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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
12/12/2012 |
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Data da última atualização: |
09/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
NASCIMENTO, C. S.; PEIXOTO, J. de O.; VERARDO, L. L.; CAMPOS, C. F.; WELLER, M. M. C.; FARIA, V. R.; BOTELHO, M. E.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; SILVA, F. F.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
C. S. NASCIMENTO, UFV; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; L. L. VERARDO, UFV; C. F. CAMPOS, UFV; M. M. C. WELLER, UFV; V. R. FARIA, UFV; M. E. BOTELHO, UFV; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; F. F. SILVA, UFV; P. S. LOPES, UFV; S. E. F. GUIMARÃES, UFV. |
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Título: |
Transcript profiling of expressed sequence tag from semimembranosus muscle of commercial and naturalized pig breeds. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 11, n. 3, p. 3315-3328. 2012. |
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DOI: |
https://doi.org/10.4238/2012.june.15.1 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
In general, genetic differences across different breeds of pig lead to variation in mature body size and slaughter age. The Commercial breeds Duroc and Large White and the local Brazilian breed Piau are ostensibly distinct in terms of growth and muscularity, commercial breeds are much leaner while local breeds grow much slower and are fat type pigs. However, the genetic factors that underlie such distinctions remain unclear. We used expressed sequence tags (ESTs) to characterize and compare transcript profiles in the semimembranosus muscle of these pig breeds. Our aim was to identify differences in breed-related gene expression that might influence growth performance and meat quality. We constructed three non-normalized cDNA libraries from semimembranosus muscle, using two samples from each one, of these three breeds; 6902 high-quality ESTs were obtained. Cluster analysis was performed and these sequences were clustered into 3670 unique sequences; 24.7% of the sequences were categorized as contigs and 75.3% of the sequences were singletons. Based on homology searches against the SwissProt protein database, we were able to assign a putative protein identity to only 1050 unique sequences. Among these, 58.5% were full-length protein sequences and 17.2% were pig-specific sequences. Muscle structural and cytoskeletal proteins, such as actin, and myosin, were the most abundant transcripts (16.7%) followed by those related to mitochondrial function (12.9%), and ribosomal proteins (12.4%). Furthermore, ESTs generated in this study provide a rich source for identification of novel genes and for the comparative analysis of gene expression patterns in divergent pig breeds. MenosIn general, genetic differences across different breeds of pig lead to variation in mature body size and slaughter age. The Commercial breeds Duroc and Large White and the local Brazilian breed Piau are ostensibly distinct in terms of growth and muscularity, commercial breeds are much leaner while local breeds grow much slower and are fat type pigs. However, the genetic factors that underlie such distinctions remain unclear. We used expressed sequence tags (ESTs) to characterize and compare transcript profiles in the semimembranosus muscle of these pig breeds. Our aim was to identify differences in breed-related gene expression that might influence growth performance and meat quality. We constructed three non-normalized cDNA libraries from semimembranosus muscle, using two samples from each one, of these three breeds; 6902 high-quality ESTs were obtained. Cluster analysis was performed and these sequences were clustered into 3670 unique sequences; 24.7% of the sequences were categorized as contigs and 75.3% of the sequences were singletons. Based on homology searches against the SwissProt protein database, we were able to assign a putative protein identity to only 1050 unique sequences. Among these, 58.5% were full-length protein sequences and 17.2% were pig-specific sequences. Muscle structural and cytoskeletal proteins, such as actin, and myosin, were the most abundant transcripts (16.7%) followed by those related to mitochondrial function (12.9%), and ribosomal proteins (... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
CDNA; Etiquetas de sequencia expressa. |
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Thesagro: |
Músculo; Presunto. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/942276/1/Transcript-profiling-of-expressed-sequence-tag-from-semimembranosus-muscle.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
21/11/2014 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SCRIVANI, R.; AMARAL, B. F. do; GONÇALVES, R. R. do V.; SOUSA, E. P. M. de; ZULLO JÚNIOR, J.; ROMANI, L. A. S. |
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Afiliação: |
RACHEL SCRIVANI, Feagri/Unicamp; BRUNO FERRAZ DO AMARAL, ICMC/USP; RENATA RIBEIRO DO VALLE GONÇALVES, Cepagri/Unicamp; ELAINE PARROS MACHADO DE SOUSA, ICMC/USP; JURANDIR ZULLO JÚNIOR, Cepagri/Unicamp; LUCIANA ALVIM SANTOS ROMANI, CNPTIA. |
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Título: |
Identificação da mudança de uso da terra usando técnicas de agrupamento de séries temporais de imagens de satélite. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE GEOTECNOLOGIAS NO PANTANAL, 5., 2014, Campo Grande, MS. Anais... São José dos Campos: INPE, 2014. |
