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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
13/02/2017 |
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Data da última atualização: |
07/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; VOLPINI, A.; DOMINITINI, A. J.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; COIMBRA, R. S.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. |
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Afiliação: |
IZINARA C. ROSSE, UFMG; JULIANA G. ASSIS, UFMG; Fiocruz; FRANCISLON S. OLIVEIRA, UFMG; Fiocruz; LAURA R. LEITE, UFMG; Fiocruz; FLÁVIO ARAUJO, Fiocruz; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; ANGELA VOLPINI, Fiocruz; ANDERSON J. DOMINITINI, Fiocruz; BEATRIZ C. LOPES, Epamig; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; RONEY S. COIMBRA, Fiocruz; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; GUILHERME OLIVEIRA, Fiocruz; Vale Technology Institute, Belém; MARIA RAQUEL S. CARVALHO, UFMG. |
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Título: |
Whole genome sequencing of Guzera cattle reveals genetic variants in candidate genes for production, disease resistance, and heat tolerance. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Mammalian Genome, v. 28, n. 1-2, p. 66-80, 2017. |
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ISBN: |
10.1007/s00335-016-9670-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini, Rui S. Verneque. |
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Conteúdo: |
Abstract In bovines, artificial selection has produced a large number of breeds which differ in production, environmental adaptation, and health characteristics. To investigate the genetic basis of these phenotypical differences, several bovine breeds have been sequenced. Millions of new SNVs were described at every new breed sequenced, suggesting that every breed should be sequenced. Guzerat or Guzera´ is an indicine breed resistant to drought and parasites that has been the base for some important breeds such as Brahman. Here, we describe the sequence of the Guzera´ genome and the in silico functional analyses of intragenic breed-specific variations. Matepaired libraries were generated using the ABI SOLiD system. Sequences were mapped to the Bos taurus reference genome (UMD 3.1) and 87% of the reference genome was covered at a 26X. Among the variants identified, 2,676,067 SNVs and 463,158 INDELs were homozygous, not found in any database searched, and may represent true differences between Guzera´ and B. taurus. Functional nalyses investigated with the NGS-SNP package focused on 1069 new, non-synonymous SNVs, splice-site variants (including acceptor and donor sites, and the conserved regions at both intron borders, referred to here as splice regions) and coding INDELs (NS/SS/I). These NS/SS/I map to 935 genes belonging to cell communication, environmental adaptation, signal transduction, sensory, and immune systems pathways. These pathways have been involved in phenotypes related to health, adaptation to the environment and behavior, and particularly, disease resistance and heat tolerance. Indeed, 105 of these genes are known QTLs for milk, meat and carcass, production, reproduction, and health traits. Therefore, in addition to describing new genetic variants, our approach provided groundwork for unraveling key candidate genes and mutations. MenosAbstract In bovines, artificial selection has produced a large number of breeds which differ in production, environmental adaptation, and health characteristics. To investigate the genetic basis of these phenotypical differences, several bovine breeds have been sequenced. Millions of new SNVs were described at every new breed sequenced, suggesting that every breed should be sequenced. Guzerat or Guzera´ is an indicine breed resistant to drought and parasites that has been the base for some important breeds such as Brahman. Here, we describe the sequence of the Guzera´ genome and the in silico functional analyses of intragenic breed-specific variations. Matepaired libraries were generated using the ABI SOLiD system. Sequences were mapped to the Bos taurus reference genome (UMD 3.1) and 87% of the reference genome was covered at a 26X. Among the variants identified, 2,676,067 SNVs and 463,158 INDELs were homozygous, not found in any database searched, and may represent true differences between Guzera´ and B. taurus. Functional nalyses investigated with the NGS-SNP package focused on 1069 new, non-synonymous SNVs, splice-site variants (including acceptor and donor sites, and the conserved regions at both intron borders, referred to here as splice regions) and coding INDELs (NS/SS/I). These NS/SS/I map to 935 genes belonging to cell communication, environmental adaptation, signal transduction, sensory, and immune systems pathways. These pathways have been involved in phenotypes ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Diseases; Genome sequencing; Sequência genética. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado de corte. |
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Thesaurus Nal: |
