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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
10/06/2015 |
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Data da última atualização: |
02/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VERARDO, L. L.; SILVA, F. F.; VARONA, L.; RESENDE, M. D. V. de; BASTIAANSEN, J. W. M.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
UFV; UFV; Universidad de Zaragoza; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Wageningen University; UFV; UFV. |
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Título: |
Bayesian GWAS and network analysis revealed new candidate genes for number of teats in pigs. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 56, n. 1, p. 123-132, Feb. 2015. |
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DOI: |
10.1007/s13353-014-0240-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The genetic improvement of reproductive traits such as the number of teats is essential to the success of the pig industry. As opposite to most SNP association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, this trait is characterized as a discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. Therefore, in order to access the complexity of a counting random regression considering all SNPs simultaneously as covariate under a GWAS modeling, the Bayesian inference tools become necessary. Currently, another point that deserves to be highlighted in GWAS is the genetic dissection of complex phenotypes through candidate genes network derived from significant SNPs. We present a full Bayesian treatment of SNP association analysis for number of teats assuming alternatively Gaussian and Poisson distributions for this trait. Under this framework, significant SNP effects were identified by hypothesis tests using 95 % highest posterior density intervals. These SNPs were used to construct associated candidate genes network aiming to explain the genetic mechanism behind this reproductive trait. The Bayesian model comparisons based on deviance posterior distribution indicated the superiority of Gaussian model. In general, our results suggest the presence of 19 significant SNPs, which mapped 13 genes. Besides, we predicted gene interactions through networks that are consistent with the mammals known breast biology (e.g., development of prolactin receptor signaling, and cell proliferation), captured known regulation binding sites, and provided candidate genes for that trait (e.g., TINAGL1 and ICK). MenosThe genetic improvement of reproductive traits such as the number of teats is essential to the success of the pig industry. As opposite to most SNP association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, this trait is characterized as a discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. Therefore, in order to access the complexity of a counting random regression considering all SNPs simultaneously as covariate under a GWAS modeling, the Bayesian inference tools become necessary. Currently, another point that deserves to be highlighted in GWAS is the genetic dissection of complex phenotypes through candidate genes network derived from significant SNPs. We present a full Bayesian treatment of SNP association analysis for number of teats assuming alternatively Gaussian and Poisson distributions for this trait. Under this framework, significant SNP effects were identified by hypothesis tests using 95 % highest posterior density intervals. These SNPs were used to construct associated candidate genes network aiming to explain the genetic mechanism behind this reproductive trait. The Bayesian model comparisons based on deviance posterior distribution indicated the superiority of Gaussian model. In general, our results suggest the presence of 19 significant SNPs, which mapped 13 genes. Besides, we predicted gene interactions through networks that are consistent with the mammals known breast biology (e.g., developme... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Counting data; Inferência Bayesiana; SNP association; Teta de porco; Trato reprodutivo. |
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Thesagro: |
Gene; Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
genes; reproductive traits. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 16 | |
| 1. |  | MELO, E. C. A.; POLTRONIERI, M. C.; LEMOS, O. F. de; AMARAL, L. M. S.; ALVES, S. A. O. Assepsia de explantes de Helicônia sp para o processo de micropropagação in vitro. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 2.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL (AVALIAÇÃO-2004), 8., 2005, Belém, PA. Ciência e tecnologia com inclusão social: anais. Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 2. | | ALVES, S. A. O.; SILVA, C. R. F.; AMARAL, L. M. S.; MELO, E. C. A.; LEMOS, O. F. de. Aplicação de diferentes dosagens de cefalexina em intervalos de tempo em gemas de pimenta de reino (Piper nigrum L.). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 2.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL (AVALIAÇÃO-2004), 8., 2005, Belém, PA. Ciência e tecnologia com inclusão social: anais. Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | AMARAL, L. M. S.; LEMOS, O. F. de; MELO, E. C. A.; ALVES, S. A. O.; SILVA, C. R. F. Efeito de diferentes concentrações de 6-benzilaminopurina em meio ms suplementado com ágar ou phytagel na proliferação de gemas de pimenta-do-reino (Piper nigrum L.). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 2.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL (AVALIAÇÃO-2004), 8., 2005, Belém, PA. Ciência e tecnologia com inclusão social: anais. Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 4. | | MELO, E. C. A.; POLTRONIERI, M. C.; LEMOS, O. F. de; AMARAL, L. M. S.; ALVES, S. A. O. Efeito de diferentes concentrações do ácido indolacético (AIA) e do 6-benzilaminopurina (BAP) no cultivo in vitro de bastão-do-imperador (Etlingera elatior). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 2.