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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
22/04/2024 |
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Data da última atualização: |
22/04/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
AGUIRRE, N. C.; VILLALBA, P. V.; GARCÍA, M. N.; FILIPPI, C. V.; RIVAS, J. G.; MARTÍNEZ, M. C.; ACUÑA, C. V.; LÓPEZ, A. J.; LÓPEZ, J. A.; PATHAUER, P.; PALAZZINI, D.; HARRAND, L.; OBERSCHELP, J.; MARCÓ, M. A.; CISNEROS, E. F.; CARRERAS, R.; ALVES, A. M. M.; RODRIGUES, J. C.; HOPP, H. E.; GRATTAPAGLIA, D.; CAPPA, E. P.; PANIEGO, N. B.; POLTRI, S. N. M. |
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Afiliação: |
NATALIA CRISTINA AGUIRRE, UEDD INTA-CONICET; PAMELA VICTORIA VILLALBA, UEDD INTA-CONICET; MARTÍN NAHUEL GARCÍA, UEDD INTA-CONICET; CARLA VALERIA FILIPPI, UEDD INTA-CONICET; JUAN GABRIEL RIVAS, UEDD INTA-CONICET; MARÍA CAROLINA MARTÍNEZ, UEDD INTA-CONICET; CINTIA VANESA ACUÑA, UEDD INTA-CONICET; AUGUSTO J. LÓPEZ, INSTITUTO NACIONAL DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA; JUAN ADOLFO LÓPEZ, INSTITUTO NACIONAL DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA; PABLO PATHAUER, INSTITUTO NACIONAL DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA; DINO PALAZZINI, INSTITUTO NACIONAL DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA; LEONEL HARRAND, INSTITUTO NACIONAL DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA; JAVIER OBERSCHELP, INSTITUTO NACIONAL DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA; MARTÍN ALBERTO MARCÓ, INSTITUTO NACIONAL DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA; ESTEBAN FELIPE CISNEROS, UNIVERSIDAD NACIONAL DE SANTIAGO DEL ESTERO (UNSE); ROCÍO CARRERAS, UNIVERSIDAD NACIONAL DE SANTIAGO DEL ESTERO (UNSE); ANA MARIA MARTINS ALVES, UNIVERSIDADE DE LISBOA; JOSÉ CARLOS RODRIGUES, UNIVERSIDADE DE LISBOA; H. ESTEBAN HOPP, UEDD INTA-CONICET; DARIO GRATTAPAGLIA, CENARGEN; EDUARDO PABLO CAPPA, INSTITUTO NACIONAL DE TECNOLOGÍA AGROPECUARIA; NORMA BEATRIZ PANIEGO, UEDD INTA-CONICET; SUSANA NOEMÍ MARCUCCI POLTRI, UEDD INTA-CONICET. |
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Título: |
Comparison of ddRADseq and EUChip60K SNP genotyping systems for population genetics and genomic selection in Eucalyptus dunnii (Maiden). |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, 2024. |
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DOI: |
10.3389/fgene.2024.1361418 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Eucalyptus dunnii is one of the most important Eucalyptus species for short-fiber pulp production in regions where other species of the genus are affected by poor soil and climatic conditions. In this context, E. dunnii holds promise as a resource to address and adapt to the challenges of climate change. Despite its rapid growth and favorable wood properties for solid wood products, the advancement of its improvement remains in its early stages. In this work, we evaluated the performance of two single nucleotide polymorphism, (SNP), genotyping methods for population genetics analysis and Genomic Selection in E. dunnii. Double digest restriction-site associated DNA sequencing (ddRADseq) was compared with the EUChip60K array in 308 individuals from a provenance-progeny trial. The compared SNP set included 8,011 and 19,008 informative SNPs distributed along the 11 chromosomes, respectively. Although the two datasets differed in the percentage of missing data, genome coverage, minor allele frequency and estimated genetic diversity parameters, they revealed a similar genetic structure, showing two subpopulations with little differentiation between them, and low linkage disequilibrium. GS analyses were performed for eleven traits using Genomic Best Linear Unbiased Prediction (GBLUP) and a conventional pedigree-based model (ABLUP). Regardless of the SNP dataset, the predictive ability (PA) of GBLUP was better than that of ABLUP for six traits (Cellulose content, Total and Ethanolic extractives, Total and Klason