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| Registros recuperados : 255 | |
| 81. |  | HERAI, R.; DITA, M.; WAALWIJK, C.; FERREIRA, G.; SOUZA, M.; KEMA, G.; FALCAO, P.; GIACHETTO, P.; YAMAGISHI, M. Building a transcriptome molecular marker platform for diagnosis of fungal plant pathogens. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 82. | | COSTA, J. L. C.; OLIVEIRA, E. J. de; OLIVEIRA, G. A. F.; SILVA, A. dos S.; YAMAGISHI, M. E. B. Minissatélites: novas ferramentas moleculares para o mamoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2010. pdf 915| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 83. | | ARBEX, W. A.; CARVALHO, L. A. V. de; SILVA, M. V. G. B.; YAMAGISHI, M. E. B. Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 7., 2009, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: UFV, 2009. Não paginado. SBIAgro 2009. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 85. | | PAIVA, S. R.; LACERDA, T. S.; YAMAGISHI, M.; FARIA, D. A.; MCMANUS, C.; CAETANO, A.; BLACKBURN, H. Desenvolvimento e validação de um painel de baixa densidade de marcadores snp relacionado a prolificade em ovinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 86. | | VIEIRA, F. D.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. Databases & data integration text mining & information extraction. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. Não paginado. X-MEETING, 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 87. | | VIEIRA, F. D.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. Databases & data integration text mining & information extraction. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. Não paginado. X-MEETING, 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 89. | | YAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F.; NESHICH, G.; CAI, W.; SHAO, X.; BEAUTRAIT, A.; MAIGRET, B. A fast surface-matching procedure for protein-ligand docking. Journal of Molecular Modeling, v. 12, n. 6, p. 965-972, Sept. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 90. | | SILVA, J. M. da; ROMANIUC, A. R.; CAETANO, A. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B. Java Merging Copy Number Variants (JM-CNV): a new algorithm for identifying Copy Number Variant Regions (CNVR). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. Não paginado. PAG 2015. Pôster P1170.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 93. | | GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A. Transcriptional networks reconstruction: identification of genes involved on cattle response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus infestation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 154. Na publicação: Regitano, L.C.A. X-meeting 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 96. | | LOBO, I.; NASCIMENTO, A.; YAMAGISHI, M. E. B.; GUIGUEN, Y.; SILVA, G. F.; O'SULLIVAN, F. L. A. The tambaqui (Colossoma macropomum) transcriptome at sex differentiation stage. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 90. Na publicação: Yamagishi, M., Almeida, F. L. ISRPF 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 98. | | BAIA, F. L.; CANIATO, F. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; ZERLOTINI NETO, A.; QUEIROZ, C. A. de; SILVA, G. F. da. Análise comparativa de genes efetores com base no genoma completo de Pseudopestalotiopsis theae e Pseudopestalotiopsis gilvanii. In: SIMPÓSIO DE BIOTECNOLOGIA DA UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS, 1., 2022, Manaus. Anais [recurso eletrônico]: resumos expandidos. Manaus: EDUA, 2022. p. 15.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 99. | | BAIA, F. L.; CANIATO, F. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; ZERLOTINI NETO, A.; QUEIROZ, C. A. de; SILVA, G. F. da. Análise comparativa de genes efetores com base no genoma completo de Pseudopestalotiopsis theae e Pseudopestalotiopsis gilvanii. In: SIMPÓSIO DE BIOTECNOLOGIA DA UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS, 1., 2022, Manaus. Anais [recurso eletrônico]: resumos expandidos. Manaus: EDUA, 2022. p. 15.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 100. | | GALVÃO, S. F. A.; LANA, U. G. de P.; GOMES, E. A.; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIANA, M. J. A.; SOUSA, S. M. de. Análise genômica de bactérias promotoras de crescimento de plantas visando a identificação de genes e desenvolvimento de marcadores estirpe-específicos. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 33., 2022, Sete Lagoas. Brasil: 200 anos de independência: sustentabilidade e desafios para a cadeia produtiva de grãos: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2022. Evento híbrido.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Registros recuperados : 255 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
15/01/2016 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, J. M. da; ROMANIUC, A. R.; CAETANO, A. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Unemat; ALAN ROBERTO ROMANIUC, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
Java Merging Copy Number Variants (JM-CNV): a new algorithm for identifying Copy Number Variant Regions (CNVR). |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2015. Pôster P1170. |
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Conteúdo: |
CNVs (Copy Number Variations) are defined as copy number variations of DNA fragments typically larger than one kilobase (Kb), but less than five megabases (Mb). They represent a genomic disequilibrium that alters the ploidy in a specific locus within an individual, which may also be observed with varying frequencies within a population. An initial study estimated that 12% of the human genome shows this type of structural variation. Reliable tools have been developed to detect CNVs from molecular data produced with three main platforms: Comparative Genomic Hybridization (CGH) arrays, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) genotyping arrays, and DNA Next-Generation Sequencing (NGS). However, processes for merging overlapping CNVs into a meaningful set of discrete Copy Number Variable Regions (CNVRs) need improvement, particularly when several CNV patterns co-exist within the same genomic locus. Available algorithms frequently merge noncontiguous CNVRs or fragment large CNVRs into multiple regions. A new web-based software (Java Merging Copy Number Variants: JM-CNV) was developed to address the aforementioned issues. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Copy Number Variations. |
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Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; Computer software. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/137048/1/Java-Silva-PAG.pdf
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Marc: |
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001 2034001
005 2020-01-21
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100 1 $aSILVA, J. M. da
245 $aJava Merging Copy Number Variants (JM-CNV)$ba new algorithm for identifying Copy Number Variant Regions (CNVR).$h[electronic resource]
260 $aIn: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.]$c2015
300 $aNão paginado.
500 $aPAG 2015. Pôster P1170.
520 $aCNVs (Copy Number Variations) are defined as copy number variations of DNA fragments typically larger than one kilobase (Kb), but less than five megabases (Mb). They represent a genomic disequilibrium that alters the ploidy in a specific locus within an individual, which may also be observed with varying frequencies within a population. An initial study estimated that 12% of the human genome shows this type of structural variation. Reliable tools have been developed to detect CNVs from molecular data produced with three main platforms: Comparative Genomic Hybridization (CGH) arrays, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) genotyping arrays, and DNA Next-Generation Sequencing (NGS). However, processes for merging overlapping CNVs into a meaningful set of discrete Copy Number Variable Regions (CNVRs) need improvement, particularly when several CNV patterns co-exist within the same genomic locus. Available algorithms frequently merge noncontiguous CNVRs or fragment large CNVRs into multiple regions. A new web-based software (Java Merging Copy Number Variants: JM-CNV) was developed to address the aforementioned issues.
650 $aBioinformatics
650 $aComputer software
653 $aBioinformática
653 $aCopy Number Variations
700 1 $aROMANIUC, A. R.
700 1 $aCAETANO, A. R.
700 1 $aGIACHETTO, P. F.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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