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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com rosangela.lacerda@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
25/04/2022 |
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Data da última atualização: |
25/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LEAL, T. P.; FURLAN, V. C.; GOUVEIA, M. H.; DUARTE, J. M. S.; FONSECA, P. A. S.; TOU, R.; SCLIAR, M. de O.; ARAUJO, G. S. de; COSTA, L. F.; ZOLINI, C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. dos S.; LIMA-COSTA, M. F.; GILMAN, R. H.; TARAZONA-SANTOS, E.; RODRIGUES, M. R. |
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Afiliação: |
THIAGO PEIXOTO LEAL, Universidade Federal de Minas Gerais; VINICIUS C. FURLAN, Universidade Federal de Minas Gerais; MATEUS HENRIQUE GOUVEIA, Universidade Federal de Minas Gerais; JULIA MARIA SARAIVA DUARTE, Universidade Federal de Minas Gerais; PABLO A. S. FONSECA, Universidade Federal de Minas Gerais; RAFAEL TOU, Universidade Federal de Minas Gerais; MARILIA DE OLIVEIRA SCLIAR, Universidade de São Paulo; GILDERLANIO SANTANA DE ARAUJO, Universidade Federal do Pará; LUCAS F. COSTA, Universidade Federal de Minas Gerais; CAMILA ZOLINI, Universidade Federal de Minas Gerais; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; MARIA RAQUEL SANTOS CARVALHO, Universidade Federal de Minas Gerais; MARIA FERNANDA LIMA-COSTA, Fundação Oswaldo Cruz; ROBERT H. GILMAN, Universidad Peruana Cayetano Heredia; EDUARDO TARAZONA-SANTOS, Universidade Federal de Minas Gerais; MAÍRA RIBEIRO RODRIGUES, Universidade Federal de Minas Gerais. |
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Título: |
NAToRA, a relatedness-pruning method to minimize the loss of dataset size in genetic and omics analyses. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 20, p. 1821-1828, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.04.009 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genetic and omics analyses frequently require independent observations, which is not guaranteed in real datasets. When relatedness cannot be accounted for, solutions involve removing related individuals (or observations) and, consequently, a reduction of available data. We developed a network-based relatedness-pruning method that minimizes dataset reduction while removing unwanted relationships in a dataset. It uses node degree centrality metric to identify highly connected nodes (or individuals) and implements heuristics that approximate the minimal reduction of a dataset to allow its application to complex datasets. When compared with two other popular population genetics methodologies (PLINK and KING), NAToRA shows the best combination of removing all relatives while keeping the largest possible number of individuals in all datasets tested and also, with similar effects on the allele frequency spectrum and Principal Component Analysis than PLINK and KING. NAToRA is freely available, both as a standalone tool that can be easily incorporated as part of a pipeline, and as a graphical web tool that allows visualization of the relatedness networks. NAToRA also accepts a variety of relationship metrics as input, which facilitates its use. We also release a genealogies simulator software used for different tests performed in this study. |
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Palavras-Chave: |
Complex network theory; Genealogies simulator; Genetic kinship; Genética de populações; Parentesco genético; Simulador de genealogias; Teoria de redes complexas. |
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Thesagro: |
Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Population genetics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02661naa a2200421 a 4500
001 2142362
005 2022-04-25
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 36 | |
| 4. |  | DAMASCENO, J. C. A.; RITZINGER, C. H. S. P.; RITZINGER, R.; VIEIRA, R. S.; LEDO, C. A. da S. Ação da manipueira no controle de nematóides em mudas de mamoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória. Frutas para todos: estratégias, tecnologias e visão sustentável: anais. Vitória: INCAPER: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 7. | | DAMASCENO, J. C. A.; RITZINGER, C. H. S. P.; VIEIRA, R. S.; LUQUINE, L. S.; LEDO, C. A. da S. Manipueira no controle de nematóides em mudas de mamoeiro. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DO RECÔNCAVO DA BAHIA, 2.; SEMINÁRIO ESTUDANTIL DE PESQUISA DA UFRB, 2.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA UFRB, 2., 2008, Cruz das Almas, BA. Sustentabilidade ambiental e qualidade de vida. Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 8. | | RITZINGER, C. H. S. P.; FANCELLI, M.; BORGES, A. L.; LEDO, C. A. da S.; DAMASCENO, J. C. A. Nematóides em solo sob cultivo de bananeira 'Prata Anã' e 'Caipira' sob diferentes tipos de manejo orgânico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 20.; ANNUAL MEETING OF THE INTERAMERICAN SOCIETY FOR TROPICAL HORTICULTURE, 54., 2008, Vitória. Frutas para todos: estratégias, tecnologias e visão sustentável: anais. Vitória: INCAPER: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 9. | | DAMASCENO, J. C. A.; RITZINGER, C. H. S. P.; LUQUINE, L. S.; VIEIRA, R. S.; LEDO, C. A. da S. Tratamento físico e resíduos orgânicos: manejo de fitonematóides em plantas de mamoeiro. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DO RECÔNCAVO DA BAHIA, 2.; SEMINÁRIO ESTUDANTIL DE PESQUISA DA UFRB, 2.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA UFRB, 2., 2008, Cruz das Almas, BA. Sustentabilidade ambiental e qualidade de vida. Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 10. | | VIEIRA, R. S.; RITZINGER, C. H. S. P.; FANCELLI, M.; CORDEIRO, Z. J. M.; LUQUINE, L. S.; DAMASCENO, J. C. A. Avaliação de nematóides em bananeira Prata Anã em sistema de produção integrada. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DO RECÔNCAVO DA BAHIA, 3.; SEMINÁRIO ESTUDANTIL DE PESQUISA DA UFRB, 3.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA UFRB, 3., 2009, Cruz das Almas. Evolução do conhecimento e o desenvolvimento social: [resumos...]. Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 11. | | RITZINGER, C. H. S. P.; FANCELLI, M.; BORGES, A. L; SOUZA, L. S.; DAMASCENO, J. C. A.; LEDO, C. A. S. Comunidade de nematóides e nível de dano nas raízes de bananeira sob dois níveis de calcário e diferentes coberturas vegetais. In:INTERNATIONAL CONGRESS OF TROPICAL NEMATOLOGY, 2., 2009, Maceió. Abstracts... Maceió: ONTA: SBN, 2009. 01 CD ROM. Resumo 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 12. | | VIEIRA, R. S.; RITZINGER, C. H. S. P.; LUQUINE, L. S.; DAMASCENO, J. C. A.; FANCELLI, M.; CORDEIRO, Z. J. M. População de nematóides em bananeira Prata Anã no Município de Mocambinho. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF TROPICAL NEMATOLOGY, 2., 2009, Maceió. Abstracts... Maceió: ONTA: SBN, 2009. 1 CD-ROM. Resumo 154.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 14. | | DAMASCENO, J. C. A.; RITZINGER, C. H. S. P.; LUQUINE, L. S.; VIEIRA, R. S.; SANTA BÁRBARA, M.; LEDO, C. A. da S. Efeito de diferentes resíduos orgânicos em mudas de mamoeiro infestadas por Meloidogyne javanica. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, ago. 2009. Suplemento. Edição dos Resumos do XLII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, ago. 2009. Suplemento. Resumo 709.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 15. | | DAMASCENO, J. C. A.; RITZINGER, C. H. S. P.; LUQUINE, L. S.; VIEIRA, R. S.; BÁRBARA, M. S.; LEDO, C. A. da S. Efeito de diferentes resíduos orgânicos em plantas de mamoeiro infestadas pelo nematóide das galhas. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DO RECÔNCAVO DA BAHIA, 3.; SEMINÁRIO ESTUDANTIL DE PESQUISA DA UFRB, 3.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA UFRB, 3., 2009, Cruz das Almas. Evolução do conhecimento e o desenvolvimento social: [resumos...]. Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2009. 01 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 16. | | DAMASCENO, J. C. A.; RITIZINGER, C. H. S. P.; LEDO, C. A. da S.; SEVERINO, L. S.; LUQUINE, L. S.; VIEIRA, R. S. Efeito do farelo de mamona em mudas de mamoeiro infestadas por diferentes populações de Meloidogyne javanica. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. 204, ago. 2007.Suplemento. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasiliero de Fitopatologia, Maringá, ago. 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 17. | | DAMASCENO, J. C. A.; RITZINGER, C. H. S. P.; LUQUINE, L. S.; VIEIRA, R. S.; SANTA BÁRBARA, M.; LEDO, C. A. da S. Efeito do farelo de mamona e urina de vaca em mudas de mamoeiro infestadas pelo nematóide das galhas. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, ago. 2009. Suplemento. Edição dos Resumos do XLII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, ago. 2009. Suplemento. Resumo 708.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 18. | | DAMASCENO, J. C. A.; RITZINGER, C. H. S. P.; RITZINGER, R.; LEDO, C. A. da S.; SEVERINO, L. S.; CONCEIÇÃO, G. O.; BARBARA, M. F. S. Efeito de resíduos orgânicos em mudas de mamoeiro infestadas por Meloidogyne incognita. In: SIMPÓSIO BAIANO DE EDUCAÇÃO AMBIENTAL, 1., 2007, Cruz das Almas. Reciclando conceitos para desenvolver ações educativas com princípios ambientalistas. Cruz das Almas: [s.n.], [2007?].| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 20. | | DAMASCENO, J. C. A.; RITZINGER, C. H. S. P.; LUQUINE, L. S.; VIEIRA, R. S.; RITZINGER, R.; LEDO, C. A. da S.; SEVERINO, L. S. Resíduos orgânicos no desenvolvimento de mudas de mamoeiro infestadas pelo nematóide das galhas. In: MARTINS, D. dos S.; COSTA, A. N. da; COSTA, A. de F. S. da. (Ed.). Papaya Brasil: manejo, qualidade e mercado do mamão. Vitória: Incaper, 2007. p. 457-459.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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