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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
14/07/2017 |
Data da última atualização: |
03/01/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SANTOS, V. S.; MARTINS FILHO, S.; RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; SILVA, F. F. |
Afiliação: |
V. S. SANTOS, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Viçosa; S. MARTINS FILHO, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Viçosa; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; C. F. AZEVEDO, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Viçosa; P. S. LOPES, Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Viçosa; S. E. F. GUIMARÃES, Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Viçosa; F. F. SILVA, Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Viçosa. |
Título: |
Genomic prediction for additive and dominance effects of censored traits in pigs. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4, gmr15048764, Oct. 2016. |
DOI: |
http://dx.doi.org/10.4238/gmr15048764 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Age at the time of slaughter is a commonly used trait in animal breeding programs. Since studying this trait involves incomplete observations (censoring), analysis can be performed using survival models or modified linear models, for example, by sampling censored data from truncated normal distributions. For genomic selection, the greatest genetic gains can be achieved by including non-additive genetic effects like dominance. Thus, censored traits with effects on both survival models have not yet been studied under a genomic selection approach. We aimed to predict genomic values using the Cox model with dominance effects and compare these results with the linear model with and without censoring. Linear models were fitted via the maximum likelihood method. For censored data, sampling through the truncated normal distribution was used, and the model was called the truncated normal linear via Gibbs sampling (TNL). We used an F2 pig population; the response variable was time (days) from birth to slaughter. Data were previously adjusted for fixed effects of sex and contemporary group. The model predictive ability was calculated based on correlation of predicted genomic values with adjusted phenotypic values. The results showed that both with and without censoring, there was high agreement between Cox and linear models in selection of individuals and markers. Despite including the dominance effect, there was no increase in predictive ability. This study showed, for the first time, the possibility of performing genomic prediction of traits with censored records while using the Cox survival model with additive and dominance effects. MenosAge at the time of slaughter is a commonly used trait in animal breeding programs. Since studying this trait involves incomplete observations (censoring), analysis can be performed using survival models or modified linear models, for example, by sampling censored data from truncated normal distributions. For genomic selection, the greatest genetic gains can be achieved by including non-additive genetic effects like dominance. Thus, censored traits with effects on both survival models have not yet been studied under a genomic selection approach. We aimed to predict genomic values using the Cox model with dominance effects and compare these results with the linear model with and without censoring. Linear models were fitted via the maximum likelihood method. For censored data, sampling through the truncated normal distribution was used, and the model was called the truncated normal linear via Gibbs sampling (TNL). We used an F2 pig population; the response variable was time (days) from birth to slaughter. Data were previously adjusted for fixed effects of sex and contemporary group. The model predictive ability was calculated based on correlation of predicted genomic values with adjusted phenotypic values. The results showed that both with and without censoring, there was high agreement between Cox and linear models in selection of individuals and markers. Despite including the dominance effect, there was no increase in predictive ability. This study showed, for the first time,... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Censored data; GBLUP; Mixed model; Modelo mixto; Survival models. |
Thesagro: |
Porco; Suíno. |
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Swine. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161816/1/2016-M.Deon-GMR-Genomic.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
