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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
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Data corrente: |
15/09/2021 |
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Data da última atualização: |
15/09/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
FERREIRA, T. M. M. |
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Afiliação: |
THALITA MASSARO MALHEIROS FERREIRA, Universidade Federal de Lavras. |
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Título: |
Setaria viridis (L.) P. Beauv. (acesso A10.1) como potencial planta modelo para validação de promotores/genes responsivos ao estresse salino. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
2021. |
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Páginas: |
105 p. |
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Descrição Física: |
PDF: il. color. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Dissertação - (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Instituto de Ciências Natuais, Universidade Federal de Lavras, Lavras. Título em inglês: Setaria viridis (L.) P. Beauv. (access A10.1) as a potential model plant for validation of saline stress responsive genes/promoters. |
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Conteúdo: |
Resumo: Este estudo teve como objetivo o teste de duas hipóteses, que foram: a) A Setaria viridis (L.) P. Beauv. (acesso A10.1) é intolerante a estresse salino, e consequentemente pode ser utilizada como planta modelo para validação de genes candidatos a conferir tolerância à salinidade; e b) O perfil de expressão de genes de dendê (Elaeis guineensis Jacq.) responsivos a estresse de salinidade, observado mediante análise in silico de expressão diferencial, é igual ao observado in vivo. Para testar a primeira hipótese, foi realizada uma caracterização da resposta morfofisiológica de S. viridis (A10.1) a diferentes concentrações de NaCl tanto na germinação das sementes e desenvolvimento inicial, quanto na fase vegetativa. Os resultados alcançados permitem confirmar a primeira hipótese; no entanto, além de se observar que a germinação das sementes foi pouco afetada pela salinidade no substrato, enquanto o desenvolvimento inicial das mudas foi altamente prejudicado; também foi observado que na fase vegetativa a intolerância ao sal era mais evidente quando a condutividade elétrica é superior a aproximadamente 15 dSm-1 (NaCl > 0,4 g / 100 g de substrato). Para testar a segunda hipótese, foi realizada a prospecção e anotação de genes responsivos a estresse de salinidade em dendê, e caracterização do perfil de expressão gênica deste mediante emprego de qPCR. Dados de RNA-seq, que fazem parte do Banco de Dados “Sal da Terra” da Embrapa Agroenergia, e que foram obtidos a partir de amostras de folhas de plantas com zero, cinco e doze dias de estresse salino, foram submetidos à análise utilizando o módulo de transcritoma da plataforma OmicsBox. Para a seleção de genes responsivos ao estresse salino, foram aplicados os seguintes critérios: FDR ≤ 0.01 e logFC ≥ 5. Um total de 33 genes foi selecionado quando comparando plantas no dia zero e no dia cinco de estresse, e 10 genes quando comparando plantas no dia zero e no dia doze de estresse. Seis genes eram comuns a ambos os grupos, e por isso foram selecionados para anotação estrutural e funcional. Destes, três genes foram selecionados para caracterização do perfil de expressão in vivo, sendo que em nenhum deles foi observada coincidência nos perfis de expressão in silico e in vivo. Abstract: This study aimed to test two hypotheses, which were: a) Setaria viridis (L.) P. Beauv. (accession A10.1) is not tolerant to salt stress, and therefore can be used as a model plant for validation of candidate genes to confer tolerance to salinity, and b) the expression profile of salinity stress-responsive genes from oil palm (Elaeis guineensis Jacq.), observed by in silico differential expression analysis, is the same as that observed in vivo. To test the first hypothesis, we performed the characterization of the morphophysiological response of S. viridis (A10.1) to different concentrations of NaCl in seed germination and initial development, as well as in the vegetative phase. The results achieved allow confirming the first hypothesis; however, besides seen that the seed germination was little affected by the salinity in the substrate, while the initial seedling development was highly impaired; it was also observed that in the vegetative phase the intolerance to salt was more evident when the electrical conductivity is greater than approximately 15 dSm-1 (NaCl > 0.4 g / 100 g substrate). To test the second hypothesis, we prospected and annotated genes responsive to salinity stress in the oil palm genome and then characterized its expression profile through qPCR analysis. RNA-seq data, which are part of Embrapa Agroenergy's “Salt of the Earth” Database, and which were obtained from leaf samples of plants with zero, five and twelve days of salt stress, were submitted to analysis using the OmicsBox platform transcript module. For the selection of saline stress-responsive genes, the following criteria were applied: FDR ≤ 0.01 and logFC ≥ 5. A total of 33 genes were selected when comparing plants at zero and five days of stress and 10 genes when comparing plants at zero and 12 days of stress. Six genes were common to both groups and were therefore selected for structural and functional annotation. From these, three genes were selected for characterization of the expression profile in vivo; none of them had coincidence in silico and in vivo expression profiles. MenosResumo: Este estudo teve como objetivo o teste de duas hipóteses, que foram: a) A Setaria viridis (L.) P. Beauv. (acesso A10.1) é intolerante a estresse salino, e consequentemente pode ser utilizada como planta modelo para validação de genes candidatos a conferir tolerância à salinidade; e b) O perfil de expressão de genes de dendê (Elaeis guineensis Jacq.) responsivos a estresse de salinidade, observado mediante análise in silico de expressão diferencial, é igual ao observado in vivo. Para testar a primeira hipótese, foi realizada