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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
23/08/2012 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; RODRIGUES, G. O. L.; HILÁRIO, H. O.; SOUZA, R. A.; TAUCH, A.; MIYOSHI, A.; FRANCO, G. C.; AZEVEDO, V.; FRANCO, G. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MAÍRA R. RODRIGUES, UFMG; GISELE O. L. RODRIGUES, UFMG; HERON O. HILÁRIO, UFMG; RAONI A. SOUZA, Fundação Ezequiel Dias, MG; ANDREAS TAUCH, Bielefeld University; ANDERSON MIYOSHI, UFMG; GLAURA C. FRANCO, UFMG; VASCO AZEVEDO, UFMG; GLÓRIA R. FRANCO, UFMG. |
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Título: |
KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, Oxford, v. 40, p. W491-W497, 2012. |
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DOI: |
10.1093/nar/gks490 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Ferramenta web; Genomas. |
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Thesagro: |
Atividade Enzimática. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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001 1932006
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520 $aThe enrichment analysis is a standard procedure to interpret ?omics? experiments that generate large gene lists as outputs, such as transcriptomics and protemics. However, despite the huge success of enrichment analysis in these classes of experiments, there is a surprising lack of application of this methodology to survey other categories of large-scale biological data available. Here, we report Kegg Orthology enrichMent-Online DetectiOn (KOMODO), a web tool to systematically investigate groups of monophyletic genomes in order to detect significantly enriched groups of homologous genes in one taxon when compared with another. The results are displayed in their proper biochemical roles in a visual, explorative way, allowing users to easily formulate and investigate biological hypotheses regarding the taxonomical distribution of genomic elements. We validated KOMODO by analyzing portions of central carbon metabolism in two taxa extensively studied regarding their carbon metabolism profile (Enterobacteriaceae family and Lactobacillales order). Most enzymatic activities significantly biased were related to known key metabolic traits in these taxa, such as the distinct fates of pyruvate (the known tendency of lactate production in Lactobacillales and its complete oxidation in Enterobacteriaceae), demonstrating that KOMODO could detect biologically meaningful differences in the frequencies of shared genomic elements among taxa. KOMODO is freely available at http://komodotool.org.
650 $aBioinformatics
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650 $aAtividade Enzimática
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700 1 $aRODRIGUES, G. O. L.
700 1 $aHILÁRIO, H. O.
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700 1 $aFRANCO, G. R.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
08/12/2015 |
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Data da última atualização: |
15/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 3 |
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Autoria: |
SILVA, O. F. da; WANDER, A. E. |
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Afiliação: |
OSMIRA FATIMA DA SILVA, CNPAF; ALCIDO ELENOR WANDER, CNPAF. |
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Título: |
Viabilidade econômica da cultivar de feijão-comum BRS Estilo. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Desenvolvimento Regional, Blumenau, v. 3, n. 1 p. 223-242, Outono 2015. |
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ISSN: |
2317-5443 |
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DOI: |
10.7867/2317-5443.2015V3N1P223-242 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O presente estudo tem como objetivo avaliar economicamente a cultivar BRS Estilo, uma variedade de feijão-comum (Phaseolus vulgaris L.), do grupo carioca, desenvolvida pela Embrapa Arroz e Feijão e parceiros, estimando o benefício econômico regional a partir do conhecimento dos custos de geração e transferência da tecnologia e do sistema de produção. A cultivar BRS Estilo foi avaliada em quatro safras sucessivas: 2010/2011, 2011/2012, 2012/2013 e 2013/2014. A contribuição da tecnologia BRS Estilo para o agronegócio do feijão no Brasil foi de R$ 239.431.760,83, cerca de US$ 106 milhões no período analisado. O processo de transferência da cultivar BRS Estilo ao setor produtivo representa 7,5% do custo total destinado ao desenvolvimento da tecnologia, que se iniciou no ano de 2000. Além do benefício econômico proporcionado pela adoção dessa tecnologia, também houve geração de mais empregos em sua cadeia produtiva e aumento da oferta do produto no mercado. |
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Palavras-Chave: |
BRS Estilo. |
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Thesagro: |
Custo de produção; Feijão; Impacto econômico; Phaseolus vulgaris; Rentabilidade. |
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Categoria do assunto: |
E Economia e Indústria Agrícola |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/135070/1/CNPAF-2015rbdr.pdf
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Marc: |
LEADER 01694naa a2200229 a 4500
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520 $aO presente estudo tem como objetivo avaliar economicamente a cultivar BRS Estilo, uma variedade de feijão-comum (Phaseolus vulgaris L.), do grupo carioca, desenvolvida pela Embrapa Arroz e Feijão e parceiros, estimando o benefício econômico regional a partir do conhecimento dos custos de geração e transferência da tecnologia e do sistema de produção. A cultivar BRS Estilo foi avaliada em quatro safras sucessivas: 2010/2011, 2011/2012, 2012/2013 e 2013/2014. A contribuição da tecnologia BRS Estilo para o agronegócio do feijão no Brasil foi de R$ 239.431.760,83, cerca de US$ 106 milhões no período analisado. O processo de transferência da cultivar BRS Estilo ao setor produtivo representa 7,5% do custo total destinado ao desenvolvimento da tecnologia, que se iniciou no ano de 2000. Além do benefício econômico proporcionado pela adoção dessa tecnologia, também houve geração de mais empregos em sua cadeia produtiva e aumento da oferta do produto no mercado.
650 $aCusto de produção
650 $aFeijão
650 $aImpacto econômico
650 $aPhaseolus vulgaris
650 $aRentabilidade
653 $aBRS Estilo
700 1 $aWANDER, A. E.
773 $tRevista Brasileira de Desenvolvimento Regional, Blumenau$gv. 3, n. 1 p. 223-242, Outono 2015.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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