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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
08/09/2020 |
Data da última atualização: |
10/09/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
JULIANA AFONSO, UFSCar; MARINA RUFINO SALINAS FORTES, The University of Queensland; ANTONIO REVERTER, Agriculture and Food, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Brisbane; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; ALINE SILVA MELLO CESAR, Esalq/USP; ANDRESSA OLIVEIRA DE LIMA, UFSCar; JULIANA PETRINI, UNIFAL; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; LUIZ LEHMANN COUTINHO, Esalq/USP; GERSON BARRETO MOURÃO, Esalq/USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; CAIO FERNANDO GROMBONI, Bahia Federal Institute of Education, Science and Technology, Ilhéus; ANA RITA ARAÚJO NOGUEIRA; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-16, 2020 |
DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-020-65454-7 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Article: 8436. |
Conteúdo: |
Mineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF was adopted to determine the regulatory impact of genes and miRNAs expression over the GEBVs for the mineral amounts. We also investigated over-represented pathways, as well as pieces of evidences from previous studies carried in the same population and in the literature, to determine regulatory genes for the mineral amounts. For example, NOX1 expression level was positively correlated to Zinc and has been described as Zinc-regulated in humans. Based on our approach, we were able to identify genes, miRNAs and pathways not yet described as underlying mineral amount. The results support the hypothesis that extracellular matrix interactions are the core regulator of mineral amount in muscle cells. Putative regulators described here add information to this hypothesis, expanding the knowledge on molecular relationships between gene expression and minerals. MenosMineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF was adopted to determine the regulatory impact of genes and miRNAs expression over the GEBVs for the mineral amounts. We also investigated over-represented pathways, as well as pieces of evidences from previous studies carried in the same population and in the literature, to determine regulatory genes for the mineral amounts. For example, NOX1 expression level was positively correlated to Zinc and has been described as Zinc-regulated in humans. Based on our approach, we were able to identify genes, miRNAs and pathways not yet described as underlying mineral amount. The results support the hypothesis that extracellular matrix interactions are the core regulator of mineral amount in muscle cells. Putative regulators describe... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Expressão gênica. |
Thesagro: |
Bos Indicus; Gado Nelore. |
Thesaurus Nal: |
Cattle; Gene expression. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215819/1/AP-Genetic-regulators-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
Data corrente: |
04/12/2014 |
Data da última atualização: |
04/12/2014 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
SILVA, G. D. da; PACHECO, E. P. |
Afiliação: |
EDSON PATTO PACHECO, CPATC. |
Título: |
Importância da distribuição de chuvas para o cultivo de milho no agreste sergipano. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
In: ENCONTRO DE RECURSO HÍDRICO EM SERGIPE, 7., 2014, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2014. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
O Agreste Sergipano é uma das mesorregiões onde a cultura do milho é cultivada com alta tecnologia. Nesse contexto, os efeitos relacionados ao déficit hídrico podem trazer perdas significativas à produtividade. O objetivo desse trabalho foi avaliar o possível efeito da distribuição de chuvas sobre o comportamento produtivo do milho em um experimento de campo em dois anos agrícolas. O estudo foi realizado na Estação Experimental Jorge Sobral da Embrapa Tabuleiros Costeiros, localizada no município de Nossa Senhora das Dores (SE), por meio da execução de um experimento de campo, conduzido nas safras de 2012 e 2013. Concluiu-se que a safra de 2012, mesmo com precipitações abaixo da média dos últimos 10 anos, teve uma produtividade absoluta maior quando comparada com a safra de 2013. |
Palavras-Chave: |
Sergipe. |
Thesagro: |
Agreste; Chuva; Milho. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/113130/1/Importanciadadistribuicao.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Tabuleiros Costeiros (CPATC) |
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