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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
09/09/2014 |
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Data da última atualização: |
23/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GAZAFFI, R.; MARGARIDO, G. R. A.; PASTINA, M. M.; MOLLINARI, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
MARIA MARTA PASTINA, CNPMS. |
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Título: |
A model for quantitative trait loci mapping. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 10, p. 791-801, 2014. |
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DOI: |
10.1007/s11295-013-0664-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Quantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping. |
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Palavras-Chave: |
Arquitetura genética. |
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Thesagro: |
Genética; Progênie. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02039naa a2200217 a 4500
001 1994580
005 2017-05-23
008 2014 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1007/s11295-013-0664-2$2DOI
100 1 $aGAZAFFI, R.
245 $aA model for quantitative trait loci mapping.$h[electronic resource]
260 $c2014
520 $aQuantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping.
650 $aGenética
650 $aProgênie
653 $aArquitetura genética
700 1 $aMARGARIDO, G. R. A.
700 1 $aPASTINA, M. M.
700 1 $aMOLLINARI, M.
700 1 $aGARCIA, A. A. F.
773 $tTree Genetics & Genomes$gv. 10, p. 791-801, 2014.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
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| 21. |  | ALVES, R. S.; SILVA, M. S.; RABELLO, A. R.; ESPÍNDOLA, L. S.; SILVA, E. M.; PAULA, J. E. de; LIMA, T. R.; VIEIRA, E. A.; ANJOS, J. de R. N. dos. Extratos orgânicos de plantas nativas do cerrado dos gêneros Cibistax, Tabebuia, Arrabeia e Anemopaegma (Família Bignoniaceae) não apresentaram atividade antimicrobiana contra vários fungos fitopatogênicos. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 22. | | ALVES, R. S.; SILVA, M. S.; RABELLO, A. R.; ESPÍNDOLA, L. S.; SILVA, E. M.; PAULA, J. E. de; LIMA, T. R.; VIEIRA, E. A.; ANJOS, J. de R. N. dos. Extratos orgânicos de plantas nativas do Cerrado dos gêneros Cibistax, Tabebuia, Arrabeia e Anemopaegma (Família Bignoniaceae) não apresentaram atividade antimicrobiana contra vários fungos fitpatogênicos. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 folder.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 23. | | ALVES, R. S.; SILVA, M. S.; RABELLO, A. R.; ESPÍNDOLA, L. S.; SILVA, E. M.; PAULA, J. E. de; LIMA, T. R.; VIEIRA, E. A.; ANJOS, J. de R. N. dos. Extratos orgânicos de plantas nativas do Cerrado dos gêneros Cibistax, Tabebuia, Arrabeia e Anemopaegma (Família Bignoniaceae) não apresentaram atividade antimicrobiana contra vários fungos fitpatogênicos. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 24. | | NASCIMENTO, T. A. do; SILVA, M. S.; RABELLO, A. R.; ALVES R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; SILVA, E. M.; PAULA, J. E. de; LIMA, T. R.; VIEIRA, E. A.; ANJOS, J. de R. N. dos. Extratos orgânicos de plantas "Pau-terra" nativas do Cerrado (Gênero Qualea; Família: Vochysiaceae) são ativos contra crescimento micelial in vitro de fungos fitopatogênicos. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 25. | | NASCIMENTO, T. A. do; SILVA, M. S.; RABELLO, A. R.; ALVES R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; SILVA, E. M.; PAULA, J. E. de; LIMA, T. R.; VIEIRA, E. A.; ANJOS, J. de R. N. dos. Extratos orgânicos de plantas "Pau-terra" nativas do Cerrado (Gênero Qualea; Família: Vochysiaceae) são ativos contra crescimento micelial in vitro de fungos fitopatogênicos. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 26. | | SILVA, M. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E.; ROCHA, T. L.; SILVA, A. C. P.; OLIVEIRA, L. D.; SILVA, L. N.; COSTA, J. V. M.; MURAD, A. M.; CHARCHAR, M. J. d'A.; ANJOS, J. R. N. Fungi, pathogenic to soybean, cotton, stylosanthes and wheat, are sensitive to organic extracts of Cerrado native Annonaceae plants. Tropical Plant Pathology, v. 33, p. S107, 2008. Suplemento. Trabalho apresentado no 41º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 2008, Belo Horizonte.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 27. | | SILVA, M. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E.; ROCHA, T. L.; SILVA, A. C. P.; OLIVEIRA, L. D.; SILVA, L. N.; COSTA, J. V. M.; MURAD, A. M.; CHARCHAR, M. J. d'A.; ANJOS, J. R. N. Fungi, pathogenic to soybean, cotton, stylosanthes and wheat, are sensitive to organic extracts of Cerrado native Annonaceae plants. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 41., 2008, Belo Horizonte. [Resumos...]. Tropical Plant Pathology, v. 33, 2008. Suplemento. Resumo CAL-025. p. S107.