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Registros recuperados : 20 | |
1. | | AZEVEDO, H.; LOPES, F. M.; SILLA, P. R.; HUNGRIA, M. A database for the taxonomic and phylogenetic identification of the genus Bradyrhizobium using multilocus sequence analysis. BMC Genomics, London, v. 16, 2015. Suppl 5, S10. 11 p. Edição dos Proceedings of the 10th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2014), Belo Horizonte, Oct. 2014. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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3. | | VITORINO, J. C.; SILLA, P. R.; CAMARGO-BRUNETTO, M. A. de.; BINNECK, E. Abordagem computacional para a identificação de elementos cis-regulatórios no genoma da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 95-97. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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4. | | VITORINO, J. C.; SILLA, P. R.; CAMARGO-BRUNETTO, M. A. de.; BINNECK, E. Abordagem computacional para a identificação de elementos cis-regulatóriso no genoma da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 95-97. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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5. | | OLIVEIRA, M. E. de; CORREA, C. G.; SILLA, P. R.; KERN, H. S. Avaliação de usabilidade de um sistema web para a agricultura. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 17., 2022, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2022. (Embrapa Soja. Documentos, 446). Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Larissa Alexandra Cardoso Moraes, Kelly Catharin, Editoras Técnicas. p. 21-26. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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7. | | LIMA, D. de; OLIVEIRA, A. B. de; PRANDO, A. M.; CATHARIN, K.; SILLA, P. R. Plataformas genéticas de soja utilizadas pelos produtores do Paraná, na safra 2019/2020. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 267. p. 292. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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8. | | MITANI, E. A.; NASCIMENTO, L. S.; SILLA, P. R.; BINNECK, E. Portais Web desenvolvidos no laboratório de bioinformática da Embrapa Soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 50-52. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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9. | | MITANI, E. A.; NASCIMENTO, L. S.; SILLA, P. R.; FARIAS, J. R. B.; BINNECK, E. Sistema Web para estimativas de perdas por seca na cultura da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 48-49. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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10. | | NASCIMENTO, L. S.; SILLA, P. R.; VITORINO, J. C.; IWATA, M.; MITANI, E. A.; BINNECK, E. Soybean gene express: plataforma para análise de expressão diferencial e bibliotecas substrativas de cDNA. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 105-109. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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12. | | SILLA, P. R.; PASSIANOTTO, A. L. L.; CAMARGO-BRUNETTO, M. A. O.; GONELA, A.; MARCELINO, F. C.; BINNECK, E. Algoritmo computacional para determinar o perfil mínimo de marcadores moleculares que discriminam um conjunto de cultivares. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 5., 2010, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2010. p. 133-135. (Embrapa Soja. Documentos, 323). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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13. | | BASSETO, V. H. B.; SANCHES, S. R. R.; GRANDI, M. A.; OLIVEIRA, C.; KERN, H. S.; SILLA, P. R. Catálogo virtual de doenças e pragas de soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 17., 2022, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2022. (Embrapa Soja. Documentos, 446). Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Larissa Alexandra Cardoso Moraes, Kelly Catharin, Editoras Técnicas. p. 33-36. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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14. | | BARBOSA, E. G. G.; IWATA, M.; SILLA, P. R.; ALMEIDA, A. M. R.; ABDELNOOR, R. V.; BINNECK, E. Sintenia de duas regiões genômicas da soja contendo genes de resistência à ferrugem-asiática com outras plantas modelo. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 4., 2009, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 37-41. (Embrapa Soja. Documentos, 312). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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15. | | VITORINO, J. C.; BARBOSA, E. G. G.; IWATA, M.; SILLA, P. R.; SARAIVA, O. F.; FRANCHINI, J. C.; GONÇALVES, S. L.; BINNECK, E. Base de dados sobre a dinâmica de decomposição de resíduos vegetais em sistemas de manejo do solo. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 4., 2009, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 175-179. (Embrapa Soja. Documentos, 312). Editado por Odilon Ferreira Saraiva, Paula Geron Saiz Melo. