BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I. Análise do nano-ambiente propício para nucleação e manutenção dos elementos da estrutura secundária no contexto estrutural das proteínas funcionais. 2018. 220 p. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Goran Neshich.

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2.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; MAZONI, I. STING binding affinity prediction. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2018.

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3.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G. Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS, 2016, Orlando. [Proceedings...]. Orlando: [s.n.], 2016. p. 116-117. 1 pôster. 3Dsig 2016. Pôster #56.

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4.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; VIART, B. EPI-Peptide Designer. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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5.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; NESHICH, G.; YANO, I. H.; BORRO, L. C. PS3A. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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6.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, G.; BORRO, L. C. PS3DV. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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7.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; BORRO, L. C. PSAS. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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8.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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9.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.

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10.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, February 15, 2016.

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11.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.

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12.Imagem marcado/desmarcadoPENA, I.; MANCINI, A. L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; ORTEGA, J. M. Identification of philogenetic relationship between GDPD and SMaseD proteins based on active site amino acid physical chemical properties. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. Não paginado. X-Meeting 2008.

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13.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Java Secondary Structure Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.

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14.Imagem marcado/desmarcadoMELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W. Contacts as the key elements for comparing two protein structures. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-6.

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15.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da. "Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008, Brasília, DF. Comunicações Selecionadas. Brasília, DF: Embrapa, 2008. Não paginado.

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16.Imagem marcado/desmarcadoMELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JUNIOR, W. Protein structure topology comparison based on contact maps. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-5.

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17.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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18.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.

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19.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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20.Imagem marcado/desmarcadoTOGAWA, R. C.; RIBEIRO, C.; MAZONI, I.; PELLIGRINELLI, T.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. The table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008. p. 811-817. BIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08.

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1.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I. Análise do nano-ambiente propício para nucleação e manutenção dos elementos da estrutura secundária no contexto estrutural das proteínas funcionais. 2018. 220 p. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Goran Neshich.
Tipo: Orientação de Tese de Pós-Graduação
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2.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; MAZONI, I. STING binding affinity prediction. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2018.
Tipo: Software
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3.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; NESHICH, G. Binding affinity prediction using a nonparametric regression model based on physicochemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS, 2016, Orlando. [Proceedings...]. Orlando: [s.n.], 2016. p. 116-117. 1 pôster. 3Dsig 2016. Pôster #56.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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4.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; NESHICH, G.; YANO, I. H.; BORRO, L. C. PS3A. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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5.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, G.; BORRO, L. C. PS3DV. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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6.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; BORRO, L. C. PSAS. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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7.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; VIART, B. EPI-Peptide Designer. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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8.Imagem marcado/desmarcadoMELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W. Contacts as the key elements for comparing two protein structures. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-6.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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9.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Java Secondary Structure Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
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10.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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11.Imagem marcado/desmarcadoMELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JUNIOR, W. Protein structure topology comparison based on contact maps. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-5.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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12.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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13.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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14.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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15.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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16.Imagem marcado/desmarcadoPENA, I.; MANCINI, A. L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; ORTEGA, J. M. Identification of philogenetic relationship between GDPD and SMaseD proteins based on active site amino acid physical chemical properties. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. Não paginado. X-Meeting 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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17.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da. "Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008, Brasília, DF. Comunicações Selecionadas. Brasília, DF: Embrapa, 2008. Não paginado.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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18.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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19.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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20.Imagem marcado/desmarcadoSALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics Advance, February 15, 2016.
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