BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; NESHICH, G. Ranking optimization in virtual screening using physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: SÃO PAULO SCHOOL OF ADVANCED SCIENCES ON NEGLECTED DISEASES DRUG DISCOVERY - FOCUS ON KINETOPLASTIDS, 2015, Campinas. Book of abstracts. [Campinas]: CNPEM, [2015]. p. 115. SPSAS-ND3.

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2.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; NESHICH, G.; YANO, I. H.; BORRO, L. C. PS3A. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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3.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, G.; BORRO, L. C. PS3DV. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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4.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; BORRO, L. C. PSAS. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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5.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Java Secondary Structure Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.

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6.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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7.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.

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8.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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9.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.

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10.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.

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11.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.

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12.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; MAZONI, I.; ALVARENGA, D.; PELLIGRINELLI, T. V.; CARVALHO, M.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Chameleon sequences seen under a prism of structure descriptors. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.

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13.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009.

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14.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009.

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15.Imagem marcado/desmarcadoKUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-22. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.

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16.Imagem marcado/desmarcadoFULAZ, S. F.; CABRINI, F. M.; CARVALHO, D. J. P.; BORRO, L. C.; SANTOS, C. A. dos; BELOTI, L. L.; NESHICH, G.; SOUZA, A. P. de; TASIC, L. Design of inhibitors for the PilT protein from Xylella fastidiosa using in silico and in vitro approaches. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado.

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17.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECÍLIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. How did the structure function descriptors of proteins change with introduction of 'remediated' PDB files. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Santiago. Program and abstracts... Santiago. Pontificia Universidade Católica de Chile, 2008. p. 15.

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18.Imagem marcado/desmarcadoMANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECILIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. Structure descriptors of chameleon sequences. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Chile. Program and abstracts... Santiago: Pontificia Universidad Católica de Chile, 2008. Não paginado. RIB 2008.

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19.Imagem marcado/desmarcadoFALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira.

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20.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; BORRO, L. C.; SANTOS, E. H.; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structural parameters and bagging predictors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-13.

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1.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; NESHICH, G. Ranking optimization in virtual screening using physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: SÃO PAULO SCHOOL OF ADVANCED SCIENCES ON NEGLECTED DISEASES DRUG DISCOVERY - FOCUS ON KINETOPLASTIDS, 2015, Campinas. Book of abstracts. [Campinas]: CNPEM, [2015]. p. 115. SPSAS-ND3.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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2.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; NESHICH, G.; YANO, I. H.; BORRO, L. C. PS3A. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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3.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; YANO, I. H.; NESHICH, G.; BORRO, L. C. PS3DV. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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4.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; BORRO, L. C. PSAS. Versão 1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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5.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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6.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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7.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Java Secondary Structure Dossier. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
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8.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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9.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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10.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
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11.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; SALIM, J. A; BORRO, L. C. STING_MSSP: Multiple structure single parameter. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016.
Tipo: Software
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12.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; MAZONI, I.; ALVARENGA, D.; PELLIGRINELLI, T. V.; CARVALHO, M.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Chameleon sequences seen under a prism of structure descriptors. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
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13.Imagem marcado/desmarcadoJARDINE, J. G.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECÍLIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. How did the structure function descriptors of proteins change with introduction of 'remediated' PDB files. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Santiago. Program and abstracts... Santiago. Pontificia Universidade Católica de Chile, 2008. p. 15.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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14.Imagem marcado/desmarcadoFULAZ, S. F.; CABRINI, F. M.; CARVALHO, D. J. P.; BORRO, L. C.; SANTOS, C. A. dos; BELOTI, L. L.; NESHICH, G.; SOUZA, A. P. de; TASIC, L. Design of inhibitors for the PilT protein from Xylella fastidiosa using in silico and in vitro approaches. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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15.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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16.Imagem marcado/desmarcadoKUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-22. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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17.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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18.Imagem marcado/desmarcadoFALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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19.Imagem marcado/desmarcadoMANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECILIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. Structure descriptors of chameleon sequences. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Chile. Program and abstracts... Santiago: Pontificia Universidad Católica de Chile, 2008. Não paginado. RIB 2008.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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20.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Analysing protein-protein interface using JPIV. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-14. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
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