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 28. | | SANTOS, L. C. B. dos; SILVA, M. S.; PEREIRA, A. C. G.; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de algodão, soja e estilosantes são sensíveis a extratos orgânicos de planta nativa do Cerrado do gênero Duguetia (Família Annonacea). Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 folder.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 29. | | SANTOS, L. C. B. dos; SILVA, M. S.; PEREIRA, A. C. G.; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de algodão, soja e estilosantes são sensíveis a extratos orgânicos de planta nativa do Cerrado do gênero Duguetia (Família Annonacea). In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 30. | | SANTOS, L. C. B. dos; SILVA, M. S.; PEREIRA, A. C. G.; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de algodão, soja e estilosantes são sensíveis a extratos orgânicos de planta nativa do Cerrado do gênero Duguetia (Família Annonacea). In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 31. | | ASSIS, M. F. de O.; SILVA, M. S.; OLIVEIRA, L. D. de; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de soja e algodão são sensíveis a extratos orgânicos de planta nativa do Cerrado do gênero Xylopia, Família Annonacea. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 folder.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 32. | | ASSIS, M. F. de O.; SILVA, M. S.; OLIVEIRA, L. D. de; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de soja e algodão são sensíveis a extratos orgânicos de planta nativa do Cerrado do gênero Xylopia, Família Annonacea. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 33. | | ASSIS, M. F. de O.; SILVA, M. S.; OLIVEIRA, L. D. de; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de soja e algodão são sensíveis a extratos orgânicos de planta nativa do Cerrado do gênero Xylopia, Família Annonacea. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 34. | | SILVA, L. J. da; SILVA, M. S.; SILVA, L. N. da; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de soja são sensíveis a extratos orgânicos de planta "fruta-do-conde" nativa do Cerrado do gênero Annona sp. (Família Annonacea). Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 folder.| Tipo: Folder/Folheto/Cartilha |
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| 35. | | SILVA, L. J. da; SILVA, M. S.; SILVA, L. N. da; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de soja são sensíveis a extratos orgânicos de planta "fruta-do-conde" nativa do Cerrado do gênero Annona sp. (Família Annonacea). In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 36. | | SILVA, L. J. da; SILVA, M. S.; SILVA, L. N. da; RABELLO, A. R.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; PAULA, J. E. de; VIEIRA, E. A.; LIMA, T. R.; ANJOS, J. de R. N. dos. Fungos patogênicos de soja são sensíveis a extratos orgânicos de planta "fruta-do-conde" nativa do cerrado do gênero Annona sp. (Família Annonacea). In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 37. | | RABELLO, A. R.; SILVA, M. S.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; SILVA, E. M.; PAULA, J. E. de; LIMA, T. R.; VIEIRA, E. A.; ANJOS, J. de R. N. dos. Gênero Pouteria de plantas nativas do Cerrado, da família do "sapoti" (Sapotaceae) , produz princípios ativos na raiz contra crescimento micelial in vitro de fungos patogênicos de soja. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 38. | | RABELLO, A. R.; SILVA, M. S.; ALVES, R. S.; ESPÍNDOLA, L. S.; SILVA, E. M.; PAULA, J. E. de; LIMA, T. R.; VIEIRA, E. A.; ANJOS, J. de R. N. dos. Gênero Pouteria de plantas nativas do cerrado, da família do "sapoti" (Sapotaceae) , produz princípios ativos na raiz contra crescimento micelial in vitro de fungos patogênicos de soja. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM. Organizado por Fábio Gelape Faleiro e Austeclínio Lopes de Farias Neto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 39. | | ROCHA, T. L.; MURAD, A. M.; ESPINDOLA, L. S.; FIRMINO, A. A. P.; NETO, O. B. de O.; COUTINHO, M. V.; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. Prospecção de moléculas de extratos vegetais do bioma cerrado para o controle de Colletotrichum gossypii var. cephalosporioides e Meloidogyne incognita. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. 30 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 228).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 40. | | MURAD, A. M.; ROCHA, T. L.; SILVA, M. S.; LACERDA, A. F.; ESPINDOLA, L. S.; SUASSUNA, N. D.; CHARCHAR, M. J. A.; ANJOS, J. R. N.; GROSSI-DE-SÁ, M. F. Prospecção de moléculas de plantas nativas do cerrado com atividade contra o fungo causador da ramulose no algodoeiro. In: WORKSHOP INTERAÇÃO MOLECULAR PLANTA-PRAGA, 2., 2007, Brasília. Anais... Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 75-78.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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