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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
06/07/2022 |
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Data da última atualização: |
06/07/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
IBELLI, A. M. G.; SALMÓRIA, L. A.; TAVERNARI, F. de C.; PEIXOTO, J. de O.; MARCELINO, D. E. P.; DAL PIZZOL, M. S.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C. |
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Afiliação: |
ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; LETÍCIA ALVES SALMÓRIA, Unicentro/Guarapuava; FERNANDO DE CASTRO TAVERNARI, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; DÉBORA ESTER PETRY MARCELINO, FACC; MARIANE SPUDEIT DAL PIZZOL, UDESC/Chapecó; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA. |
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Título: |
Identificação e caracterização de variantes funcionais no transcriptoma de duodeno em poedeiras. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL ON-LINE, 14., 2021. Anais.... Chapecó: UDESC: Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2022. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Resumo: O aumento no número de trabalhos de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) tem permitido que estes dados sejam utilizados em abordagens além da análise de expressão gênica diferencial. Entre elas, pode-se citar a identificação de variantes funcionais baseadas em dados de RNA-Seq que tem se tornado uma alternativa para prospectar polimorfismos em diversas espécies. Sabendo que esta estratégia é pouco utilizada nos estudos com galinhas, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar variantes funcionais no transcriptoma de duodeno de galinhas poedeiras. Para isso, dados de transcriptoma de duodeno de galinhas foram utilizados para a detecção de variantes utilizando o software GATK. Em seguida, as variantes identificadas foram anotadas com a ferramenta Variant Effect Predictor (VEP) do Ensembl. Foram identificadas 119.046 variantes nos transcriptomas avaliados, sendo que 106.644 já haviam sido descritas (89,6%) e 12.402 (10,4%) foram descritas neste trabalho. Entre as novas variantes encontradas, podem-se citar mutações missense com efeitos deletérios nos genes TNFRSF10B, DHX8, NRDC e SSPN que estão em regiões de QTL para diversas características de interesse para a avicultura. Estes dados constituem uma fonte de conhecimento da variabilidade genética desta espécie, contribuindo para um melhor entendimento da genômica funcional de aves. Abstract: The increase in the RNA sequencing (RNA-Seq) studies has allowed the use of these datasets in new approaches other than differentially expression analysis. One of them is the functional variants identification that has become an alternative way to prospect polymorphisms in several species. Since there are few studies using RNA-seq to find variants in chickens, this study aimed to identify and to characterize the presence of functional variants in the laying hens? duodenum transcriptome. To this, chicken duodenal transcriptome data were used for variant detection using GATK software. The identified variants were annotated using Ensembl's Variant Effect Predictor (VEP) tool. A total of 119,046 variants were found in the evaluated transcriptomes, where 106,644 were existing (89.6%) and 12,402 (10.4%) were novel variants. Among them, it is possible to highlight some missense mutations with deleterious effects predicted in the TNFRSF10B, DHX8, NRDC and SSPN genes that are in QTL regions for several traits of interest to poultry industry. Our data constitute a source of knowledge in the chicken genetic variability, contributing to a better understanding on its functional genomics. MenosResumo: O aumento no número de trabalhos de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) tem permitido que estes dados sejam utilizados em abordagens além da análise de expressão gênica diferencial. Entre elas, pode-se citar a identificação de variantes funcionais baseadas em dados de RNA-Seq que tem se tornado uma alternativa para prospectar polimorfismos em diversas espécies. Sabendo que esta estratégia é pouco utilizada nos estudos com galinhas, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar variantes funcionais no transcriptoma de duodeno de galinhas poedeiras. Para isso, dados de transcriptoma de duodeno de galinhas foram utilizados para a detecção de variantes utilizando o software GATK. Em seguida, as variantes identificadas foram anotadas com a ferramenta Variant Effect Predictor (VEP) do Ensembl. Foram identificadas 119.046 variantes nos transcriptomas avaliados, sendo que 106.644 já haviam sido descritas (89,6%) e 12.402 (10,4%) foram descritas neste trabalho. Entre as novas variantes encontradas, podem-se citar mutações missense com efeitos deletérios nos genes TNFRSF10B, DHX8, NRDC e SSPN que estão em regiões de QTL para diversas características de interesse para a avicultura. Estes dados constituem uma fonte de conhecimento da variabilidade genética desta espécie, contribuindo para um melhor entendimento da genômica funcional de aves. Abstract: The increase in the RNA sequencing (RNA-Seq) studies has allowed the use of these datasets in new approaches other than di... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
InDels; RNA-Seq; SNPs. |
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Thesagro: |
Galinha Para Postura; Genética Animal; Polimorfismo. |
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Thesaurus Nal: |
Chickens; Polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1144489/1/final9762.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Uva e Vinho. |
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Data corrente: |
09/01/2019 |
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Data da última atualização: |
27/04/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
DE CONTI, L.; CERETTA, C. A.; MELO, G. W. B. de; TIECHER, T. L.; SILVA, L. O. S.; GARLET, L. P.; MIMMO, T.; CESCO, S.; BRUNETTO, G. |
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Afiliação: |
