ne of the ancestral population was high and declined over time maintaining a sufficient number of animals to keep the inbreeding coefficient of this population at low levels. The ROH analysis revealed genomic regions that harbor genes associated with homeostasis maintenance and immune system mechanisms, which may have been selected in response to heat stress. Our results give a comprehensive insight into the relationship between shared ROH regions and putative regions related to survival and production traits in a paternal broiler line selected for over 20 years. These findings contribute to the understanding of the effects of environmental and artificial selection in shaping the distribution of functional variants in the chicken genome. Resumo: As regiões genômicas sob alta pressão seletiva apresentam corridas específicas de homozigose (ROH), que fornecem informações valiosas sobre os mecanismos genéticos subjacentes à adaptação aos desafios impostos pelo ambiente. Em frangos de corte, a adaptação a sistemas convencionais de produção em ambientes tropicais leva os animais com genótipos favoráveis ??a serem naturalmente selecionados, aumentando a freqüência desses alelos nas próximas gerações. Neste estudo, ~ 1400 galinhas de uma linhagem de frangos de corte foram genotipadas com o arranjo de genótipos de alta densidade (HD) Affymetrix® Axiom® 600 K para estimativa do desequilíbrio de ligação (LD), tamanho efetivo da população (Ne), endogamia e ROH. A LD média entre os polimorfismos de nucleotídeo único adjacentes (SNPs) em todos os autossomos foi de 0,37, e o decaimento LD foi maior nos microcromossomos, seguido por intermediários e macrocromossomos. O Ne da população ancestral era alto e declinou com o tempo mantendo um número suficiente de animais para manter o coeficiente de endogamia desta população em níveis baixos. A análise da ROH revelou regiões genômicas que abrigam genes associados à manutenção da homeostase e mecanismos do sistema imunológico, que podem ter sido selecionados em resposta ao estresse térmico. Nossos resultados fornecem uma visão abrangente sobre a relação entre regiões ROH compartilhadas e regiões putativas relacionadas a características de sobrevivência e produção em uma linha de frangos de corte paterna selecionada por mais de 20 anos. Estes resultados contribuem para a compreensão dos efeitos da seleção ambiental e artificial na formação da distribuição de variantes funcionais no genoma da galinha. MenosAbstract: Genomic regions under high selective pressure present specific runs of homozygosity (ROH), which provide valuable information on the genetic mechanisms underlying the adaptation to environment imposed challenges. In broiler chickens, the adaptation to conventional production systems in tropical environments lead the animals with favorable genotypes to be naturally selected, increasing the frequency of these alleles in the next generations. In this study, ~1400 chickens from a paternal broiler line were genotyped with the 600 K Affymetrix® Axiom® high-density (HD) genotyping array for estimation of linkage disequilibrium (LD), effective population size (Ne), inbreeding and ROH. The average LD between adjacent single nucleotide polymorphisms (SNPs) in all autosomes was 0.37, and the LD decay was higher in microchromosomes followed by intermediate and macrochromosomes. The Ne of the ancestral population was high and declined over time maintaining a sufficient number of animals to keep the inbreeding coefficient of this population at low levels. The ROH analysis revealed genomic regions that harbor genes associated with homeostasis maintenance and immune system mechanisms, which may have been selected in response to heat stress. Our results give a comprehensive insight into the relationship between shared ROH regions and putative regions related to survival and production traits in a paternal broiler line selected for over 20 years. These findings contribute to the und... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Frango de Corte; Melhoramento Genético Animal. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Artificial selection; Breeding and Genetic Improvement; Broiler chickens; Gallus gallus; Genomics; Inbreeding; Natural selection; Oxidative stress. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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| 4. |  | EUCLIDES FILHO, K.; FIGUEIREDO, G. R. de; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; EUCLIDES, V. P. B.; VAZ, E. C.; JUNQUEIRA, C. E. Características de carcaça de animais mestiços criados em sistemas intensivos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 37., 2000, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: SBZ, 2000. p. 199.