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| Registros recuperados : 14 | |
| 5. |  | MONTEIRO, J. M. G.; ALVES, B. J. R.; ZUCHELLO, F.; SANT'ANNA, S. A. C. de. Emissão de gases de efeito-estufa em solos sob floresta e sob pastagem. In: PRADO, R. B.; FIDALGO, E. C. C.; BONNET, A. (Ed.). Monitoramento da revegetação do COMPERJ: etapa inicial. Brasília, DF: Embrapa, 2014. cap. 12, p. 207-220.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 6. | | GUIMARÃES, A. P.; ZUCHELLO, F.; SANT'ANNA, S. A. C. de; CHAER, G. M.; ALVES, B. J. R.; BODDEY, R. M. Emissões de N2O do solo em plantios de eucalipto consorciado com Acacia mangium me região de Mata Atlântica In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 12., 2012. Economia verde, sustentabilidade e erradicação da pobreza: caderno de resumos. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 7. | | SANT'ANNA, S. A. C. de; JANTALIA, C. P.; ALVES, B. J. R.; URQUIAGA, S.; BODDEY, R. M. Influência de sistemas de produção agrícola nos estoques de carbono e nitrogênio em solos do Cerrado. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 13., 2013, Seropédica Ciência, saúde e esporte: caderno de resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 8. | | MONTEIRO, J. M. G.; ALVES, B. J. R.; SANTOS, A. F. dos; ZUCHELLO, F.; SANT'ANNA, S. A. C. de. Emissão de gases de efeito-estufa em solos sob floresta e sob pastagem. In: PRADO, R. B.; FIDALGO, E. C. C.; BONNET, A. (Ed.). Monitoramento da revegetação do COMPERJ: etapa inicial. Brasília, DF : Embrapa, 2014. 207-219| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 9. | | GUIMARÃES, A. P.; CHAER, G. M.; BODDEY, R. M.; ALVES, B. J. R.; ZUCHELLO, F.; SANT'ANNA, S. A. C. DE. Impacto do uso de leguminosas arbóreas em sistema misto de produção de eucalipto na região de mata atlântica sobre as emissões de N2O do solo. SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 11., 2011, Seropédica. Mudanças climáticas, desastres naturais e prevenção de riscos: resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2011. 59 p.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 10. | | SANT'ANNA, S. A. C. de; BOLONHEZI, D.; ZUCHELLO, F; CABALLERO, S. S. U.; BODDEY, R. M.; ALVES, B. J. R. Estoques de carbono e nitrogênio num Latossolo Vermelho cultivado com cana-de-açúcar In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 12., 2012. Economia verde, sustentabilidade e erradicação da pobreza: caderno de resumos. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 11. | | GUIMARÃES, A. P.; SANT'ANNA, S. A. C. de; ZUCHELLO, F.; RESENDE, A. S. de; CAMPELLO, E. F. C.; URQUIAGA, S.; FREITAS, B. A. de; BODDEY, R. M. Emissão de N2O do solo em área em recuperação com leguminosas arbóreas. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 13., 2013, Seropédica. Ciência, saúde e esporte: caderno de resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 12. | | PAREDES, D. da S.; LESSA, A. C. da R.; SANT'ANNA, S. A. C. de; JANTALIA, C. P.; URQUIAGA, S.; ALVES, B. J. R.; BODDEY, R. M. Emissões de N2O e volatilização de amônia em solo tratado com uréia e resíduos da indústria canavieira. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa: SBCS, 2010. 4 p. Trab. 847. 1 CD-ROM. FERTBIO 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 13. | | PROCOPIO, S. de O.; FERNANDES, M. F.; CARGNELUTTI FILHO, A.; TELES, D. A.; SANT'ANNA, S. A. C. de; REIS, V. M.; VARGAS, L. Efeitos de herbicidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre o crescimento da bactéria diazotrófica Gluconacetobacter diazotrophicus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios: anais. [Viçosa, MG]: SBCS; Fortaleza: UFC, 2009. 5 p. 1 CD-ROM. Biologia do solo: trabalho 884.| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 14. | | PROCOPIO, S. de O.; FERNANDES, M. F.; CARGNELUTTI FILHO, A.; TELES, D. A.; SANT'ANNA, S. A. C. de; REIS, V. M.; VARGAS, L. Efeitos de herbicidas utilizados na cultura da cana-de-açúcar sobre o crescimento da bactéria diazotrófica Herbaspirillum seropedicae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios: anais. [Viçosa, MG]: SBCS; Fortaleza: UFC, 2009. 5 p. 1 CD-ROM. Biologia do solo: trabalho 869.| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| Registros recuperados : 14 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/01/2014 |
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Data da última atualização: |
08/01/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, CAPES; DAVID POT, CIRAD; ALEXIS DEREEPER, IRD; STÉPHANIE POINTET, CIRAD; JOÃO BATISTA GONÇALVES DIAS DA SILVA, COCARI; GUSTAVO HIROSHI SERA, IAPAR; TUMORU SERA, IAPAR; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação. MenosOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriorme... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Etiópia; SNPs. |
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Thesagro: |
Coffea arabica; Polimorfismo. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94857/1/Identificacao-de-polimorfismos.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café$c2013
520 $aOs marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação.
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