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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/01/2014 |
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Data da última atualização: |
08/01/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, CAPES; DAVID POT, CIRAD; ALEXIS DEREEPER, IRD; STÉPHANIE POINTET, CIRAD; JOÃO BATISTA GONÇALVES DIAS DA SILVA, COCARI; GUSTAVO HIROSHI SERA, IAPAR; TUMORU SERA, IAPAR; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação. MenosOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriorme... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Etiópia; SNPs. |
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Thesagro: |
Coffea arabica; Polimorfismo. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94857/1/Identificacao-de-polimorfismos.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café$c2013
520 $aOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
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URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
08/08/2011 |
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Data da última atualização: |
08/08/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, O. F. da; WANDER, A. E. |
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Afiliação: |
OSMIRA FATIMA DA SILVA, CNPAF; ALCIDO ELENOR WANDER, CNPAF. |
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Título: |
Viabilidade econômica de sistema de produção de feijão comum (Phaseolus vulgaris L.), na segunda safra, em agricultura familiar, em Itapuranga-GO. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ECONOMIA, ADMINISTRAÇÃO E SOCIOLOGIA RURAL, 49., 2011, Belo Horizonte. Demografia e meio rural: população, políticas públicas e desenvolvimento. Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Economia, Administração e Sociologia Rural, 2011. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Este estudo teve como objetivo levantar os custos de produção do feijão comum no sistema de produção da segunda safra, em agricultura familiar, em uso pelos produtores de Goiás e compará-lo ao indicado pela pesquisa. Dentre os municípios de Goiás em que a agricultura familiar se mostra expressiva, destaca-se o município de Itapuranga, localizado no Noroeste do Estado. A Embrapa Arroz e Feijão realizou um painel para definição do sistema de produção praticado pelos produtores familiares daquele município, na segunda safra, com a participação de extensionistas da Emater-GO. |
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Palavras-Chave: |
Análise de sensibilidade; Eficiência econômica; Fatores de produção; Itapuranga, GO; Sober. |
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Thesagro: |
Agricultura familiar; Cerrado; Custo de produção; Feijão; Phaseolus vulgaris; Rentabilidade; Sistema de produção. |
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Categoria do assunto: |
E Economia e Indústria Agrícola |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/39383/1/Sober267.pdf
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Marc: |
LEADER 01685nam a2200277 a 4500
001 1897443
005 2011-08-08
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100 1 $aSILVA, O. F. da
245 $aViabilidade econômica de sistema de produção de feijão comum (Phaseolus vulgaris L.), na segunda safra, em agricultura familiar, em Itapuranga-GO.
260 $aIn: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ECONOMIA, ADMINISTRAÇÃO E SOCIOLOGIA RURAL, 49., 2011, Belo Horizonte. Demografia e meio rural: população, políticas públicas e desenvolvimento. Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Economia, Administração e Sociologia Rural$c2011
300 $c1 CD-ROM.
520 $aEste estudo teve como objetivo levantar os custos de produção do feijão comum no sistema de produção da segunda safra, em agricultura familiar, em uso pelos produtores de Goiás e compará-lo ao indicado pela pesquisa. Dentre os municípios de Goiás em que a agricultura familiar se mostra expressiva, destaca-se o município de Itapuranga, localizado no Noroeste do Estado. A Embrapa Arroz e Feijão realizou um painel para definição do sistema de produção praticado pelos produtores familiares daquele município, na segunda safra, com a participação de extensionistas da Emater-GO.
650 $aAgricultura familiar
650 $aCerrado
650 $aCusto de produção
650 $aFeijão
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650 $aSistema de produção
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653 $aItapuranga, GO
653 $aSober
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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