06/11/2017 |
Data da última atualização: |
14/11/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 2 |
Autoria: |
SCHLEDER, A. A.; PARRON, L. M.; HANSEL, F. A.; FROEHNER, S.; PALAGANO, L. T.; ROSA FILHO, E. F. da. |
Afiliação: |
Aluana Ariane Schleder, UFPR; LUCILIA MARIA PARRON VARGAS, CNPF; FABRICIO AUGUSTO HANSEL, CNPF; Sandro Froehner, UFPR; Leonardo Tozini Palagano, UFPR; Ernani Francisco da Rosa Filho, UFPR. |
Título: |
Evaluation of occurrence of NO3-, coliform and atrazine in a karst aquifer, Colombo, PR. |
Ano de publicação: |
2017 |
Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Recursos Hídricos, Porto Alegre, v. 22, e20, 2017. |
DOI: |
dx.doi.org/10.1590/2318-0331.0117160452 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
A vulnerabilidade de aquíferos do tipo cársticos à contaminação por atividades agropecuárias ocorre em função de sua estrutura geomorfológica. No entanto, existem poucos estudos desta natureza no Brasil. O objetivo deste estudo foi avaliar a ocorrência de nitrato, bactérias coliformes e atrazina em poços rasos e profundos no aquífero cárstico paranaense sob influência de atividades agrícolas. O estudo foi realizado em uma área de agricultura intensiva sobre aquífero cárstico da bacia hidrográfica do Alto Iguaçu/Ribeira no município de Colombo-PR. As campanhas amostrais foram realizadas no período entre 2014 e 2015 em 15 poços rasos e 7 poços profundos, para análise bacteriológica, de NO3- e de atrazina na água. A concentração de NO3- nos poços rasos variou entre 0,14 mg L-1 e 40,22 mg L-1. Nos poços profundos, as concentrações foram menores, entre 1,24 mg L-1 e 17,86 mg L-1. A análise de coliformes totais e fecais apresentou a mesma tendência da presença deNO3-. A atrazina foi detectada em 5 poços rasos e 4 profundos. Propriedades físico-químicas da atrazina, assim como, as fraturas do aquífero cárstico e alta condutividade hidráulica podem ser consideradas como fatores determinantes no destino deste pesticida. |
Palavras-Chave: |
Aquífero. |
Thesagro: |
Agricultura; Águas subterrâneas; Contaminação; Pesticida; Poço. |
Thesaurus NAL: |
Agriculture; Aquifers; Groundwater contamination; Pesticides; Wells. |
Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/166140/1/2017-Lucilia-RBRH-Evaluation.pdf
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Marc: |
LEADER 02216naa a2200325 a 4500 001 2078921 005 2017-11-14 008 2017 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $adx.doi.org/10.1590/2318-0331.0117160452$2DOI 100 1 $aSCHLEDER, A. A. 245 $aEvaluation of occurrence of NO3-, coliform and atrazine in a karst aquifer, Colombo, PR.$h[electronic resource] 260 $c2017 520 $aA vulnerabilidade de aquíferos do tipo cársticos à contaminação por atividades agropecuárias ocorre em função de sua estrutura geomorfológica. No entanto, existem poucos estudos desta natureza no Brasil. O objetivo deste estudo foi avaliar a ocorrência de nitrato, bactérias coliformes e atrazina em poços rasos e profundos no aquífero cárstico paranaense sob influência de atividades agrícolas. O estudo foi realizado em uma área de agricultura intensiva sobre aquífero cárstico da bacia hidrográfica do Alto Iguaçu/Ribeira no município de Colombo-PR. As campanhas amostrais foram realizadas no período entre 2014 e 2015 em 15 poços rasos e 7 poços profundos, para análise bacteriológica, de NO3- e de atrazina na água. A concentração de NO3- nos poços rasos variou entre 0,14 mg L-1 e 40,22 mg L-1. Nos poços profundos, as concentrações foram menores, entre 1,24 mg L-1 e 17,86 mg L-1. A análise de coliformes totais e fecais apresentou a mesma tendência da presença deNO3-. A atrazina foi detectada em 5 poços rasos e 4 profundos. Propriedades físico-químicas da atrazina, assim como, as fraturas do aquífero cárstico e alta condutividade hidráulica podem ser consideradas como fatores determinantes no destino deste pesticida. 650 $aAgriculture 650 $aAquifers 650 $aGroundwater contamination 650 $aPesticides 650 $aWells 650 $aAgricultura 650 $aÁguas subterrâneas 650 $aContaminação 650 $aPesticida 650 $aPoço 653 $aAquífero 700 1 $aPARRON, L. M. 700 1 $aHANSEL, F. A. 700 1 $aFROEHNER, S. 700 1 $aPALAGANO, L. T. 700 1 $aROSA FILHO, E. F. da 773 $tRevista Brasileira de Recursos Hídricos, Porto Alegre$gv. 22, e20, 2017.
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Embrapa Florestas (CNPF) |
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