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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
Data corrente: |
28/12/2016 |
Data da última atualização: |
03/01/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; OLIVEIRA, E. J. de. |
Afiliação: |
C. F. Azevedo, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Viçosa; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; F. F. Silva, Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Viçosa; J. M. S. Viana, Departamento de Biologia Geral, Universidade Federal de Viçosa; M. S. F. Valente, Departamento de Biologia Geral, Universidade Federal de Viçosa; M. F. R. Resende Junior, RAPID Genomics, Florida; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
Título: |
New accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4, gmr.15048838, Oct. 2016. |
DOI: |
10.4238/gmr.15048838 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
ABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers, and with the same markers selected in each cycle. RE presented accuracies closer to the parametric ones and less biased and more precise ones than TE. HE proved to be very effective in the WV procedure. The estimators were applied to five traits evaluated in a cassava experiment, including 358 clones genotyped for 390 SNPs. Accuracies ranged from 0.67 to 1.12 with TE and from 0.22 to 0.51 with RE. These results indicated that TE overestimated the accuracy and led to one accuracy estimate (1.12) higher than one, which is outside of the parameter space. Use of RE turned the accuracy into the parameter space. Cassava breeding programs can be more realistically implemented using the new estimators proposed in this study, providing less risky practical inferences. MenosABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers, and with the same markers selected in each cycle. RE presented accuracies closer to the parametric ones and less biased and more precise ones than TE. HE proved to be very effective in the WV procedure. The estimators were applied to five traits evaluated in a cassava experiment, including 358 clones genotyped for 390 SNPs. Accuracies ranged from 0.67 to 1.12 with TE and from 0.22 to 0.51 with RE. These results indicated that TE overestimated the accuracy and led to one accuracy estimate (1.12) higher than one, which is outside of the parameter space. Use of RE turned the accuracy into the parameter space. Cassava breeding programs can be more realistically implemented using the new estimators proposed in this study, provi... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Accuracy estimator; Cross-validation; Genomic prediction; Mnadioca; Seleção genômica. |
Thesagro: |
Mandioca; Manihot esculenta; Melhoramento vegetal. |
Thesaurus Nal: |
Cassava; Plant breeding. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161813/1/2016-M.Deon-GMR-NewAccuracy.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
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Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
Data corrente: |
11/05/2015 |
Data da última atualização: |
31/05/2017 |
Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Autoria: |
LOBO JUNIOR, M.; WENDLAND, A.; COSTA, J. L. da S. |
Afiliação: |
MURILLO LOBO JUNIOR, CNPAF; ADRIANE WENDLAND FERREIRA, CNPAF; JEFFERSON LUIS DA SILVA COSTA, DE/P&D. |
Título: |
Doenças com origem no solo. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
In: GONZAGA, A. C. de O. (Ed.). Feijão: o produtor pergunta, a Embrapa responde. 2. ed. rev. e atual. Brasília, DF: Embrapa, 2014. |
Páginas: |
p. 127-151. |
Série: |
(Coleção 500 Perguntas, 500 Respostas). |
ISBN: |
978-85-7035-380-1 |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Quais são as principais doenças causadas por fungos que sobrevivem no solo e que atacam o feijoeiro-comum? Como estes patógenos sobrevivem no solo? Apenas o feijoeiro-comum é atacado por estes patógenos? Se tantas espécies são hospedeiras dos fungos que sobrevivem no solo, é possível utilizar a rotação de culturas para controlar as doenças provocadas por esses fungos? Como ocorre a introdução e a dispersão de fungos que sobrevivem no solo em áreas de cultivo? Além do solo infestado e de plantas hospedeiras, o que mais favorece a ocorrência de doenças por fungos que sobrevivem no solo? Quais são os principais sintomas da mela no feijoeiro? Como pode ser feito o manejo da mela do feijoeiro? Existem cultivares de feijão-comum resistentes à mela do feijoeiro? Quais são os principais sintomas da podridão-radicular-seca no feijoeiro? Que condições ambientais favorecem a podridão-radicular-seca? Como pode