lignin content and Syringyl and Guaiacyl lignin monomer ratio). When contrasting the SNP datasets used to estimate PAs, the GBLUP-EUChip60K model gave higher and significant PA values for six traits, meanwhile, the values estimated using ddRADseq gave higher values for three other traits. The PAs correlated positively with narrow sense heritabilities, with the highest correlations shown by the ABLUP and GBLUP-EUChip60K. The two genotyping methods, ddRADseq and EUChip60K, are generally comparable for population genetics and genomic prediction, demonstrating the utility of the former when subjected to rigorous SNP filtering. The results of this study provide a basis for future whole-genome studies using ddRADseq in non-model forest species for which SNP arrays have not yet been developed. MenosEucalyptus dunnii is one of the most important Eucalyptus species for short-fiber pulp production in regions where other species of the genus are affected by poor soil and climatic conditions. In this context, E. dunnii holds promise as a resource to address and adapt to the challenges of climate change. Despite its rapid growth and favorable wood properties for solid wood products, the advancement of its improvement remains in its early stages. In this work, we evaluated the performance of two single nucleotide polymorphism, (SNP), genotyping methods for population genetics analysis and Genomic Selection in E. dunnii. Double digest restriction-site associated DNA sequencing (ddRADseq) was compared with the EUChip60K array in 308 individuals from a provenance-progeny trial. The compared SNP set included 8,011 and 19,008 informative SNPs distributed along the 11 chromosomes, respectively. Although the two datasets differed in the percentage of missing data, genome coverage, minor allele frequency and estimated genetic diversity parameters, they revealed a similar genetic structure, showing two subpopulations with little differentiation between them, and low linkage disequilibrium. GS analyses were performed for eleven traits using Genomic Best Linear Unbiased Prediction (GBLUP) and a conventional pedigree-based model (ABLUP). Regardless of the SNP dataset, the predictive ability (PA) of GBLUP was better than that of ABLUP for six traits (Cellulose content, Total and Ethanolic... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
ABLUP; Double digest restriction-site associated DNA sequencing; GBLUP; Genomic prediction; Genotyping by sequencing; SNP array. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aEucalyptus dunnii is one of the most important Eucalyptus species for short-fiber pulp production in regions where other species of the genus are affected by poor soil and climatic conditions. In this context, E. dunnii holds promise as a resource to address and adapt to the challenges of climate change. Despite its rapid growth and favorable wood properties for solid wood products, the advancement of its improvement remains in its early stages. In this work, we evaluated the performance of two single nucleotide polymorphism, (SNP), genotyping methods for population genetics analysis and Genomic Selection in E. dunnii. Double digest restriction-site associated DNA sequencing (ddRADseq) was compared with the EUChip60K array in 308 individuals from a provenance-progeny trial. The compared SNP set included 8,011 and 19,008 informative SNPs distributed along the 11 chromosomes, respectively. Although the two datasets differed in the percentage of missing data, genome coverage, minor allele frequency and estimated genetic diversity parameters, they revealed a similar genetic structure, showing two subpopulations with little differentiation between them, and low linkage disequilibrium. GS analyses were performed for eleven traits using Genomic Best Linear Unbiased Prediction (GBLUP) and a conventional pedigree-based model (ABLUP). Regardless of the SNP dataset, the predictive ability (PA) of GBLUP was better than that of ABLUP for six traits (Cellulose content, Total and Ethanolic