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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
19/12/2013 |
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Data da última atualização: |
04/04/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
PAPPAS, M. de C. R. |
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Afiliação: |
MARÍLIA DE CASTRO RODRIGUES PAPPAS. |
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Título: |
Descoberta e análise da variabilidade interespecífica de pequenos RNAs via sequenciamento de nova geração em Eucalyptus. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
2013 |
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Páginas: |
138 f. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Biologia Celular) - Instituto de Ciências Biológicas, Universidade de Brasília, Brasília, DF. Orientador: Dario Grattapaglia. |
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Conteúdo: |
Ha pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. A caracterização in silica das sequências obtidas com o sequenciamento obedeceu a uma sequência de passos que, basicamente, se iniciou pela busca, por similaridade de sequência, visando a identificação de sequências de miRNAs de famílias conservadas em outras espécies e já descritas anteriormente. Em seguida, a identificação de potenciais novos miRNAs obedeceu a uma sequência de critérios já descritos. As sequências de pequenos RNAs derivadas do sequenciamento em larga escala foram mapeadas fisicamente no genoma identificando assim os potenciais locos dos genes MIR e permitindo a validação in silica pela análise da estrutura secundaria compatível com os parâmetros de precursores, satisfazendo a primeira premissa para a validação de um novo miRNA. Os números totais obtidos mostram claramente a cautela que deve existir na analise de dados de sequenciamento de pequenos RNAs. Dentre os grandes números obtidos, parte é representada por contaminantes como RNA ribossômico e de cloroplasto. Dentre os pequenos RNAs regulatórios, diferentes classes e subclasses estão representadas e os critérios para declarar uma sequência de pequeno RNA como um miRNA devem ser cuidadosamente observados. A validação experimental das sequências de potenciais novos miRNAs foi, inicialmente, realizada via northern blot de algumas das sequências mais expressas em cada uma das amostras sequenciadas. Uma validação em larga escala foi realizada em seguida utilizando um microarranjo contendo milhares das sequências putativas de miRNAs descobertas no sequenciamento. Além da análise interespecífica, foram utilizadas amostras de tecidos distintos - folha, xilema, ovário e plântulas - visando uma análise da variabilidade de expressão entre tecidos. A predição de alvos para os candidatos a novos miRNAs foi realizada in silica. Foi realizada uma busca por sequências que apresentem complementariedade as sequências dos miRNAs utilizando o banco de transcritos de Eucalyptus disponível publicamente no site que hospeda os genomas sequenciados pelo JGI (phytozome.net). A análise dos dados de sequenciamento em larga escala revelou aspectos interessantes do repertório de pequenos RNAs. Sequências de 21 nucleotídeos altamente expressas nas amostras sequenciadas foram caracterizadas como pequenos RNAs interferentes (siRNAs) secundários, ou trans-acting siRNAs (tasi-RNAs), sintetizados em fase a partir da clivagem de transcritos alvo por miRNAs. A identificação de alvos desses tasiRNAs revelou um mecanismo conservado de regulação da expressão de genes envolvidos na defesa contra patógenos, notadamente, os da família caracterizada pelos domínios protéicos NBS-LRR (NB-ARC - leucine rich repeat), e de genes da família PPR (pentatricopeptide repeat). MenosHa pouco mais de uma decada foi descrita a função de mais uma classe de elementos regulatórios chamados de micro RNAs - miRNAs. Inicialmente descritos como reguladores pós transcricionais envolvidos com desenvolvimento, estes reguladores já tiveram papel validado em uma ampla gama de processos como germinação, determinação de morfologia e respostas a estresse biótico e abiótico. A descrição desta classe de reguladores em Eucalyptus contribui com o conhecimento cientifico deste importante e vasto gênero inserindo mais um relevante elemento na anotação do recente genoma de referência de Eucalyptus grandis. Para a identificação em escala genômica de miRNAs em Eucalyptus, foi realizado o sequenciamento em larga escala em amostras de folha e xilema em desenvolvimento nas duas principais espécies plantadas do gênero - E. grandis e E. glabulus. Com o objetivo de otimizar 0o processo de descoberta de locos de pequenos RNAs, as amostras de falha e xilema de E. grandis usadas no sequenciamento foram da mesma árvore BRASUZl, usada para a geração do genoma de referência de Eucalyptus. O sequenciamento permitiu, além da descoberta de pequenos RNAs, uma análise da variabilidade interespecífica pelo mapeamento das sequências de ambas as espécies contra 0 genoma de E. grandis. 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Eucalyptus Grandis. |
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Categoria do assunto: |
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650 $aEucalyptus Grandis
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 27 | |