ser feito o manejo da podridão-radicular-seca no feijoeiro? Quais são os principais sintomas do mofo-branco no feijoeiro? Em que fase da cultura o mofo-branco ocorre? Em áreas onde não há histórico da doença, como o mofo branco pode ser evitado? Em áreas onde não há histórico da doença, como o mofo-branco pode ser evitado? Qual é a relação entre o mofo-branco do feijoeiro e o sistema de plantio direto? Como é possível melhorar a rotação de culturas a fim de controlar o mofo-branco? Que plantas daninhas podem ser hospedeiras de S. sclerotiorum? O enterrio das estruturas do fungo é um procedimento recomendado para o controle do mofo-branco do feijoeiro? Qual é o papel do manejo da água de irrigação no controle do mofo-branco do feijoeiro? Que estratégia de ação deve ser adotada para o controle químico do mofo-branco do feijoeiro? A irrigação de lavouras com mofo-branco deve ser paralisada para a aplicação de fungicidas? Pode-se controlar o mofo-branco do feijoeiro pela quimigação? Qual é a perspectiva de se obter cultivares de feijão geneticamente resistentes para o controle do mofo-branco? Quais são os principais sintomas da murcha-de-fusário no feijoeiro? Além do ambiente, que condições favorecem a murcha-de-fusário? Como pode ser feito o controle da murcha-de-fusário no feijoeiro? Quais são as práticas culturais recomendadas para o controle da murcha-de-fusário? Quais são os principais sintomas da podridão-cinzenta-do-caule no feijoeiro? Como pode ser feito o controle da podridão-cinzenta-do--caule no feijoeiro? Quais são os principais sintomas da podridão-do-colo no feijoeiro? Como pode ser feito o controle da podridão-do-colo no feijoeiro? Quais são os principais sintomas da podridão?radicular no feijoeiro? Como pode ser feito o manejo do tombamento no feijoeiro? Quais são os principais sintomas provocados pelo ataque de nematoides na cultura do feijoeiro-comum? Quais são as medidas recomendadas para controlar os nematoides causadores de galhas e de lesões em raízes do feijoeiro-comum? Há medidas de controle que possam ser aplicadas nos sistemas produtivos que funcionem para todas as doenças fúngicas com origem no solo? O que é o controle biológico de doenças e qual é a sua utilidade no manejo de doenças? Além do manejo correto do solo, há outras formas de utilizar o controle biológico de doenças causadas pelos patógenos habitantes do solo? Se uma área já está infestada por patógenos que sobrevivem no solo, por que se devem utilizar sementes sadias? Além das perdas diretas na produtividade do feijão-comum, há outros prejuízos causados por esses patógenos que sobrevivem no solo? É possível estimar a qualidade sanitária das sementes a fim de evitar a introdução de patógenos que sobrevivem no solo? MenosQuais são as principais doenças causadas por fungos que sobrevivem no solo e que atacam o feijoeiro-comum? Como estes patógenos sobrevivem no solo? Apenas o feijoeiro-comum é atacado por estes patógenos? Se tantas espécies são hospedeiras dos fungos que sobrevivem no solo, é possível utilizar a rotação de culturas para controlar as doenças provocadas por esses fungos? Como ocorre a introdução e a dispersão de fungos que sobrevivem no solo em áreas de cultivo? Além do solo infestado e de plantas hospedeiras, o que mais favorece a ocorrência de doenças por fungos que sobrevivem no solo? Quais são os principais sintomas da mela no feijoeiro? Como pode ser feito o manejo da mela do feijoeiro? Existem cultivares de feijão-comum resistentes à mela do feijoeiro? Quais são os principais sintomas da podridão-radicular-seca no feijoeiro? Que condições ambientais favorecem a podridão-radicular-seca? Como pode ser feito o manejo da podridão-radicular-seca no feijoeiro? Quais são os principais sintomas do mofo-branco no feijoeiro? Em que fase da cultura o mofo-branco ocorre? Em áreas onde não há histórico da doença, como o mofo branco pode ser evitado? Em áreas onde não há histórico da doença, como o mofo-branco pode ser evitado? Qual é a relação entre o mofo-branco do feijoeiro e o sistema de plantio direto? Como é possível melhorar a rotação de culturas a fim de controlar o mofo-branco? Que plantas daninhas podem ser hospedeiras de S. sclerotiorum? O enterrio das estruturas do fungo é ... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Doença de planta; Feijão; Phaseolus vulgaris. |
Categoria do assunto: |
H Saúde e Patologia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/123563/1/p127.pdf
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Marc: |
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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