extractives, Total and Klason lignin content and Syringyl and Guaiacyl lignin monomer ratio). When contrasting the SNP datasets used to estimate PAs, the GBLUP-EUChip60K model gave higher and significant PA values for six traits, meanwhile, the values estimated using ddRADseq gave higher values for three other traits. The PAs correlated positively with narrow sense heritabilities, with the highest correlations shown by the ABLUP and GBLUP-EUChip60K. The two genotyping methods, ddRADseq and EUChip60K, are generally comparable for population genetics and genomic prediction, demonstrating the utility of the former when subjected to rigorous SNP filtering. The results of this study provide a basis for future whole-genome studies using ddRADseq in non-model forest species for which SNP arrays have not yet been developed.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| 261. |  | DRUMOND, M. A.; OLIVEIRA, V. R. de; SILVA, J. V. F. de A.; SA, I. B.; CALIXTO JUNIOR, J. T. Estado da arte da arborização urbana de Petrolina, PE. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARBORIZAÇÃO URBANA, 24.; CONGRESSO IBEROAMERICANO DE ARBORIZAÇÃO URBANA, 3.; CAMPEONATO BRASILEIRO DE ESCALADA EM ÁRVORES, 11.; CONGRESSO BRASILEIRO MIRIM DE ARBORIZAÇÃO URBANA, 1., 2022, Campo Grande. Floresta urbana viva. Campo Grande: Universidade Federal de Mato Grosso do Sul: Sociedade Brasileira de Arborização Urbana, 2022. p. 46-53.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 263. | | VALENCIO, A. G. B.; ARAÚJO, A. H.; SILVA, P. P.; BOITEUX, L. S.; OLIVEIRA, V. R.; FONSECA, M. E. N. Estabelecimento de uma coleção de clones genômicos e de cDNA de cebola (Allium cepa) contendo sequências similares a genes de resistência a doenças. CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 50., 2004, Florianópolis. 50 anos desvendando a genética: resumos. Florianópolis: SGB, 2004. CD-ROM. CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 264. | | OLIVEIRA, V. R.; LOPES, L. D.; SANTOS, C. A. F.; COSTA, N. D.; MELO, P. C. T. Época pede variedades adeguadas. Revista Campo e Negócios HF, Uberlândia, v. 4, n. 38 , p. 14-15 , jul. 2008| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 265. | | DRUMOND, M. A.; RIBASKI, J.; SA, I. B.; NASCIMENTO, C. E. de S.; OLIVEIRA, V. R. de. Espécies arbóreas exóticas de uso múltiplo para o semiárido brasileiro. In: SA, I. B.; SILVA, P. C. G. da. (Ed.). Semiárido brasileiro: pesquisa, desenvolvimento e inovação. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2010. cap. 7, p. 243-274. il.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Semiárido. |
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| 266. | | VALENCIO, A. G. R. B.; OLIVEIRA, V. R.; LOPES, J. F.; BOITEUX, L. S.; FONSECA, M. E. N. Estabelecimento de um banco de caracteres botânicos e agronômicos para populações de cebola suaves/doces. Horticultura Brasileira, Brasília, v. 22, n. 2, jul. 2004. Suplemento 2. Trabalho apresentado no 44º Congresso Brasileiro de Olericultura, 2004. Publicado também como resumo em: Horticultura Brasileira, Brasília, v. 22, n. 2, p. 414, jul. 2004. Suplemento 1.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 267. | | DRUMOND, M. A.; OLIVEIRA, V. R. de; TAVARES, J. A.; PEREIRA, L. G. R.; RIBASKI, J.; SA, I. B. Integração lavoura pecuária floresta na Chapada do Araripe, Pernambuco: resultados preliminares. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentadas. Brasília, DF: Embrapa, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 268. | | DRUMOND, M. A.; OLIVEIRA, V. R. de; TAVARES, J. A.; PEREIRA, L. G. R.; RIBASKI, J.; SA, I. B. Integração lavoura pecuária floresta na Chapada do Araripe, Pernambuco: resultados preliminares. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentadas. Brasília, DF: Embrapa, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 269. | | DRUMOND, M. A.; OLIVEIRA, V. R. de; TAVARES, J. A.; PEREIRA, L. G. R.; RIBASKI, J.; SA, I. B. Integração lavoura pecuária floresta na Chapada do Araripe, Pernambuco: resultados preliminares. