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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
23/07/2021 |
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Data da última atualização: |
23/07/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LÜHRS, L.; SOUSA, V. A. de; ROSSINI, B. C.; KESTRING, D. R.; AGUIAR, A. V. de. |
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Afiliação: |
LARISSA LÜHRS, Bolsista Embrapa Florestas; VALDERES APARECIDA DE SOUSA, CNPF; BRUNO CÉSAR ROSSINI, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; DAIANE RIGONI, CNPF; ANANDA VIRGINIA DE AGUIAR, CNPF. |
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Título: |
Identificação de microssatélites e síntese de primes para erva-mate a partir de programas de bioinformática. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
In: EVENTOS ARAUCÁRIA: PESQUISA, INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA SISTEMAS DE PRODUÇÃO, ERVA-MATE XXI: INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA O SETOR ERVATEIRO, 2020, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2021. |
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Páginas: |
p. 50. |
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Série: |
(Embrapa Florestas. Documentos, 344). |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Resumo. |
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Conteúdo: |
A erva-mate (Ilex paraguariensis S. T. Hill) gera o produto florestal não madeireiro mais importante do agronegócio da região Sul do Brasil. A demanda internacional pela erva-mate vem aumentando, favorecendo o desenvolvimento da sua produção e competitividade. A caracterização genética é indispensável para o estabelecimento de estratégias de conservação e melhoramento genéticos para essa espécie. Atualmente, diferentes ferramentas genômicas estão disponíveis para desenvolvimento de marcadores moleculares, sendo os microssatélites, ou SSRs (sequências simples repetidas) uma das mais utilizadas no estudo genético de populações. Assim, o objetivo desde trabalho foi identificar e desenvolver microssatélites para erva-mate. O DNA de um indivíduo foi utilizado para realizar, a partir da plataforma Illumina-Miseq, um total de 12.933.970 leituras. Para a sua identificação, foram utilizados diferentes programas: PERF, SSR_pipeline e Primer3Plus. Com o auxílio do PERF, foram analisadas as sequências (em arquivo fasta), totalizando 17.715 ocorrências repetidas para variados números de motifs repetidos. O SSR_pipeline utilizou outros arquivos de entrada (fastq) com 12.933.970 leituras e identificou inúmeros SSRs. Assim, associando os resultados dos dois programas, pares de primers flanqueando os microssatélites foram desenhados no Primer3Plus para 18 marcadores. Alguns parâmetros especificados foram: tamanhos, temperaturas e porcentagem de GC (mínimos, ideais e máximos). Seis potenciais marcadores identificados serão validados para a confecção dos iniciadores para esta espécie. Essa ferramenta deverá ser aplicada para análises genéticas diversas, na caracterização genética de populações naturais e sintéticas e em bancos de germoplasma. Novos recursos de bioinformática poderão ser explorados para essa mesma finalidade. MenosA erva-mate (Ilex paraguariensis S. T. Hill) gera o produto florestal não madeireiro mais importante do agronegócio da região Sul do Brasil. A demanda internacional pela erva-mate vem aumentando, favorecendo o desenvolvimento da sua produção e competitividade. A caracterização genética é indispensável para o estabelecimento de estratégias de conservação e melhoramento genéticos para essa espécie. Atualmente, diferentes ferramentas genômicas estão disponíveis para desenvolvimento de marcadores moleculares, sendo os microssatélites, ou SSRs (sequências simples repetidas) uma das mais utilizadas no estudo genético de populações. Assim, o objetivo desde trabalho foi identificar e desenvolver microssatélites para erva-mate. O DNA de um indivíduo foi utilizado para realizar, a partir da plataforma Illumina-Miseq, um total de 12.933.970 leituras. Para a sua identificação, foram utilizados diferentes programas: PERF, SSR_pipeline e Primer3Plus. Com o auxílio do PERF, foram analisadas as sequências (em arquivo fasta), totalizando 17.715 ocorrências repetidas para variados números de motifs repetidos. O SSR_pipeline utilizou outros arquivos de entrada (fastq) com 12.933.970 leituras e identificou inúmeros SSRs. Assim, associando os resultados dos dois programas, pares de primers flanqueando os microssatélites foram desenhados no Primer3Plus para 18 marcadores. Alguns parâmetros especificados foram: tamanhos, temperaturas e porcentagem de GC (mínimos, ideais e máximos). Seis pote... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Erva-mate. |
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Thesagro: |
Banco de Germoplasma; Ilex Paraguariensis. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/224637/1/EmbrapaFlorestas-2021-AnaisErvamateEAraucaria-Documentos344-pg50.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 261 | |
| 22. |  | LÜHRS, L.; SOUSA, V. A. de; ROSSINI, B. C.; KESTRING, D. R.; AGUIAR, A. V. de. Identificação de microssatélites e síntese de primes para erva-mate a partir de programas de bioinformática. In: EVENTOS ARAUCÁRIA: PESQUISA, INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA SISTEMAS DE PRODUÇÃO, ERVA-MATE XXI: INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA O SETOR ERVATEIRO, 2020, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2021. p. 50. (Embrapa Florestas. Documentos, 344). Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 25. | | MOREIRA, J.; PAGLIARINI, M.; AGUIAR, A. V. de; SOUSA, V. A. de; MORAES, M.; SHIMIZU, J. Genetic variation for silvicultural traits in open-pollinated progenies test of Pinus elliottii. In: CONFERENCE ON BREEDING AND GENETIC RESOURCES OF THE SOUTHERN US AND MEXICAN PINES, 2013, Jacksonville, Florida. Breeding for value in a changing world. [S.l.]: IUFRO, 2013. Disponível online. Abstract. IUFRO Working Group 2.02.20.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 27. | | SOUZA, T. da S.; AGUIAR, A. V. de; SOUSA, V. A. de. Ganho esperado na seleção para caracteres silviculturais em testes deprogênies de Pinus tecunumanii. In: EVENTO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA FLORESTAS, 11., 2012, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2012. (Embrapa Florestas. Documentos, 240). Editores técnicos: Marcílio José Thomazini, Elenice Fritzsons, Patrícia Raquel Silva, Guilherme Schnell e Schuhli, Denise Jeton Cardoso, Luziane Franciscon. EVINCI. Resumos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 29. | | CETTINA, D. T. C.; SHIMIZU, J. Y.; AGUIAR, A. V. de. Ganhos esperados na seleção em caracteres de crescimento em Pinus taeda. In: EVENTO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA FLORESTAS, 11., 2012, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2012. (Embrapa Florestas. Documentos, 240). Editores técnicos: Marcílio José Thomazini, Elenice Fritzsons, Patrícia Raquel Silva, Guilherme Schnell e Schuhli, Denise Jeton Cardoso, Luziane Franciscon. EVINCI. Resumos.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 30. | | AGUIAR, A. V. de; VENCOVSKY, R.; CHAVES, L. J.; MOURA, M. F.; MORAIS, L. K. de. Genetics and expected selection gain for growth traits in Eugenia dysenterica DC populations. Bragantia, Campinas, v. 68, n. 3, p. 629-637, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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