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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
30/11/2020 |
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Data da última atualização: |
30/11/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERREIRA, L. M.; SÁFADI, T.; FERREIRA, J. L. |
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Afiliação: |
Leila Maria Ferreira, UFLA; Thelma Sáfadi, UFLA; JULIANO LINO FERREIRA, CPPSUL. |
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Título: |
Evaluation of genome similarities using a wavelet-domain approach. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, v. 53, e20190470, May 2020. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Introduction: Tuberculosis is listed among the top 10 causes of deaths worldwide. The resistant strains causing this disease have been considered to be responsible for public health emergencies and health security threats. As stated by the World Health Organization (WHO), around 558,000 different cases coupled with resistance to rifampicin (the most operative first-line drug) have been estimated to date. Therefore, in order to detect the resistant strains using the genomes of Mycobacterium tuberculosis (MTB), we propose a new methodology for the analysis of genomic similarities that associate the different levels of decomposition of the genome (discrete non-decimated wavelet transform) and the Hurst exponent. Methods: The signals corresponding to the ten analyzed sequences were obtained by assessing GC content, and then these signals were decomposed using the discrete non-decimated wavelet transform along with the Daubechies wavelet with four null moments at five levels of decomposition. The Hurst exponent was calculated at each decomposition level using five different methods. The cluster analysis was performed using the results obtained for the Hurst exponent. Results: The aggregated variance, differenced aggregated variance, and aggregated absolute value methods presented the formation of three groups, whereas the Peng and R/S methods presented the formation of two groups. The aggregated variance method exhibited the best results with respect to the group formation between similar strains. Conclusion: The evaluation of Hurst exponent associated with discrete non-decimated wavelet transform can be used as a measure of similarity between genome sequences, thus leading to a refinement in the analysis. Keywords: GC content. Hurst exponent. Mycobacterium tuberculosis. Discrete non-decimated wavelet transform. Grouping. MenosIntroduction: Tuberculosis is listed among the top 10 causes of deaths worldwide. The resistant strains causing this disease have been considered to be responsible for public health emergencies and health security threats. As stated by the World Health Organization (WHO), around 558,000 different cases coupled with resistance to rifampicin (the most operative first-line drug) have been estimated to date. Therefore, in order to detect the resistant strains using the genomes of Mycobacterium tuberculosis (MTB), we propose a new methodology for the analysis of genomic similarities that associate the different levels of decomposition of the genome (discrete non-decimated wavelet transform) and the Hurst exponent. Methods: The signals corresponding to the ten analyzed sequences were obtained by assessing GC content, and then these signals were decomposed using the discrete non-decimated wavelet transform along with the Daubechies wavelet with four null moments at five levels of decomposition. The Hurst exponent was calculated at each decomposition level using five different methods. The cluster analysis was performed using the results obtained for the Hurst exponent. Results: The aggregated variance, differenced aggregated variance, and aggregated absolute value methods presented the formation of three groups, whereas the Peng and R/S methods presented the formation of two groups. The aggregated variance method exhibited the best results with respect to the group formation betwee... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Genoma; Tuberculose. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
10/07/2020 |
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Data da última atualização: |
13/07/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Documentos |
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Autoria: |
WENDLING, I.; SANTAROSA, E.; PENTEADO JUNIOR, J.; AUER, C. G.; PENTEADO, S. do R. C.; QUEIROZ, D. L. de; SANTOS, A. F. dos. |
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Afiliação: |
IVAR WENDLING, CNPF; EMILIANO SANTAROSA, CNPF; JOEL PENTEADO JUNIOR, Analista aposentado da Embrapa Florestas; CELSO GARCIA AUER, CNPF; SUSETE DO ROCIO CHIARELLO PENTEADO, CNPF; DALVA LUIZ DE QUEIROZ, CNPF; ALVARO FIGUEREDO DOS SANTOS, Pesquisador aposentado da Embrapa Florestas. |
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Título: |
Manual de produção de mudas clonais de erva-mate. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Colombo: Embrapa Florestas, 2020. |
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Páginas: |
47 p. |
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Série: |
(Embrapa Florestas. Documentos, 336). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Entre as atividades relacionadas ao cultivo da erva-mate (Ilex paraguariensis St. Hil.), a produção de mudas é uma das etapas mais importantes, pois o êxito da implantação e produção dos ervais está diretamente relacionado à qualidade das mudas. A necessidade do desenvolvimento de sistemas de produção agropecuários inovadores, produzindo mudas de melhor qualidade é um desafio constante para os técnicos, exigindo a capacitação e atualização dos profissionais que atuam nesta atividade. No Brasil, especialmente na última década, os sistemas de produção de mudas de erva-mate têm apresentado importantes avanços, no que diz respeito às técnicas de produção para cada uma das fases de desenvolvimento no viveiro, desde o planejamento, estruturas, métodos de propagação, substratos, adubação, controle de pragas e doenças, até o estabelecimento de indicadores de qualidade das mudas. Este documento é uma contribuição da Embrapa Florestas para subsidiar técnicos e viveiristas com necessidade de melhor conhecer técnicas de propagação e recomendações de boas práticas a serem utilizadas em viveiros de erva-mate e, especialmente, no sistema de produção de mudas clonais por miniestaquia. A adoção das boas práticas nos viveiros permite a produção de mudas de erva-mate com qualidade genética, fisiológica e sanitária, a fim de aumentar a produtividade e a qualidade em sistemas de produção de erva-mate. |
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Thesagro: |
Clone. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/214564/1/Livro-Doc-336-1680-final-4.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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