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentadas. Brasília, DF: Embrapa, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 270. | | FRANCO, M. C.; CASSINI, S. T. A.; OLIVEIRA, V. R. de; CRUZ, C. D.; VIEIRA, C.; TSAI, S. M. Nodulação em acessos divergentes de feijão (Phaseolus vulgaris L.): II. Avaliação do potencial genético de parentais em cruzamento dialético. In: ENCONTRO CIENTIFICO DOS POS-GRADUADOS DO CENA/USP, 2., 1996, Piracicaba. Resumos... Piracicaba: CENA, 1996. p. 8.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 271. | | SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; SCHUHLI, G. S. e; GERHARDT, I. R.; OLIVEIRA, V. R. de. Melhoramento genético de eucaliptos para desenvolvimento de cultivares destinadas a múltiplos usos da madeira e de populações com potencial para superar possíveis adversidades ocasionadas por mudanças climáticas. In: SOTTA, E. D.; SAMPAIO, F. G.; MARZALL, K.; SILVA, W. G. da (org.). Estratégias de adaptação às mudanças do clima dos sistemas agropecuários brasileiros. Brasília, DF: MAPA, 2021. p. 48-49.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Florestas; Embrapa Semiárido. |
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| 273. | | SANTOS, M. F.; COSTA, N. D.; OLIVEIRA, V. R.; YURI, J. E.; SANTOS, F. H. C. dos; BOITEUX, L. S. Melhoramento de melão Pele de Sapo na EMBRAPA: perspectivas para o lançamento de híbridos para o Semiárido nordestino. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 31, p. S1974-S1981, jul. 2014. Suplemento. Edição dos Anais do 53 Congresso Brasileiro de Olericultura, jul. 2014.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 274. | | SILVA, V. P.; FERREIRA, M. A. R.; PASSOS, T. O.; OLIVEIRA, V. R. de; FREITAS, S. T. de. Perda de massa em frutos de umbuzeiro (Spondias tuberosa Arruda) armazenados em diferentes temperaturas. In: JORNADA DE INTEGRAÇÃO DA PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 3., 2018, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2018. p. 131-135. (Embrapa Semiárido. Documentos, 284).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 275. | | OLIVEIRA, V. R.; LEITE, D. L.; SANTOS, C. A. F.; COSTA, N. D.; MELO, P. C. T. de. Materiais resistentes. Revista Campo & Negócios HF, Uberlândia, v. 2, n. 24, p. 50-52, maio, 2007.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 277. | | DRUMOND, M. A.; OLIVEIRA, V. R. de; RIBASKI, J.; SANTOS, P. E. T. dos; TAVARES, J. A. Performance of two hybrid clones of eucalyptus planted under five spacings in the Araripe plateau, Pernambuco, Brazil. Acta Horticulturae, Leuven, n. 959, p. 167-172, 2012. Edição do Proceedings of the III International Symposium on Guava and other Myrtaceae, Petrolina, sept. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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| 278. | | DRUMOND, M. A.; OLIVEIRA, V. R. de; RIBASKI, J.; SANTOS, P. E. T. dos; TAVARES, J. A. Performance of two hybrid clones of eucalyptus planted under five spacings in the Araripe plateau, Pernambuco, Brazil. Acta Horticulturae, Leuven, n. 959, p. 167-172, 2012. Edição do Proceedings of the III International Symposium on Guava and other Myrtaceae, Petrolina, sept. 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 279. | | BONOMO, P.; CRUZ, C. D.; VIANA, J. M. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, V. R.; CARNEIRO, P. C. S. Seleção antecipada de progênies de café descendentes de "híbrido de Timor" x "Catuaí Amarelo" e "Catuaí Vermelho". Acta Scientiarum Agronomy, Maringá, v. 26, n. 1, p. 97-96, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 280. | | DRUMOND, M. A.; RIBASKI, J.; MORAES, S. A. de; OLIVEIRA, V. R. de; TAVARES, J. A.; VOLTOLINI, T. V. Silvipastoral system of eucalyptus and dedigitaria grass in Chapada do Araripe, Pernambuco, Brazil South Florida Journal of Environmental and Animal Science, v. 2, n. 4, p. 316-325, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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