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL (AVALIAÇÃO-2004), 8., 2005, Belém, PA. Ciência e tecnologia com inclusão social: anais. Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | ALVES, S. A. O.; SILVA, C. R. F.; AMARAL, L. M. S.; MELO, E. C. A.; LEMOS, O. F. de. Efeito de filtrado na cultura de fungo no cultivo in vitro de pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.) visando resistência e/ou tolerância à fusariose. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 2.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL (AVALIAÇÃO-2004), 8., 2005, Belém, PA. Ciência e tecnologia com inclusão social: anais. Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | AMARAL, L. M. S.; LEMOS, O. F. de; MELO, E. C. A.; ALVES, S. A. O.; SILVA, C. R. F. Enraizamento in vitro e aclimatização em vermiculita de pimenta-do-reino (Piper nigrum L.). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 2.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL (AVALIAÇÃO-2004), 8., 2005, Belém, PA. Ciência e tecnologia com inclusão social: anais. Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | MELO, E. C. A.; POLTRONIERI, M. C.; LEMOS, O. F. de; AMARAL, L. M. S.; ALVES, S. A. O. Efeito de 6-benzilaminopurina (BAP) para o processo de micropropagação de bastão-do-imperador (Etlingera elatior). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 2.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL (AVALIAÇÃO-2004), 8., 2005, Belém, PA. Ciência e tecnologia com inclusão social: anais. Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | REIS, I. N. R. de S.; LAMEIRA, O. A.; MONFORT, L. E. F.; ALVES, S. A. O.; MENESES, A. A. S. de; AMARAL, L. M. S. Assepsia in vitro de sementes de teca (Tectona grandis L. f.), utilizando NaOCl e cefalexina. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 23, n. 2, p. 630, ago. 2005. Suplemento. Edição dos resumos: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 45.; CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 2., 2005, Fortaleza, CE.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | AMARAL, L. M. S.; MONFORT, L. E. F.; ALVES, S. A. O.; MENESES, A. A. S. de; REIS, I. N. R. de S.; LEMOS, O. F. Aclimatização de brotos de pimenta-do-reino (Piper nigrum L.) enraizados in vitro em substrato vermiculita. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 23, n. 2, p. 630, ago. 2005. Suplemento. Edição dos resumos: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 45.; CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 2., 2005, Fortaleza, CE.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 10. | | AMARAL, L. M. S.; LEMOS, O. F. de; MELO, E. C. A.; ALVES, S. A. O.; MENEZES, I. C. de; MONFORT, L. E. F. Aclimatização de pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.) em diferentes substratos. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 23, n. 2, p. 653, ago. 2005. Suplemento. Edição dos resumos: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 45.; CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 2., 2005, Fortaleza, CE.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | ALVES, S. A. O.; LEMOS, O. F. de; AMARAL, L. M. S. do; MELO, E. C. A.; MENEZES, I. C. de; MONFORT, L. E. F. Efeito de diferentes concentrações de acido indol butirico (IBA) em dois gelificantes diferentes no processo de enraizamento de pimenta-do-reino (Piper nigrum L.). Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 23, n. 2, p. 652, ago. 2005. Suplemento. Edição dos resumos: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 45.; CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 2., 2005, Fortaleza, CE.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 12. | | OLIVEIRA, H. S. de; LEMOS, O. F. de; SOUZA, C. R. B. de; MENEZES, I. C. de; AMARAL, L. M. S. Produção in vitro de brotos enraizados de cultivares de pimenteira-do-reino (Piper nigrum). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 4.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 10., 2007, Belém, PA. Anais... Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 13. | | MELO, E. C. A.; LEMOS, O. F. de; POLTRONIERI, M. C.; AMARAL, L. M. S. do; ALVES, S. A. O.; MENEZES, I. C. de. Indução in vitro de brotos e crescimento de bastão-do-imperador (Etlingera elatior) no processo de micropropagação. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 23, n. 2, p. 653, ago. 2005. Suplemento. Edição dos resumos: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 45.; CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 2., 2005, Fortaleza, CE.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 14. | | REIS, I. N. R. de S.; LAMEIRA, O. A.; MONFORT, L. E. F.; ALVES, S. A. O.; MENESES, A. A. S. de; AMARAL, L. M. S. Efeito do ácido indolbutírico, em diferentes concentrações, no enraizamento de miniestacas de jaborandi (Pilocarpus microphyllus Stapf). Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 23, n. 2, p. 630, ago. 2005. Suplemento. Edição dos resumos: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 45.; CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 2., 2005, Fortaleza, CE.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 15. | | CARDOSO, J. de N. O.; LEMOS, O. F. de; CONCEICAO, H. E. O. da; ALVES, S. A. O.; AMARAL, L. M. S. Resgate de embriões in vitro de híbridos de dendenzeiro. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 4.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 10., 2007, Belém, PA. Anais... Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 16. | | ALVES, S. A. O.; CARDOSO, J. N. de O.; OLIVEIRA, H. S. de; LEMOS, O. F. de; OLIVEIRA, C. F. da; LOBATO, A. K. da S.; MAIA, P. S. P.; AMARAL, L. M. S. do. Enraizamento in vitro e aclimatização em vermiculita de pimenteira-do reino (Piper nigrum L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Melhoramento de plantas e agronegócio: anais. Lavras: UFLA: SBMP, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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