Lessandro De Conti, Federal Institute of Education, Science and Technology Farroupilha, 98590-000, Santo Augusto, RS, Brazil; Carlos A. Ceretta, Department of Soil Science of the Federal University of Santa Maria, 97105-900, Santa Maria, RS, Brazil; GEORGE WELLINGTON BASTOS DE MELO, CNPUV; Tadeu L. Tiecher, Federal Institute of Education, Science and Technology Farroupilha, 97555-000, Alegrete, RS, Brazil; Lincon O. S. Silva, Department of Soil Science of the Federal University of Santa Maria, 97105-900, Santa Maria, RS, Brazil; Luana P. Garlet, Department of Soil Science of the Federal University of Santa Maria, 97105-900, Santa Maria, RS, Brazil; Tanja Mimmo, Faculty of Science and Technology, Free University of Bolzano, I-39100, Bolzano, Italy; Stefano Cesco, Faculty of Science and Technology, Free University of Bolzano, I-39100, Bolzano, Italy; Gustavo Brunetto, Department of Soil Science of the Federal University of Santa Maria, 97105-900, Santa Maria, RS, Brazil. |
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Título: |
Intercropping of young grapevines with native grasses for phytoremediation of Cu-contaminated soils. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Chemosphere, v. 216, p. 147-156, 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Intercropping may be a strategy for phytoremediation of vineyard soils with high copper (Cu) content. The study aimed to evaluate the contribution of South American native grasses in limiting Cu availability and toxicity in soils grown with grapevines. The soil used in the experiment was collected in natural grassland with no history of cultivation. The samples were air-dried; acidity, P and K levels were corrected and samples were then incubated. We used three Cu levels - natural content (Dose 0) and the addition of 40 and 80 mg Cu kg1 of soil (Dose 40 and 80). At each Cu dose, grapevine was grown in three cropping treatments: monocropping, intercropping with Paspalum plicatulum and intercropping with Axonopus affinis. In intercropping, two grass seedlings were transplanted into each experimental unit 35 days prior to the transplanting of the grapevines. The soil solution was sampled and ionic speciation was carried out. At 70 days after planting, we sampled the grapevines to determine dry matter, morphological parameters and nutrient concentration in the roots and shoots. Intercropping young grapevines with Paspalum plicatulum and Axonopus affinis was efficient in promoting the growth of young grapevines at moderate and low levels of Cu contamination by reducing Cu bioavailability. This indicates that maintaining native grasses in young vineyards is an effective strategy for phytoremediating Cu- contaminated. Keywords: Copper availability Vitis vinifera Ionic speciation Native plants Heavy metal MenosIntercropping may be a strategy for phytoremediation of vineyard soils with high copper (Cu) content. The study aimed to evaluate the contribution of South American native grasses in limiting Cu availability and toxicity in soils grown with grapevines. The soil used in the experiment was collected in natural grassland with no history of cultivation. The samples were air-dried; acidity, P and K levels were corrected and samples were then incubated. We used three Cu levels - natural content (Dose 0) and the addition of 40 and 80 mg Cu kg1 of soil (Dose 40 and 80). At each Cu dose, grapevine was grown in three cropping treatments: monocropping, intercropping with Paspalum plicatulum and intercropping with Axonopus affinis. In intercropping, two grass seedlings were transplanted into each experimental unit 35 days prior to the transplanting of the grapevines. The soil solution was sampled and ionic speciation was carried out. At 70 days after planting, we sampled the grapevines to determine dry matter, morphological parameters and nutrient concentration in the roots and shoots. Intercropping young grapevines with Paspalum plicatulum and Axonopus affinis was efficient in promoting the growth of young grapevines at moderate and low levels of Cu contamination by reducing Cu bioavailability. This indicates that maintaining native grasses in young vineyards is an effective strategy for phytoremediating Cu- contaminated. Keywords: Copper availability Vitis vinifera Ionic speciation Na... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Copper availability; Cu-contaminated; Grapevines; Heavy metal; Intercropping of young grapevines; Ionic speciation; Native grasses; Native plants; Soils; Videiras. |
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Thesagro: |
Vitis Vinifera. |
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Thesaurus NAL: |
Phytoremediation. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/190102/1/Intercropping-of-young-grapevines-with-native-grasses.pdf
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Marc: |
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260 $c2018
520 $aIntercropping may be a strategy for phytoremediation of vineyard soils with high copper (Cu) content. The study aimed to evaluate the contribution of South American native grasses in limiting Cu availability and toxicity in soils grown with grapevines. The soil used in the experiment was collected in natural grassland with no history of cultivation. The samples were air-dried; acidity, P and K levels were corrected and samples were then incubated. We used three Cu levels - natural content (Dose 0) and the addition of 40 and 80 mg Cu kg1 of soil (Dose 40 and 80). At each Cu dose, grapevine was grown in three cropping treatments: monocropping, intercropping with Paspalum plicatulum and intercropping with Axonopus affinis. In intercropping, two grass seedlings were transplanted into each experimental unit 35 days prior to the transplanting of the grapevines. The soil solution was sampled and ionic speciation was carried out. At 70 days after planting, we sampled the grapevines to determine dry matter, morphological parameters and nutrient concentration in the roots and shoots. Intercropping young grapevines with Paspalum plicatulum and Axonopus affinis was efficient in promoting the growth of young grapevines at moderate and low levels of Cu contamination by reducing Cu bioavailability. This indicates that maintaining native grasses in young vineyards is an effective strategy for phytoremediating Cu- contaminated. Keywords: Copper availability Vitis vinifera Ionic speciation Native plants Heavy metal
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700 1 $aCESCO, S.
700 1 $aBRUNETTO, G.
773 $tChemosphere$gv. 216, p. 147-156, 2018.
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Registro original: |
Embrapa Uva e Vinho (CNPUV) |
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