03131nam a2200361 a 450000100080000000500110000800800410001902200140006010000170007424501600009126000530025130000100030449000760031452020090039065000130239965000250241265000150243765000100245265300300246265300240249265300220251665300230253865300330256165300170259465300110261165300120262265300260263465300210266070000210268170000220270270000210272470000240274521458462023-09-01       2022    bl uuuu     u0uu1 u    #d  a1981-20781 aOKINO, C. H.  aTranscriptoma abomasal comparativo de ovinos da raça Morada Nova com fenótipos divergentes de resistência a Haemonchus contortus.h[electronic resource]  aSão Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudestec2022  a34 p.  a(Embrapa Pecuária Sudeste. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 54).  aO presente estudo teve como objetivo comparar o transcriptoma abomasal de ovinos da raça Morada Nova com fenótipos divergentes de resistência a Haemonchus contortus. Para tanto, 287 cordeiros foram submetidos a dois desafios parasitários experimentais e monitorados quanto ao ganho de peso, ao volume globular e à contagem de ovos por grama de fezes. Após análise de dados, foram selecionados 10 animais de cada extremo de fenótipo de resistência parasitária, sendo que metade desses animais foi submetida ao sequenciamento de RNA (RNAseq) da mucosa abomasal. Genes diferencialmente expressos (DE) relacionados às respostas imunes e outros processos biológicos foram observados entre os grupos extremos de resistência parasitária por RNAseq baseando-se nos três genomas ovinos disponíveis nas bases de dados públicas (NCBI Oar 2.0 - 21 genes DE, Ensembl Oar 1.0 - 11 genes DE e Ensembl Texel 3.1 - 14 genes DE). No entanto apenas cinco genes DE (B3GNT3, CLCA1, TFF3, PKLR e SELP) foram comuns aos três genomas. Para a validação dos resultados de RNAseq por RT-qPCR foram desenhados primers para 14 genes DE, para, no mínimo, duas regiões gênicas em éxons distintos por gene.  Entretanto, só houve amplificação específica para oito genes, e apenas um gene apresentou concordância com os resultados de RNAseq. Concluiu-se que a validação por RT-qPCR não foi possível, provavelmente por dois motivos principais: 1) baixa quantidade de sequências atribuídas à maioria dos genes DE e 2) baixa qualidade de anotação do genoma ovino. Foram utilizadas três versões de referência atualizadas do genoma ovino que apresentam discordâncias quanto à montagem, localização e anotação dos genes. Isso impacta diretamente e negativamente nos resultados de validação por RT-qPCR, dado que, se as regiões gênicas (principalmente relacionadas à junção éxon-éxon) não estão bem anotadas, há dificuldades e falhas no desenho dos primers e na amplificação adequada.  aCordeiro  aHaemonchus Contortus  aNematóide  aOvino  aAnálise de transcriptoma  aBibliotecas de cDNA  aExtração de RNA  aIntegridade de RNA  aNematódeos gastrintestinais  aResiliência  aRNAseq  aRT qPCR  aSequenciamento de RNA  aTranscriptômica1 aIBELLI, A. M. G.1 aNICIURA, S. C. M.1 aBENAVIDES, M. V.1 aCHAGAS, A. C. de S.