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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
09/09/2014 |
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Data da última atualização: |
23/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GAZAFFI, R.; MARGARIDO, G. R. A.; PASTINA, M. M.; MOLLINARI, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
MARIA MARTA PASTINA, CNPMS. |
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Título: |
A model for quantitative trait loci mapping. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 10, p. 791-801, 2014. |
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DOI: |
10.1007/s11295-013-0664-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Quantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping. |
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Palavras-Chave: |
Arquitetura genética. |
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Thesagro: |
Genética; Progênie. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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005 2017-05-23
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520 $aQuantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping.
650 $aGenética
650 $aProgênie
653 $aArquitetura genética
700 1 $aMARGARIDO, G. R. A.
700 1 $aPASTINA, M. M.
700 1 $aMOLLINARI, M.
700 1 $aGARCIA, A. A. F.
773 $tTree Genetics & Genomes$gv. 10, p. 791-801, 2014.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 23 | |
| 1. |  | ALMEIDA, T. L. de; PANOSSO, A.; GAIAD, S.; MILORI, D. M. B. P.; LA SCALA JUNIOR, N.; MARTIN NETO, L. Áreas submetidas a aplicação de biossólido: avaliação do carbono emitido. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 3., 2011, São Carlos. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2011. p. 59. ( Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 104). Editado por: Luiz Francisco Zafalon; Patricia Tholon.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 2. | | MOITINHO, M. R.; FERRAUDO, A. S.; SALOMÃO, G. de B.; MOTTA, I. de S.; LA SCALA JUNIOR, N. Avaliação do desempenho de adubos verdes antecedendo o plantio de milho, em agroecossistema sob bases ecológicas, Utilizando-se análises multivariadas. In: SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA DE MATO GROSSO DO SUL, 4.; ENCONTRO DE PRODUTORES AGROECOLÓGICOS DE MS, 3., 2012, Glória de Dourados. O saber tradicional e o científico: a interação encurtando caminhos para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2012. 1 CD-ROM. Editado por: Leandro Fávio Carneiro, Milton Parron Padovan. Publicado também no Cadernos de Agroecologia, v. 7, n. 2, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 3. | | PANOSSO, A. R.; MILORI, D. M. B. P.; MARQUES JUNIOR, J.; MARTIN-NETO, L.; LA SCALA JUNIOR, N. Correlations between soil respiration and soil properties in sugarcane areas under green and slash-and-burn management systems. Geophysical research abstracts, Katlenburg-Lindau, v. 12, EGU2010-5983, 2010. Edição dos abstracts do European Geosciences Union - EGU2010 Webstreaming, Austria, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 4. | | PANOSSO, A. R.; MILORI, D. M. B. P.; MARQUES JÚNIOR, J.; SCALA JUNIOR, N.; MARTIN-NETO, L. MARTIN-NET, L. Emissão de CO2 e sua relação com o grau de humificação de um latossolo nos sistemas de colheita cana crua e cana queimada. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE SUBSTÂNCIAS HÚMICAS, 8., 2009, Pelotas, RS. Matéria orgânica ambiental e sustentabilidade: livro de resumos. Pelotas, RS: Embrapa Clima Temperado, 2009. p. 58.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 5. | | CARVALHO, C. M.; FIGUEIREDO, E. B. de; FERREIRA, E. C.; SCALA JUNIOR, N. L.; MILORI, D. M. B. P. Emissão de CO2 e caracterização da matéria orgânica do solo na cultura de cana-de-açucar segundo diferentes manejos. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 58. Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Lucimara Aparecida Forato, Maria Alice Martins, Ladislau Marcelino Rabello, Rubens Bernardes Filho. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56)| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 6. | | CARVALHO, C. M.; FIGUEIREDO, E. B. de; FERREIRA, E. C.; LA SCALA JUNIOR, N.; MILORI, D. M. B. P. Emissão de CO2 na cultura de cana-de-açúcar segundo diferentes manejos. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 3., 2011, São Carlos. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação, 2011. p. 11. ( Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 104). Editado por: Luiz Francisco Zafalon; Patricia Tholon.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 7. | | BOLONHEZI, D.; LA SCALA JÚNIOR, N.; PEREIRA, J. C. V. N. A.; CANTARELLA, H.; CERDEIRA, A. L.; GENTILIN JÚNIOR, O. Emissão de CO2 do solo cultivado com soja em diferentes sistemas de preparo e doses de calcário sobre palhada de cana crua. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 15., 2004, Santa Maria, RS. Manejo integrado a ciência do solona produção de alimentos: anais. Santa Maria, RS: Universidade Federal de Santa Maria, 2004.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 8. | | PANOSSO, A. R.; MILORI, D. M. B. P.; MARQUES JÚNIOR, J.; SCALA JUNIOR, N.; MARTIN-NETO, L. Emissão de CO2 e sua relação com o grau de humificação de um latossolo nos sistemas de colheita cana crua e cana queimada. