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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
07/12/2017 |
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Data da última atualização: |
07/12/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
LUIS FELIPE VENTORIM FERRÃO, DG/ESALQ; ROMÁRIO GAVA FERRÃO, INCAPER; MARIA AMELIA GAVA FERRAO, SAPC; AYMBIRE FRANCISCO A DA FONSECA, SAPC; ANTONIO AUGUSTO FRANCO GARCIA, DG/ESALQ. |
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Título: |
A mixed model to multiple harvest-location trials applied to genomic prediction in Coffea canephora. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 13, n. 95, 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach, showed good potential to be used in coffee breeding programs. Interactions were modeled using the multiplicative mixed model theory, which is commonly used in multi-environment trials (MET) analysis in perennial crops. The effectiveness of the method used was compared with other genetic models in terms of goodness-of-fit statistics and prediction accuracy. Different scenarios that mimic coffee breeding were used in the cross-validation process. The method used had the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best fit. In terms of predictive ability, the incorporation of the MET modeling showed higher accuracy (on average 10–17% higher) and lower prediction errors than traditional GBLUP. The results may be used as basis for additional studies into the genus Coffea and can be expanded for similar perennial crops. MenosGenomic selection (GS) has been studied in several crops to increase the rates of genetic gain and reduce the length of breeding cycles. Despite its relevance, there are only a modest number of reports applied to the genus Coffea. Effective implementation depends on the ability to consider genomic models, which correctly represent breeding scenario in which the species are inserted. Coffee experimentation, in general, is represented by evaluations in multiple locations and harvests to understand the interaction and predict the performance of untested genotypes. Therefore, the main objective of this study was to investigate GS models suitable for use in Coffea canephora. An expansion of traditional GBLUP was considered and genomic analysis was performed using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach, showed good potential to be used in coffee breeding programs. Interactions were modeled using the multiplicative mixed model theory, which is commonly used in multi-environment trials (MET) analysis in perennial crops. The effectiveness of the method used was compared with other genetic models in terms of goodness-of-fit statistics and prediction accuracy. Different scenarios that mimic coffee breeding were used in the cross-validation process. The method used had the lowest AIC and BIC values and, consequently, the best fit. In terms of predictive ability, the incorporation of the MET modeling showed higher accuracy (on average 10–17% higher) and lower prediction errors than tr... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
GBLUP; Genotyping-by-sequencing; Multi-environment trials; Perennial crops. |
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Thesaurus Nal: |
Marker-assisted selection. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/168435/1/A-mixed-model-to-multiple-harvest-location.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
12/06/2015 |
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Data da última atualização: |
24/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 1 |
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Autoria: |
PRIMO. J. T. de A.; SILVA, T. G. F. da; SILVA, S. M. S. e; MOURA, M. S. B. de; SOUZA, L. S. B. de. |
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Afiliação: |
JORGE TORRES DE ARAÚJO PRIMO, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Unidade Acadêmica de Serra Talhada; THIERES GEORGE FREIRE DA SILVA, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Unidade Acadêmica de Serra Talhada; SÉRVULO MERCIER SIQUEIRA E SILVA, IPA; MAGNA SOELMA BESERRA DE MOURA, CPATSA; LUCIANA SANDRA BASTOS DE SOUZA, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Unidade Acadêmica de Serra Talhada. |
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Título: |
Calibração de sondas capacitivas, funções físico-hídricas e variação do armazenamento de água em um Argissolo cultivado com palma forrageira. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Ceres, Viçosa, MG, v. 62, n.1, p. 020-029, jan./fev. 2015. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Neste trabalho, foi realizado a calibração de três sondas capacitivas, visando a utilizá-las na definição de funções físico-hídricas e na análise da variação espacial e temporal do conteúdo e do armazenamento de água, em um Argissolo Vermelho-Amarelo, cultivado com três clones de palma forrageira, no Semiárido pernambucano. O estudo foi executado numa área experimental situada em Serra Talhada, PE. Para isso, foi realizada a calibração de três sondas capacitivas, usando-se dados de densidade aparente do solo, de umidade gravimétrica e de frequências relativas, em cinco condições de umidade do solo. Aplicou-se o método do perfil instantâneo, para determinação do fluxo vertical de água, e do potencial matricial de água no solo. Em seguida, analisou-se a variação espaço-temporal do e do armazenamento de água no solo. As medidas de frequência relativa das sondas capacitivas apresentaram elevada relação com os dados de (R2 > 0,87). A partir do método do perfil instantâneo, foi possível determinar as funções da condutividade hidráulica e do potencial total de água no solo, em relação ao, com elevados coeficientes de determinação (R2 > 0,91). Não houve diferenças significativas do entre os clones de palma forrageira. |
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Palavras-Chave: |
Armazenamento de água; Calibração; Método do perfil instantâneo; Natural resource; Potencial total de água no solo; Sondas capacitiva. |
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Thesagro: |
Palma forrageira; Solo. |
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Thesaurus NAL: |
Opuntia; Soil Water. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/125290/1/Magna-1-2015.pdf
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Marc: |
LEADER 02228naa a2200289 a 4500
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245 $aCalibração de sondas capacitivas, funções físico-hídricas e variação do armazenamento de água em um Argissolo cultivado com palma forrageira.$h[electronic resource]
260 $c2015
520 $aNeste trabalho, foi realizado a calibração de três sondas capacitivas, visando a utilizá-las na definição de funções físico-hídricas e na análise da variação espacial e temporal do conteúdo e do armazenamento de água, em um Argissolo Vermelho-Amarelo, cultivado com três clones de palma forrageira, no Semiárido pernambucano. O estudo foi executado numa área experimental situada em Serra Talhada, PE. Para isso, foi realizada a calibração de três sondas capacitivas, usando-se dados de densidade aparente do solo, de umidade gravimétrica e de frequências relativas, em cinco condições de umidade do solo. Aplicou-se o método do perfil instantâneo, para determinação do fluxo vertical de água, e do potencial matricial de água no solo. Em seguida, analisou-se a variação espaço-temporal do e do armazenamento de água no solo. As medidas de frequência relativa das sondas capacitivas apresentaram elevada relação com os dados de (R2 > 0,87). A partir do método do perfil instantâneo, foi possível determinar as funções da condutividade hidráulica e do potencial total de água no solo, em relação ao, com elevados coeficientes de determinação (R2 > 0,91). Não houve diferenças significativas do entre os clones de palma forrageira.
650 $aOpuntia
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650 $aPalma forrageira
650 $aSolo
653 $aArmazenamento de água
653 $aCalibração
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653 $aNatural resource
653 $aPotencial total de água no solo
653 $aSondas capacitiva
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700 1 $aSOUZA, L. S. B. de
773 $tRevista Ceres, Viçosa, MG$gv. 62, n.1, p. 020-029, jan./fev. 2015.
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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