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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
03/01/2018 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. |
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Afiliação: |
Marcos Rodrigues Lagrotta, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Moysés Nascimento, UFV; Darlene Ana Souza Duarte, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; Rodrigo Reis Mota, University of Liège. |
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Título: |
Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a segunda referiu-se à paralelização de uma única cadeia MCMC. Utilizou-se a biblioteca MPI e o pacote OpenMPI associado ao compilador gfortran para execução em paralelo desses algoritmos. Foram utilizados dados simulados considerando 10.000 marcadores SNPs e 4.100 indivíduos. O algoritmo sequencial padrão foi processado em 77,29 horas. Ao usar múltiplas cadeias em paralelo o processamento foi 77% mais rápido (17,75hs), enquanto que a estratégia de paralelização de uma única cadeia apresentou um ganho de desempenho de 15% (65,37hs). Conclui-se que a computação paralela é eficiente e pode ser aplicada à SG. |
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Palavras-Chave: |
Marcadores SNP; Regressão Bayesiana. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Statistics. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170170/1/2017-M.Deon-RBM-Computacao.pdf
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Marc: |
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700 1 $aMOTA, R. R.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 572 | |
| 86. |  | TAGUTI, E. A.; BUENO, A. de F.; MARCHIORO, S. T. Telenomus podisi parasitism on Dichelops melacanthus and Podisus nigrispinus eggs at different temperatures. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 16., 2019, Londrina. Controle biológico: da academia ao campo, rumo à sustentabilidade: anais. Londrina: Sociedade Entomológica do Brasil: Embrapa Soja: Universidade Estadual de Londrina, 2019. 495 p. Organizadores: Adeney de Freitas Bueno, Pedro Manuel Oliveira Janeiro, Michele Potrich, Geraldo Andrade Carvalho. p. 257.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 91. | | BUENO, A. de F.; BUENO, A. F.; GOBBI, A. L.; VASCO, F. R.; LOBO, R. S. V.; SIQUEIRA, J. R.; VIEIRA, S. S. Avaliação de táticas de manejo integrado de pragas na cultura da soja. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 11., 2009, Bento Gonçalves. [Resumos...]. São Leopoldo: UNISINOS, 2009. 1 CD-ROM. XI SICONBIOL.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 93. | | BUENO, A. F.; BUENO, R. C. O. F.; OLIVEIRA, L. J.; NUNES JÚNIOR, J. Avaliação da eficiência de inseticidas, em tratamento de sementes, no manejo do coró Liogenys fuscus, em soja. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 30., 2008, Rio Verde. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2008. p. 80-82. (Embrapa Soja. Documentos, 304). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, César de Castro, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Fábio Alvares de Oliveira.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 96. | | AQUINO, L. T.; PAIVA, H. C.; SILVA, D. M.; BUENO, A. de F. Atração de Euschistus heros por diferentes compostos nitrogenados e armadilhas. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 17., 2022, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2022. (Embrapa Soja. Documentos, 446). Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Larissa Alexandra Cardoso Moraes, Kelly Catharin, Editoras Técnicas. p. 137-142.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 99. | | HAYASHIDA, R.; HERMEL, A. O.; SILVA, F. A. C. da; ROGGIA, S.; BUENO, A. de F. Aperfeiçoamento de dieta artificial para criação massal do percevejo-marrom da soja, Euschistus heros. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 26.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE ENTOMOLOGIA, 9., Maceio, 2016. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 142. Editores técnicos: Elio Cesar Guzzo, Marcus Vinicius Sampaio, Jader Braga Maia, Aldomário Santo Negrisoli Junior.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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