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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
26/07/2019 |
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Data da última atualização: |
30/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; VIANA, J. M. S.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
Leísa Pires Lima, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFC; José Marcelo Soriano Viana, UFV; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Triple categorical regression for genomic selection: application to cassava breeding. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 76, n. 5, p. 368-375, Sept./Oct. 2019. |
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DOI: |
10.1590/1678-992X-2017-0369 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The TCR method was suitable to estimate variance components and heritability, and the TCR/G-BLUP method provided efficient GEBV predictions. Thus, the proposed methods provide new insights for GWS. MenosGenome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
BLASSO; G-BLUP; Genética quantitativa; Genomic heritability; Genomic prediction; Herdabilidade genômica; Molecular markers; Predição genômica; Quantitative genetics theory; Ridge. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Prediction. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/199876/1/2019-M.Deon-SA-Triple.pdf
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Marc: |
LEADER 02695naa a2200337 a 4500
001 2110879
005 2019-10-30
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520 $aGenome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The TCR method was suitable to estimate variance components and heritability, and the TCR/G-BLUP method provided efficient GEBV predictions. Thus, the proposed methods provide new insights for GWS.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 271 | |
| 261. |  | SOARES, M. T. S.; CORRADI, G. M.; OLIVEIRA, E. B. de; ANDRADE, G. de C.; MAEDA, S.; GOMES, J. B. V.; SCHNEIDER, T.; BOGNOLA, I. A.; WREGE, M. S. Desempenho do eucalipto em Nitossolo fertilizado com dejeto suíno no oeste do Paraná. Colombo: Embrapa Florestas, 2021. 26 p. (Embrapa Florestas. Documentos, 362).| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 262. | | TONIOLO JUNIOR, L.; CARDOSO, D. J.; ROSOT, M. A. D.; GARRASTAZU, M. C.; OLIVEIRA, E. B. de; GOMES, J. B. V.; ARCE, J. E.; ROSOT, N. C.; FRANCISCON, L. Evolução da forma do tronco e do volume por sortimento em Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze plantada em espaçamento amplo. Colombo: Embrapa Florestas, 2015. 53 p. (Embrapa Florestas. Documentos, 285).| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 263. | | OLIVEIRA, E. J. de; RESENDE, M. D. V. de; SANTOS, V. da S.; FERREIRA, C. F.; OLIVEIRA, G. A. F.; SILVA, M. S. da; OLIVEIRA, L. A. de; AGUILAR-VILDOSO, C. I. Genome-wide selection in cassava. Euphytica, v.187, p. 263-276, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 264. | | PARRON, L. M.; MAIA, C. M. B. de F.; CARDOSO, D. J.; OLIVEIRA, E. B. de; FRITZSONS, E.; BROWN, G. G.; MOREIRA, J. M. M. A. P.; PORFIRIO-DA-SILVA, V. Memórias da 1ª Oficina do Projeto ServiAmbi: avaliação de indicadores e valoração de serviços ambientais em diferentes sistemas de uso da terra. Colombo: Embrapa Florestas, 2013. 32 p. (Embrapa Florestas. Documentos, 250).| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 265. | | SOUZA, K. X. S. de; OLIVEIRA JUNIOR, A. de; CARROMEU, C.; OLIVEIRA, E. B. de; D'OLIVEIRA, F. M.; FALEIRO, F. G.; JORGE, L. A. de C.; ARBEX, W. A. Tecnologia da Informação na Agropecuária - estado da arte, tendências futuras e proposta de atuação. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2017. 50 p. il. (Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 154).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Cerrados; Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Instrumentação; Embrapa Soja. |
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| 266. | | GRAÇA, R. G.; SANTOS, Á. F. dos; OLIVEIRA, E. B. de; OAIDA, E. M.; TREVISAN, E. D. C.; RODHIGHERI, H. R.; WENDLING, I.; WORONKOFF, L.; ROSOT, M. A. D.; BERTÉ, M. M.; MATTOS, P. P. de; MIKICH, S. B.; AHRENS, S. Diretrizes e procedimentos para publicação de trabalhos técnico-científicos na Embrapa Florestas. Colombo: Embrapa Florestas, 2007. (Embrapa Florestas. Documentos, 143). 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 267. | | OLIVEIRA, Y. M. M. de; ROSOT, M. A. D.; LUZ, N. B. da; MATTOS, P. P. de; GUIMARÃES, D. P.; OLIVEIRA, E. B. de; GOMIDE, G. L. A.; SÁ, I. B. de; FREITAS, J. V. de; SILVA, J. N. M.; GARRASTAZU, M. C.; HIGUCHI, N.; COSTA, T. C. e C. da. Sistema Nacional de Parcelas Permanentes: proposta de modelo metodológico. Colombo: Embrapa Florestas, 2005. 67 p. (Embrapa Florestas. Documentos, 106).| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas; Embrapa Semiárido. |
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| 268. | | SCHAITZA, E. G.; SHANG, M.; OLIVEIRA, E. B. de; LIMBERGER, E.; SANTOS, L. M. F. dos; SHIMIZU, J. Y.; GOBOR, D.; SIQUEROLO, E. F.; MAXIMIANO, G. A.; AGUIAR, A. V. de; SOUSA, L. P. de; BIANCO, A. de J.; SANTOS, E. S. dos; PASSARELLI, I.; FREITAS, J. C. de; DOMINGUES, R.; GONÇALVES, A. R.; GARBELINI, W. A.; SANTOS, J. F. dos; MORIS, A. C.; SABOT, A. L.; SANTOS, A. S. dos. Implantação e manejo de florestas em pequenas propriedades no Estado do Paraná: um modelo para a conservação ambiental, com inclusão social e viabilidade econômica. Colombo: Embrapa Florestas, 2008. 49 p. (Embrapa Florestas. Documentos, 167).| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 269. | | BROWN, G. G.; DEMETRIO, W.; GABRIAC, Q.; PASINI, A.; KORASAKI, V.; OLIVEIRA, L.; FRANCHINI, J. C.; TORRES, E.; GALERANI, P. R.; GAZZIERO, D. L. P.; BENITO, N. P.; NUNES, D. H.; SANTOS, A.; FERREIRA, T.; NADOLNY, H. S.; BARTZ, M.; MASCHIO, W.; DUDAS, R. T.; ZAGATTO, M.; NIVA, C. C.; CLASEN, L.; SAUTTER, K.; FROUFE, L. C. M.; SEOANE, C. E. S.; MORAES, A. de; JAMES, S.; ALBERTON, O.; JÚNIOR, O. B.; SARAIVA, O. F.; GARCIA, A.; OLIVEIRA, E.; CÉSAR, R.; CORREA-FERREIRA, B. S.; BRUZ, L. S. M.; SILVA, E. da; CARDOSO, G. B. X.; LAVELLE, P.; VELÁSQUEZ, E.; CREMONESI, M.; PARRON, L. M.; BAGGIO, A. J.; NEVES, E. J. M.; HUNGRIA, M.; CAMPOS, T. A.; SILVA, V. L. da; REISSMANN, C. B.; CONRADO, A. C.; BOUILLET, J. D.; GONÇALVES, J. L. M.; BRANDANI, C. B.; VIANI, R. A. G.; PAULA, R. R.; LACLAU, J.; PEÑA-VENEGAS, C. P.; PERES, C.; DECAËNS, T.; PEY, B.; EISENHAUER, N.; COOPER, M.; MATHIEU, J. Soil macrofauna communities in Brazilian land-use systems. Biodiversity Data Journal, v. 12, e115000, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Soja; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 270. | | WAGNER, F. H.; HÉRAULT, B.; BONAL, D.; STAHL, C.; ANDERSON, L. O.; BAKER, T. R.; BECKER, G. S.; BEECKMAN, H.; SOUZA, D. B.; BOTOSSO, P. C.; BOWMAN, D. M. J. S.; BRÄUNING, A.; BREDE, B.; BROWN, F. I.; CAMARERO, J. J.; CAMARGO, P. B.; CARDOSO, F. C. G.; CARVALHO, F. A.; CASTRO, W.; CHAGAS, R. K.; CHAVE, J.; CHIDUMAYO, E. N.; CLARK, D. A.; COSTA, F. R. C.; COURALET, C.; MAURICIO, P. H. da S.; DALITZ, H.; CASTRO, V. R. de; MILANI, J. E. de F.; OLIVEIRA, E. C. de; ARRUDA, L. de S.; DEVINEAU, JEAN-LOUIS; DREW, D. M.; DÜNISCH, O.; DURIGAN, G.; ELIFURAHA, E.; FEDELE, F.; FEDELE, L. F.; FIGUEIREDO FILHO, A.; FINGER, C. A. G.; FRANCO, A. C.; FREITAS JÚNIOR, J. L.; GALVÃO, F.; GEBREKIRSTOS, A.; GLINIARS, R.; GRAÇA, P. M. L. de A.; GRIFFITHS, A. D.; GROGAN, J.; GUAN, K.; HOMEIER, J.; KANIESKI, M. R.; KHO, L. K.; KOENIG, J.; KREPKOWSKI, J.; LEMOS-FILHO, J. P.; LIEBERMAN, D.; LIEBERMAN, M. E.; LISI, C. S.; SANTOS, T. L.; LÓPEZ AYALA, J. L.; MAEDA, E. E.; MALHI, Y.; MARIA, V. R. B.; MARQUES, M. C. M.; MARQUES, R.; CHAMBA, H. M.; MBWAMBO, L.; MELGAÇO, K. L. L.; MENDIVELSO, H. A.; MURPHY, B. P.; O’BRIEN, J. J.; OBERBAUER, S. F.; OKADA, N.; PÉLISSIER, R.; PRIOR, L. D.; ROIG, F. A.; ROSS, M.; ROSSATTO, D. R.; ROSSI, V.; ROWLAND, L.; RUTISHAUSER, E.; SANTANA, H.; SCHULZE, M.; SELHORST, D.; SILVA, W. R.; SILVEIRA, M.; SPANNL, S.; SWAINE, M. D.; TOLEDO, J. J.; TOLEDO, M. M.; TOLEDO, M.; TOMA. T.; TOMAZELLO FILHO, M.; VALDEZ HERNÁNDEZ, J. I.; VERBESSELT, J.; VIEIRA, S. A.; VINCENT, G.; CASTILHO, C. V. de; VOLLAND, F.; WORBES, M.; ZANON, M. L. B.; ARAGÃO, L. E. O. C. Climate seasonality limits leaf carbon assimilation and wood productivity in tropical forests. Biogeosciences, v. 13, n. 8, p. 2537-2562, Apr. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cocais; Embrapa Florestas; Embrapa Roraima. |