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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16. | | PASSIANOTTO, A. L. de L.; SILLA, P. R.; MARIN, S. R. R.; KUWAHARA, M. K.; NEPOMUCENO, A. L.; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; GONELA, A.; MARCELINO, F. C. Determinação de perfis genéticos de cultivares de soja desenvolvidos pela Embrapa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 166. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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17. | | VITORINO, J. C.; BARBOSA E. G. G.; IWATA, M.; SANTOS, L. G. A. dos GONÇALVES, A. R.; SILLA, P. R.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; GONÇALVES, S. L.; BINNECK, E. Banco de dados e informações sobre a dinâmica de decomposição de resíduos vegetais em sistemas de manejo do solo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2009. p. 38, trab. 48. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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18. | | VITORINO, J. C.; BARBOSA E. G. G.; IWATA, M.; SANTOS, L. G. A. dos; GONÇALVES, A. R.; SILLA, P. R.; NEPOMUCENO, A. L.; FARIAS, J. R. B.; SARAIVA, O. F.; GONCALVES, S. L.; BINNECK, E. Banco de dados e informações sobre a dinâmica de decomposição de resíduos vegetais em sistemas de manejo do solo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 5.; MERCOSOJA 2009, Goiânia. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2009. Seção trabalhos, t. 48. 1 CD-ROM. Editado por Adilson de Oliveira Júnior, Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann Campo, César de Castro. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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19. | | LINO, E. J.; STOLF-MOREIRA, R.; PEREIRA, R. M.; ROMERO, C. C. T.; SILLA, P. R.; NASCIMENTO, L. S. do; NASCIMENTO, L. C. do; CARAZZOLLE, M. F.; BINNECK, E.; MARCELINO, F. C.; ABDELNOOR, R. V. Genome-wide expression profiling of a incompatible interaction between Glycine max and Phakopsora pachyrizi revealed by next-generation sequencing. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 246-247. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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20. | | ROMERO, C. C. T.; STOLF-MOREIRA, R.; BRITO JÚNIOR, S. L.; CATELLI, L. L.; PEREIRA, R. M.; LINO, E. J.; SILLA, P. R.; NASCIMENTO, L. S. do; NASCIMENTO, L. C. do; CARAZZOLLE, M. F.; BINNECK, E.; MARCELINO, F. C.; ABDELNOOR, R. V. Genome-wide expression analysis of soybean plants under an incompatible interaction with the fungus Uromyces appendiculatus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 219-220. Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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Registros recuperados : 20 | |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
19/06/2015 |
Data da última atualização: |
11/05/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
AZEVEDO, H.; LOPES, F. M.; SILLA, P. R.; HUNGRIA, M. |
Afiliação: |
HELTON DE AZEVEDO, CNPSO; Fabricio Martins Lopes; PAULO ROBERTO SILLA, CNPSO; MARIANGELA HUNGRIA DA CUNHA, CNPSO. |
Título: |
A database for the taxonomic and phylogenetic identification of the genus Bradyrhizobium using multilocus sequence analysis. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London, v. 16, 2015. Suppl 5, S10. |
Páginas: |
11 p. |
ISSN: |
1471-2164 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Edição dos Proceedings of the 10th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2014), Belo Horizonte, Oct. 2014. |
Conteúdo: |
Biological nitrogen fixation, with an emphasis on the legume-rhizobia symbiosis, is a key process for agriculture and the environment, allowing the replacement of nitrogen fertilizers, reducing water pollution by nitrate as well as emission of greenhouse gases. Soils contain numerous strains belonging to the bacterial genus Bradyrhizobium, which establish symbioses with a variety of legumes. However, due to the high conservation of Bradyrhizobium 16S rRNA genes - considered as the backbone of the taxonomy of prokaryotes - few species have been delineated. The multilocus sequence analysis (MLSA) methodology, which includes analysis of housekeeping genes, has been shown to be promising and powerful for defining bacterial species, and, in this study, it was applied to Bradyrhizobium, species, increasing our understanding of the diversity of nitrogen-fixing bacteria. Description: Classification of bacteria of agronomic importance is relevant to biodiversity, as well as to biotechnological manipulation to improve agricultural productivity. We propose the construction of an online database that will provide information and tools using MLSA to improve phylogenetic and taxonomic characterization of Bradyrhizobium, allowing the comparison of genomic sequences with those of type and representative strains of each species. Conclusion: A database for the taxonomic and phylogenetic identification of the Bradyrhizobium, genus, using MLSA, will facilitate the use of biological data available through an intuitive web interface. Sequences stored in the on-line database can be compared with multiple sequences of other strains with simplicity and agility through multiple