BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.

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2.Imagem marcado/desmarcadoFURTADO, A. L. dos S.; CARVALHO, C. A. de; PINTO, D. M.; CASTRO, G. S. A.; MAGALHÃES, L. A.; MANGABEIRA, J. A. de C.; JARDINE, J. G.; TOSTO, S. G. Aplicação do software M-MacBeth para avaliar o impacto institucional da delimitação e caracterização territorial do Matopiba. Campinas: Embrapa Monitoramento por Satélite, 2017. (Embrapa Monitoramento por Satélite. Documentos, 119)

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3.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118.

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4.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.

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5.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, February 15, 2016.

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6.Imagem marcado/desmarcadoSCHULTZ, L. G.; VILLALTA­ROMERO, F.; BORRO, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; TASIC, L. The host/guest interactions of the key protein for the bipolar disorder. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado. Na publicação: José Jardine.

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7.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; NISHIMURA, L.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; VILLALTA-ROMERO, F.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; TASIC, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Computational Biology tools for identifying specific ligand binding residues for novel agrochemical and drug design. Current Protein and Peptide Science, v. 16, n. 8, p. 701-717, 2015.

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8.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.

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9.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. Chapter 12. p. 227-254.

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10.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117.

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11.Imagem marcado/desmarcadoSCHULTZ, L. G.; JARDINE, J. G. Estudos in silico das interações entre a hesperidina e inositol monofosfatases (IMPase 1 e 2), como possível alternativa a litioterapia. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 10., 2014, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 29-30.

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12.Imagem marcado/desmarcadoMORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.

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13.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; SUNDFELD, E.; DURÃES, F. O. M. Availability of information about sustainable bioenergy technologies: the agro-energy tree of knowledge. Journal of Sustainable Bioenergy Systems, Irvine, v. 3, n. 4, p. 260-264, Dec. 2013.

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14.Imagem marcado/desmarcadoSOUSA, J. M. de; JARDINE, J. G. STING QUINSd: Quantitative and Unique Identification coupled to Navigation through Structure Descriptors of Sting_RDB. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 9., 2013, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2013. p. 70-71.

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15.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; SALIM, J. A.; YANO, I. H.; MORAES, F. R.; CARVALHO, J. G.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I.; NESHICH, G. Prediction of a-helix using data mining decision tree technique. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. Poster.

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16.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. A pattern recognition approach for catalytic site residues prediction using STING structural protein descriptors. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. 1 pôster.

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17.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, I. P. A.; SALIM, J. A; DE MORAES, F. R. Molecular modeling and structural analysis of the protein twitching motility of Xylella fastidiosa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA E RODADA E FEIRA DE NEGÓCIOS, 4., 2012, Guarujá. [Resumos]... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. Brasil Biotec 2012.

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18.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, I. A. P.; PEREIRA, J. G. C. STING_LDA_PIP - STING: Linear discriminate analysis with cross-validation for protein interface prediction. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.

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19.Imagem marcado/desmarcadoYANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G. RNDS: Rede Neural para Classificar Descritores do Sting. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.

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20.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; MORAES, F. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Size matters: surface hydrophobicity index (SHI) describes the impact of the size of interface area on oligomerization driven by hydrophobic effect. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISMB, 2012. Não paginado. 3Dsig 2012.

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1.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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2.Imagem marcado/desmarcadoFURTADO, A. L. dos S.; CARVALHO, C. A. de; PINTO, D. M.; CASTRO, G. S. A.; MAGALHÃES, L. A.; MANGABEIRA, J. A. de C.; JARDINE, J. G.; TOSTO, S. G. Aplicação do software M-MacBeth para avaliar o impacto institucional da delimitação e caracterização territorial do Matopiba. Campinas: Embrapa Monitoramento por Satélite, 2017. (Embrapa Monitoramento por Satélite. Documentos, 119)
Tipo: Documentos
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3.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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4.Imagem marcado/desmarcadoSCHULTZ, L. G.; VILLALTA­ROMERO, F.; BORRO, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; TASIC, L. The host/guest interactions of the key protein for the bipolar disorder. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado. Na publicação: José Jardine.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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5.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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6.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, February 15, 2016.
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7.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; NISHIMURA, L.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; VILLALTA-ROMERO, F.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; TASIC, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Computational Biology tools for identifying specific ligand binding residues for novel agrochemical and drug design. Current Protein and Peptide Science, v. 16, n. 8, p. 701-717, 2015.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
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8.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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9.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. Chapter 12. p. 227-254.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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10.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117.
Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico
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11.Imagem marcado/desmarcadoSCHULTZ, L. G.; JARDINE, J. G. Estudos in silico das interações entre a hesperidina e inositol monofosfatases (IMPase 1 e 2), como possível alternativa a litioterapia. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 10., 2014, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 29-30.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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12.Imagem marcado/desmarcadoMORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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13.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; SUNDFELD, E.; DURÃES, F. O. M. Availability of information about sustainable bioenergy technologies: the agro-energy tree of knowledge. Journal of Sustainable Bioenergy Systems, Irvine, v. 3, n. 4, p. 260-264, Dec. 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 5
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14.Imagem marcado/desmarcadoSOUSA, J. M. de; JARDINE, J. G. STING QUINSd: Quantitative and Unique Identification coupled to Navigation through Structure Descriptors of Sting_RDB. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 9., 2013, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2013. p. 70-71.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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15.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. A pattern recognition approach for catalytic site residues prediction using STING structural protein descriptors. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. 1 pôster.
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16.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; SALIM, J. A.; YANO, I. H.; MORAES, F. R.; CARVALHO, J. G.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I.; NESHICH, G. Prediction of a-helix using data mining decision tree technique. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. Poster.
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17.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, I. P. A.; SALIM, J. A; DE MORAES, F. R. Molecular modeling and structural analysis of the protein twitching motility of Xylella fastidiosa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA E RODADA E FEIRA DE NEGÓCIOS, 4., 2012, Guarujá. [Resumos]... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. Brasil Biotec 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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18.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, I. A. P.; MORAES, F. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Size matters: surface hydrophobicity index (SHI) describes the impact of the size of interface area on oligomerization driven by hydrophobic effect. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISMB, 2012. Não paginado. 3Dsig 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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19.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, I. A. P.; PEREIRA, J. G. C. STING_LDA_PIP - STING: Linear discriminate analysis with cross-validation for protein interface prediction. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
Tipo: Software
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20.Imagem marcado/desmarcadoYANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G. RNDS: Rede Neural para Classificar Descritores do Sting. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.
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