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| 271. | | FONTANA, A.; PIRES, A. M. M.; VENTURIERI, A.; JESUS, A. H. de; PAULA, A. J. de; MEDEIROS, A. de S.; VARGAS, A. de G.; BERNDT, A.; FERREIRA, A. L.; LUIZ, A. J. B.; ALVES, A. E.; PEREIRA, A. C.; FREITAS, A. F. de; PACKER, A. P.; CAVALCANTE, A. P. C. M.; FRASCA, A. V. da L.; FERNANDES, A.; ZIMBRES, B.; RUDORFF, B. F. T.; DENARDI, B. M.; BORDRON, B.; ALVES, B. J. R.; KRAHEMBUHL, C. B. B. P.; ARAÚJO, C. E. R.; DUBEUX, C. B. S; MAEQUES, C. L.; SILVA, C. R.; BALDI, C.; JANTALIA, C. P.; GESTEIRA NETO, C. J. M.; BACK, C. D.; ANDRADE, C. A. de; AGUIAR, D. A. de; OBERLING, D. F.; OLIVEIRA, D. M. de; CALÇADO, D. M.; GONÇALVES, D. N. S.; MOLLETA, D. G. S.; GAROFALO, D. F. T.; FERREIRA, D.; GOULART, D.; OLIVEIRA, E. C. de; ROSA, E. R.; ALMEIDA, E. G. de; ALBUQUERQUE, E. R. G. M. de; LA ROVERE, E. L.; RIEGELHAUPT, E. M.; HENRIQUE, F. L.; FARIA, F. F. de; PATERNOST, F. F.; CESÁRIO, F. V.; PEREIRA, F. R. de S.; PAREYN, F. G. C.; RODRIGUES, G. A. H.; BERTANI, G.; LEMOS, G. da S.; RIBEIRO, G. H. P. de M.; CABRAL, G. H.; FROES, G. A. M.; GOES, G. V.; ANDRADE, G. S. de; CARVALHO, G. C. de; NASPOLINI, G. F.; CHRISTO, G. L. de; SANTOS, G. V. dos; BARROS, H. H. D. de; HASENACK, H.; TAVARES, H. C.; MARTINS, I. T.; FRANÇA, I. E. R.; ROITMAN, I.; SOARES, I. M. de M.; SIMIONATO, J.; FREITAS, J.; OMETTO, J. P. H. B.; LINARES, J. A. H.; RISSO, J.; CRUZ FILHO, J. L. V. da; QUINTÃO, J. M. B.; SILVA, J. S. O.; LANA, J. T. de O.; ZANATTA, J. A.; MARACAHIPES, L.; RIBEIRO, L. da S.; VICENTE, L. E.; SCHRAMM, L. F. P.; ROSSI, L. M. B.; SILVA, M. G. da; SARAIVA, M.; D'AGOSTO, M. de A.; VIRTUOSO, M. A.; LIGO, M. A. V.; RACHWAL, M. F. G.; ROSA, M.; PICHARILLO, M. E.; SILVA, M. G. L. da; MATSUURA, M. I. da S. F.; DALLA BETTA, M. M.; PEREIRA, M. J.; CARON, M. L.; ASSIS, M. L. R. de; SANTOS, M. M. de O.; ROCHA, M. B.; BUSTAMANTE, M. M. da C.; WALTER, M. C.; AQUINO, M. F. S. de; SALGADO, M. P. G.; SERRUYA, N. M.; MOREIRA, N. de P.; FERREIRA, N. C.; RAMOS, N. P.; CABRAL, O. M. R.; MOSER, P.; COLTURATO, P. D.; GRÜTZMACHER, P.; AUGUSTO, R. C.; GRISOLI, R. P. S.; SOLARI, R.; PAZIANOTTO, R. A. A.; DUPONT, R. A. B.; CANTINHO, R. Z.; PEIXOTO, R. de A.; PADILHA, R. A.; NICOLOSO, R. da S.; OLIVEIRA, R. R. S. de; HIGA, R. C. V.; GUIDOTTI, R. M. M.; NOGUEIRA, S. F.; MAIA, S. M. F.; ASSIS, T. F. de; IGAWA, T. K.; RODRIGUES, T. da S.; CARMO, T. R. L. do; MIRANDA, V. S.; KONDO, V. Y.; SCIVITTARO, W. B.; WILLS, W.; HOLLER, W. A. Inventário nacional de emissões e remoções antrópicas de gases de efeito estufa. In: BRASIL. Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações. Quarta Comunicação Nacional do Brasil à Convenção-Quadro das Nações Unidas sobre Mudança do Clima. Brasília, DF, 2021. cap. 2, p. 80-181.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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