| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
|
Data corrente: |
06/04/2020 |
|
Data da última atualização: |
20/04/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
OLIVEIRA, F. A. de; VIGNA, B. B. Z.; SILVA, C. C. da; FAVERO, A. P.; MATTA, F. de P.; AZEVEDO, A. L. S.; SOUZA, A. P. de. |
|
Afiliação: |
Fernanda A. de Oliveira, UNICAMP; BIANCA BACCILI ZANOTTO VIGNA, CPPSE; Carla C. da Silva, UNICAMP; ALESSANDRA PEREIRA FAVERO, CPPSE; FREDERICO DE PINA MATTA, CPPSE; ANA LUISA SOUSA AZEVEDO, CNPGL; Anete P. de Souza, UNICAMP. |
|
Título: |
Coexpression and transcriptome analyses identify active apomixis-related genes in Paspalum notatum leaves. |
|
Ano de publicação: |
2020 |
|
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 21, n. 78, 2020. |
|
Páginas: |
15 p. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-020-6518-z |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Background - Paspalum notatum exhibits both sexual and apomictic cytotypes and, thus, is considered a good model for studies of apomixis because it facilitates comparative approaches. In this work, transcriptome sequencing was used to compare contrasting P. notatum cytotypes to identify differential expression patterns and candidate genes involved in the regulation of expression of this trait. Results - We built a comprehensive transcriptome using leaf and inflorescence from apomictic tetraploids and sexual diploids/tetraploids and a coexpression network based on pairwise correlations between transcript expression profiles. We identified genes exclusively expressed in each cytotype and genes differentially expressed between pairs of cytotypes. Gene Ontology enrichment analyses were performed to better interpret the data. We de novo assembled 114,306 reference transcripts. In total, 536 candidate genes possibly associated with apomixis were detected through statistical analyses of the differential expression data, and several interacting genes potentially linked to the apomixis-controlling region, genes that have already been reported in the literature, and their neighbors were transcriptionally related in the coexpression network. Conclusions - Apomixis is a highly desirable trait in modern agriculture due to the maintenance of the characteristics of the mother plant in the progeny. The reference transcriptome, candidate genes and their coexpression network identified in this work represent rich resources for future grass breeding programs. MenosBackground - Paspalum notatum exhibits both sexual and apomictic cytotypes and, thus, is considered a good model for studies of apomixis because it facilitates comparative approaches. In this work, transcriptome sequencing was used to compare contrasting P. notatum cytotypes to identify differential expression patterns and candidate genes involved in the regulation of expression of this trait. Results - We built a comprehensive transcriptome using leaf and inflorescence from apomictic tetraploids and sexual diploids/tetraploids and a coexpression network based on pairwise correlations between transcript expression profiles. We identified genes exclusively expressed in each cytotype and genes differentially expressed between pairs of cytotypes. Gene Ontology enrichment analyses were performed to better interpret the data. We de novo assembled 114,306 reference transcripts. In total, 536 candidate genes possibly associated with apomixis were detected through statistical analyses of the differential expression data, and several interacting genes potentially linked to the apomixis-controlling region, genes that have already been reported in the literature, and their neighbors were transcriptionally related in the coexpression network. Conclusions - Apomixis is a highly desirable trait in modern agriculture due to the maintenance of the characteristics of the mother plant in the progeny. The reference transcriptome, candidate genes and their coexpression network identified in thi... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Differential expression; Gene coexpression network; RNA sequencing. |
|
Thesaurus Nal: |
Apomixis; Paspalum. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/212171/1/CoexpressionTranscriptomeAnalyses.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1129868/1/Coexpression-and-transcriptome-analyses-identify-active-apomixis-related-genes-in-Paspalum.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02397naa a2200277 a 4500
001 2121557
005 2020-04-20
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1186/s12864-020-6518-z$2DOI
100 1 $aOLIVEIRA, F. A. de
245 $aCoexpression and transcriptome analyses identify active apomixis-related genes in Paspalum notatum leaves.$h[electronic resource]
260 $c2020
300 $a15 p.
520 $aBackground - Paspalum notatum exhibits both sexual and apomictic cytotypes and, thus, is considered a good model for studies of apomixis because it facilitates comparative approaches. In this work, transcriptome sequencing was used to compare contrasting P. notatum cytotypes to identify differential expression patterns and candidate genes involved in the regulation of expression of this trait. Results - We built a comprehensive transcriptome using leaf and inflorescence from apomictic tetraploids and sexual diploids/tetraploids and a coexpression network based on pairwise correlations between transcript expression profiles. We identified genes exclusively expressed in each cytotype and genes differentially expressed between pairs of cytotypes. Gene Ontology enrichment analyses were performed to better interpret the data. We de novo assembled 114,306 reference transcripts. In total, 536 candidate genes possibly associated with apomixis were detected through statistical analyses of the differential expression data, and several interacting genes potentially linked to the apomixis-controlling region, genes that have already been reported in the literature, and their neighbors were transcriptionally related in the coexpression network. Conclusions - Apomixis is a highly desirable trait in modern agriculture due to the maintenance of the characteristics of the mother plant in the progeny. The reference transcriptome, candidate genes and their coexpression network identified in this work represent rich resources for future grass breeding programs.
650 $aApomixis
650 $aPaspalum
653 $aDifferential expression
653 $aGene coexpression network
653 $aRNA sequencing
700 1 $aVIGNA, B. B. Z.
