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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
24/10/2012 |
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Data da última atualização: |
20/02/2015 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P.; RESENDE, M. D. V. de; GARRICK, D. J.; FERNANDO, R. L.; DAVIS, J. M.; JOKELA, E. J.; MARTIN, T. A.; PETER, G. F.; KIRST, M. |
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Afiliação: |
M. F. R. RESENDE JUNIOR, UNIVERSITY OF FLORIDA; P. MUÑOZ, UNIVERSITY OF FLORIDA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; D. J. GARRICK, IOWA STATE UNIVERSITY; R. L. FERNANDO, IOWA STATE UNIVERSITY; J. M. DAVIS, UNIVERSITY OF FLORIDA; E. J. JOKELA, UNIVERSITY OF FLORIDA; T. A. MARTIN, UNIVERSITY OF FLORIDA; G. F. PETER, UNIVERSITY OF FLORIDA; M. KIRST, UNIVERSITY OF FLORIDA. |
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Título: |
Accuracy of genomic selection methods in a standard data set of loblolly pine (Pinus taeda L.). |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics, v. 190, p. 1503-1510, April 2012. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection can increase genetic gain per generation through early selection. Genomic selection is expected to be particularly valuable for traits that are costly to phenotype and expressed late in the life cycle of long-lived species. Alternative approaches to genomic selection prediction models may perform differently for traits with distinct genetic properties. Here the performance of four different original methods of genomic selection that differ with respect to assumptions regarding distribution of marker effects, including (i) ridge regression–best linear unbiased prediction (RR–BLUP), (ii) Bayes A, (iii) Bayes Cp, and (iv) Bayesian LASSO are presented. In addition, a modified RR–BLUP (RR–BLUP B) that utilizes a selected subset of markers was evaluated. The accuracy of these methods was compared across 17 traits with distinct heritabilities and genetic architectures, including growth, development, and disease-resistance properties, measured in a Pinus taeda (loblolly pine) training population of 951 individuals genotyped with 4853 SNPs. The predictive ability of the methods was evaluated using a 10-fold, cross-validation approach, and differed only marginally for most method/trait combinations. Interestingly, for fusiform rust disease-resistance traits, Bayes Cp, Bayes A, and RR–BLUB B had higher predictive ability than RR–BLUP and Bayesian LASSO. Fusiform rust is controlled by few genes of large effect. A limitation of RR–BLUP is the assumption of equal contribution of all markers to the observed variation. However, RR-BLUP B performed equally well as the Bayesian approaches.The genotypic and phenotypic data used in this study are publically available for comparative analysis of genomic selection prediction models. MenosGenomic selection can increase genetic gain per generation through early selection. Genomic selection is expected to be particularly valuable for traits that are costly to phenotype and expressed late in the life cycle of long-lived species. Alternative approaches to genomic selection prediction models may perform differently for traits with distinct genetic properties. Here the performance of four different original methods of genomic selection that differ with respect to assumptions regarding distribution of marker effects, including (i) ridge regression–best linear unbiased prediction (RR–BLUP), (ii) Bayes A, (iii) Bayes Cp, and (iv) Bayesian LASSO are presented. In addition, a modified RR–BLUP (RR–BLUP B) that utilizes a selected subset of markers was evaluated. The accuracy of these methods was compared across 17 traits with distinct heritabilities and genetic architectures, including growth, development, and disease-resistance properties, measured in a Pinus taeda (loblolly pine) training population of 951 individuals genotyped with 4853 SNPs. The predictive ability of the methods was evaluated using a 10-fold, cross-validation approach, and differed only marginally for most method/trait combinations. Interestingly, for fusiform rust disease-resistance traits, Bayes Cp, Bayes A, and RR–BLUB B had higher predictive ability than RR–BLUP and Bayesian LASSO. Fusiform rust is controlled by few genes of large effect. A limitation of RR–BLUP is the assumption of equal contrib... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Precisão. |
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Thesagro: |
Pinus Taeda; Seleção Genética. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aGenomic selection can increase genetic gain per generation through early selection. Genomic selection is expected to be particularly valuable for traits that are costly to phenotype and expressed late in the life cycle of long-lived species. Alternative approaches to genomic selection prediction models may perform differently for traits with distinct genetic properties. Here the performance of four different original methods of genomic selection that differ with respect to assumptions regarding distribution of marker effects, including (i) ridge regression–best linear unbiased prediction (RR–BLUP), (ii) Bayes A, (iii) Bayes Cp, and (iv) Bayesian LASSO are presented. In addition, a modified RR–BLUP (RR–BLUP B) that utilizes a selected subset of markers was evaluated. The accuracy of these methods was compared across 17 traits with distinct