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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
30/12/2019 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SBARDELLA, A. P.; WELLER, M. M. D. C. A.; I. FONSECA; N. B. STAFUZZA; P. A. BERNARDES; F. F. e SILVA; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; D. P. MUNARI. |
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Afiliação: |
A. P. SBARDELLA; M. M. D. C. A. WELLER; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL. |
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Título: |
Ribonucleic acid sequencing differential gene expression analysis of isolated perfused bovine udders experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Dairy Science, v. 102, n. 2, p. 1761-1767, 2019. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3168/jds.2018-15516 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of this study was to elucidate the differential gene expression in the RNA sequencing transcriptome of isolated perfused udders collected from 4 slaughtered Holstein × Zebu crossbred dairy cows experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. We studied 3 different statistical tools (edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2). In summary, 2 quarters of each udder were experimentally inoculated with Strep. agalactiae and the other 2 were used as a control. Mammary tissue biopsies were collected at times 0 and 3 h after infection. The total RNA was extracted and sequenced on an Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc., San Diego, CA). Transcripts were assembled from the reads aligned to the bovine UMD 3.1 reference genome, and the statistical analyses were performed using the previously mentioned tools (edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2). Finally, the identified genes were submitted to pathway enrichment analysis. A total of 1,756, 1,161, and 3,389 genes with differential gene expression were identified when using edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2, respectively. A total of 122 genes were identified by the overlapping of the 3 methods; however, only the platelet activation presented a significantly enriched pathway. From the results, we suggest the FCER1G, GNAI2, ORAI1, and VASP genes shared among the 3 methods in this pathway for posterior biological validation. |
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Palavras-Chave: |
BaySeq; Crossbred dairy cow; Cuffdiff 2; EdgeR; RNA sequencing. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 9 | |
| 2. |  | SAPUCAY, M. J. L. da C.; COELHO, A. E.; BRATTI, F.; LOCATELLI, J. L.; SANGOI, L.; BALBINOT JUNIOR, A. A.; ZUCARELI, C. Nitrogen rates on the agronomic performance of second-crop corn single and intercropped with ruzigrass or showy rattlebox. Pesquisa Agropecuária Tropical, v. 50, e65525, 2020. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
|    |
| 3. | | BALBINOT JUNIOR, A. A.; FRANCHINI, J. C.; DEBIASI, H.; YOKOYAMA, A. H.; ZUCARELI, C.; RIBEIRO, R. H.; COELHO, A. E.; BRATTI, F.; LOCATELLI, J. L. Nitrato e amônio no solo durante o ciclo da soja em função de culturas de entressafra e adubação nitrogenada. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA, 37., 2019, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2019. (Embrapa Soja. Documentos, 413). p. 177-179.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 4. | | SAPUCAY, M. J. L. da C.; COELHO, A. E.; LOCATELLI, J. L.; BRATTI, F.; DEBIASI, H.; FRANCHINI, J. C.; BALBINOT JUNIOR, A. A.; ZUCARELI, C. Performance of soybean cultivated following intercropped corn under varying nitrogen levels. Australian Journal of Crop Science, v. 17, n. 11, p. 847-854, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 5. | | BALBINOT JUNIOR, A. A.; FRANCHINI, J. C.; DEBIASI, H.; COELHO, A. E.; SAPUCAY, M. J. L. da C.; BRATTI, F.; LOCATELLI, J. L. Performance of soybean grown in succession to black oat and wheat. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 55, e01654, 2020. Título em português: Desempenho de soja cultivada em sucessão à aveia-preta e ao trigo.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 6. | | LOCATELLI, J. L.; BALBINOT JUNIOR, A. A.; COELHO, A. E.; SANGOI, L.; BRATTI, F.; SAPUCAY, M. J. L. C.; DEBIASI, H.; FRANCHINI, J. C. Desempenho da sucessão soja/milho influenciado pelo consórcio milho/braquiária, adubação nitrogenada e densidade de plantas. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 14., 2019, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2019. 163 p. (Embrapa Soja. Documentos, 415). p. 44-50.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 7. | | BALBINOT JUNIOR, A. A.; FRANCHINI, J. C.; DEBIASI, H.; COELHO, A. E.; YOKOYAMA, A. H.; ZUCARELI, C.; BRATTI, F.; LOCATELLI, J. L. Desempenho da cultura da soja em função de culturas de entressafra e adubação nitrogenada. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA, 37., 2019, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2019. (Embrapa Soja. Documentos, 413). p. 15-17.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 8. | | FRANCO, A.; BALBINOT JUNIOR, A. A.; COELHO, A. E.; SANGOI, L.; LOCATELLI, J. L.; BRATTI, F.; ANDRADE, R.; DEBIASI, H.; FRANCHINI, J. C. Ganho produtivo do sistema de sucessão soja/milho com o consórcio de milho/braquiária e adubação nitrogenada na segunda safra. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 15., 2020, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2020. 244 p. (Embrapa Soja. Documentos, 429). p. 44-50 (Embrapa Soja. Documentos, 429). Artigo de acesso aberto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 9. | | STEINFELD, J. P.; BIANCHI, F. J. J. A.; LOCATELLI, J. L.; RIZZO, R.; RESENDE, M. E. B. DE; BALLESTER, M. V. R.; CERRI, C. E. P.; BERNARDI, A. C. de C.; CREAMER, R. E. Increasing complexity of agroforestry systems benefits nutrient cycling and mineral-associated organic carbon storage, in south-eastern Brazil. Geoderma, v. 440, dec. 2023, 116726. 12 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| Registros recuperados : 9 | |
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