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 5. | | EUCLIDES FILHO, K.; FIGUEIREDO, G. R. de; EUCLIDES, V. P. B.; SILVA, L. O. C. da; ROCCO, V.; BARBOSA, R. A.; JUNQUEIRA, C. E. Desempenho de diferentes grupos genéticos de bovinos de corte em confinamento. Revista Brasileira de Zootecnia, v. 32, n. 5, p. 1114-1122, out. 2003.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 6. | | EUCLIDES FILHO, K.; FIGUEIREDO, G. R. de; EUCLIDES, V. P. B.; SILVA, L. O. C. da; ROCCO, V.; BARBOSA, R. A.; JUNQUEIRA, C. E. Desempenho de diferentes grupos genéticos em confinamento. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 38., 2001, Piracicaba. Anais... Piracicaba: FEALQ, 2001. p. 659-660.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 7. | | EUCLIDES FILHO, K.; FIGUEIREDO, G. R. de; EUCLIDES, V. P. B.; SILVA, L. O. C. da; ROCCO, V.; BARBOSA, R. A.; JUNQUEIRA, C. E. Desempenho de diferentes grupos genéticos em confinamento. In: ENCONTRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA EM MATO GROSSO DO SUL, 2., 2002, Campo Grande. Resumos... Campo Grande: Superintendência de Ciência e Tecnologia, 2002. p. 459-464. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 8. | | LUCENA-LEANDRO, V.; ABREU, E. F. M.; VIDAL, L.; TORRES, C.; JUNQUEIRA, C.; ALMEIDA, J. D. de; FREIRE, E. V. S. A. Current scenario of exogenously induced RNAi for lepidopteran agricultural pest control: from dsRNA design to topical application. International Journal of Molecular Science, v. 23, n. 24, 2022. 15836. Na publicação: Emanuel Abreu; Juliana Almeida; Érika Albuquerque.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | PEREIRA, A. J. P.; JUNQUEIRA, C. S.; MELO, R. I. S.; SILVA, A. P. D.; MUNDIM, D. A.; TEIXEIRA, J. B. Obtenção de mudas clonais de café (coffea arabica L.) via embriogênese somática. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 9., 2004, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2004. p. 36.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | TEIXEIRA, J. B.; PEREIRA, A. J. P.; JUNQUEIRA, C. S.; MELLO, R. I. S. de; SILVA, A. P. D. da; MUNDIM, D. A. Obtenção de mudas clonais de café (Coffea arabica L.) via embriogênese somática. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília: Embrapa Café, 2005. 1 CD-ROM. Núcleo: Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café, p. 3.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | CRUZ, A. R. R.; PAIXÃO, A. L. D.; MACHADO, F. R.; BARBOSA, M. F. de F.; JUNQUEIRA, C. S.; CABRAL, G. B.; TEIXEIRA, J. B.; KOBAYASHI, A. K.; BRASILEIRO, A. C. M.; BARROS, E. V. S. A. Metodologia para obtenção de plantas transformadas de Coffea canephora por co-cultivo de calos embriogênicos com Agrobacterium tumefaciens. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2004. 15 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 58).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | NASCIMENTO, E. F. de M. B. do; SANTOS, L. C. G. dos; VIDAL, L. A.; LUCENA-LEANDRO, V. dos S.; JUNQUEIRA, C. I. C. V. V.; ALMEIDA, J. D. de; FREIRE, E. V. S. A. Obtenção de DNA genômico e RNA total de Leucoptera coffeella para sequenciamento gênico de alta fidelidade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 28., 2022, Fortaleza. Anais... Fortaleza: SEB, 2022. p. 1168| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 15. | | NASCIMENTO, E. F. M. B. do; SANTOS, L. C. G. dos; VIDAL, L. A.; LUCENA-LEANDRO, V. dos S.; JUNQUEIRA, C. I. C. V. F.; ALMEIDA, J. D. de; TOMATIELI, T. F.; MARANHÃO, A. Q.; FERNANDEZ, D.; FREIRE, E. V. S. A. Otimização de protocolo de extração de DNA genômico do bicho-mineiro do cafeeiro (Leucoptera coffeella) para sequenciamento Long-Read. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2021. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia / Comunicado Técnico, 209).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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| 16. | | NASCIMENTO, E. F. de M. B. do; SANTOS, L. C. G. dos; VIDAL, L. A.; LUCENA-LEANDRO, V. dos S.; JUNQUEIRA, C. I. C. V. F.; ALMEIDA, J. D. de; TOMATIELI, T. F.; MARANHÃO, A. Q.; FRAGOSO, R. da R.; FREIRE, E. V. S. A. Otimização de protocolo de extração RNA de Leucoptera coffeella para análises moleculares. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2021. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia / Comunicado Técnico, 210).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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