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE SUBSTÂNCIAS HÚMICAS, 8., 2009, Pelotas, RS. Matéria orgânica ambiental e sustentabilidade: anais. Pelotas, RS: Embrapa Clima Temperado, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 9. | | GONÇALVES, D. R. P.; INAGAKI, T. M.; BARIONI, L. G.; SCALA JUNIOR, N. L.; CHERUBIN, M. R.; SÁ, J. C. de M.; CERRI, C. E. P.; ANSELMI, A. Accessing and modelling soil organic carbon stocks in Prairies, Savannas, and forests. Catena, v. 243, 108219, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | FARHATE, C. V. V.; SOUZA, Z. M. de; OLIVEIRA, S. R. de M.; CARVALHO, J. L. N.; LA SCALA JÚNIOR, N.; SANTOS, A. P. G. Classification of soil respiration in areas of sugarcane renewal using decision tree. Scientia Agricola, v. 75, n. 3, p. 216-224, May/June 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | TAVARES, R. L. M.; OLIVEIRA, S. R. de M.; BARROS, F. M. M. de; FARHATE, C. V. V.; SOUZA, Z. M. de; LA SCALA JUNIOR, N. Prediction of soil CO2 flux in sugarcane management systems using the Random Forest approach. Scientia Agricola, Piracicaba, v. 74, n. 4, p. 281-287, July/Aug. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 12. | | DE FIGUEIREDO, E. B.; JAYASUNDARA, S.; RONQUIM, C. C.; BORDONAL, R. DE O.; BERCHIELLI, T. T.; REIS, R. A.; WAGNER-RIDDLE, C.; LA SCALA JUNIOR, N. Greenhouse gas mitigation and offset options for beef cattle production under contrasting pasture management systems in Brazil. In: WORLD CONGRESS ON INTEGRATED CROP-LIVESTOCK-FOREST SYSTEMS; INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON INTEGRATED CROP-LIVESTOCK SYSTEMS, 3., 2015, Brasília, DF. Towards sustainable intensification: proceedings. Brasília, DF: Embrapa, 2015. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 13. | | MORENO, A. de L.; COSTA, F. de S.; SCALA JUNIOR, N. la; PANOSSO, A. R.; CARVALHO JUNIOR, J. A. de; SANTOS, J. C. dos. Emissão de CO2 de solos de florestas primária e secundária em regeneração espontânea após corte e queima no sudoeste da Amazônia brasileira. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 19., 2012, Lages. Conservação do solo e da água no Brasil: preceitos e ações no ensino, na pesquisa e na extensão. Lages: SBCS: UDESC: IF: EPAGRI, 2012. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 14. | | ALMEIDA, T. L. de; PANOSSO, A.; BERALDO, J. M. G; GAIAD, S.; MILORI, D. M. B. P.; LA SCALA JUNIOR, N.; MARTIN NETO, L. Estudo da emissão de CO2 do solo em áreas submetidas a aplicação de biossólido. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE SUBSTÂNCIAS HÚMICAS, 9., 2011. Aracaju, Sergipe. Matéria Orgânica Natural e Substâncias Húmicas: dos avanços das técnicas de caracterização do sequestro de C: anais. Aracaju, Sergipe: Departamento de Quimica da UFS: Grupo Brasileiro do IHSS, 2011. não paginado. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Instrumentação. |
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| 15. | | MOITINHO, M. R.; PADOVAN, M. P.; MOTTA, I. de S.; SALOMÃO, G. de B.; BOSQUETTI, L. de B.; LA SCALA JÚNIOR, N. Desempenho de variedades de cana-de-açúcar consorciadas com Crotalaria juncea sob manejo ecológico em solo de Cerrado, em Dourados, Mato Grosso do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 7., 2011, Fortaleza. Ética na ciência: agroecologia como paradigma para o desenvolvimento rural. [S.l.]: ABA-Agroecologia, 2011. Publicado também na: Revista Brasileira de Agroecologia, v. 6. n. 2, dez. 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 16. | | ALMEIDA, T. L. de; PANOSSO, A.; GAIAD, S.; MILORI, D.; LA SCALA JÚNIOR, N.; MARTIN NETO, L.; BERALDO, J. M. G. Respiração do solo em áreas submetidas a aplicação de biossólido. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. Uberlândia: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 17. | | FACHINI, I. A.; RONQUIM, C. C.; FIGUEIREDO, E. B. de; BORDONAL, R. O.; SCALA-JUNIOR, N. L.; MILORI, D. M. B. P. Técnicas para caracterização dos estoques de carbono e humidificação da matéria orgânica em diferentes sistemas de manejo de solos na região de Mococa (SP). In: SIMPÓSIO NACIONAL DE INSTRUMENTAÇÃO AGROPECUÁRIA, 2014, São Carlos, SP Anais do SIAGRO: ciência, inovação e mercado 2014. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2014. p. 65-68. Editores: Carlos Manoel Pedro Vaz, Débora Marcondes Bastos Pereira Milori, Silvio Crestana.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 18. | | FACHINI, I. A.; RONQUIM, C. C.; FIGUEIREDO, E. B. DE; BORDONAL, R. O.; SCALA-JÚNIOR, N. L.; MILORI, D. M. B. P. Técnicas para caracterização dos estoques de carbono e humificação da matéria orgânica em diferentes sistemas de manejo de solos na região de Mococa (SP). In: SIMPÓSIO NACIONAL DE INSTRUMENTAÇÃO AGROPECUÁRIA, 2014, São Carlos, SP. Ciência, inovação e mercado: anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2014. SIAGRO 2014. 7 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 19. | | VICENTINI, M. E.; PINOTTI, C. R.; HIRAI, W. Y.; MORAES, M. L. T.; MONTANARI, R.; TEIXEIRA FILHO, M. C. M.; MILORI, D. M. B. P.; LA SCALA JUNIOR, N.; PANOSSO, A. R. CO2 emission and its relation to soil temperature, moisture, and O2 absorption in the reforested areas of Cerrado biome, Central Brazil. Plant and Soil, 2019. 193–211| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 20. | | SÁ, M. M. F.; SCHAEFER. C. E. G. R.; LOUREIRO, D. C.; SIMAS, F. N. B.; ALVES, B. J. R.; MENDONÇA, E. de SÁ; FIGUEIREDO, E. B. de; LA SCALA JUNIOR, N. Fluxes of CO2, CH4, and N2O in tundra-covered and Nothofagus forest soils in the Argentinian Patagonia. Science of Total Environment, v. 659, p. 401-409, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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