alignment algorithms and computational routines integrated into the database. The proposed database and software tools are available at http://mlsa.cnpso.embrapa.br, and can be used, free of charge, by researchers worldwide to classify Bradyrhizobium, strains; the database and software can be applied to replicate the experiments presented in this study as well as to generate new experiments. The next step will be expansion of the database to include other rhizobial species. MenosBiological nitrogen fixation, with an emphasis on the legume-rhizobia symbiosis, is a key process for agriculture and the environment, allowing the replacement of nitrogen fertilizers, reducing water pollution by nitrate as well as emission of greenhouse gases. Soils contain numerous strains belonging to the bacterial genus Bradyrhizobium, which establish symbioses with a variety of legumes. However, due to the high conservation of Bradyrhizobium 16S rRNA genes - considered as the backbone of the taxonomy of prokaryotes - few species have been delineated. The multilocus sequence analysis (MLSA) methodology, which includes analysis of housekeeping genes, has been shown to be promising and powerful for defining bacterial species, and, in this study, it was applied to Bradyrhizobium, species, increasing our understanding of the diversity of nitrogen-fixing bacteria. Description: Classification of bacteria of agronomic importance is relevant to biodiversity, as well as to biotechnological manipulation to improve agricultural productivity. We propose the construction of an online database that will provide information and tools using MLSA to improve phylogenetic and taxonomic characterization of Bradyrhizobium, allowing the comparison of genomic sequences with those of type and representative strains of each species. Conclusion: A database for the taxonomic and phylogenetic identification of the Bradyrhizobium, genus, using MLSA, will facilitate the use of biological data availab... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Fixação de nitrogênio. |
Thesaurus NAL: |
Nitrogen fixation. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/125643/1/A-database-for-the-taxonomic-and-phylogenetic.pdf
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Marc: |
LEADER 02982naa a2200217 a 4500 001 2018160 005 2017-05-11 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1471-2164 100 1 $aAZEVEDO, H. 245 $aA database for the taxonomic and phylogenetic identification of the genus Bradyrhizobium using multilocus sequence analysis.$h[electronic resource] 260 $c2015 300 $a11 p. 500 $aEdição dos Proceedings of the 10th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2014), Belo Horizonte, Oct. 2014. 520 $aBiological nitrogen fixation, with an emphasis on the legume-rhizobia symbiosis, is a key process for agriculture and the environment, allowing the replacement of nitrogen fertilizers, reducing water pollution by nitrate as well as emission of greenhouse gases. Soils contain numerous strains belonging to the bacterial genus Bradyrhizobium, which establish symbioses with a variety of legumes. However, due to the high conservation of Bradyrhizobium 16S rRNA genes - considered as the backbone of the taxonomy of prokaryotes - few species have been delineated. The multilocus sequence analysis (MLSA) methodology, which includes analysis of housekeeping genes, has been shown to be promising and powerful for defining bacterial species, and, in this study, it was applied to Bradyrhizobium, species, increasing our understanding of the diversity of nitrogen-fixing bacteria. Description: Classification of bacteria of agronomic importance is relevant to biodiversity, as well as to biotechnological manipulation to improve agricultural productivity. We propose the construction of an online database that will provide information and tools using MLSA to improve phylogenetic and taxonomic characterization of Bradyrhizobium, allowing the comparison of genomic sequences with those of type and representative strains of each species. Conclusion: A database for the taxonomic and phylogenetic identification of the Bradyrhizobium, genus, using MLSA, will facilitate the use of biological data available through an intuitive web interface. Sequences stored in the on-line database can be compared with multiple sequences of other strains with simplicity and agility through multiple alignment algorithms and computational routines integrated into the database. The proposed database and software tools are available at http://mlsa.cnpso.embrapa.br, and can be used, free of charge, by researchers worldwide to classify Bradyrhizobium, strains; the database and software can be applied to replicate the experiments presented in this study as well as to generate new experiments. The next step will be expansion of the database to include other rhizobial species. 650 $aNitrogen fixation 650 $aFixação de nitrogênio 700 1 $aLOPES, F. M. 700 1 $aSILLA, P. R. 700 1 $aHUNGRIA, M. 773 $tBMC Genomics, London$gv. 16, 2015. Suppl 5, S10.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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