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| Registros recuperados : 138 | |
| 81. |  | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10.; 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. Não paginado. WCGALP 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 82. | | TIZIOTO, P. C.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M.; MALAGO JUNIOR, W.; DONATONI, F. A. B.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; REGITANO, L. C. de A. MyoD1 expression levels affect meat tenderness in Nellore beef cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of animal Science, 2014. 3 p.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 83. | | BEHURA, S. K.; TIZIOTO, P. C.; KIM, J.; GRUPIONI, N. V.; SEABURY, C. M.; SCHNABEL, R. D.; GERSHWIN, L. J.; VAN EEnenNAAM, A. L.; TOAF-FROSENSTEIN, R.; NEIBERGS, H. L.; REGITANO, L. C. de A.; TAYLOR, J. F. Tissue tropism in host transcriptional response to members of the bovine respiratory disease complex. Scientific Reports, v.7, n. 17938, p. 1-15, 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 84. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; GIGLIOTI, R.; MEIRELLHES, S. L. C.; COUTINHO, L. L.; BENVENUTI, C. L.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; VIEIRA, L. da S.; ZAROS, L. G.; CARRILHO, E.; REGITANO, L. C. de A. Single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with gastrointestinal nematode infection in goats. Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 8530-8436, Oct. 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 85. | | BRESSANI, F. A.; TIZIOTO, P. C.; GIGLIOTI, R.; MEIRELLHES, S. L. C.; COUTINHO, R.; BENVENUTI, C. L.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; VIEIRA, L. C.; ZAROS, L. G.; CARRILHO, E.; REGITANO, L. C. de A. Single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with gastrointestinal nematode infection in goats. Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 4, p. 8530-8436, 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 86. | | TIZIOTO, P. C.; COUTINHO, L. L.; GASPARIN, G.; MALAGO JUNIOR, W.; DONATONI, F. A. B.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A. Variation in myogenic differentiation 1 mRNA abundance is associated with beef tenderness in Nelore cattle. Animal Genetics, v.47, n.4, p. 491-494, aug. 2016. 47 491-494| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 87. | | SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle. Genetics and Molecular Research, v.15, n.3, aug. 2016. 15| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 88. | | SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. In: ANNUAL INTERNACIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 23.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 14., 2015, Dublin. Posters... [S.l.]: International Society for Computacional Biology, [2015]. Não paginado. ISMB/ECCB 2015. Pôster D17.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 89. | | SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C. Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 11.; BRAZILIAN SYMPOSIUM OF BIOINFORMATICS, 2015, São Paulo. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2015. p. 197. X-meeting 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 90. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 91. | | NICIURA, S. C. M.; MORAES, C. V.; CRUVINEL, G. G.; ALEMÁN GAINZA, Y.; ALBUQUERQUE, A. C. A. de; SANTANA, R. C. M.; THOLON, P.; TIZIOTO, P. C.; CHAGAS, A. C. de S.; ESTEVES, S. N.; BENAVIDES, M. V.; AMARANTE, A. F. T. do. Análise genômica da resistência ao monepantel e investigação epigenética em Haemonchus contortus. São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2018. 94 p. (Embrapa Pecuária Sudeste. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 43).| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 92. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 93. | | TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; DECKER, J. E.; GROMBONI, C. F.; MUDADU, M. de A.; SCHNABEL, R. D.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; NASSU, R. T.; DONATONI, F. A. B.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; REECY, J. M.; NOGUEIRA, A. R. de A.; REGITANO, L. C. de A. Effects of quantitative trait loci on iron content of bovine longissimus dorsi muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 94. | | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; WATERS, E. F.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. Association of skeletal muscle transcripts with fatty acid content in Nellore cattle. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 35., 2016, Salt Lake City. Proceedings... Salt Lake City: ISAG, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 95. | | SOUZA, M. M.; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; MEDEIROS, S. R. de; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Association study of a cast gene snp with meat tenderness in bos indicus cattle. Archivos Latinoamericano de Producion Animal, v. 19, (supl. 1), p. 235, 2011| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 96. | | LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. INTERNATIONAL MEETING OF ADVANCES IN ANIMAL SCIENCE, 1., 2016, Jaboticabal. Resumos... Jaboticabal: PPGZ Unesp, 2016. ref. 45135.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 97. | | TIZIOTO, P. C.; SOUZA, M. M. de; MUDADU, M. de A.; THOLON, P.; MEIRELLES, S. L. C.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; ROSA, A. do N.; MEDEIROS, S. R. de; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; REGITANO, L. C. de A. Association of KCNJ11 gene variants with tenderness in Nelore breed. In: CONFERENCE OF INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS, 33., 2012, Cairns, AU. Abstracts... Cairns: ISAG, 2012. p.109-110 P4046| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 98. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018. 5 p. Na publicação: A. Zerlotini, L. C. A. Regitano. WCGALP 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 99. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOOCK PRODUCTION, 2018, Auckland, New Zealand. proceedings... Auckland, New Zealand: Massey University, 2018, v. 892.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 100. | | SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. In: SILVA, W. T. L. da et al. (Ed.). Anais da 8ª Jornada Científica Embrapa São Carlos. Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2016. p. 35. (Embrapa Instrumentação; Documentos, 61)| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| Registros recuperados : 138 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
09/10/2020 |
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Data da última atualização: |
09/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ/USP; JULIANA AFONSO, UFSCar; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, UFSCar; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; FABIANA BARICHELLO MOKRY, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, NGS Soluções Genômicas, Piracicaba; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. |
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Conteúdo: |
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão gênica; Regulação da expressão gênica. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus NAL: |
Gene expression regulation. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216548/1/AP-Allele-specific-2020.pdf
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Marc: |
LEADER 02698naa a2200397 a 4500
001 2125395
005 2020-10-09
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0$2DOI
100 1 $aSOUZA, M. M. de
245 $aAllele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.$h[electronic resource]
260 $c2020
500 $aNa publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204.
520 $aDifferences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits.
650 $aGene expression regulation
650 $aBos Indicus
653 $aAllele-specific expression
653 $aAllelic expression
653 $aExpressão gênica
653 $aRegulação da expressão gênica
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aROCHA, M. I. P.
700 1 $aBRUSCADIN, J. J.
700 1 $aDINIZ, W. J. da S.
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700 1 $aCESAR, A. S. M.
700 1 $aAFONSO, J.
700 1 $aANDRADE, B. G. N.
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700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tScientific Reports$gv. 10, n. 1, p. 1-11, 2020.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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