BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoPARKER, W. J.; MORRIS, S. T.; GARRICK, D. J.; VINCENT, G. L.; McCUTCHEON, S. N. Intraruminal chromium controlled release capsules for measuring herbage intake in ruminants - a review. Proceedings of the New Zealand Society of Animal Production, v.50, p.437-442, 1990.

Biblioteca(s): Embrapa Pantanal.

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2.Imagem marcado/desmarcadoCONCHEYRO, S. C.; CARSON, M. J.; GARRICK, D. J.; JEFFERSON, P. A. Evolution of variance components in a Pinus radiata clonal trial planted over sites in New Zealand: some preliminary results. In: IUFRO CONFERENCE ON SILVICULTURE AND IMPROVEMENT EUCALYPTS=CONFERÊNCIA IUFRO SOBRE SILVICULTURA E MELHORAMENTO DE EUCALIPTOS, 1997, Salvador. Proceedings...=Anais... Colombo: EMBRAPA-CNPF, 1997. v. 1, p. 193-199.

Biblioteca(s): Embrapa Florestas.

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3.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE JUNIOR, M.; DELL VALLE, P. R. M.; RESENDE, M. D. V. de; GARRICK, D. J.; FERNANDO, R.; DAVIS, J. M.; PETER, G.; KIRST, M. Improvement of genomic selection using a ridge regression approach with selected markers. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON QUANTITATIVE GENETICS, 4., 2012, Edinburgh. Understanding Variation in Complex Traits. . [S.l.: s.n], 2012. Poster abstracts. P-199.

Biblioteca(s): Embrapa Florestas.

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4.Imagem marcado/desmarcadoMOREIRA, G. C. M.; CESAR, A. S. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D. J.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association studies reveal genomic windows and candidate genes related to fat deposition in chickens. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Pôster P0647.

Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.

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5.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA JUNIOR, G. A.; VENTURA, R.; FREITAS, B. G. de; SANTANA, M. H. A.; SILVA, M. V. G. B.; FERRAZ, J. B. S.; GARRICK, D. J. Genome-wide association study in reproductive trait of Nellore heifers. In: PLANT & ANIMAL GENOME, 24., 2016, San Diego. [Proceedings...] San Diego, 2016.

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.

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6.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 12., 2016, Belo Horizonte. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2016. p. 47. X-meeting 2016.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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7.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P.; RESENDE, M. D. V. de; GARRICK, D. J.; FERNANDO, R. L.; DAVIS, J. M.; JOKELA, E. J.; MARTIN, T. A.; PETER, G. F.; KIRST, M. Accuracy of genomic selection methods in a standard data set of loblolly pine (Pinus taeda L.) Genetics, v. 190, p. 1503-1510, April 2012.

Biblioteca(s): Embrapa Florestas.

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8.Imagem marcado/desmarcadoMOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; PÉRTILLE, F.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T. M.; GARRICK, D. J.; COUTINHO, L. L. Integration of genome wide association studies and whole genome sequencing provides novel insights into fat deposition in chicken. Scientific Reports, v. 8, n. 16222, 2018.

Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves.

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9.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA JÚNIOR, G. A.; CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MUNARI, D. P.; FERRAZ, J. B. S.; MULLART, E.; DeNISE, S.; SMITH, S.; SILVA, M. V. G. B. Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, 2017.

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.

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10.Imagem marcado/desmarcadoVERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B. A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.:s.n.], 2018. 6 p. WCGALP 2018. Na publicação: A. Zerlotini, J. C. C. Panetto.

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária.

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11.Imagem marcado/desmarcadoCESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P. D.; NASSU, R. T.; MUDADU, M. de A.; OLIVEIRA, P. S. N.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; ALENCAR, M. M. de; SONSTEGRAD, T. S.; GARRICK, D. J.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association study for intramuscular fat deposition and composition in Nellore cattle. BMC Genetics, v. 15, p. 39, 2014

Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.

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12.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. In: ABSTRACT AT JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, 95, n. 4, 2017. Anais... Baltimore, MD. 81 p.

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite.

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13.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potential loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, p. 81, 2017. Suplemento 4, Resumo 165. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.

Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.

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14.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.

Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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15.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P. D.; ROSA, A. do N.; SONSTEGARD, T. S.; MOURÃO, G. B.; REECY, J. M.; GARRICK, D. J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; MUDADU, M. de A. Identification of genomic regions associated with feed efficiency in Nelore cattle. BMC Genetics, v. 15, p. 100, 2014

Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.

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16.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; NASCIMENTO, M. L. do; SOUZA, M. M.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P.; SONSTEGARD, T.; MOURÃO, G. B.; REECY, J. M.; GARRICK, D. J.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Positional candidate genes for residual intake and gain in Nelore beef cattle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10;. 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of animal Science, 2014

Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste.

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17.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. PLoS One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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18.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. In: ABSTRACT AT JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 95, n. 4, p. 80-81. 164. 2017. Anais... Baltimore, MD.

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19.Imagem marcado/desmarcadoSTAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, p. 80-81, 2017. Suplemento 4, Resumo 164. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.

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Biblioteca(s):  Embrapa Gado de Leite; Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
Data corrente:  19/05/2017
Data da última atualização:  01/02/2018
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Circulação/Nível:  A - 1
Autoria:  STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.
Afiliação:  NEDENIA BONVINO STAFUZZA, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, FCAV/Unesp; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; DANÍSIO PRADO MUNARI, FCAV/Unesp; DORIAN J. GARRICK, Iowa State University; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARIA RAQUEL CARVALHO, UFMG; JOHN BRUCE COLE, Agricultural Research Service; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL.
Título:  Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds.
Ano de publicação:  2017
Fonte/Imprenta:  PLoS One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017.
DOI:  https://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954
Idioma:  Inglês
Notas:  artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.
Conteúdo:  Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/ deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associate... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Genetic variants; Genomic markers; Important traits; Molecular mechanisms; Polimorfismo de nucleotídeo único; Potential genomic markers; Raças bovinas; Single nucleotide variations.
Thesagro:  Gado; Variação genética.
Thesaurus NAL:  Cattle breeds; Genome; Single nucleotide polymorphism; Sires.
Categoria do assunto:  --
G Melhoramento Genético
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171980/1/AP-Single-nucleotide-Stafuzza-etal.pdf
http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161515/1/Cnpgl-2017-PlosOne-Stafuzza-Single.pdf
http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CENARGEN36823 - 1UPCSP - DDSP 21073SP 21073
CNPGL23579 - 1UPCSP - PPSP 7376SP 7376
CNPTIA19600 - 1UPCAP - DD
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