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Páginas: |
p. 554-563. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Geopantanal 2014. |
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Conteúdo: |
Resumo. A disponibilidade de dados orbitais, aliada à necessidade crescente de monitoramento de grandes extensões e de preservação de regiões ambientalmente sensíveis, gera uma oportunidade para o desenvolvimento/adaptação de métodos computacionais. A fim de gerar informações de avaliação temporal e espacial que possam constituir importante ferramenta de planejamento e de orientação à tomada de decisão para o manejo e conservação destas áreas, o objetivo deste trabalho é propor uma abordagem baseada em métodos de agrupamento de séries de imagens de satélite para auxiliar na análise espaço-temporal da mudança do uso da terra, identificando de forma automática, com alta probabilidade de serem áreas inundáveis, floresta, culturas agrícolas e pastagem em escala regional. Séries temporais de imagens do sensor MODIS com valores dos índices de vegetação NDVI e EVI, do período de 2008/2009 a 2013/2014, foram agrupadas por meio do algoritmo K-means. Para uma avaliação da qualidade dos agrupamentos obtidos foi utilizado o coeficiente de Silhueta. Séries temporais de precipitação do satélite TRMM foram utilizadas a fim de correlacionar com os demais resultados obtidos para avaliar a pré-classificação gerada pelo método de agrupamento em anos secos, chuvosos e com distribuição de chuva diferente da normalidade. A abordagem proposta pode auxiliar no monitoramento de áreas ambientalmente sensíveis, tendo o EVI apresentado melhor desempenho em áreas de densa vegetação e concentração de água. MenosResumo. A disponibilidade de dados orbitais, aliada à necessidade crescente de monitoramento de grandes extensões e de preservação de regiões ambientalmente sensíveis, gera uma oportunidade para o desenvolvimento/adaptação de métodos computacionais. A fim de gerar informações de avaliação temporal e espacial que possam constituir importante ferramenta de planejamento e de orientação à tomada de decisão para o manejo e conservação destas áreas, o objetivo deste trabalho é propor uma abordagem baseada em métodos de agrupamento de séries de imagens de satélite para auxiliar na análise espaço-temporal da mudança do uso da terra, identificando de forma automática, com alta probabilidade de serem áreas inundáveis, floresta, culturas agrícolas e pastagem em escala regional. Séries temporais de imagens do sensor MODIS com valores dos índices de vegetação NDVI e EVI, do período de 2008/2009 a 2013/2014, foram agrupadas por meio do algoritmo K-means. Para uma avaliação da qualidade dos agrupamentos obtidos foi utilizado o coeficiente de Silhueta. Séries temporais de precipitação do satélite TRMM foram utilizadas a fim de correlacionar com os demais resultados obtidos para avaliar a pré-classificação gerada pelo método de agrupamento em anos secos, chuvosos e com distribuição de chuva diferente da normalidade. A abordagem proposta pode auxiliar no monitoramento de áreas ambientalmente sensíveis, tendo o EVI apresentado melhor desempenho em áreas de densa vegetação e concentração de águ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Índice de vegetação; Sensor MODIS; Séries temporais. |
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Thesagro: |
Sensoriamento remoto. |
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Thesaurus NAL: |
Remote sensing; Time series analysis; Vegetation index. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/112162/1/identificacao-mudanca.pdf
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Marc: |
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500 $aGeopantanal 2014.
520 $aResumo. A disponibilidade de dados orbitais, aliada à necessidade crescente de monitoramento de grandes extensões e de preservação de regiões ambientalmente sensíveis, gera uma oportunidade para o desenvolvimento/adaptação de métodos computacionais. A fim de gerar informações de avaliação temporal e espacial que possam constituir importante ferramenta de planejamento e de orientação à tomada de decisão para o manejo e conservação destas áreas, o objetivo deste trabalho é propor uma abordagem baseada em métodos de agrupamento de séries de imagens de satélite para auxiliar na análise espaço-temporal da mudança do uso da terra, identificando de forma automática, com alta probabilidade de serem áreas inundáveis, floresta, culturas agrícolas e pastagem em escala regional. Séries temporais de imagens do sensor MODIS com valores dos índices de vegetação NDVI e EVI, do período de 2008/2009 a 2013/2014, foram agrupadas por meio do algoritmo K-means. Para uma avaliação da qualidade dos agrupamentos obtidos foi utilizado o coeficiente de Silhueta. Séries temporais de precipitação do satélite TRMM foram utilizadas a fim de correlacionar com os demais resultados obtidos para avaliar a pré-classificação gerada pelo método de agrupamento em anos secos, chuvosos e com distribuição de chuva diferente da normalidade. A abordagem proposta pode auxiliar no monitoramento de áreas ambientalmente sensíveis, tendo o EVI apresentado melhor desempenho em áreas de densa vegetação e concentração de água.
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650 $aSensoriamento remoto
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700 1 $aGONÇALVES, R. R. do V.
700 1 $aSOUSA, E. P. M. de
700 1 $aZULLO JÚNIOR, J.
700 1 $aROMANI, L. A. S.
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