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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
03/01/2018 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. |
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Afiliação: |
Marcos Rodrigues Lagrotta, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Moysés Nascimento, UFV; Darlene Ana Souza Duarte, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; Rodrigo Reis Mota, University of Liège. |
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Título: |
Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a segunda referiu-se à paralelização de uma única cadeia MCMC. Utilizou-se a biblioteca MPI e o pacote OpenMPI associado ao compilador gfortran para execução em paralelo desses algoritmos. Foram utilizados dados simulados considerando 10.000 marcadores SNPs e 4.100 indivíduos. O algoritmo sequencial padrão foi processado em 77,29 horas. Ao usar múltiplas cadeias em paralelo o processamento foi 77% mais rápido (17,75hs), enquanto que a estratégia de paralelização de uma única cadeia apresentou um ganho de desempenho de 15% (65,37hs). Conclui-se que a computação paralela é eficiente e pode ser aplicada à SG. |
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Palavras-Chave: |
Marcadores SNP; Regressão Bayesiana. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Statistics. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170170/1/2017-M.Deon-RBM-Computacao.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| 88. | | RODRIGUES, G. S.; STUCHI, E. S.; ALBUQUERQUE, A. F. A. de; BARIZON, R. R. M.; GIRARDI, E. A. Analysis of environmental impact indicators, best management practices and technology adoption for HLB control: the view of horchard technical managers. In: INTERNATIONAL CITRUS CONGRESS, 13., 2016, Foz do Iguaçu. Sustainable citriculture: the role of applied knowledge: abstract book. Campinas: IAC; Londrina: IAPAR, 2016. Resumo S6-254. p. 84-85.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 91. | | CARVALHO, E. V. de; GIRARDI, E. A.; STUCHI, E. S.; LOPES, S. A.; SOARES FILHO, W. dos S. Avaliação de porta-enxertos híbridos de citros frente ao Huanglongbing. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 10., 2016: Cruz das Almas, BA. Traduzindo ciência para o mundo : resumos. Brasília, DF : Embrapa, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 92. | | BOVANAES, L.; STUCHI, E. S.; SAFADY, N. G.; FRANCISCO, C. S.; GIL, M. C. S.; COLETTA-FILHO, H. D. Genetic structure of Candidatus Liberibacter asiaticus in brazil: the geographic regions and host effects. In: INTERNATIONAL CITRUS CONGRESS, 2016, Foz do Iguaçu. Sustainable citriculture: the role of applied knowledge: abstract book. Londrina: IAPAR; Campinas: IAC, 2016. Resumo S6-319, p. 88.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 94. | | CANTUARIAS-AVILÉS, T.; MOURÃO FILHO, F. de A.; STUCHI, E. S.; SILVA, S. R. da; ESPINOZA-NUÑEZ, E. Horticultural performance of 'Folha Mucha' sweet orange onto twelve rootstocks. Scientia Horticulturae, Amsterdam, v. 129, n. 2, p. 259-265, june 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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