uma caracterização da resposta morfofisiológica de S. viridis (A10.1) a diferentes concentrações de NaCl tanto na germinação das sementes e desenvolvimento inicial, quanto na fase vegetativa. Os resultados alcançados permitem confirmar a primeira hipótese; no entanto, além de se observar que a germinação das sementes foi pouco afetada pela salinidade no substrato, enquanto o desenvolvimento inicial das mudas foi altamente prejudicado; também foi observado que na fase vegetativa a intolerância ao sal era mais evidente quando a condutividade elétrica é superior a aproximadamente 15 dSm-1 (NaCl > 0,4 g / 100 g de substrato). Para testar a segunda hipótese, foi realizada a prospecção e anotação de genes responsivos a estresse de salinidade em dendê, e caracterização do perfil de expressão gênica deste mediante emprego de qPCR. Dados de RNA-seq, que fazem parte do Banco de Dados “Sal da Terra” da Embrapa Agroenergia, e que foram obtidos a partir de amo... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Estresse abiótico; Fenômica; Palma de óleo; Transcriptômica; Transcritômica. |
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Thesagro: |
Dendê; Salinidade. |
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Thesaurus Nal: |
Abiotic stress; Palm oils; Phenomics; Salinity; Setaria viridis; Transcriptomics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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100 1 $aFERREIRA, T. M. M.
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260 $a2021.$c2021
300 $a105 p.$cPDF: il. color.
500 $aDissertação - (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Instituto de Ciências Natuais, Universidade Federal de Lavras, Lavras. Título em inglês: Setaria viridis (L.) P. Beauv. (access A10.1) as a potential model plant for validation of saline stress responsive genes/promoters.
520 $aResumo: Este estudo teve como objetivo o teste de duas hipóteses, que foram: a) A Setaria viridis (L.) P. Beauv. (acesso A10.1) é intolerante a estresse salino, e consequentemente pode ser utilizada como planta modelo para validação de genes candidatos a conferir tolerância à salinidade; e b) O perfil de expressão de genes de dendê (Elaeis guineensis Jacq.) responsivos a estresse de salinidade, observado mediante análise in silico de expressão diferencial, é igual ao observado in vivo. Para testar a primeira hipótese, foi realizada uma caracterização da resposta morfofisiológica de S. viridis (A10.1) a diferentes concentrações de NaCl tanto na germinação das sementes e desenvolvimento inicial, quanto na fase vegetativa. Os resultados alcançados permitem confirmar a primeira hipótese; no entanto, além de se observar que a germinação das sementes foi pouco afetada pela salinidade no substrato, enquanto o desenvolvimento inicial das mudas foi altamente prejudicado; também foi observado que na fase vegetativa a intolerância ao sal era mais evidente quando a condutividade elétrica é superior a aproximadamente 15 dSm-1 (NaCl > 0,4 g / 100 g de substrato). Para testar a segunda hipótese, foi realizada a prospecção e anotação de genes responsivos a estresse de salinidade em dendê, e caracterização do perfil de expressão gênica deste mediante emprego de qPCR. Dados de RNA-seq, que fazem parte do Banco de Dados “Sal da Terra” da Embrapa Agroenergia, e que foram obtidos a partir de amostras de folhas de plantas com zero, cinco e doze dias de estresse salino, foram submetidos à análise utilizando o módulo de transcritoma da plataforma OmicsBox. Para a seleção de genes responsivos ao estresse salino, foram aplicados os seguintes critérios: FDR ≤ 0.01 e logFC ≥ 5. Um total de 33 genes foi selecionado quando comparando plantas no dia zero e no dia cinco de estresse, e 10 genes quando comparando plantas no dia zero e no dia doze de estresse. Seis genes eram comuns a ambos os grupos, e por isso foram selecionados para anotação estrutural e funcional. Destes, três genes foram selecionados para caracterização do perfil de expressão in vivo, sendo que em nenhum deles foi observada coincidência nos perfis de expressão in silico e in vivo. Abstract: This study aimed to test two hypotheses, which were: a) Setaria viridis (L.) P. Beauv. (accession A10.1) is not tolerant to salt stress, and therefore can be used as a model plant for validation of candidate genes to confer tolerance to salinity, and b) the expression profile of salinity stress-responsive genes from oil palm (Elaeis guineensis Jacq.), observed by in silico differential expression analysis, is the same as that observed in vivo. To test the first hypothesis, we performed the characterization of the morphophysiological response of S. viridis (A10.1) to different concentrations of NaCl in seed germination and initial development, as well as in the vegetative phase. The results achieved allow confirming the first hypothesis; however, besides seen that the seed germination was little affected by the salinity in the substrate, while the initial seedling development was highly impaired; it was also observed that in the vegetative phase the intolerance to salt was more evident when the electrical conductivity is greater than approximately 15 dSm-1 (NaCl > 0.4 g / 100 g substrate). To test the second hypothesis, we prospected and annotated genes responsive to salinity stress in the oil palm genome and then characterized its expression profile through qPCR analysis. RNA-seq data, which are part of Embrapa Agroenergy's “Salt of the Earth” Database, and which were obtained from leaf samples of plants with zero, five and twelve days of salt stress, were submitted to analysis using the OmicsBox platform transcript module. For the selection of saline stress-responsive genes, the following criteria were applied: FDR ≤ 0.01 and logFC ≥ 5. A total of 33 genes were selected when comparing plants at zero and five days of stress and 10 genes when comparing plants at zero and 12 days of stress. Six genes were common to both groups and were therefore selected for structural and functional annotation. From these, three genes were selected for characterization of the expression profile in vivo; none of them had coincidence in silico and in vivo expression profiles.