breeding; dairy cattle; Genome; Zebu. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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520 $aAbstract In bovines, artificial selection has produced a large number of breeds which differ in production, environmental adaptation, and health characteristics. To investigate the genetic basis of these phenotypical differences, several bovine breeds have been sequenced. Millions of new SNVs were described at every new breed sequenced, suggesting that every breed should be sequenced. Guzerat or Guzera´ is an indicine breed resistant to drought and parasites that has been the base for some important breeds such as Brahman. Here, we describe the sequence of the Guzera´ genome and the in silico functional analyses of intragenic breed-specific variations. Matepaired libraries were generated using the ABI SOLiD system. Sequences were mapped to the Bos taurus reference genome (UMD 3.1) and 87% of the reference genome was covered at a 26X. Among the variants identified, 2,676,067 SNVs and 463,158 INDELs were homozygous, not found in any database searched, and may represent true differences between Guzera´ and B. taurus. Functional nalyses investigated with the NGS-SNP package focused on 1069 new, non-synonymous SNVs, splice-site variants (including acceptor and donor sites, and the conserved regions at both intron borders, referred to here as splice regions) and coding INDELs (NS/SS/I). These NS/SS/I map to 935 genes belonging to cell communication, environmental adaptation, signal transduction, sensory, and immune systems pathways. These pathways have been involved in phenotypes related to health, adaptation to the environment and behavior, and particularly, disease resistance and heat tolerance. Indeed, 105 of these genes are known QTLs for milk, meat and carcass, production, reproduction, and health traits. Therefore, in addition to describing new genetic variants, our approach provided groundwork for unraveling key candidate genes and mutations.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Cutter |
Registro |
Volume |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Para informações adicionais entre em contato com cenargen.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
31/07/2001 |
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Data da última atualização: |
04/09/2014 |
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Autoria: |
SILVA, C. C. A. da; OLIVEIRA, M. R. V. de. |
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Afiliação: |
Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia. |
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Título: |
Praga quarentenaria 6: Erionota thrax (Linnaeu, 1767) (Lepidoptera. Hesperiidae). |
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Ano de publicação: |
2001 |
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Fonte/Imprenta: |
Brasilia: Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, 2001 |
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Páginas: |
6p. |
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Série: |
(Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia. Comunicado Tecnico, 48) |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A banana (Musa spp.) é uma das frutas mais consumidas no mundo e explorada na maioria dos países tropicais. Com uma área cultivada em torno de 483. 242 hectares, o Brasil destaca-se como o segundo país produtor banana, com 12,1% do total mundial. O volume total de produção, em torno de seis milhões de tonelada/ano, é praticamente consumido dentro do país (FAO, 1991, citado por Dantas & Soares Filho, 1997). No Brasil, cerca de 78 espécies de insetos estão relacionadas com a cultura da bananeira, entretanto, a maioria não causa danos significativos a plantação, ocorrendo somente de forma esporádica e em baixa densidade populacional (Fancelli & Mesquita, 1997). Erionota thrax, conhecida como lagarta enrolada das folhas, é uma praga específica da bananeira mas está ausente desse complexo de pragas. Originária, provavelmente, do Sudoeste da Ásia, essa espécie tornou-se uma praga séria em diversas regiões da Índia, China, Havaí, Ilhas Maurício, Papua-Nova Guiné. E. thrax ataca várias espécies de bananeira tanto cultivada (Musa spp.) como ornamental (M. ornata) (Deka et al. 1996). Ao se alimentarem, as lagartas desse lepidóptero cortam e, ao mesmo tempo enrolam a lâmina das folhas a partir da extremidade até atingir a nervura principal, de modo a fazer um cartucho no interior do qual se abrigam. |
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Palavras-Chave: |
Lagarta enroladora das folhas. |
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Thesagro: |
Banana; Praga; Praga de Planta. |
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Thesaurus NAL: |
Erionota thrax. |
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Categoria do assunto: |
--
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 01985nam a2200205 a 4500
001 1180086
005 2014-09-04
008 2001 bl uuuu u0uu1 u #d
100 1 $aSILVA, C. C. A. da
245 $aPraga quarentenaria 6$bErionota thrax (Linnaeu, 1767) (Lepidoptera. Hesperiidae).
260 $aBrasilia: Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia$c2001
300 $a6p.
490 $a(Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia. Comunicado Tecnico, 48)
520 $aA banana (Musa spp.) é uma das frutas mais consumidas no mundo e explorada na maioria dos países tropicais. Com uma área cultivada em torno de 483. 242 hectares, o Brasil destaca-se como o segundo país produtor banana, com 12,1% do total mundial. O volume total de produção, em torno de seis milhões de tonelada/ano, é praticamente consumido dentro do país (FAO, 1991, citado por Dantas & Soares Filho, 1997). No Brasil, cerca de 78 espécies de insetos estão relacionadas com a cultura da bananeira, entretanto, a maioria não causa danos significativos a plantação, ocorrendo somente de forma esporádica e em baixa densidade populacional (Fancelli & Mesquita, 1997). Erionota thrax, conhecida como lagarta enrolada das folhas, é uma praga específica da bananeira mas está ausente desse complexo de pragas. Originária, provavelmente, do Sudoeste da Ásia, essa espécie tornou-se uma praga séria em diversas regiões da Índia, China, Havaí, Ilhas Maurício, Papua-Nova Guiné. E. thrax ataca várias espécies de bananeira tanto cultivada (Musa spp.) como ornamental (M. ornata) (Deka et al. 1996). Ao se alimentarem, as lagartas desse lepidóptero cortam e, ao mesmo tempo enrolam a lâmina das folhas a partir da extremidade até atingir a nervura principal, de modo a fazer um cartucho no interior do qual se abrigam.
650 $aErionota thrax
650 $aBanana
650 $aPraga
650 $aPraga de Planta
653 $aLagarta enroladora das folhas
700 1 $aOLIVEIRA, M. R. V. de
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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