BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoALVAREZ, J. C.; HERAI, R. H.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. G. A. PredIP: an in silico approach for automated protein interaction prediction in genomic and transcriptomic sequence databanks. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 85. AB3C X-meeting 2010.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.

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2.Imagem marcado/desmarcadoPEREIRA, G. G.; GOLDFEDER, G. T.; YAMAKI, F. L.; OLIVEIRA, V. M. C.; LARSSON, M. H. M. A. Myocardial velocities obtained by pulsed tissue Doppler in English Cocker Spaniels with dilated cardiomyopathy and congestive heart failure. Pesquisa Veterinária Brasileira, Brasília, DF, v. 39, n. 9, p. 851-856, set. 2016.

Biblioteca(s): Área de Informação da Sede.

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3.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A. CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 110. AB3C X-meeting 2010.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.

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4.Imagem marcado/desmarcadoHERAI, R. H.; COSTA, G. G. D. L.; R. JÚNIOR, O.; VIDAL, R. O.; NASCIMENTO, L. C.; PARIZZI, L. P.; PEREIRA, G. G. A.; CARAZZOLLE, M. F. TORNADO: an automated pipeline for de novo hybrid genome assembly based on free software packages for sanger and next generation sequencing technologies (NGS). In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 119. AB3C X-meeting 2010.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.

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5.Imagem marcado/desmarcadoRANGEL, P. H. N.; SOARES, D. M.; DINIZ, J. A.; OLIVEIRA, J. F. de; PEREIRA, G. G.; FERREIRA, E.; NASCIMENTO, A. M. do; ALENCAR, A. F.; MACHADO, E.; MACHADO, L. D.; ARAÚJO, L. P. de; CARVALHO, M. M. D. Obtenção e difusão de cultivares de arroz irrigado para o estado de Goiás: relatório técnico 2002/2003 a 2004/2005. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão: Agenciarural, 2005. 106 p. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 183).

Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão.

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6.Imagem marcado/desmarcadoBENKO-ISEPPON, A. M.; BEZERRA-NETO, J. P.; PANDOLFI, V.; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BELARMINO L. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SOARES-CAVALCANTI, N. M.; BARBOSA-AMORIM, L. L.; CALSA-JR, T.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; NASCIMENTO, L. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. G.; KIDO, E. A. Drought and salinity stress response in legume crops. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 4., Bento Gonçalves, 2013. Resumo... [Ribeirão Preto]: Sociedade Brasileira de Genética, 2013. p. 5. Palestra.

Biblioteca(s): Embrapa Soja.

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Biblioteca(s):  Embrapa Informática Agropecuária.
Data corrente:  02/12/2010
Data da última atualização:  19/06/2013
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  HERAI, R. H.; COSTA, G. G. D. L.; R. JÚNIOR, O.; VIDAL, R. O.; NASCIMENTO, L. C.; PARIZZI, L. P.; PEREIRA, G. G. A.; CARAZZOLLE, M. F.
Afiliação:  LGE/IB/UNICAMP, LBA/CNPTIA; LGE/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP, LNBio; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP, LNBio; LGE/IB/UNICAMP, CENAPAD.
Título:  TORNADO: an automated pipeline for de novo hybrid genome assembly based on free software packages for sanger and next generation sequencing technologies (NGS).
Ano de publicação:  2010
Fonte/Imprenta:  In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.
Páginas:  p. 119.
Idioma:  Inglês
Notas:  AB3C X-meeting 2010.
Conteúdo:  Next generation sequence technologies (NGS) made possible to sequence entirely genomes in a fast way and low cost, from unicellular to complex organisms, like plants and mammals. These sequences can be assembled (i ) using a reference genome or by some de novo bioinformatics method, such as Velvet, SOAPDenovo, Edena, ABYSS, GS Assembler 454, Mira and ZORRO. They are mainly based on de Bruijin graphs or, in a few softwares, reads overlapping to form contigs and scaffolds. The involved filtering and assembly step are very sensitive for each type of tool, and can be a key factor to generate the best assembly results. This way, when a set of sequences from distinct technologies exists, from Sanger to NGS, it is necessary the use of distinct assembly strategies for each type of data. Actually, at our knowledge, there is no automated hybrid strategies based on in-use of distinct assembly softwares that can be applied to assembly hybrid data generated by NGS or Sanger platforms. This works presents TORNADO, and automated pipeline for hybrid genome assembly based on free software packages. TORNADO did not proposed new methods for genome assembly. It just uses the best described software strategies for each type of genomic data to perform the hybrid assembly. It was organized in two main modules that are configured by XML file. In the first module, input data are filtered for trimming and experimental artifacts clipping. In the second module, based on sequence type, TORNADO automatic... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Bases de dados; Bioinformática.
Thesagro:  Genoma.
Thesaurus NAL:  Bioinformatics; Computer software; Databases; Genome; Moniliophthora perniciosa.
Categoria do assunto:  --
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/23820/1/p119.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPTIA15327 - 1UPCPL - DD
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