| 5. |  | FONSECA, L. M. F. da; REIS, D. P. dos; RIBAS, R. N. R.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; MARRIEL, I. E. Eficiência no uso de nitrogênio em genótipo de milho inoculado com diferentes estirpes de Azospirillum sp. Hechos Microbiológicos, v. 5, n. 2, p. 96, 2014. Suplemento. Edição das Memorias do 22º Congreso Latinoamericano de Microbiologia e 4º Congreso Colombiano de Microbiologia, Cartagena, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 6. | | MOREIRA, E. D. S.; LANA, A. L. M. Q.; GONTIJO NETO, M.; SOUSA, J. C. da C. de; MELO, I. G.; REIS, D. P. dos; MARRIEL, I. E. Alterações das enzimas urease e arginase em solo do cerrado sob sistema de Integração Lavoura Pecuária e Floresta. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 1040. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | FONSECA, L. M. F. da; REIS, D. P. dos; GUIEIRO, C. dos S. M.; RIBAS, R. N. R.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; MARRIEL, I. E. Avaliação da inoculação com diferentes estirpes de Azospirillum sp. na produtividade de milho sob quatro níveis de nitrogênio. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 30.; SIMPÓSIO SOBRE LEPDÓPTEROS COMUNS A MILHO, SOJA E ALGODÃO, 1., 2014, Salvador. Eficiência nas cadeias produtivas e o abastecimento global: resumos expandidos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 9. | | REIS, D. P. dos; GUIMARAES, F. F. M.; OLIVEIRA, J. C. M. D. de; MARINS, M. S.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; GUIMARAES, L. J. M.; MARRIEL, I. E. Ganhos de produtividade de milho em função de diferentes inoculantes de bactérias diazotróficas do gênero Azospirillum. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 1033. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | RIBEIRO, R. da S.; PASSOS, A. M. A. dos; MARRIEL, I. E.; MELO, I. G.; MARCOLAN, A. L.; CIPRIANI, H. N.; REIS, D. P. dos. Milho e braquiária Ibiporã em integração lavoura pecuária na região sudoeste da Amazônia sob diferentes históricos de uso do solo: desempenho e atividade enzimática do solo. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 202.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Rondônia. |
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| 11. | | REIS, D. P. dos; FONSECA, L. M. F. da; RAMOS, T. C. D. de A; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; GUIMARAES, L. J. M.; MARRIEL, I. E. Ecologia microbiana da rizosfera de plantas de milho inoculadas com Azospirillum sp: III. diversidade metabólica da comunidade bacteriana. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 35., 2015, Natal. O solo e suas múltiplas funções: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 12. | | OLIVEIRA, J. C. M. D. de; COTTA, S. P. M.; MELO, I. G.; REIS, D. P. dos; LANA, U. G. de P.; MARRIEL, I. E. Potencial biotecnológico de actinobactérias para produção de celulase. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 998. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | SOUSA, J. C. da C. de; MARTINS, D. C.; REIS, D. P. dos; BOMBA, J. P.; CASTRO, C. M. S.; MELO, I. G.; RESENDE, A. V.; MARRIEL, I. E. Diversidade funcional da comunidade microbiana de solo de cerrado submetido à adubação com diferentes fontes e doses de organominerais. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: [anais]. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 1088. FertBio 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | MARRIEL, I. E.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; OLIVEIRA, A. C. de; GOMES, E. A.; TARDIN, F. D.; COSTA, R. V. da; CORREA, L. V. T.; LANA, U. G. de P.; REIS, D. P. dos. Desenvolvimento e validação da eficiência agronômica de inoculantes à base de estirpes de Azospirillum na cultura do milho. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2024. 9 p. (Embrapa Milho e Sorgo. Circular Técnica, 292). ODS 12.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 15. | | MENDES, F. F.; GUIMARAES, L. J. M.; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E. de O.; MARTINS, K. G.; OLIVEIRA, K. G. de; REIS, D. P. dos; GOMES, P. H. F. Correlações entre caracteres de milho tropical sob estresse por deficiência de fósforo. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 2807-2812. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 16. | | REIS, D. P. dos; SOARES, F. R.; OLIVEIRA, K. G. de; MENDES, F. F.; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARAES, P. E. O.; PARENTONI, S. N.; GOMES, P. H. F.; TAVARES, R. B. Correlações entre características de milho sob estresse hídrico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 17. | | MENDES, F. F.; TALES SOUZA TEIXEIRA; GUIMARAES, L. J. M.; MARTINS, K. G.; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E. de O.; OLIVEIRA, K. G. de; REIS, D. P. dos; GOMES, P. H. P. Comportamento de híbridos top-crosses de milho sob estresse hídrico. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 2801-2806. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 18. | | REIS, D. P. dos; GUIMARAES, L. J. M.; MENDES, F. F.; GUIMARAES, P. E. de O.; PARENTONI, S. N.; PACHECO, C. A. P.; MACHADO, J. R. de A.; MEIRELLES, W. F.; SILVA, A. R. da; OLIVEIRA, K. G. Comportamento de variedades de milho em quatro ambientes de Minas Gerais. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 2783-2789. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | REIS, D. P. dos; GUIMARAES, L. J. M.; MENDES, F. F.; GUIMARAES, P. E. O.; PARENTONI, S. N.; PACHECO, C. A. P.; MACHADO, J. R. de A.; MEIRELLES, W. F.; SILVA, A. R. da; OLIVEIRA, K. G. de. Comportamento de variedades de milho em quatro ambientes de Minas Gerais. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 5., 2013, Sete Lagoas. [Trabalhos apresentados]. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2013. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 20. | | OLIVEIRA, K. G. de; MENDES, F. F.; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARAES, P. E. O.; PARENTONI, S. N.; MARRIEL, I. E.; REIS, D. P. dos; TAVARES, R. B.; GOMES, P. H. F. Caracterização de híbridos de milho quanto à eficiência no uso de nitrogênio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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