700 1 $aSILVA, C. C. da
700 1 $aFAVERO, A. P.
700 1 $aMATTA, F. de P.
700 1 $aAZEVEDO, A. L. S.
700 1 $aSOUZA, A. P. de
773 $tBMC Genomics$gv. 21, n. 78, 2020.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 87 | |
| 42. |  | SÁ, M. A. C. de; SANTOS JÚNIOR, J. de D. G. dos; RESENDE, A. V. de; VILELA, M. de F.; SHIRATSUCHI, L. S. Variabilidade espacial da massa seca da parte aérea de soja relacionada com atributos do solo no Cerrado. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
|   |
| 46. | | MARCHAO, R. L.; VILELA, L.; SANTOS JÚNIOR, J. de D. G. dos; SA, M. A. C. de; BERGAMASCHI, L. C.; BORTONCELLO, L. R. Impacto de sistemas agrícolas nos atributos físicos, químicos e macrofauna num latossolo do oeste baiano. Planaltina, DF : Embrapa Cerrados, 2008. 30 p. (Embrapa Cerrados. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 228)| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
|  |
| 47. | | ANDRADE, S. R. M. de; SANTOS, J. M. dos; SOUSA, D. M. G. de; NUNES, R. de S.; SANTOS JUNIOR, J. de D. G. dos; REIN, T. A. Gypsum and drought stress in sugarcane: physiological traits. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 14., 2013, Poços de Caldas. Resumos... Lavras: SBFV/UFLA, 2013. p. 73| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 48. | | SANTOS JUNIOR, J. de D. G. dos; SOUZA, K. W. de; RAMOS, N. P.; SILVA, C. J. da; CORREIA, N. M.; MAY, A.; KINPARA, D. I. Consórcio de cana-de-açúcar com milho: recomendações de manejo para a região do Cerrado. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2020. 21 p. (Embrapa Cerrados. Circular Técnica, 45).| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Cerrados. |
| |
| 50. | | GOULART, A. M. C.; MARCHÃO, R. L.; VILELA, L.; SANTOS JÚNIOR, J. de D. G. dos; SÁ, M. A. C. de. Diversidade de nematóides em um latossolo vermelho sob sistemas de integração lavoura-pecuária no Cerrado. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 51. | | GOULART, A. M. C.; SOUZA, D. P.; SA, M. A. C. de; SANTOS JUNIOR, J. de D. G. dos; MARCHAO, R. L.; MALAQUIAS, J. V. Diversidade de nematóides em solo após 14 anos sob diferentes sistemas de manejo no cerrado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 30., 2012, Uberlândia. Anais... Uberlândia: UFU: ICA: SBN, 2012. p. 120-121.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 52. | | CARVALHO, A. M. de; COELHO, M. C.; SA, M. A. C. de; SANTOS JUNIOR, J. de D. G. dos; FRANZ, C. A. B.; REIN, T. A. Decomposição de resíduos vegetais de cana-de-açúcar no Cerrado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 34., 2013, Florianópolis. Ciência do solo: para quê e para quem: anais. Florianópolis: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 54. | | SÁ, M. A. C. de; SHIRATSUCHI, L. S.; RESENDE, A. V. de; SANTOS JUNIOR, J. de D. G. dos; FRANZ, C. A. B.; CORAZZA, E. J. Funções de pedotransferência no apoio ao mapeamento do teor de argila do solo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGRICULTURA DE PRECISÃO, 2., 2006, São Pedro, SP. Anais... Piracicaba: USP: ESALQ, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 55. | | DANTAS, R. de A.; CARMONA, R.; CARVALHO, A. M. de; REIN, T. A.; MALAQUIAS, J. V.; SANTOS JUNIOR, J. de D. G. dos. Produção de matéria seca e controle de plantas daninhas por leguminosas consorciadas com cana-de-açúcar em cultivo orgânico. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF., v.50, n.8, p.681-689, ago. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 57. | | MARCHAO, R. L.; BALBINO, L. C.; SILVA, E. M. da; SANTOS JUNIOR, J. de D. G. dos; SA, M. A. C. de; VILELA, L.; BECQUER, T. Qualidade física de um Latossolo Vermelho sob sistemas de integração lavoura-pecuária no Cerrado Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 6, p. 873-882, jun. 2007 Título em inglês: Soil physical quality under crop-livestock management systems in a Cerrado Oxisol.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 58. | | MARCHÃO, R. L.; BALBINO, L. C.; SLVA, E. M. da; SANTOS JÚNIOR, J. de D. G. dos; SÁ, M. A. C. de; VILELA, L.; BECQUER, T. Qualidade física de um latossolo vermelho sob sistemas de integração lavoura-pecuária no Cerrado. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 6, p. 873-882, jun. 2007| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 59. | | CORNÉLIO, G. B.; SANTOS JÚNIOR, J. de D. G. dos; SÁ, M. A. C. de; FERREIRA, E. A. B.; RESCK, D. V. S. Qualidade física do solo sob vegetação de cerrado e após 12 anos de manejo. In: SIMPÓSIO NACIONAL CERRADO, 9.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SAVANAS TROPICAIS, 2., 2008, Brasília, DF. Desafios e estratégias para o equilíbrio entre sociedade, agronegócio e recursos naturais: anais... Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| Registros recuperados : 87 | |
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
