02816nam a2200229 a 450000100080000000500110000800800410001910000170006024501570007726000160023430000160025050002190026652019120048565000110239765000150240865000350242365000100245865300270246865300160249565300400251165300350255120669742017-03-14       2016    bl uuuu  m   00u1 u    #d1 aMOTTA, L. B.  aGenotipagem por sequenciamento para identificação de SNPs e associação com características agronômicas em Coffea canephora.h[electronic resource]  a2016.c2016  a159 f.cil.  aTese (doutorado em Produção vegetal) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. Orientadora: Taís Cristina Bastos Soares. Coorientadores: Maria Amélia Gava Ferrão, Alan Carvalho Andrade, Cosme Damião Cruz.  aA genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233). Localizam-se em regiões intergênicas 33% dos SNPs, sendo que os demais se distribuem em região de íntrons, éxons e 3?UTR. Os SNPs em região codificadora são responsáveis por alterações não sinônimas em 82% das ocorrências. Os resultados encontrados são importantes para a cafeicultura e podem contribuir para a seleção assistida por marcadores.  aCoffea  aGenotyping  aSingle nucleotide polymorphism  aCafé  aEstudo de associação  aGenotipagem  aPolimorfismo de nucleotídeo único  aSequenciamento de nucleotídeo