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650 $aPalm oils
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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| 7. |  | STÖCKER, C. M.; MONTEIRO, A. B.; RIBEIRO, P. L.; LIMA, A. C. R. de; BAMBERG, A. L. Sistema agroflorestal e sua influência na estruturação e agregação do solo. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 6., 2016, Pelotas. Ciência: Empreendedorismo e inovação: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 49-51| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 11. | | AMARAL, T. A.; BRAGA, R. N. F. G. P.; LIMA, A. C. R. de; ANDRADE, C. de L. T. de. A modeling approach to establish strategies for maize silage production in the micro-region of Pelotas, Brazil. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, Sete Lagoas, v. 16, n. 3, p. 536-555, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 12. | | AMARAL, T. A.; LIMA, A. C. R. de; ANDRADE, C. de L. T. de; SILVA, S. D. dos A. e. Parametrização e avaliação do modelo CSM-Ceres-Maize para cultivares de milho recomendadas para a microrregião de Pelotas, RS. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, Sete Lagoas, v. 14, n. 3, p. 371-391, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | SCHIAVON, G. de A.; SCHIEDECK, G.; LIMA, A. C. R. de; SCHWENGBER, J. E.; JAHNKE, D. S. Earthworms ecology in the soil of estação experimental Cascata, Embrapa Clima Temperado, Pelotas, RS, Brasil. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON EARTHWORM ECOLOGY, 9., 2010, Xalapa. Abstracts. Xalapa: Instituto de Ecologia, 2010. p. 201.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 15. | | STÖCKER, C. M.; MONTEIRO, A. B.; BAMBERG, A. L.; CARDOSO, J. H.; LIMA, A. C. R. de. Diagnóstico das condições químicas do solo sob sistemas agroflorestais. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 26.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO UFPEL, 19.; SEMANA INTEGRADA DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO, 3., 2017, Pelotas. Anais... Pelotas: UFPel, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 16. | | FERREIRA, T.; JAMES, S. W.; BARTZ, M. L. C.; LIMA, A. C. R. de; DUDAS, R.; BROWN, G. G. Distribution and diversity of earthworms in different land use systems in Rio Grande do Sul, Brazil. Zootaxa, v. 5255, n. 1, p. 399-416, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 17. | | STÖCKER, C. M.; MONTEIRO, A. B.; BAMBERG, A. L.; CARDOSO, J. H.; MARTINAZZO, R.; LIMA, A. C. R. de. Estoques de carbono de um Argissolo sob sistema agroflorestal. Cadernos de Agroecologia, v. 13, n. 1, 2018. ANAIS CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE AGROECOLOGIA, 6.; CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 10.; SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA DO DISTRITO FEDERAL E ENTORNO, 5., 2017, Brasília, DF. Agroecologia na transformação dos sistemas agroalimentares...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 18. | | CARVALHO, J. dos S.; KUNDE, R. J.; STOCKER, C. M.; LIMA, A. C. R. de; SILVA, J. L. S. da. Evolução de atributos físicos, químicos e biológicos em solo hidromórfico sob sistemas de integração lavoura-pecuária no bioma Pampa. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 51, n. 9, p. 1131-1139, set. 2016. Título em inglês: Evolution of physical, chemical, and biological attributes of hydromorphic soil under crop-livestock integration systems in the Pampa biome.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 19. | | SCHIAVON, G. de A.; SCHIEDECK, G.; LIMA, A. C. R. de; SCHWENGBER, J. E.; JAHNKE, D. S. Ecology of soil macrofauna of estação experimental Cascata, Embrapa Clima Temperado, Pelotas, RS, Brasil. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON EARTHWORM ECOLOGY, 9., 2010, Xalapa. Abstracts. Xalapa: Instituto de Ecologia, 2010. p. 202.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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