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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
30/08/2018 |
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Data da última atualização: |
11/02/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Darlene Ana S. Duarte, UFV; Marina Rufino S. Fortes, University of Queensland; Marcio de Souza Duarte, UFV; Simone E. F. Guimarães, UFV; Lucas L. Verardo, UFV; Renata Veroneze, UFV; Andre Mauric F. Ribeiro, UFV; Paulo Sávio Lopes, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
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Título: |
Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018. |
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DOI: |
dx.doi.org/10.1071/AN16018 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
A large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding. |
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Palavras-Chave: |
Biological pathways; Post-GWAS; SNP-derived gene networks. |
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Thesagro: |
Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Pork. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02343naa a2200325 a 4500
001 2094834
005 2019-02-11
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $adx.doi.org/10.1071/AN16018$2DOI
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260 $c2018
520 $aA large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding.
650 $aAnimal breeding
650 $aPork
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650 $aSuíno
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700 1 $aSILVA, F. F. e
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 24 | |
| 2. |  | SIMÕES, K. da S.; SEREJO, J. A. dos S.; CARVALHO, H. L. Banco de Germoplasma (BAG) in vitro de banana. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECITEC RECÔNCAVO. 1., 2011, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2011. 1 CD-ROM. 2 p. Em paralelo aconteceram também os seguintes eventos: V Seminário de Pesquisa do Recôncavo da Bahia; V Seminário Estudantil de Pesquisa da UFRB; V Seminário da Pós-Graduação da UFRB; II Seminário Regional de Pesquisa da EBDA; 5ª Jornada...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 3. | | SIMÕES, K. da S.; JUNGHANS, T. G.; CALDAS, C. dos S.; OLIVEIRA, E. J. de. Desinfestação na germinação de sementes de Passiflora edulis Sims. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. p. 325.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 4. | | SIMÕES, K. da S.; LINO, L. S.; SOUZA, A. da S.; SILVA, S. de O. e. Micropropagação de inhame da costa (Dioscorea rotundata) em diferentes intensidades luminosa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 6. | | JUNGHANS, T. G.; CALDAS, C. dos S.; SIMÕES, K. da S.; CASTELLEN, M. da S. Germinação in vitro de sementes de Passiflora spp. na regeneração de acessos do Banco de Germoplasma. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 17.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 4.; 2009, Aracaju. Ciência, inovação e sustentabilidade: [anais...]. Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros; Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, 2009. 1 CD-ROM. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Documentos, 150). Organizadores: Ana da Silva Lédo; Fernanda Vidigal D. Souza; Vivian Loges; Everton Hilo de Souza; Ana Cecília R. de Castro.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 8. | | JUNGHANS, T. G.; SIMÕES, K. da S.; CALDAS, C. dos S.; SOUZA, A. da S.; ANDRADE, S. R. M. de. Comportamento in vitro de ápices caulinares provenientes de plantas adultas de Passiflora alata Curtis. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 17.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 4.; 2009, Aracaju. Ciência, inovação e sustentabilidade: [anais...]. Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros; Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, 2009. 1 CD-ROM. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Documentos, 150). Organizadores: Ana da Silva Lédo; Fernanda Vidigal D. Souza; Vivian Loges; Everton Hilo de Souza; Ana Cecília R. de Castro.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 9. | | JUNGHANS, T. G.; SIMÕES, K. da S.; CALDAS, C. dos S.; SOUZA, A. da S.; ANDRADE, S. R. M. D. Comportamento in vitro de ápices caulinares provenientes de plantas adultas de Passiflora alata Curtis In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 12.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 4., 2009, Aracajú. Ciência, inovação e sustentabilidade: [resumos]. Aracajú: Embrapa Tabuleiro Costeiros; Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e fruticultura, 2009. 1 CD-ROM. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 10. | | SIMÕES, K. da S.; MORAIS LlNO, L. S. M.; SOUZA, A. da S.; SILVA, S. de O. e. Propagação in vitro de inhame da costa (DIOSCOREA ROTUNDATA POIR.) em diferentes intensidades luminosas. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECONCITEC, 2., 2012, Cruz das Almas. Energias Renováveis, Educação, Tecnologia e Sociedade. Cruz das Almas, BA: UFRB, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 11. | | JUNGHANS, T. G.; SIMÕES, K. da S.; CALDAS, C. dos S.; SOUZA, A. da S.; ANDRADE, S. R. M. de. Estabelecimento in vitro de ápices caulinares de Passiflora edulis Sims visando limpeza clonal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória. Frutas para todos: estratégias, tecnologias e visão sustentável: anais. Vitória: INCAPER: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 12. | | JUNGHANS, T. G.; SIMÕES, K. da S.; CALDAS, C. dos S.; SOUZA, A. da S.; ANDRADE, S. R. M. de. Estabelecimento in vitro de ápices caulinares de Passiflora edulis Sims visando limpeza clonal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória. Frutas para todos: estratégias, tecnologias e visão sustentável: anais. Vitória: INCAPER: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 15. | | JUNGHANS, T. G.; CALDAS, C. dos S.; SIMÕES, K. da S.; SOUZA, A. da S.; ANDRADE, S. R. M. de. Estabelecimento in vitro de ápices caulinares provenientes de plantas adultas de Passiflora alata Curtis visando limpeza clonal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória. Frutas para todos: estratégias, tecnologias e visão sustentável: anais. Vitória: INCAPER: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 16. | | SIMÕES, K. da S.; PEIXOTO, M. de F. da S. P.; ALMEIDA, A. T.; LEDO, C. A. da S.; PEIXOTO, C. P.; PEREIRA, F. A. DE C. Água residuária de esgoto doméstico tratado na atividade microbiana do solo e crescimento da mamoneira. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v.17, n.5, p.518-523, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 17. | | SIMÕES, K. da S.; LINO, L. S. M.; SOUZA, A. da S.; SILVA, S. de O. e; LEDO, C. A. da S. Enraizamento de inhame em meios MS e carvão ativado. Científica, Jaboticabal, v.42, n.2, p.164-169, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 18. | | SOUZA, T. R. de; REZENDE, D. P.; KÜHL, P.; MASCARENHAS, M. S.; SIMÕES, K. da S.; MORAIS-LINO, L. S.; AUD, F. F.; SEREJO, J. A. dos S. Duplicação de cromossomos em diploides ancestrais de cultivares de banana e plátanos. In: CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 15., 2021. Mulheres na ciência desafios, oportunidades e conquistas. Cruz das Almas, BA: Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2021. 109 f. il. PDF.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | JUNGHANS, T. G.; ANDRADE, S. R. M. de; SIMÕES, K. DA S.; CALDAS, S. DOS S.; SOUZA, A. da S.; LEDO, C. A. da S. Cultivo in vitro de ápices caulinares provenientes de plantas adultas de Passiflora edulis, acesso BGM 38. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade. Natal: SBF, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 20. | | JUNGHANS, T. G.; ANDRADE, S. R. M. de; SIMÕES, K. da S.; CALDAS, C. dos S.; SOUZA, A. da S.; LEDO, C. da S. Cultivo in vitro de ápices caulinares provenientes de plantas adultas de Passiflora edulis, acesso BMG 38. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2010. 1 CD-ROM. pdf 1040| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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