heritabilities and genetic architectures, including growth, development, and disease-resistance properties, measured in a Pinus taeda (loblolly pine) training population of 951 individuals genotyped with 4853 SNPs. The predictive ability of the methods was evaluated using a 10-fold, cross-validation approach, and differed only marginally for most method/trait combinations. Interestingly, for fusiform rust disease-resistance traits, Bayes Cp, Bayes A, and RR–BLUB B had higher predictive ability than RR–BLUP and Bayesian LASSO. Fusiform rust is controlled by few genes of large effect. A limitation of RR–BLUP is the assumption of equal contribution of all markers to the observed variation. However, RR-BLUP B performed equally well as the Bayesian approaches.The genotypic and phenotypic data used in this study are publically available for comparative analysis of genomic selection prediction models.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 12 | |
| 4. |  | LOPES, A. P.; SILVA, R. de C. B. da; RIOS, E. S.; ARAÚJO, M. do N.; REIS, R. C. R.; ANGELOTTI, F.; DANTAS, B. F. Aumento de CO2, emergência e desenvolvimento inicial de plântulas de diferentes variedades de abóbora. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇAS CLIMÁTICAS E DESERTIFICAÇÃO NO SEMIÁRIDO BRASILEIRO, 3., 2011, Juazeiro. Experiências para mitigação e adaptação. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2011. (Embrapa Semiárido. Documentos, 239).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 5. | | RIOS, E. S.; SILVA, R. de C. B. da; LOPES. A. P.; REIS, R. C. R.; ANGELOTTI, F.; DANTAS, B. F. Efeito do aumento da concentração do CO2 na emergência e no desenvolvimento de plântulas de alface. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇAS CLIMÁTICAS E DESERTIFICAÇÃO NO SEMIÁRIDO BRASILEIRO, 3., 2011, Juazeiro. Experiências para mitigação e adaptação. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2011. (Embrapa Semiárido. Documentos, 239).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 6. | | MATIAS, J. R.; PEREIRA, A. L.; SILVA, R. de C. B. da; NASCIMENTO, M. A.; REIS, R. C. R.; DANTAS, B. F. Efeito de estresse salino no processo germinativo de sementes de angico (Anadenanthera colubrina). In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 6., 2011, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2011. p. 297-302, (Embrapa Semiárido. Documentos, 238).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | SILVA, R. de C. B da; LOPES, A. P.; SILVA, K. K. de A.; SILVA, T. C. F. dos S.; ARAGÃO, C. A.; DANTAS, B. F.; ANGELOTTI, F. Crescimento inicial de plântulas de melancia submetidas ao aumento da temperatura e concentrações de CO2. Revista Magistra, Cruz das Almas, v. 27, n. 1, p. 33-43, jan./mar. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 8. | | SILVA, R. de C. B. da; LOPES, A. P.; RIOS, E. S.; REIS, R. C. R.; ARAÚJO, M. N.; ANGELOTTI, F.; DANTAS, B. F. Emergência e crescimento inicial de plântulas de melancia submetidas a diferentes concentrações de CO2. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇAS CLIMÁTICAS E DESERTIFICAÇÃO NO SEMIÁRIDO BRASILEIRO, 3., 2011, Juazeiro. Experiências para mitigação e adaptação. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2011. 1 CD-ROM. (Embrapa Semiárido. Documentos, 239).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 9. | | RIOS, E. S.; SILVA, R. de C. B. da; LOPES, A. P.; REIS, R. C. R.; ANGELOTTI, F.; DANTAS, B. F. Germinação e desenvolvimento inicial de plântulas de pepino sob influência de CO2. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇAS CLIMÁTICAS E DESERTIFICAÇÃO NO SEMIÁRIDO BRASILEIRO, 3., 2011, Juazeiro. Experiências para mitigação e adaptação. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2011. (Embrapa Semiárido. Documentos, 239).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 10. | | SILVA, T. C. F. dos S.; SILVA, R. de C. B. da; SANTOS, L. M. B. dos; SIQUEIRA, K. M. M. de; RIBEIRO, M. de F. Influência da vegetação nativa na frutificação de Passiflora edulis f. Flavicarpa, no Projeto Maniçoba, em Juazeiro-BA. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 59.; REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 31.; CONGRESSO LATINOAMERICANO Y DEL CARIBE DE CACTÁCEAS Y OTRAS SUCULENTAS, 4.; CONGRESS OF INTERNATIONAL ORGANIZATION FOR SUCULENT PLANT STUDY, 30., 2008, Natal. Atualidades, desafios e perspectivas da botânica no Brasil: anais. Natal: UFERSA: UFRN: SBB, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 11. | | SILVA, R. de C. B. da; SANTOS, L. M. B. dos; SILVA, T. C. F. dos S.; SIQUEIRA, K. M. M. de; KIILL, L. H. P. Polinização natural no maracujá amarelo (Passiflora edulis f. Flavicarpa Deg) e taxas de frutificação, em Juazeiro-BA. In: CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 60.; REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 32.; ERBOT - ENCONTRO REGIONAL DE BOTÂNICOS - MG, BA , ES, 29., 2009, Feira de Santana. Botânica brasileira: futuro e compromissos. Feira de Santana: SBB: UEFS, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 12. | | SILVA, K. K. A.; ONO, E. O.; MOUCO, M. A. do C.; SILVA, G. J. N.; SOUZA, R. J. M. de; SILVA, N. C. da; SILVA, R. de C. B. da. Uniconazole no florescimento e produção da mangueira (Mangifera indicaL.) cv. Palmer. Magistra, Cruz das Almas, v. 26, n. 4, p. 507-517, out./dez. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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